PREPARACIÓN DE ENTORNO PARA EPIDEMIOLOGIA

Estudiante: Jesús Angel Hernández Chávez

# se cargará el parquete epirhandbook
#     -> paquete que proporciona datos y ejemplos del Epidemiologist R Handbook

if (requireNamespace("epirhandbook", quietly = TRUE)) {
  library(epirhandbook)
} else {
  message(
    "El paquete 'epirhandbook' no está instalado.\n",
    "Si desea usar los datos del Epidemiologist R Handbook, ejecute en la consola:\n",
    "  install.packages('remotes')\n",
    "  remotes::install_github('appliedepi/epirhandbook')\n"
  )
}

# Paquetes de trabajo general
paquetes_basicos <- c("tidyverse", "ggplot2", "readxl", "dplyr")

instalar_si_falta <- function(pk) {
  if (!requireNamespace(pk, quietly = TRUE)) {
    install.packages(pk)
  }
  library(pk, character.only = TRUE)
}

invisible(lapply(paquetes_basicos, instalar_si_falta))

9.2 DESCARGAR DATOS DE EJEMPLO

# Ejecutar manualmente en una sesión interactiva de RStudio para descargar los datos:
# (creará una carpeta y descargará los archivos de ejemplo)

library(epirhandbook)
epirhandbook::get_data("all")
# Ejemplo: lectura desde Excel (ajustar ruta según la carpeta donde descargó los datos)
#en una carpeta "EPIDATA/linelist_cleaned.xlsx"

'/Volumes/JESUS SSD/EPIDATA/linelist_cleaned.xlsx'

[1] "/Volumes/JESUS SSD/EPIDATA/linelist_cleaned.xlsx"

CARGAR LA BASE LINELIST

library(readxl)

ruta_linelist <- "/Volumes/JESUS SSD/EPIDATA/linelist_cleaned.xlsx"

if (!file.exists(ruta_linelist)) {
  stop(
    paste0(
      "No se encontró el archivo", ruta_linelist, ".\n",
      "Verifique la ruta o descargue la base con epirhandbook::get_data('all')."
    )
  )
}

linelist <- readxl::read_excel(ruta_linelist)

# vistazo general de las primeras filas

head(linelist)

NA