Tài liệu được viết cho workflow thiết kế vaccine đa epitope (multi-epitope vaccine, MEV) trong bối cảnh ung thư tuyến giáp thể nhú (papillary thyroid carcinoma, PTC). Các tiêu chí là sàng lọc in silico, không thay thế xác thực in vitro/in vivo.
NetMHCIIpan 4.3 được dùng để dự đoán peptide gắn HLA class II, bao gồm HLA-DR, HLA-DQ và HLA-DP. Đây là bước chính để chọn HTL epitope trước khi chạy cytokine prediction và các tiêu chí an toàn.
Phiên bản 4.3 được huấn luyện trên dữ liệu binding affinity và eluted ligand mở rộng, bao phủ cả DR, DQ và DP. Vì vậy tài liệu này ưu tiên NetMHCIIpan 4.3 cho workflow MHC II.
HLA class II cần được chọn theo mục tiêu nghiên cứu. Với vaccine cá thể hóa, dùng HLA typing của bệnh nhân. Với vaccine phổ quát, dùng panel allele đại diện dân số và sau đó kiểm tra population coverage.
| Locus | Cách chọn đúng | Lưu ý |
|---|---|---|
| HLA-DR | DRB1 và nếu có DRB3/DRB4/DRB5 | Không chỉ dùng một DRB1 nếu bệnh nhân có nhiều DR locus liên quan |
| HLA-DQ | DQA1-DQB1 | DQ là dị thể alpha-beta; phải dùng đúng cặp allele được công cụ hỗ trợ |
| HLA-DP | DPA1-DPB1 | DP có thể có cơ chế peptide inversion; không bỏ qua khi phân tích phủ rộng |
| Panel dân số | Allele phổ biến theo khu vực | Cần ghi rõ nguồn panel và allele đã dùng |
Khi phối hợp HLA-DQ và HLA-DP, không xem DQ hoặc DP là phụ. Một peptide gắn DQ/DP tốt vẫn có thể là HTL epitope có giá trị, nhất là khi không gắn mạnh DR. Tuy nhiên, cần ghi rõ cặp alpha-beta trong kết quả.
| Mục | Thiết lập |
|---|---|
| Peptide length | 15-mer mặc định hoặc 13-25 aa nếu danh sách peptide có sẵn |
| Strong binder | %Rank_EL <1% |
| Weak binder | %Rank_EL 1-5% |
| BA prediction | Bật nếu cần Affinity(nM); không bắt buộc nếu dùng EL |
| Output | Sort by prediction score, Save XLS, giữ cả Core và %Rank_EL |
| Filtering | Có thể lọc %Rank <5 để giảm file lớn; không lọc quá chặt ở lần đầu |
Các cột cần giữ gồm Pos, MHC, Peptide, Core, Core_Rel, Inverted, Identity, Score_EL, %Rank_EL và BindLevel. Với DQ/DP, cột MHC phải giữ nguyên tên cặp allele để tránh mất thông tin alpha-beta.
%Rank_EL là tiêu chí chính. Score_EL cao cho thấy likelihood tốt nhưng không nên dùng score thô để so sánh giữa allele. Core giúp xác định motif 9 aa và hỗ trợ phát hiện peptide trùng core trong các peptide chồng lấp.
Một peptide HTL được ưu tiên nếu có %Rank_EL <1% ở ít nhất một HLA class II, gắn thêm nhiều allele khác ở mức WB/SB, có core hợp lý, không trùng protein người ở mức nguy cơ, VaxiJen positive, non-allergen, non-toxic và cytokine profile phù hợp.
Khi báo cáo, nên trình bày theo peptide duy nhất chứ không theo số dòng raw output. Một peptide có thể tạo nhiều dòng vì gắn nhiều HLA; cần gom nhóm theo peptide và thống kê số HLA-DR/DQ/DP đạt SB/WB.