LRR des poissons d’eau douce de BFC

22_pre_traitements_graphiques_evolutions

1 Chargement des packages, des fonctions et des données

library(tidyverse)
library(wesanderson) # Palette de couleur
library(aspe) # Traitement de la base aspe
library(gratia)
library(patchwork)
library(ggh4x)

load(file = "../processed_data/selection_especes.rda")
load(file = "../processed_data/selection_pop_ope.rda")
load(file = "../processed_data/donnees_densite_eff_abs.rda")
load(file = "../processed_data/selection_pop_ope_carte.rda")
load(file = "../processed_data/pre_traitements_donnees_especes.rda")

rdata_tables <- misc_nom_dernier_fichier(
  repertoire = "../../../../Liste_rouge_BFC/raw_data",
  pattern = "^tables")
load(rdata_tables) # Chargement des données 

2 Preparation du df pour realisation des graphiques

2.1 Df traité avec les classes d’ages et ajout des absences

# Ajout du protocole, de la surface d'opération et de la date
ope_effectif_glm <- ope_effectif_absences %>%
  mef_ajouter_type_protocole() %>%
  mef_ajouter_surf_calc() %>%
  mef_ajouter_ope_date() %>%
  select(ope_id,
         stade,
         ope_surface_calculee,
         esp_code_alternatif,
         indicateur,
         valeur,
         ope_date,
         pro_libelle,
         annee)

ope_effectif_glm <- ope_effectif_glm %>% #Ajout des pop_id dans le dataframe
  left_join(y=operation %>%
              select(ope_id,
                     pop_id= ope_pop_id)) %>%
  mutate(pop_id = as.factor(pop_id))

ope_effectif_glm <- ope_effectif_glm %>% # Ajout de la date de pêche codée de 1 à 365
  mutate(julian = lubridate::yday(ope_date)) %>%
  ungroup() %>%
  rename(espece = esp_code_alternatif) %>% 
  mutate(stade = as.factor(stade))

# Creation du df par especes avec effectif total
total_valeur_esp_abs <- ope_effectif_glm %>%
  group_by(annee, espece, indicateur) %>%
  summarise(effectif_total = sum(valeur), .groups = "drop") %>%
  select(espece, annee, effectif_total, indicateur)

2.2 Df avec les effectif des espèces, non traité par classes d’ages

# preparer la table pour jointure
ope_selection <- ope_selection %>%
  dplyr::select(ope_id, pop_id, sta_id)

esp_ope_selection_graph <- esp_ope_selection %>%
  mef_ajouter_type_protocole() %>%
  left_join(ope_selection, by = "ope_id") %>%
  rename(valeur = lop_effectif, annee = annee.x) %>%
  mutate(
    valeur = as.numeric(valeur) ,
    annee = as.numeric(annee),
    ope_surface_calculee = as.numeric(ope_surface_calculee) ,
    pro_libelle = as.factor(pro_libelle),
    pop_id = as.factor(pop_id),
    sta_id = as.factor(sta_id),
    indicateur = "effectif_total"
  ) %>%
  select(
    ope_id,
    valeur,
    esp_code_alternatif,
    annee,
    ope_surface_calculee,
    pro_libelle,
    pop_id,
    sta_id,
    indicateur
  )

# Creation du df par especes avec effectif total
total_valeur_esp <- esp_ope_selection_graph %>%
  group_by(annee, esp_code_alternatif, indicateur) %>%
  summarise(effectif_total = sum(valeur), .groups = "drop") %>%
  select(esp_code_alternatif, annee, effectif_total, indicateur)

3 Graphique evolution des effectifs totaux

3.1 Df traité avec les classes d’ages et ajout des absences

effectif_total_esp_abs <- ggplot(total_valeur_esp_abs, aes(x = annee, y = effectif_total)) +
  facet_wrap2(
    espece ~ indicateur,
    ncol = 3,
    scales = "free_y",
    axes = "all",
    trim_blank = T
  ) +
  geom_point(shape = 21, size = 2) +
  geom_line(linetype = 3, linewidth = 0.5) +
  labs(x = "Années", y = "Effectif total") +
  geom_smooth(method = "lm", color = "darkred") +
  # geom_smooth(method = "loess",
  #             se = F,
  #             color = "darkred") +  # Add loess trend lines
  theme(
    strip.background = element_rect(color = "grey85", fill = "grey85"),
    legend.position = "bottom",
    panel.background = element_rect(fill = "grey95"),
    panel.grid.major = element_line(color = "#faffff", size = 0.1),
    panel.grid.minor = element_line(color = "#faffff")
  )

effectif_total_esp_abs

effectif_total_esp_abs <- ggplot(total_valeur_esp_abs, aes(x = annee, y = effectif_total)) +
  facet_wrap2(
    espece ~ indicateur,
    ncol = 3,
    scales = "free_y",
    axes = "all",
    trim_blank = T
  ) +
  geom_point(shape = 21, size = 2) +
  geom_line(linetype = 3, linewidth = 0.5) +
  labs(x = "Années", y = "Effectif total") +
  # geom_smooth(method = "lm", color = "darkred") +
  geom_smooth(method = "loess",
              se = F,
              color = "darkred") +  # Add loess trend lines
  theme(
    strip.background = element_rect(color = "grey85", fill = "grey85"),
    legend.position = "bottom",
    panel.background = element_rect(fill = "grey95"),
    panel.grid.major = element_line(color = "#faffff", size = 0.1),
    panel.grid.minor = element_line(color = "#faffff")
  )

effectif_total_esp_abs

## Df avec les effectif des espèces, non traité par classes d’ages

# Creation du graph
effectif_total_esp <- ggplot(total_valeur_esp, aes(x = annee, y = effectif_total)) +
  facet_wrap2(
    esp_code_alternatif ~ indicateur,
    ncol = 3,
    scales = "free_y",
    axes = "all",
    trim_blank = T
  ) +
  geom_point(shape = 21, size = 2) +
  geom_line(linetype = 3, linewidth = 0.5) +
  labs(x = "Années", y = "Effectif total") +
  # geom_smooth(method = "loess",
  #             se = F,
  #             color = "darkred") +  # Add loess trend lines
  geom_smooth(method = "lm", color = "darkred") +
  theme(
    strip.background = element_rect(color = "grey85", fill = "grey85"),
    legend.position = "bottom",
    panel.background = element_rect(fill = "grey95"),
    panel.grid.major = element_line(color = "#faffff", size = 0.1),
    panel.grid.minor = element_line(color = "#faffff")
  )

effectif_total_esp

# Creation du graph
effectif_total_esp <- ggplot(total_valeur_esp, aes(x = annee, y = effectif_total)) +
  facet_wrap2(
    esp_code_alternatif ~ indicateur,
    ncol = 3,
    scales = "free_y",
    axes = "all",
    trim_blank = T
  ) +
  geom_point(shape = 21, size = 2) +
  geom_line(linetype = 3, linewidth = 0.5) +
  labs(x = "Années", y = "Effectif total") +
  geom_smooth(method = "loess",
              se = F,
              color = "darkred") +  # Add loess trend lines
  # geom_smooth(method = "lm", color = "darkred") +
  theme(
    strip.background = element_rect(color = "grey85", fill = "grey85"),
    legend.position = "bottom",
    panel.background = element_rect(fill = "grey95"),
    panel.grid.major = element_line(color = "#faffff", size = 0.1),
    panel.grid.minor = element_line(color = "#faffff")
  )

effectif_total_esp