Tài liệu được viết cho workflow thiết kế vaccine đa epitope (multi-epitope vaccine, MEV) trong bối cảnh ung thư tuyến giáp thể nhú (papillary thyroid carcinoma, PTC). Các tiêu chí là sàng lọc in silico, không thay thế xác thực in vitro/in vivo.
Epitope MHC class I là peptide nội sinh được trình diện bởi HLA class I cho tế bào T CD8+. Trong vaccine ung thư, nhóm epitope này thường được xem là lớp ứng viên CTL trọng tâm vì tế bào T CD8+ có khả năng nhận diện và tiêu diệt tế bào mang kháng nguyên ung thư hoặc neoantigen.
Đối với PTC, peptide có thể xuất phát từ protein ung thư liên quan BRAF, HRAS, RET, NTRK3, TP53 hoặc các protein khác trong danh sách nghiên cứu. Tuy nhiên, một peptide chỉ nên được xem là ứng viên MHC I nếu đi qua đủ chuỗi bằng chứng: được tạo ra bởi xử lý nội bào, được vận chuyển vào lưới nội chất, gắn HLA class I, có tính kháng nguyên, không dị ứng, không độc và không tương đồng nguy hiểm với protein người.
Con đường MHC I bắt đầu từ protein nội bào bị thoái hóa bởi proteasome hoặc immunoproteasome. Các peptide tạo thành được vận chuyển qua TAP vào lưới nội chất, tiếp tục được chỉnh sửa bởi peptidase, sau đó gắn vào rãnh của HLA-A, HLA-B hoặc HLA-C. Phức hợp peptide-HLA class I di chuyển ra bề mặt tế bào để được TCR của tế bào T CD8+ nhận diện.
Chiều dài peptide điển hình của MHC I là 8-11 amino acid, trong đó 9-mer là lựa chọn mặc định phổ biến. Một số allele có thể chấp nhận peptide dài hơn, nhưng 8-11 mer vẫn là vùng thực hành chính trong sàng lọc CTL epitope.
Dự đoán MHC I không nên chỉ dựa vào IC50 hoặc điểm gắn kết. Một peptide có ái lực HLA tốt nhưng không được proteasome tạo ra hoặc không được TAP vận chuyển vẫn có thể không xuất hiện trên bề mặt tế bào.
| Tiêu chí | Ý nghĩa | Cách diễn giải thực hành |
|---|---|---|
| %Rank_EL MHC I | Xếp hạng khả năng peptide là ligand tự nhiên | Ưu tiên %Rank thấp; strong binder theo mặc định NetMHCpan 4.2 là <0.5%, weak binder là 0.5-2% |
| Affinity/IC50 | Ái lực gắn dự đoán nếu bật BA | IC50 thấp hỗ trợ binding, nhưng nên ưu tiên %Rank hơn score thô |
| NetChop | Cắt C-terminal | Giữ peptide khi vị trí C-terminal có ký hiệu cắt S hoặc xác suất vượt threshold |
| DeepTAP | Khả năng vận chuyển qua TAP | Ưu tiên peptide được dự đoán TAP-binding cao hoặc có nhãn positive theo tool |
| An toàn | Không dị ứng/không độc | Chỉ giữ non-allergen và non-toxic |
Một epitope MHC I nên được mô tả theo chuỗi logic: peptide - vị trí trong protein - HLA allele - %Rank_EL/%Rank_BA - mức bind - kết quả NetChop - kết quả TAP - VaxiJen - AllerTOP - ToxinPred - quyết định giữ/loại.
Trong vaccine ung thư, nên ưu tiên epitope vừa là strong binder, vừa qua NetChop và TAP, đồng thời thuộc nhiều HLA allele hoặc allele phổ biến trong dân số mục tiêu. Nếu có dữ liệu HLA cá thể, kết quả cá thể hóa có giá trị hơn panel allele chung.