SRAG – SP 2009–2025

1 Introdução

Este relatório apresenta, de forma objetiva, (i) as fontes de dados utilizadas para SRAG em SP entre 2009–2025 e (ii) o processo de harmonização da classificação final (o “Roseta”), que produz a coluna padronizada CLASSI_FIN_UNI (e registra a origem em CLASSI_FONTE). Abaixo estão os escopos por período e as regras de harmonização.

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1.1 Escopo e objetivos

• Objetivo analítico: consolidar séries e indicadores de SRAG (casos/óbitos) para SP.
• Padronização: unificar classificações heterogêneas em CLASSI_FIN_UNI.
• Rastreabilidade: documentar a origem da decisão em CLASSI_FONTE.

Nota

Por que “Roseta”? Assim como a Pedra de Roseta permitiu decifrar sistemas distintos, aqui harmonizamos classificações e estruturas diferentes entre 2009–2012, 2013–2019 e 2019–2025.

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1.2 Fontes de dados — 2009–2019

• Sistemas:
  • SINAN Influenza WEB — Ficha v8 (rev. mar/2013): SRAG internado/óbito.
    
  • SIVEP Gripe — Ficha de registro individual (V.02, 07/05/2019): SRAG hospitalizado.
• Abrangência: Estado de São Paulo (SP).
  
• Aquisição: arquivos anuais INFLUD09.csv … INFLUD19.csv.
  
• Filtro inicial: SG_UF_NOT ∈ {"35","SP"}.
  
• Colunas-base (mínimo):
  

DT_SIN_PRI (início sintomas)

DT_DIGITA

ID_MUNICIPIO (de CO_MUN_NOT/ID_MUNICIP)

CLASSI_FIN (classificação final original)

CRITERIO

DT_ENCERRA

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1.3 Fontes de dados — 2019–2025 (SINAN)

• Origem operacional: vw_sivep_com_drs (consulta institucional).
  
• Campos utilizados:
  DT_SIN_PRI
• classi_resumida
• COD_6_mun
• obito
• POP2023
• POP2024
  
• Tratamentos principais:
  • Conversão de datas (DT_SIN_PRI) e ano (ano).
    
  • ID_MUNICIPIO derivado de COD_6_mun.
    
  • Normalização de classi_resumida → CLASSI_FIN_UNI.
    
  • OBITO como binário (0/1).
    
  • Populações auxiliares (POP2023, POP2024) para taxas/ajustes.

Mapeamento de classi_resumida → CLASSI_FIN_UNI (ASCII): - influenza → SRAG por Influenza
- virus sincicial respiratorio → SRAG por VSR
- covid-19 → SRAG por covid-19
- outras etiologias → SRAG por outros agentes etiologicos
- srag nao especificado / srag em investigacao → SRAG nao especificado
(Outros valores não mapeados caem em “SRAG nao especificado”.)

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1.4 Categorias finais padronizadas (CLASSI_FIN_UNI)

• SRAG por Influenza
• SRAG por VSR
• SRAG por covid-19 (apenas 2019–2025)
• SRAG por outros vírus respiratórios
• SRAG por outros agentes etiologicos
• SRAG nao especificado
• Descartado (compatibilização 2009–2012)
• Ignorado/Indefinido

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1.5 Harmonização “Roseta” — 2009–2019 (cascata de decisão)

Princípios gerais (hierarquia de evidências):

1. Laboratório > texto de encerramento (CLASSI_FIN).

2. RT-PCR > IFI (imunofluorescência).

3. Co-infecção (Influenza + outro vírus) → classificar como SRAG por Influenza.

Regras (aplicadas linha a linha):

1. Co-infecção (Influenza + outro vírus) → SRAG por Influenza.
   Evidências aceitas: PCR, IFI, RES_FLUA/RES_FLUB, RES_VSR.

2. RT-PCR positivo para Influenza (A/B) → SRAG por Influenza.
   Colunas típicas: POS_PCRFLU, PCR_FLUASU, PCR_FLUBLI.

3. RT-PCR positivo para outros vírus (VSR/Parainfluenza/Adeno/Metapneumo/Rino/Boca/“outro”)
   → SRAG por outros vírus respiratórios.
   Colunas típicas: PCR_VSR, PCR_PARA1–4, PCR_ADENO, PCR_METAP, PCR_RINO, PCR_BOCA, PCR_OUTRO.

4. IFI positivo para Influenza (sem RT-PCR conclusivo) → SRAG por Influenza.
   Colunas: POS_IF_FLU, TP_FLU_IF.

5. IFI positivo somente para outros vírus (sem RT-PCR conclusivo)
   → SRAG por outros vírus respiratórios.
   Colunas: IF_VSR, IF_PARA1–3, IF_ADENO, IF_OUTRO.

6. Outros agentes etiológicos (não respiratórios)
   → SRAG por outros agentes etiologicos.
   Apoio: RES_OUTRO, DS_OAGEETI, CLASSI_OUT.

7. Sem evidência laboratorial aplicável → usar CLASSI_FIN
   

   • 2009–2012: 1 = Influenza; 2 = Outros agentes; 3 = Descartado.
     
   • 2013–2019: 1 = Influenza; 2 = Outros vírus resp.; 3 = Outros agentes; 4 = Não especificado; 9 = Ignorado.

8. Residual (ausência/ambiguidade persistente) → SRAG nao especificado.

Importante

Rastreabilidade: a origem da decisão é registrada em CLASSI_FONTE (ex.: “PCR”, “IFI”, “CLASSI_FIN 2013–2019”, “residual”).

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1.6 Harmonização — 2019–2025 (normalização direta)

Para 2019–2025, a coluna classi_resumida já agrega a lógica operacional do período. Aplicamos normalização textual e mapeamento 1→1 para CLASSI_FIN_UNI (incluindo covid-19 e VSR). Valores ambíguos/pendentes são tratados como SRAG nao especificado. Fatores são fixados na ordem canônica para garantir consistência de gráficos/tabelas.

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1.7 Qualidade e inconsistências

• Sinalizamos casos com incoerência entre CRITERIO e a harmonização (ex.: CRITERIO = "Laboratorial" sem agente definido) em FLAG_INCONSISTENCIA.
  
• Monitoramos ausências de data, códigos municipais inválidos e categorias fora do dicionário.

1.7.1 Glossário mínimo de colunas

• DT_SIN_PRI: data do início dos sintomas.
  
• CLASSI_FIN: classificação final original de encerramento.
  
• CLASSI_FIN_UNI: classificação final harmonizada (saída).
  
• CLASSI_FONTE: trilha de auditoria da decisão (PCR/IFI/CLASSI_FIN/Residual).
  
• CRITERIO: critério de confirmação do caso.
  
• ID_MUNICIPIO: código do município de notificação.
  
• OBITO: desfecho (0/1).
  

2 Série temporal semanal — casos por classificação

3 Composição percentual (área empilhada)

4 Série temporal semanal – óbitos

5 Composição percentual — óbitos semanais

6 Casos por ano e classificacao