Resumo
O objetivo do documento é comparar a riqueza e composição de compostos químicos em estractos de insetos voadores noturnos de fazendas com manejo orgânico e manejo convencional.
Dados
A planilha de dados tem nas linhas as amostras de extratos para cada fazenda, e nas colunas o nome do compostos. É uma matriz de presença e ausência. Também, contempla nas primeiras colunas o nome do ponto de amostragem, o tipo de agricultura e a temporada em que foram coletados os insetos
Riqueza de compostos
Encontramos que a riqueza de compostos agrotôxicos foi maior nas fazendas com manejo orgânico que em fazendas com manejo convencional.
Tabla 1. Riqueza de agrotôxicos em fazendas de agricultura familiar com manejo orgânico e manejo convencional
| Conventional |
22.66667 |
7.615773 |
18 |
| Organic |
24.15000 |
7.478214 |
20 |
[1] "Modelo sobredisperso (2.49 > 1.5). Usarei negativo binomial"
Call:
glm(formula = riqueza ~ Agriculture, family = poisson(link = "log"),
data = dados2)
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 3.06683 0.04951 61.948 <2e-16 ***
AgricultureOrganic 0.11746 0.06724 1.747 0.0807 .
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
(Dispersion parameter for poisson family taken to be 1)
Null deviance: 162.57 on 38 degrees of freedom
Residual deviance: 159.51 on 37 degrees of freedom
AIC: 349.83
Number of Fisher Scoring iterations: 4
Call:
glm.nb(formula = riqueza ~ Agriculture, data = dados2, init.theta = 5.710848704,
link = log)
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 3.0668 0.1080 28.393 <2e-16 ***
AgricultureOrganic 0.1175 0.1500 0.783 0.434
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
(Dispersion parameter for Negative Binomial(5.7108) family taken to be 1)
Null deviance: 48.800 on 38 degrees of freedom
Residual deviance: 48.187 on 37 degrees of freedom
AIC: 301.42
Number of Fisher Scoring iterations: 1
Theta: 5.71
Std. Err.: 1.86
2 x log-likelihood: -295.417
# R2 for Generalized Linear Regression
Nagelkerke's R2: 0.077
# R2 for Generalized Linear Regression
Nagelkerke's R2: 0.022
Os modelos indicam que não há diferença na riqueza de agrotôxicos entre o manejo orgânico ou manejo convencional.
| Modelo |
AIC |
Beta |
Z |
p |
R^2 |
| Poisson |
351.8 |
0.11746 |
1.747 |
0.0807 |
0.077 |
| Binomial Negativa |
303.4 |
0.1175 |
0.783 |
0.434 |
0.022 |
Beta diversidade
Para entender se há uma troca de agrotôxicos entre manejo orgânico e convencional, calculamos a betadiversidade de compostos. Encontramos que não há diferença na composição de agrotôxicos entre fazendas com manejo convencional vs manejo orgânico.
Permutation test for adonis under reduced model
Blocks: strata
Permutation: free
Number of permutations: 999
adonis2(formula = dist_jac ~ Agriculture, data = dados2, permutations = 999, strata = dados2$Temporada)
Df SumOfSqs R2 F Pr(>F)
Model 1 0.1304 0.03112 1.1565 0.299
Residual 36 4.0576 0.96888
Total 37 4.1880 1.00000
Analysis of Variance Table
Response: Distances
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
Groups 1 0.00117 0.001170 0.0291 0.8654
Residuals 36 1.44599 0.040166
Permutation test for homogeneity of multivariate dispersions
Permutation: free
Number of permutations: 999
Response: Distances
Df Sum Sq Mean Sq F N.Perm Pr(>F)
Groups 1 0.00117 0.001170 0.0291 999 0.887
Residuals 36 1.44599 0.040166
Ordenação para visualizar a composição dos agrotôxicos nas fazendas, categorizadas pelo tipo de manejo. A variânza explicada pelo PCoA1 foi de 49.1%, enquanto que a variânza explicada pelo PCoA2 foi de 13.2%.
Tentei fazer um heatmap, que usa uma análise de agrupação para entender se há um padrão das semelhanças nos agrotôxicos entre o tipo de manejo. Esperariamos que fazendas com manejo convencional sejam mais próximas e se agrupem, assim como fazendas com manejo orgânico sejam mais próximas e se agrupem. Não Consegui porque pheatmap() não usa distâncias de Jacard, apenas distâncias euclideanas. Fiz com essa última mas não está certo.
