2. Introdução

A análise de dados é compreender a estrutura de um conjunto de dados, identificar padrões e apoiar a formulação de hipóteses. No contexto da produção animal e dos estudos de fermentação ruminal, técnicas experimentais podem ser utilizadas para avaliar parâmetros como produção de metano (CH4), degradabilidade da matéria orgânica (DMO) e concentração de metabólitos da fermentação.

Contexto do banco de dados

O banco de dados utilizado neste trabalho contém informações de diferentes técnicas experimentais (in vitro, in vivo e Rumiflow), bem como diferentes tratamentos aplicados durante o experimento. Entre as variáveis analisadas estão a produção de CH4, a degradabilidade da matéria orgânica (DMO), a concentração de amônia (NH3) e os ácidos graxos de cadeia curta (AGCC).

Objetivo da tarefa

O objetivo deste relatório é realizar uma análise do conjunto de dados utilizando a linguagem R e os pacotes do tidyverse, especialmente o pacote dplyr para manipulação de dados e ggplot2 para visualização gráfica. A partir dessa análise, busca-se responder perguntas de pesquisa relacionadas às diferenças entre técnicas experimentais e ao efeito dos tratamentos sobre a produção de CH4.

3. Carregar a base de dados

library(readr)
library(dplyr)

# 3. Carregar a base de dados
dados <- read_csv2("dados.csv")
# 3. Visualizar primeiras linhas
knitr::kable(head(dados))
Tecnica Periodo Tratamento DMO CH4 N-NH3 AGCC
in vitro 1 1 62667 557 5453 23681
in vitro 1 2 54369 262 6622 25165
in vitro 1 3 57008 454 566 25191
in vitro 2 1 52435 306 4963 26562
in vitro 2 2 54506 355 5943 27578
in vitro 2 3 5243 362 4606 23486
# Estrutura das variáveis
glimpse(dados)
## Rows: 54
## Columns: 7
## $ Tecnica    <chr> "in vitro", "in vitro", "in vitro", "in vitro", "in vitro",…
## $ Periodo    <dbl> 1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 6, 6, 6, 1, 1,…
## $ Tratamento <dbl> 1, 2, 3, 1, 2, 3, 1, 2, 3, 1, 2, 3, 1, 2, 3, 1, 2, 3, 1, 2,…
## $ DMO        <dbl> 62667, 54369, 57008, 52435, 54506, 5243, 50273, 4847, 5454,…
## $ CH4        <dbl> 557, 262, 454, 306, 355, 362, 385, 347, 375, 417, 228, 24, …
## $ `N-NH3`    <dbl> 5453, 6622, 566, 4963, 5943, 4606, 5334, 5653, 4998, 6132, …
## $ AGCC       <dbl> 23681, 25165, 25191, 26562, 27578, 23486, 24459, 23515, 238…
# Número de linhas e colunas
dim(dados)
## [1] 54  7
summary(dados)
##    Tecnica             Periodo      Tratamento      DMO             CH4        
##  Length:54          Min.   :1.0   Min.   :1    Min.   : 4847   Min.   :  10.0  
##  Class :character   1st Qu.:2.0   1st Qu.:1    1st Qu.:54403   1st Qu.: 356.8  
##  Mode  :character   Median :3.5   Median :2    Median :61547   Median : 695.0  
##                     Mean   :3.5   Mean   :2    Mean   :55654   Mean   : 802.3  
##                     3rd Qu.:5.0   3rd Qu.:3    3rd Qu.:68453   3rd Qu.:1105.5  
##                     Max.   :6.0   Max.   :3    Max.   :74516   Max.   :2403.0  
##      N-NH3           AGCC      
##  Min.   : 252   Min.   : 1237  
##  1st Qu.:2370   1st Qu.:14899  
##  Median :4913   Median :17436  
##  Mean   :3983   Mean   :17952  
##  3rd Qu.:5508   3rd Qu.:23515  
##  Max.   :6622   Max.   :27578

3. Classificação de cada variável

Técnica: variável qualitativa nominal

Período: variável numérica discreta

Tratamento: variável qualitativa nominal

DMO(degradabilidade da matéria orgânica): variável numérica contínua

CH4(Produção de Metano): variável numérica contínua

NH3(N-Amoniacal): variável numérica contínua

AGCC(Acidos Graxos de Cadeia Curta): variável numérica contínua

4. Perguntas de pesquisa

Com base no conjunto de dados analisado, foram formuladas as seguintes perguntas:

Pergunta 1. A produção média de CH4 difere entre as técnicas utilizadas no experimento?

library(readr)
library(dplyr)
library(ggplot2)
dados %>%
  group_by(Tecnica) %>%
  summarise(
    media_CH4 = mean(CH4, na.rm = TRUE),
    desvio_padrao_CH4 = sd(CH4, na.rm = TRUE),
    n = n()
  )
## # A tibble: 3 × 4
##   Tecnica  media_CH4 desvio_padrao_CH4     n
##   <chr>        <dbl>             <dbl> <int>
## 1 in vitro      340.              141.    18
## 2 in vivo      1383.              670.    18
## 3 rumiflow      684.              324.    18
dados <- dados %>%
  mutate(
    Tecnica = as.factor(Tecnica),
    Tratamento = as.factor(Tratamento)
  )

ggplot(dados, aes(x = Tecnica, y = CH4, fill = Tecnica)) +
  geom_boxplot() +
  labs(
    title = "Produção de CH4 por técnica",
    x = "Técnica",
    y = "Produção de CH4"
  ) +
  theme_minimal()+
  theme(legend.position = "none")

Para avaliar diferenças na produção de CH4 entre os tratamentos, foram calculadas as médias e desvios-padrão utilizando as funções group_by() e summarise() do pacote dplyr.

Resposta a pergunta 1 de pesquisa: A produção média de CH4 difere entre as técnicas utilizadas no experimento?
A análise descritiva mostrou diferenças na produção média de CH4 entre as técnicas avaliadas. Observou-se que a técnica in vivo apresentou valores médios mais elevados de produção de CH4 em comparação com as técnicas in vitro e Rumiflow, indicando que o método experimental pode influenciar a estimativa da produção de metano.

Pergunta 2. A degradabilidade da matéria orgânica (DMO) apresenta diferenças entre as técnicas avaliadas?

library(readr)
library(dplyr)
library(ggplot2)

# Carregar os dados
dados <- read_csv2("dados.csv")
## ℹ Using "','" as decimal and "'.'" as grouping mark. Use `read_delim()` for more control.
## Rows: 54 Columns: 7
## ── Column specification ────────────────────────────────────────────────────────
## Delimiter: ";"
## chr (1): Tecnica
## dbl (2): Periodo, Tratamento
## num (4): DMO, CH4, N-NH3, AGCC
## 
## ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.
# Estatísticas por técnica
dados %>%
  group_by(Tecnica) %>%
  summarise(
    media_DMO = mean(DMO, na.rm = TRUE),
    desvio_padrao_DMO = sd(DMO, na.rm = TRUE),
    n = n()
  )
## # A tibble: 3 × 4
##   Tecnica  media_DMO desvio_padrao_DMO     n
##   <chr>        <dbl>             <dbl> <int>
## 1 in vitro    40486.            22918.    18
## 2 in vivo     66439.            15592.    18
## 3 rumiflow    60037              5166.    18
# Gráfico
ggplot(dados, aes(x = Tecnica, y = DMO, fill = Tecnica)) +
  geom_boxplot() +
  labs(
    title = "Degradabilidade da matéria orgânica (DMO) por técnica",
    x = "Técnica",
    y = "DMO"
  ) +
  theme_minimal() +
  theme(legend.position = "none")


Resposta 2 : A degradabilidade da matéria orgânica (DMO) apresenta diferenças entre as técnicas avaliadas?
A comparação da DMO entre as técnicas indicou variações nos valores observados. As diferenças sugerem que a técnica utilizada pode afetar a estimativa da degradabilidade da matéria orgânica, possivelmente devido às condições experimentais específicas de cada método.

Pergunta 3. O efeito do tratamento sobre a produção de CH4 é diferente entre as técnicas?

Os tratamentos avaliados no experimento diferiram na composição da dieta fornecida aos animais, especialmente na substituição do feno de Tifton por Tithonia diversifolia. Foram considerados três tratamentos experimentais:

T1: dieta composta por 70% de concentrado e 30% de feno de Tifton. T2: inclusão de 15% de Tithonia diversifolia em substituição parcial ao feno de Tifton. T3: inclusão de 45% de Tithonia diversifolia em substituição ao feno de Tifton.

library(readr)
library(dplyr)
library(ggplot2)

dados <- dados %>%
  mutate(
    Tecnica = as.factor(Tecnica),
    Tratamento = as.factor(Tratamento)
  )

ggplot(dados, aes(x = Tratamento, y = CH4, fill = Tecnica)) +
  geom_boxplot() +
  labs(
    title = "Produção de CH4 por tratamento e técnica",
    x = "Tratamento",
    y = "Produção de CH4",
    fill = "Técnica"
  ) +
  theme_minimal()

Respostas às perguntas de pesquisa

Resposta 3: O efeito do tratamento sobre a produção de CH4 é diferente entre as técnicas?
A análise mostrou que a produção de CH4 varia entre os tratamentos e que esse efeito pode se comportar de forma diferente dependendo da técnica utilizada. A visualização gráfica sugere que a resposta dos tratamentos não é idêntica entre as técnicas, indicando possível interação entre técnica e tratamento na produção de CH4.

5. Conclusão

A análise descritiva dos dados permitiu observar variações nos parâmetros de fermentação ruminal entre as técnicas experimentais avaliadas. Observou-se que a produção média de CH4 apresentou variações entre as técnicas, indicando que diferentes métodos experimentais podem influenciar a estimativa da produção de metano.