RNA-seq差異基因表現分析報告
DESeq2統計分析
分析者
2025-11-04
1 研究概述
1.1 分析標題
This is a Demo
1.2 研究背景
This is a Demo
1.3 分析參數設置
| 參數 | 值 |
|---|---|
| P值閾值 (α) | 0.05 |
| Log2折疊變化 ( | LFC |
| 使用的P值類型 | 原始P值 (unadjusted) |
| 對照組 | This is a Demo |
| 分析日期 | 2025-11-04 |
2 質量控制 (QC) 分析
2.1 主成分分析 (PCA)
2.1.1 原始計數 PCA
原始RNA-seq計數的主成分分析
2.1.2 正規化計數 PCA
DESeq2正規化計數的主成分分析
2.2 樣本分佈分析
2.2.1 箱線圖 (Boxplot)
原始和正規化計數分佈對比
3 計數數據總覽
3.1 原始讀數計數 (Raw Read Counts)
## **表格大小:** 10000 個基因 × 21 個樣本3.2 正規化讀數計數 (Normalized Read Counts)
## **表格大小:** 10000 個基因 × 21 個樣本4 差異基因表現 (DEG) 分析結果
4.1 DEG 分析結果： 1
實際比較: GroupA_vs_GroupC
4.1.1 MA圖
MA圖: C:/DEG/MarkDownR Test
2/3.Differentially_Expressed_Genes/DEG_GroupA_vs_GroupC/GroupA_vs_GroupC_MA_plot.png
4.1.2 火山圖
火山圖: C:/DEG/MarkDownR Test
2/3.Differentially_Expressed_Genes/DEG_GroupA_vs_GroupC/GroupA_vs_GroupC_Volcano_plot.png
4.1.3 所有基因統計結果
⚠️ 未找到所有基因表格
4.1.4 候選基因
篩選條件:
P值閾值: 0.05
|Log2(折疊變化)|閾值: 2
候選基因總數: 744
上調基因數: 244
下調基因數: 500
4.2 DEG 分析結果： 2
實際比較: GroupB_vs_GroupC
4.2.1 MA圖
MA圖: C:/DEG/MarkDownR Test
2/3.Differentially_Expressed_Genes/DEG_GroupB_vs_GroupC/GroupB_vs_GroupC_MA_plot.png
4.2.2 火山圖
火山圖: C:/DEG/MarkDownR Test
2/3.Differentially_Expressed_Genes/DEG_GroupB_vs_GroupC/GroupB_vs_GroupC_Volcano_plot.png
4.2.3 所有基因統計結果
⚠️ 未找到所有基因表格
4.2.4 候選基因
篩選條件:
P值閾值: 0.05
|Log2(折疊變化)|閾值: 2
候選基因總數: 814
上調基因數: 267
下調基因數: 547
4.3 DEG 分析結果： 3
實際比較: GroupD_vs_GroupC
4.3.1 MA圖
MA圖: C:/DEG/MarkDownR Test
2/3.Differentially_Expressed_Genes/DEG_GroupD_vs_GroupC/GroupD_vs_GroupC_MA_plot.png
4.3.2 火山圖
火山圖: C:/DEG/MarkDownR Test
2/3.Differentially_Expressed_Genes/DEG_GroupD_vs_GroupC/GroupD_vs_GroupC_Volcano_plot.png
4.3.3 所有基因統計結果
⚠️ 未找到所有基因表格
4.3.4 候選基因
篩選條件:
P值閾值: 0.05
|Log2(折疊變化)|閾值: 2
候選基因總數: 392
上調基因數: 206
下調基因數: 186
5 分析說明
5.1 MA圖解釋
- X軸: 正規化計數的平均值（log scale）
- Y軸: Log2折疊變化 (treatment vs. control)
- 紅點: P值 < 0.05 的顯著基因
- 黑點: 非顯著基因
5.2 火山圖解釋
- X軸: Log2折疊變化
- Y軸: -Log10(P值)
- 紅點: 上調基因 (Log2FC > 2 且 P < 0.05)
- 藍點: 下調基因 (Log2FC < -2 且 P < 0.05)
- 黑點: 不符合篩選條件的基因
5.3 候選基因定義
符合以下條件的基因被標記為候選基因（差異表現基因）：
- 統計顯著性: P值 < 0.05 （原始P值）
- 生物顯著性: |Log2(折疊變化)| > 2
6 總結
本報告整合了DESeq2差異基因表現分析的完整結果，包括：
✓ 質量控制分析（PCA、樣本分佈） ✓ 原始和正規化計數數據 ✓ 每個比較組的統計結果 ✓ 可互動式數據表格（支持搜索、排序、分頁）
如需進一步分析或修改參數，請編輯本文件開頭的設定區域，然後重新生成報告。
報告生成時間: 2025年11月04日 16:43:43