Домашнее задание

Посмотрим численность зимующих особей рукокорылых в двух пещерах Свердловской области - Аракаевская пещера и Смолинская карстовая пещера. Обе пещеры являются Памятниками природы Свердловской области.

Загружаем и подготавливаем нужные нам данные и пакеты

library(tidyverse)
library(sf)
library(ggplot2)
library(plotly)
library(leaflet)
a <- readxl::read_excel("Chiroptera.xlsx") %>% 
    mutate(Ar_data = as.Date(Ar_data))
s <- readxl::read_excel("Chiroptera.xlsx") %>% 
    mutate(Sm_data = as.Date(Sm_data))
sv <- st_read("ДЗ10.gpkg", "SvlObl", quiet=TRUE)
cave <- st_read("ДЗ10.gpkg", "Caves", quiet=TRUE)

Расположение пещер, в которых проводился учет рукокрылых

Обычная карта

ggplot () + 
    geom_sf(data = sv, color = "black", 
            linewidth = 1
            ) + 
    geom_sf(data = cave, color = "red") + 
    scale_y_continuous(limits = c(56.00, 62.00)) + 
    scale_x_continuous(limits = c(57.00, 66.00)) + 
    theme_bw()

Интерактивная карта

cave <- mutate (cave, id = 1:2)

leaflet() %>%
  addTiles() %>%
  addMarkers(data = cave, label = ~id, popup = ~ Название)

Динамика относительной численности зимующей колонии

Графики, отображающие динамику относительной численности зимующей колонии рукокрылых Смолинской и Аракаевской пещер.

Аракаевская пещера

p <- ggplot(a, aes(x = Ar_data, y = Ar_qu)) +
    geom_smooth(color = "darkblue", linewidth = 1, method = "gam", se = FALSE) +
    geom_point(size=2) +
    labs (x="Год учета",
          y="Количество особей за один учет")+
    theme_bw() +
  scale_y_continuous(limits=c(0,300))+
    theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, size = 9, color="black")
          ,axis.text.y = element_text (size = 9.5, color="black"),
          panel.grid.minor = element_blank())
ggplotly(p)

Смолинская пещера

p <- ggplot(s, aes(x = Sm_data, y = Sm_qu)) +
  geom_line(color = "darkblue", linewidth = 1) +
  geom_point() +
  labs (x="Год учета",
        y="Количество особей за один учет")+
  theme_bw() +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, size = 8, color="black")
        ,axis.text.y = element_text (size = 9, color="black"),
        panel.grid.minor = element_blank())
ggplotly (p)

Виды рукокрылых, встреченные на зимовках в данных пещерах

Myotis dasycneme

Myotis daubentonii

Myotis brandti

Eptesicus nilssoni

Plecotus auritus