janitor, dplyr, gtsummary, rstatix, and base

Evans <- read_csv("Evans.csv")

Se convierten variables

Evans <- read_csv("Evans.csv")
Evans$chd = as.character(Evans$chd)
Evans$chd = factor(Evans$chd)
Evans$chd = if_else(Evans$chd == "1", "y", "n")

Pruebas de normalidad

shapiro.test(Evans$age) 
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  Evans$age
## W = 0.94475, p-value = 2.765e-14
shapiro.test(Evans$chl)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  Evans$chl
## W = 0.98575, p-value = 1.153e-05
shapiro.test(Evans$sbp)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  Evans$sbp
## W = 0.91819, p-value < 2.2e-16
shapiro.test(Evans$dbp)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  Evans$dbp
## W = 0.95458, p-value = 9.367e-13

Prueba de normalidad para la presión arterial diastólica

shapiro.test(Evans$dbp)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  Evans$dbp
## W = 0.95458, p-value = 9.367e-13

Interpretacion: La hipotesis nula es que la presión arterial diastólica tiene una distribucion normal, como P es menor a 0.05 se concluye que los datos de la presión arterial diastólica no tienen una distribucion normal

Prueba de normalidad para la presión arterial sistólica

shapiro.test(Evans$sbp)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  Evans$sbp
## W = 0.91819, p-value < 2.2e-16

Interpretacion: La hipotesis nula es que la presión arterial sistólica tiene una distribucion normal, como P es menor a 0.05 se concluye que los datos de la presión arterial sistólica no tienen una distribucion normal

Primer cuartil, mediana y tercer cuartil de Presión arterial sistólica

Evans %>% 
  group_by(chd) %>% 
  summarise(
    p25 = quantile(sbp, probs = 0.25, na.rm=T),
    p50 = quantile(sbp, probs = 0.5, na.rm=T),
    p75 = quantile(sbp, probs = 0.75, na.rm=T)
        )
## # A tibble: 2 × 4
##   chd     p25   p50   p75
##   <chr> <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 n      124    140   158
## 2 y      136.   152   164

Interpretacion: el 25% de los pacientes que no se infartan tienen una presion arterial sistolica de 124 o menos, el 50% de los pacientes que no se infartan tienen una presion arterial sistolica de 140 o menos, el 75% de los pacientes que no se infartan tienen una presion arterial sistolica de 158 o menos. El 25% de los pacientes que presentan un infarto, tienen una presion arterial sistolica de 135.5 o menos, el 50% de los pacientes que presentan un infarto, tienen una presion arterial sistolica de 152 o menos, el 75% de los pacientes que presentan un infarto, tienen una presion arterial sistolica de 164 o menos.

Ho: la presión arterial sistólica no está asociada a IAM

wilcox.test(sbp ~ chd, data = Evans)
## 
##  Wilcoxon rank sum test with continuity correction
## 
## data:  sbp by chd
## W = 14260, p-value = 0.0005143
## alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

Interpretacion: La hipotesis nula es que la presión arterial sistólica no esta asociada al Infarto Agudo de Miocardio, como P es menor a 0.05 se concluye que la presión arterial sistólica si esta asociada al Infarto Agudo de Miocardio

Primer cuartil, mediana y tercer cuartil de Presión arterial diastólica

Evans %>% 
  group_by(chd) %>% 
  summarise(
    p25 = quantile(dbp, probs = 0.25, na.rm=T),
    p50 = quantile(dbp, probs = 0.5, na.rm=T),
    p75 = quantile(dbp, probs = 0.75, na.rm=T)
        )
## # A tibble: 2 × 4
##   chd     p25   p50   p75
##   <chr> <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 n        80    90   98 
## 2 y        85    94  104.

Interpretacion: el 25% de los pacientes que no se infartan tienen una presion arterial diastolica de 80 o menos, el 50% de los pacientes que no se infartan tienen una presion arterial diastolica de 90 o menos, el 75% de los pacientes que no se infartan tienen una presion arterial diastolica de 98 o menos. El 25% de los pacientes que presentan un infarto, tienen una presion arterial diastolica de 85 o menos, el 50% de los pacientes que presentan un infarto, tienen una presion arterial diastolica de 94 o menos, el 75% de los pacientes que presentan un infarto, tienen una presion arterial diastolica de 104.5 o menos.

Ho: la presión arterial diastólica no está asociada a IAM

wilcox.test(dbp ~ chd, data = Evans)
## 
##  Wilcoxon rank sum test with continuity correction
## 
## data:  dbp by chd
## W = 15172, p-value = 0.004786
## alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

Interpretacion: La hipotesis nula es que la presión arterial diastólica no esta asociada al Infarto Agudo de Miocardio, como P es menor a 0.05 se concluye que la presión arterial diastólica si esta asociada al Infarto Agudo de Miocardio

La edad tiene una distribución normal

shapiro.test(Evans$chl)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  Evans$chl
## W = 0.98575, p-value = 1.153e-05

Interpretacion: La hipotesis nula es que la edad tiene una distribucion normal, como P es menor a 0.05 se concluye que los datos de la edad no tienen una distribucion normal

kruskal.test(age ~chd, Evans)
## 
##  Kruskal-Wallis rank sum test
## 
## data:  age by chd
## Kruskal-Wallis chi-squared = 10.096, df = 1, p-value = 0.001486
kruskal.test(sbp ~chd, Evans)
## 
##  Kruskal-Wallis rank sum test
## 
## data:  sbp by chd
## Kruskal-Wallis chi-squared = 12.065, df = 1, p-value = 0.0005136
kruskal.test(dbp ~chd, Evans)
## 
##  Kruskal-Wallis rank sum test
## 
## data:  dbp by chd
## Kruskal-Wallis chi-squared = 7.9606, df = 1, p-value = 0.004781
kruskal.test(chl ~chd, Evans) 
## 
##  Kruskal-Wallis rank sum test
## 
## data:  chl by chd
## Kruskal-Wallis chi-squared = 5.4504, df = 1, p-value = 0.01956

Ho Exposición no está asociada al desenlace

fisher.test(Evans$cat, Evans$chd)
## 
##  Fisher's Exact Test for Count Data
## 
## data:  Evans$cat and Evans$chd
## p-value = 0.0002049
## alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
## 95 percent confidence interval:
##  1.614783 4.985252
## sample estimates:
## odds ratio 
##    2.85516
chisq.test(Evans$smk, Evans$chd)
## 
##  Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction
## 
## data:  Evans$smk and Evans$chd
## X-squared = 4.8353, df = 1, p-value = 0.02788
fisher.test(Evans$ecg, Evans$chd)
## 
##  Fisher's Exact Test for Count Data
## 
## data:  Evans$ecg and Evans$chd
## p-value = 0.01012
## alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
## 95 percent confidence interval:
##  1.164222 3.463796
## sample estimates:
## odds ratio 
##   2.018467
chisq.test(Evans$sescat3, Evans$chd)
## 
##  Pearson's Chi-squared test
## 
## data:  Evans$sescat3 and Evans$chd
## X-squared = 1.7422, df = 2, p-value = 0.4185

Ho: las catecolaminas altas no están asociadas al IAM

infarto = cs(Evans$chd, Evans$cat)
## 
##           Exposure
## Outcome    Non-exposed Exposed Total
##   Negative 443         95      538  
##   Positive 44          27      71   
##   Total    487         122     609  
##                                     
##            Rne         Re      Rt   
##   Risk     0.09        0.22    0.12 
## 
##                                          Estimate Lower95ci Upper95ci
##  Risk difference (attributable risk)     0.13     0.06      0.19     
##  Risk ratio                              2.45     1.56      3.86     
##  Attr. frac. exp. -- (Re-Rne)/Re         0.59                        
##  Attr. frac. pop. -- (Rt-Rne)/Rt*100 %   22.5                        
##  Number needed to harm (NNH)             7.64     5.37      17.21    
##    or 1/(risk difference)
print(infarto)
## NULL

Interpretacion: La hipotesis nula es que las catecolaminas altas no están asociadas al IAM, como P es menor a 0.05 se concluye que las catecolaminas altas si están asociadas al Infarto Agudo de Miocardio. 443 personas que presentaban niveles de catecolaminas normales no presentaron IAM, 95 personas que tenian las catecolaminas altas no presentaron un IAM, 44 personas tenian las catecolaminas normales pero se infartaron y 27 personas que tenian las catecolaminas altas se infartaron. El riesgo de los no expuestos es del 9%, y el riesgo de los expuestos era del 22%. El 13% de los infartados se atribuye a catecolaminas altas, y la eficacia potencial de las intervenciones individuales fueron de 0.59 con la intervencion del riesgo. El RR fue de 2.45

Ho: El consumo de tabaco o cigarrillo no está asociado al IAM

infarto2 = cs(Evans$chd, Evans$smk)
## 
##           Exposure
## Outcome    Non-exposed Exposed Total
##   Negative 205         333     538  
##   Positive 17          54      71   
##   Total    222         387     609  
##                                     
##            Rne         Re      Rt   
##   Risk     0.08        0.14    0.12 
## 
##                                          Estimate Lower95ci Upper95ci
##  Risk difference (attributable risk)     0.06     0.01      0.12     
##  Risk ratio                              1.82     1.07      3.1      
##  Attr. frac. exp. -- (Re-Rne)/Re         0.45                        
##  Attr. frac. pop. -- (Rt-Rne)/Rt*100 %   34.32                       
##  Number needed to harm (NNH)             15.88    8.38      77.77    
##    or 1/(risk difference)
print(infarto2)
## NULL

Interpretacion: La hipotesis nula es que el consumo de tabaco o cigarrillo no esta asociado al IAM, como P es menor a 0.05 se concluye que el consumo de tabaco o cigarrillo esta asociado al Infarto Agudo de Miocardio. 205 personas que no consumian cigarrillos o tabaco no presentaron IAM, 333 personas que consumian cigarrillos o tabaco no presentaron un IAM, 17 personas que no consumian cigarrillos o tabaco se infartaron y 54 personas que consumian cigarrillos o tabaco si se infartaron. El riesgo de los no expuestos es del 8%, y el riesgo de los expuestos era del 14%. El 6% de los infartados se atribuye al consumo de cigarrillos o tabaco, y la eficacia potencial de las intervenciones individuales fueron de 0.45 con la intervencion del riesgom, el riesgo poblacional puede reducirse en un 34% si se elimina por completo el consumo de cigarrillo o tabaco. El RR fue de 1.82

Ho: El electrocardiograma alterado no está asociado al IAM

infarto3 = cs(Evans$chd, Evans$ecg)
## 
##           Exposure
## Outcome    Non-exposed Exposed Total
##   Negative 401         137     538  
##   Positive 42          29      71   
##   Total    443         166     609  
##                                     
##            Rne         Re      Rt   
##   Risk     0.09        0.17    0.12 
## 
##                                          Estimate Lower95ci Upper95ci
##  Risk difference (attributable risk)     0.08     0.02      0.13     
##  Risk ratio                              1.84     1.16      2.92     
##  Attr. frac. exp. -- (Re-Rne)/Re         0.46                        
##  Attr. frac. pop. -- (Rt-Rne)/Rt*100 %   18.68                       
##  Number needed to harm (NNH)             12.52    7.56      59.83    
##    or 1/(risk difference)
print(infarto3)
## NULL

Interpretacion: La hipotesis nula es que el electrocardiograma alterado no esta asociado al IAM, como P es menor a 0.05 se concluye que el electrocardiograma alterado si esta asociado al Infarto Agudo de Miocardio. 401 personas que no tenian un electrocardiograma alterado no presentaron IAM,137 personas que tenian un electrocardiograma alterado no presentaron un IAM, 42 personas que no tenian un electrocardiograma alterado se infartaron y 29 personas con un electrocardiograma alterado si se infartaron. El riesgo de los no expuestos es del 9%, y el riesgo de los expuestos era del 17%. El 8% de los infartados se atribuye a alteraciones en el electrocardiograma. El RR fue de 1.84

Ho: La presión aerterial sistólica no está asociada al IAM

wilcox.test(sbp ~ chd, data = Evans)
## 
##  Wilcoxon rank sum test with continuity correction
## 
## data:  sbp by chd
## W = 14260, p-value = 0.0005143
## alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

Interpretacion: La hipotesis nula es que la presión arterial sistólica no esta asociada al Infarto Agudo de Miocardio, como P es menor a 0.05 se concluye que la presión arterial sistólica si esta asociada al Infarto Agudo de Miocardio

`

Ho: La presión arterial diastólica no está asociada al IAM

wilcox.test(dbp ~ chd, data = Evans)
## 
##  Wilcoxon rank sum test with continuity correction
## 
## data:  dbp by chd
## W = 15172, p-value = 0.004786
## alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

Interpretacion: La hipotesis nula es que la presión arterial diastólica no esta asociada al Infarto Agudo de Miocardio, como P es menor a 0.05 se concluye que la presión arterial diastólica si esta asociada al Infarto Agudo de Miocardio

Ho: El infarto es independiente del consumo de cigarrillo cuando ajusto por electrocardiograma anormal

infarto2 = mhor(Evans$chd, Evans$smk, Evans$ecg)
## 
## Stratified analysis by  Var3 
##                OR lower lim. upper lim. P value
## Var3 0       3.65      1.478      10.86 0.00203
## Var3 1       1.03      0.423       2.62 1.00000
## M-H combined 2.02      1.133       3.62 0.01595
## 
## M-H Chi2(1) = 5.81 , P value = 0.016 
## Homogeneity test, chi-squared 1 d.f. = 4.26 , P value = 0.039

## Ho: El infarto es independiente del nivel de catecolaminas cuando ajusto por electrocardiograma anormal

infarto3 = mhor(Evans$chd, Evans$cat, Evans$ecg)
## 
## Stratified analysis by  Var3 
##                OR lower lim. upper lim. P value
## Var3 0       3.06      1.242       7.04 0.00749
## Var3 1       1.92      0.795       4.78 0.14999
## M-H combined 2.38      1.333       4.23 0.00228
## 
## M-H Chi2(1) = 9.31 , P value = 0.002 
## Homogeneity test, chi-squared 1 d.f. = 0.66 , P value = 0.416

Ho: El infarto es independiente del nivel de catecolaminas cuando ajusto por la condición social

infarto4 = mhor(Evans$chd, Evans$cat, Evans$sescat3)
## 
## Stratified analysis by  Var3 
##                OR lower lim. upper lim.  P value
## Var3 1       9.32      3.531      25.11 1.41e-06
## Var3 2       1.17      0.421       2.95 8.19e-01
## Var3 3       2.29      0.557       8.33 1.72e-01
## M-H combined 2.74      1.632       4.61 5.70e-05
## 
## M-H Chi2(1) = 16.2 , P value = 0 
## Homogeneity test, chi-squared 2 d.f. = 11.1 , P value = 0.004

cc(Evans$chd, Evans$smk)

## 
##          Evans$smk
## Evans$chd   0   1 Total
##     n     205 333   538
##     y      17  54    71
##     Total 222 387   609
## 
## OR =  1.96 
## 95% CI =  1.1, 3.47  
## Chi-squared = 5.43, 1 d.f., P value = 0.02
## Fisher's exact test (2-sided) P value = 0.025
cc(Evans$chd, Evans$ecg)

## 
##          Evans$ecg
## Evans$chd   0   1 Total
##     n     401 137   538
##     y      42  29    71
##     Total 443 166   609
## 
## OR =  2.02 
## 95% CI =  1.21, 3.37  
## Chi-squared = 7.48, 1 d.f., P value = 0.006
## Fisher's exact test (2-sided) P value = 0.01