No Nama NIM
1 Muhammad Dafiq Nur 16231036
2 Novi Dyah Ramadhani 16231042
3 Rivaldo Rumimpunu 16231053
4 Siti Nailya 16231054
5 Syifa Izzati Daryoto 16231056

Pendahuluan

Analisis survival merupakan metode statistik yang digunakan untuk mempelajari waktu hingga terjadinya suatu peristiwa penting, seperti kematian, kegagalan alat, atau munculnya suatu kondisi tertentu. Berbeda dengan analisis data biasa, analisis survival memiliki karakteristik khusus karena sering melibatkan data tersensor, yaitu kondisi ketika waktu kejadian tidak diketahui secara pasti. Dalam tugas ini, digunakan model Cox Proportional Hazards, salah satu metode paling populer dalam analisis survival karena mampu mengukur pengaruh variabel-variabel kovariat terhadap risiko terjadinya peristiwa tanpa harus menentukan bentuk distribusi waktu kegagalan. Melalui penerapan model ini pada dataset lung atau ovarian, tujuan tugas adalah untuk memahami faktor-faktor yang berkontribusi terhadap peningkatan atau penurunan risiko kejadian, serta mengevaluasi apakah asumsi-asumsi model Cox terpenuhi.

Eksplorasi & Deskriptif

Identifikasi Dataset

## Warning in data(ovarian): data set 'ovarian' not found
##   futime fustat     age resid.ds rx ecog.ps
## 1     59      1 72.3315        2  1       1
## 2    115      1 74.4932        2  1       1
## 3    156      1 66.4658        2  1       2
## 4    421      0 53.3644        2  2       1
## 5    431      1 50.3397        2  1       1
## 6    448      0 56.4301        1  1       2

Dataset ini berisi informasi mengenai waktu ketahanan hidup dari pasien kanker ovarium yang mengikuti sebuah penelitian klinis. Tujuan utama penelitian untuk melihat bagaimana beberapa faktor klinis memengaruhi risiko terjadinya suatu peristiwa, yaitu kematian pasien.

Terdiri dari 26 observasi (pasien) dan 6 variabel , yaitu:

  1. futime, adalah waktu ketahanan hidup pasien bertahan sejak awal penelitian sampai event atau hingga data tersensor dalam satuan hari

  2. fustat, adalah status kejadian. Dimana 1 menyimbolkan pasien mengalami event (meninggal) dan 0 menyimbolkan data tersensor (pasien masih hidup ketika penelitian berakhir)

  3. age, adalah usia pasien saat masuk penelitian dalam satuan tahun

  4. resid.ds, adalah tingkat residual disease yaitu ukuran sisa tumor setelah operasi, semakin besar nilainya maka kondisi penyakit lebih parah

  5. rx, adalah jenis pengobatan/terapi yang diterima pasien (variabel treatment untuk membandingkan efektivitas terapi tertentu)

  6. ecog.ps, adalah skor ECOG Performance Status yaitu ukuran kondisi fisik pasien. Dimana nilai rendah sebagai pasien masih aktif dan nilai tinggi sebagai pasien semakin lemah aktivitas fisiknya terbatas

Statistika Deskriptif

summary(ovarian)
##      futime           fustat            age           resid.ds    
##  Min.   :  59.0   Min.   :0.0000   Min.   :38.89   Min.   :1.000  
##  1st Qu.: 368.0   1st Qu.:0.0000   1st Qu.:50.17   1st Qu.:1.000  
##  Median : 476.0   Median :0.0000   Median :56.85   Median :2.000  
##  Mean   : 599.5   Mean   :0.4615   Mean   :56.17   Mean   :1.577  
##  3rd Qu.: 794.8   3rd Qu.:1.0000   3rd Qu.:62.38   3rd Qu.:2.000  
##  Max.   :1227.0   Max.   :1.0000   Max.   :74.50   Max.   :2.000  
##        rx         ecog.ps     
##  Min.   :1.0   Min.   :1.000  
##  1st Qu.:1.0   1st Qu.:1.000  
##  Median :1.5   Median :1.000  
##  Mean   :1.5   Mean   :1.462  
##  3rd Qu.:2.0   3rd Qu.:2.000  
##  Max.   :2.0   Max.   :2.000

Variabel futime berkisar dari 59 hingga 1.227 hari dengan median 476 hari menunjukkan setengah pasien mengalami kejadian atau sensor sebelum 1,3 tahun. fustat memiliki median 0, yang berarti sebagian besar observasi merupakan kejadian belum terjadi (data tersensor). age berada pada rentang 38,9 hingga 74,5 tahun dengan rata-rata sekitar 56 tahun. Status residu tumor (resid.ds) setelah operasi didominasi nilai 1–2 yang menunjukkan tingkat hasil operasi berbeda pada tiap pasien. Variabel perlakuan (rx) dan kondisi performa pasien (ecog.ps) juga dari 1 hingga 2.

Event dan Tersensor

table(ovarian$fustat)
## 
##  0  1 
## 14 12

Dari seluruh pasien terdapat 14 pasien yang tersensor (fustat = 0) dan 12 pasien yang mengalami event/meninggal (fustat = 1). Artinya, sedikit lebih banyak pasien yang masih hidup hingga akhir periode penelitian dibandingkan yang mengalami kejadian.

Analisis Kaplan-Meier

Kurva

Uji Log-Rank

Pemodelan Cox Proportional Hazards

Estimasi Model

Hazard Ratio

Uji Asumsi Proportional Hazards (Schoenfeld Test)

Pemeriksaan Residual (Martingale & Deviance)

Kurva Survival Terprediksi

Kesimpulan