Final dynamics

#

0.1 Abundancia de pseudomonas normalizada de C1

# -----------------------------
# DEFINICIÓN DE COMUNIDAD C1
# -----------------------------
samples_C1 <- c("S139", "S287", "S187", "S211", "S235", "S259")

ruta_base <- "/Users/andrea/FunEcoLab_IBFG Dropbox/Andrea  Arrabal/shakira/plots/abundance_pseudo_barplots/"
dir.create(ruta_base, recursive = TRUE, showWarnings = FALSE)

# -----------------------------
# NORMALIZACIÓN DE ASV_ID
# -----------------------------
metadata <- metadata %>%
  mutate(
    ASV_ID = as.character(ASV_ID),
    ASV_ID = trimws(ASV_ID),
    ASV_ID = iconv(ASV_ID, to = "ASCII//TRANSLIT")
  )

# Paleta fija basada en todos los ASVs del dataset
asvs_totales <- sort(unique(metadata$ASV_ID))
set.seed(123)
paleta_asvs <- hue_pal()(length(asvs_totales))
names(paleta_asvs) <- asvs_totales

# Colores fijos para ASVs importantes
if("ASV1" %in% names(paleta_asvs)) paleta_asvs["ASV1"] <- "purple"
if("ASV13" %in% names(paleta_asvs)) paleta_asvs["ASV13"] <- "#00b7c6"
if("ASV1346" %in% names(paleta_asvs)) paleta_asvs["ASV1346"] <- "#26B5ED"
if("ASV1162" %in% names(paleta_asvs)) paleta_asvs["ASV1162"] <- "#00aa9e"
if("ASV2089" %in% names(paleta_asvs)) paleta_asvs["ASV2089"] <- "#ffc61e"


# -----------------------------
# FILTRAR SOLO C1
# -----------------------------
filtro <- metadata %>%
  filter(
    Sample %in% samples_C1,
    community == "comm_C1",
    !is.na(Value),
    Value != 0
  )

# Eliminar filas completamente NA
filtro <- filtro[rowSums(is.na(filtro)) != ncol(filtro), ]


# -----------------------------
# CALCULAR ABUNDANCIA RELATIVA 
# SOLO DENTRO DE PSEUDOMONADACEAE
# -----------------------------
pseudo_asvs <- filtro %>%
  filter(Family != "Pseudomonadaceae") %>%
  group_by(Sample, ASV_ID) %>%
  summarise(value = sum(Value), .groups = "drop") %>%
  group_by(Sample) %>%
  mutate(rel_in_family = value / sum(value)) %>%   # NORMALIZADO A 1
  ungroup() %>%
  mutate(scaled_value = rel_in_family)

# -----------------------------
# CONSTRUIR MATRIZ PARA BARPLOT
# -----------------------------
asv_list <- unique(pseudo_asvs$ASV_ID)

bar_matrix <- sapply(samples_C1, function(s) {
  tmp <- pseudo_asvs %>% filter(Sample == s)
  sapply(asv_list, function(asv) {
    v <- tmp$scaled_value[tmp$ASV_ID == asv]
    if(length(v) == 0) 0 else v
  })
})

bar_matrix <- as.matrix(bar_matrix)
rownames(bar_matrix) <- asv_list

bar_colors <- paleta_asvs[asv_list]

# Obtener perturbaciones en orden
perturbaciones <- filtro %>%
  filter(Sample %in% samples_C1) %>%
  group_by(Sample) %>%
  summarise(perturbation = unique(perturbation), .groups = "drop") %>%
  arrange(match(Sample, samples_C1)) %>%
  pull(perturbation)


# -----------------------------
# PLOT FINAL
# -----------------------------
png(file.path(ruta_base, "comm_C1_pseudo_abundance_normalized.png"),
    width = 2000, height = 1200, res = 150)

p<-bp <- barplot(
  bar_matrix,
  col = bar_colors,
  ylab = "Normalized Pseudomonadaceae abundance (sum = 1)",
  ylim = c(0, 1.05),
  main = "Normalized Pseudomonadaceae ASV abundance in comm_C1",
  beside = FALSE,
  names.arg = perturbaciones
)

abline(h = 1, lty = 2, col = "grey")

# Etiquetas dentro de los segmentos
for(i in seq_len(ncol(bar_matrix))) {
  cum_height <- 0
  for(j in seq_len(nrow(bar_matrix))) {
    segment_height <- bar_matrix[j, i]
    if(segment_height > 0.01) {  # mostrar si >1%
      text(
        x = bp[i],
        y = cum_height + segment_height/2,
        labels = rownames(bar_matrix)[j],
        cex = 0.6,
        col = "black"
      )
    }
    cum_height <- cum_height + segment_height
  }
}

dev.off()

## quartz_off_screen 
##                 2

#

Si el porcentaje del taxon es <2, se asigna en la categoría "Other".

I1 == ASV328 (Lactobacillaceae    Leuconostoc    mesenteroides)
I2 == ASV1 (purple) (Pseudomonas)
I3 == ASV1 (purple)
M1 (I1, I2, I3)
M2 (I1, I2, I3, A101, A104)
  A101 == ASV328
  A104 == ASV328

DISCARDED COMMUNITIES == comm_C5, comm_C9, comm_C11, comm_C17, comm_C18, comm_C20. 
DISCARDED PERTURBATION I1 in comm_C7,commm_C8,comm_C13, comm_C21 comm_C22, comm_C23. 
DISCARDED DAY S163, S146. 

1 Community 1

1.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
   geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none" 
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

1.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

1.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_5)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)
paleta["ASV1"]<- "purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1),
                    y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
   geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

1.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_5, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

1.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_5, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
   geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

1.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

1.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
    geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

2 Community 2

2.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none", 
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

2.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

2.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

2.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

2.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

2.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

2.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

3 Community 3

3.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

3.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

3.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

3.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

3.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

3.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

3.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

4 Community 4

4.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

4.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

4.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

4.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

4.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

4.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

4.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

5 Community 6

5.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

5.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)
paleta["ASV1"]<- "purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
   )

5.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

5.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

5.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

5.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

5.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

6 Community 7

6.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<- "purple"

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

6.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

6.3 I1

6.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

6.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

6.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

6.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

7 Community 8

7.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<- "purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

#hubo que descartar el NS del dia (day 6 de shakira 2). Se utiliza S52 como ultimo dia del NS. 

7.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

7.3 I1

7.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_5, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

7.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_5, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

7.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

7.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

8 Community 10

8.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

8.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

8.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

8.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

8.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

8.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

8.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

9 Community 12

9.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

9.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)



ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

9.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

9.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

9.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

9.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

9.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

10 Community 13

10.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<- "purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

10.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)



ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

10.3 I1

10.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

10.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

10.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

10.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

11 Community 14

11.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

11.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)



ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

11.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_5, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

11.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_5, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

11.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_5, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

11.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

11.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

12 Community 15

12.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

12.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)



ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

12.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

12.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

12.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

12.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

12.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

13 Community 16

13.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

13.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

13.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

13.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

13.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

13.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

13.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

14 Community 19

14.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

14.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)



ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

14.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_5, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

14.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_5, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

14.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_5, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

14.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

14.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

15 Community 21

15.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

15.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

15.3 I1

15.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_5, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

15.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_5, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

15.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
 geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

15.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1),
    legend.position = "none") +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  )

16 Community 22

16.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

16.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)



ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

16.3 I1

16.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

16.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

16.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

16.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

17 Community 23

17.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

17.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)



ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

17.3 I1

17.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

17.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

17.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

17.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

18 Community 24

18.1 Stabilization

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"


ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

18.2 NS

lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_NS)



ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

18.3 I1

lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

18.4 I2

lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

18.5 I3

lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_I3)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

18.6 M1

lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M1)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )

18.7 M2

lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)

df_plot <- df_filtered %>%
  filter(Sample %in% lista_M2)

ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
  geom_col(position = "fill") +
  geom_text(
    aes(label = taxon, y = Count),
    position = position_fill(vjust = 0.5),
    color = "black",       # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
    size = 2,
    show.legend = FALSE    # evita que aparezca en la leyenda también
  ) +
  
  
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  scale_fill_manual(values=paleta)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
  ) +
  labs(
    x    = "Muestra",
    y    = "Porcentaje de lecturas",
    fill = "Taxon (nivel_valor)"
  
  )