Hướng dẫn sử dụng AllerTOP trong sàng lọc epitope

Tài liệu được viết cho workflow thiết kế vaccine đa epitope (multi-epitope vaccine, MEV) trong bối cảnh ung thư tuyến giáp thể nhú (papillary thyroid carcinoma, PTC). Các tiêu chí là sàng lọc in silico, không thay thế xác thực in vitro/in vivo.

Mục lục

1. Mục tiêu sử dụng
2. Nguyên lý
3. Chuẩn bị input
4. Cách chạy
5. Phân tích output
6. Diễn giải trong báo cáo
7. Lỗi thường gặp
8. Tài liệu tham khảo

1. Mục tiêu sử dụng

AllerTOP được dùng để dự đoán allergenicity của peptide hoặc protein. Trong MEV, chỉ nên giữ epitope được dự đoán là non-allergen hoặc probable non-allergen.

Đây là bước safety độc lập với ToxinPred. Một peptide non-toxic vẫn có thể allergenic và ngược lại.

2. Nguyên lý

AllerTOP là phương pháp alignment-free, chuyển chuỗi amino acid thành vector dựa trên descriptor lý hóa và auto-cross covariance, sau đó phân loại bằng k-nearest neighbors. Công cụ được xây dựng để nhận diện nguy cơ dị ứng dựa trên đặc trưng chuỗi thay vì chỉ dựa vào homology.

Kết quả là probable allergen hoặc probable non-allergen. Với vaccine, probable allergen thường là tiêu chí loại.

3. Chuẩn bị input

• Input có thể là single peptide hoặc multiple FASTA.
• Với nhiều peptide, luôn dùng FASTA có ID duy nhất.
• Không đưa linker/adjuvant vào cùng peptide nếu đang đánh giá từng epitope riêng.
• Sau khi xây construct cuối, nên chạy lại toàn bộ construct để kiểm tra allergenicity tổng thể.

4. Cách chạy

• Bước 1: mở AllerTOP official server.
• Bước 2: paste hoặc upload peptide FASTA.
• Bước 3: submit với thiết lập mặc định.
• Bước 4: tải hoặc copy output.
• Bước 5: merge nhãn allergenicity vào bảng epitope.

5. Phân tích output

Output	Ý nghĩa	Quyết định
Probable non-allergen	Nguy cơ dị ứng thấp theo model	Giữ nếu tiêu chí khác đạt
Probable allergen	Nguy cơ dị ứng	Loại khỏi danh sách cuối
Không đọc được sequence	Lỗi input	Sửa ký tự/FASTA và chạy lại

6. Diễn giải trong báo cáo

Cách viết chuẩn: peptide X được AllerTOP dự đoán probable non-allergen, do đó đạt tiêu chí allergenicity in silico. Nếu dùng thêm AlgPred hoặc AllergenFP, cần ghi đây là consensus allergenicity.

Trong bối cảnh vaccine ung thư, không nên đánh đổi an toàn dị ứng để giữ peptide có binding cao khi còn peptide thay thế.

7. Lỗi thường gặp

• Chỉ kiểm tra allergenicity cho construct cuối mà không kiểm tra từng epitope.
• Không chạy lại sau khi thêm linker/adjuvant.
• Gộp output nhiều peptide nhưng không có ID.
• Giữ peptide probable allergen vì score MHC rất tốt.

8. Tài liệu tham khảo

• Dimitrov I et al. AllerTOP - a server for in silico prediction of allergens. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 6):S4.
• AllerTOP official server. Accessed 2026.