Chemicaldiversity

Resumo

O objetivo do documento é comparar a riqueza e composição de compostos químicos em estractos de insetos voadores noturnos de fazendas com manejo orgânico e manejo convencional.

Dados

A planilha de dados tem nas linhas as amostras de extratos para cada fazenda, e nas colunas o nome do compostos. É uma matriz de presença e ausência. Também, contempla nas primeiras colunas o nome do ponto de amostragem, o tipo de agricultura e a temporada em que foram coletados os insetos

Riqueza de compostos

Encontramos que a riqueza de compostos agrotôxicos foi maior nas fazendas com manejo orgânico que em fazendas com manejo convencional.

Tabla 1. Riqueza de agrotôxicos em fazendas de agricultura familiar com manejo orgânico e manejo convencional

Manejo	Media	Desvio Padrão	n
Convencional	22.66667	7.615773	18
Orgânico	24.15000	7.478214	20

boundary (singular) fit: see help('isSingular')

[1] "Modelo sobredisperso (2.49 > 1.5). Usarei negativo binomial"

boundary (singular) fit: see help('isSingular')

Os modelos indicam que não há diferença na riqueza de agrotôxicos entre o manejo orgânico ou manejo convencional.

Modelo	AIC	Beta	Z	p	R^2
Poisson	307.7	0.06339	0.943	0.346	0.0029
Binomial Negativa	282.9	0.06339	0.516	0.606	0.0009

Beta diversidade

Para entender se há uma troca de agrotôxicos entre manejo orgânico e convencional, calculamos a betadiversidade de compostos. Encontramos que não há diferença na composição de agrotôxicos entre fazendas com manejo convencional vs manejo orgânico.

Permutation test for adonis under reduced model
Terms added sequentially (first to last)
Blocks:  strata 
Permutation: free
Number of permutations: 999

adonis2(formula = dist_jac ~ Agricultura, data = dados2, permutations = 999, strata = dados2$Temporada)
            Df SumOfSqs      R2      F Pr(>F)
Agricultura  1   0.1304 0.03112 1.1565  0.298
Residual    36   4.0576 0.96888              
Total       37   4.1880 1.00000              

Analysis of Variance Table

Response: Distances
          Df  Sum Sq  Mean Sq F value Pr(>F)
Groups     1 0.00117 0.001170  0.0291 0.8654
Residuals 36 1.44599 0.040166               

Permutation test for homogeneity of multivariate dispersions
Permutation: free
Number of permutations: 999

Response: Distances
          Df  Sum Sq  Mean Sq      F N.Perm Pr(>F)
Groups     1 0.00117 0.001170 0.0291    999  0.867
Residuals 36 1.44599 0.040166                     

Ordenação para visualizar a composição dos agrotôxicos nas fazendas, categorizadas pelo tipo de manejo. A variânza explicada pelo PCoA1 foi de 49.1%, enquanto que a variânza explicada pelo PCoA2 foi de 13.2%.

Tentei fazer um heatmap, que usa uma análise de agrupação para entender se há um padrão das semelhanças nos agrotôxicos entre o tipo de manejo. Esperariamos que fazendas com manejo convencional sejam mais próximas e se agrupem, assim como fazendas com manejo orgânico sejam mais próximas e se agrupem. Não Consegui porque pheatmap() não usa distâncias de Jacard, apenas distâncias euclideanas. Fiz com essa última mas não está certo.