library(knitr)
library(markdown)
output <- knit("TokyoR36_Basic.rmd", encoding = "UTF-8")
# 「invalid multibyte string at」
# というエラーが出るので解消するためにロケール変えてる。 Windows 7だけかも？
# ロケール変えなくていいなら knitr::knit2html関数もほぼ同じ挙動
Sys.setlocale(locale = "C")
markdownToHTML(output, output = "sample.html")
# デフォルトで設定されているもの
markdownHTMLOptions(default = TRUE)
## [1] "use_xhtml" "smartypants" "base64_images" "mathjax"
## [5] "highlight_code"
# 設定可能なオプションの全て
markdownHTMLOptions()
## [1] "skip_html" "skip_style" "skip_images" "skip_links"
## [5] "safelink" "toc" "escape" "fragment_only"
## [9] "hard_wrap" "use_xhtml" "smartypants" "base64_images"
## [13] "mathjax" "highlight_code"
テーブルのフォーマットを動的に切り替えるには テーブルのフォーマット用変数をあらかじめ用意しておいて、 knit関数呼ぶ時の環境に突っ込んでおくといい。chunkオプションを独自に定義するのもありかも。
table.format <- ifelse(exists("table.format"), table.format, "html")
library(knitr)
# テーブル用の変数割り当て
env <- new.env()
assign("table.format", "markdown", env)
# .Rmd --> .mdへ変換
knit("hoge.Rmd", envir = env)
pandocをインストールした上で以下のような感じ
library(knitr)
env <- new.env()
assign("table.format", "markdown", env)
output <- knit("TokyoR36_Basic.Rmd", envir = env, encoding = "UTF-8")
pandoc(output, format = "docx")
pandocをインストールした上で以下のような感じ。日本語を扱う周りで結構苦労した。
library(knitr)
env <- new.env()
assign("table.format", "markdown", env)
output <- knit("TokyoR36_Basic.Rmd", envir = env, encoding = "UTF-8")
system(sprintf("pandoc -s %s -V documentclass=ltjltxdoc -o hoge.tex", output))
system("lualatex -interaction=nonstopmode hoge.tex")
# ↓こんなんでイケそうだけど、うごかん… pandoc(output, format='pdf')
# documentclass=ltjsarticleはpandocのLaTeX用デフォルトのテンプレートだとコケる模様
# (参考:http://oku.edu.mie-u.ac.jp/tex/mod/forum/discuss.php?d=1005)
# 皆大好き:platex->dvipdfmxもうまくいかん＆xelatexはめんどいのでlualatexで
# いちいちtexファイル経由しないでダイレクトにpdfにしようと system('pandoc -s
# TokyoR36_Basic.md -V documentclass=ltjltxdoc --latex-engine=lualatex -o
# hoge.pdf') とやりたいところだが、うまくいかん
まずxに適当な値を代入しておく
x <- 10
xが3より大きい時にだけ評価されるChunk
```{r conditionalchunk_eval, eval=(x>3)}
print("x は３より大きい")
```
print("x は３より大きい")
## [1] "x は３より大きい"
xが奇数のときだけ評価されるChunk。
```{r conditionalchunk_noeval, eval=(x%%2 == 1)}
print("x は奇数")
```
print("x は奇数")
今、xは10であり偶数であるため、 chunkは表示されるものの、評価(eval)はされない。
read_chunk関数で別ファイルのスクリプトが読み込まれる
read_chunk("share/shared_r.R")
shared_r.R内で指定したchunkのラベルを指定するとそれが表示される
```{r plus10r}
```
plus10 <- function(x) {
x + 10
}
plus10(3)
## [1] 13
複数のチャンクをref.labelとして指定すると一括で表示される
```{r shared_r_all, ref.label=c('plus10r','subset_iris')}
```
外部のR Markdownファイルを読み込むにはchildオプションを使う
```{r child1, child="share/shared_rmd.Rmd"}
```
これは別ファイルに記述されたR Markdownです。
print("これは別ファイルに記述されたR Markdownです")
## [1] "これは別ファイルに記述されたR Markdownです"
engineオプションを設定することで、Rcpp等を.Rmd内で使用する事も可能。 当然、あらかじめ各種言語等の設定はしておかなければならない。
```{r engine_rcpp, engine='Rcpp'}
#include<Rcpp.h>
// [[Rcpp::export]]
int fibCpp(const int x){
if(x==0 || x==1){return(x);}
return(fibCpp(x-1) + fibCpp(x-2));
}
```
#include<Rcpp.h>
// [[Rcpp::export]]
int fibCpp(const int x){
if(x==0 || x==1){return(x);}
return(fibCpp(x-1) + fibCpp(x-2));
}
Rcppを使って作成した関数は、以降のチャンクで使用可能。
# Rcppで作成した関数を使用
fibCpp(10)
## [1] 55
engineとしてpythonを指定すると、pythonコードの 実行結果を埋め込むこともできる。ただしengine内だけで使用可能。
def fibPy(n):
if n == 0 or n == 1 :
return n
else:
return fibPy(n-1) + fibPy(n-2)
print fibPy(10)
## 55
chunkはエイリアス(別名)をつけることが可能
set_alias(w = "fig.width", h = "fig.height")
以下、チャンクオプションとしてh・wと書く事が可能。
```{r w=7, h=6}
plot(cars)
```
plot(cars)
echoオプションをFALSEにし、最後にevalするようにする。
Aという手法を用いると、以下のような結果が算出される。
```{r AppA, echo=FALSE}
1 + 1
```
一方、手法Bを用いると、以下のような結果となった。
```{r AppB, echo=FALSE}
2 + 3
```
～Appendix～
手法Aのコード
```{r AppA, eval=FALSE}
```
手法Bのコード
```{r ref.label=c('AppB'), eval=FALSE}
```
Aという手法を用いると、以下のような結果が算出される。
## [1] 2
一方、手法Bを用いると、以下のような結果となった。
## [1] 5
～Appendix～
手法Aのコード
1 + 1
手法Bのコード
2 + 3
ちなみに全コードのチャンクを取得するにはall_labels関数を使う。
# 全チャンクのラベルを取得
all_labels()
## [1] "mock_knit_html_button"
## [2] "markdown_to_html_option"
## [3] "table_format"
## [4] "convert_to_markdown_with_markdown_table"
## [5] "convert_to_docx"
## [6] "convert_to_pdf"
## [7] "x10"
## [8] "conditionalchunk_eval"
## [9] "conditionalchunk_noeval"
## [10] "read_shared_r"
## [11] "engine_rcpp"
## [12] "use_rcpp"
## [13] "unnamed-chunk-1"
## [14] "unnamed-chunk-2"
## [15] "unnamed-chunk-3"
## [16] "AppA"
## [17] "AppB"
## [18] "all_chunk_labels"
## [19] "unnamed-chunk-5"
## [20] "unnamed-chunk-6"
## [21] "unnamed-chunk-7"
## [22] "unnamed-chunk-8"
## [23] "session_info"
## [24] "plus10r"
## [25] "subset_iris"
## [26] "child_rmd"
# デフォルトで設定されているhook(output hook)
# これがrender_XXX関数内で書き変えられており、複数の出力形式に対応できる形になっている
names(knit_hooks$get(default = TRUE))
## [1] "source" "output" "warning" "message" "error" "plot"
## [7] "inline" "chunk" "document"
独自なchunk optionとしてmarginを作成してみる
knit_hooks$set(margin = function(before, options, envir) {
if (before) {
par(mar = c(0.1, 0.1, 0.1, 0.1))
} else {
NULL
}
})
マージンを指定しない通常の描画
```{r fig.width=3, fig.height=3}
plot(cars)
```
plot(cars)
マージンを指定
```{r fig.width=3, fig.height=3, margin=TRUE}
plot(cars)
```
plot(cars)
一応のセッションインフォ
sessionInfo()
## R version 3.0.1 (2013-05-16)
## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
##
## locale:
## [1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japan.932
## [3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C
## [5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] markdown_0.6.4 knitr_1.5
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] evaluate_0.5.1 formatR_0.10 Rcpp_0.11.0 stringr_0.6.2
## [5] tools_3.0.1