1. Introduction

Le package valorisationPoissons fournit un ensemble de fonctions permettant :

  • d’extraire et structurer les données issues de la base nationale ASPE,
  • de produire des visualisations standardisées pour l’analyse piscicole,
  • d’assembler automatiquement des planches thématiques (IPR, habitats, opérations, etc.).

Les illustrations présentées dans ce document ont été générées à partir de données ASPE réelles, via les fonctions du package, puis enregistrées sous forme d’images afin de produire cette version entièrement hors‑ligne de la vignette.

2. Planche IPR — Synthèse des dernières opérations

Fonction clé :
make_ipr_planche()
→ assemble :
- histogramme IPR,
- histogramme des effectifs,
- métriques IPR observé vs modélisé.

show_img("planche_ipr.png")

3. Planche Habitats

Fonction :
make_habitats_peche_planche()
→ inclut :
- heatmap des caractéristiques station (présence, abondance, hydrologie),
- faciès,
- profondeur,
- surface pêchée.

show_img("planche_habitats.png")

# 4. Planche Opérations

Fonction :
make_operations_peche_planche()
→ visualise :
- commanditaires / opérateurs,
- protocoles & prospection,
- matériels (anodes & épuisettes),
- conditions de pêche.

show_img("planche_operations.png")

5. Heatmap Faunistique (néotaxons IPR)

Fonction :
plot_faune_heatmap()
→ regroupe les taxons selon les règles IPR,
→ dédoublonnage par code lot,
→ affichage en log10 avec effectifs en clair.

show_img("heatmap_faune.png")

6. Heatmap Habitats détaillée

Fonction :
plot_habitat_heatmap()
→ présence (presence_*),
→ abondance (abondance_*),
→ hydrologie (libelle_conditions_hydrologiques, etc.)

show_img("heatmap_habitat.png")

7. Conditions environnementales — Histogrammes

Fonctions dédiées :
- plot_profondeur_histogram()
- plot_surface_pechee_histogram()
- plot_longueur_pechee_histogram()
- plot_largeur_lame_eau_pechee_histogram()
- plot_conductivite_pechee_histogram()
- plot_temperature_instantanee_pechee_histogram()
- plot_puissance_pechee_histogram()

show_img(c(
  "hist_profondeur.png",
  "hist_surface.png",
  "hist_longueur.png",
  "hist_largeur.png",
  "hist_conductivite.png",
  "hist_temperature.png",
  "hist_puissance.png"
))

8. Faciès — Importance relative

Fonction : plot_facies_importance()

show_img("hist_facies_importance.png")

9. IPR 3×3 — Attendu vs Observé (par opération)

Fonction : ipr_heatmap_3x3()

show_img("ipr_3x3.png")

10. Planche multi‑opérations IPR

Fonction :
make_analyse_pop_IPR_planche()
→ assemble les matrices 3×3 des dernières opérations.

show_img("planche_ipr_multi.png")

11. Guildes écologiques — Espèces contributives IPR

Fonction :
graph_modalites_ipr()
→ répartition des taxons IPR dans les cinq guildes (réophile, lithophile, invertivore, omnivore, tolérant).

show_img("ipr_guildes.png")

12. Conclusion

Cette vignette illustre les principaux résultats obtenus grâce aux fonctions du package valorisationPoissons, appliquées aux données issues de la base nationale ASPE.
Les images permettent d’exposer de manière synthétique la richesse des sorties possibles :
IPR, habitats, faciès, opérations, conditions environnementales, faune, et guildes écologiques.