Correct dynamics
Si el porcentaje del taxon es <2, se asigna en la categorÃa "Other".
I1 == ASV152 (Lactobacillaceae Leuconostoc mesenteroides)
I2 == ASV1 (purple) (Pseudomonas)
I3 == ASV1 (purple)
M1 (I1, I2, I3)
M2 (I1, I2, I3, A101, A104)
A101 == ASV1583
A104 == ASV152
1 Community 2
1.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none",
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
1.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
1.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
1.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
1.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
1.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
1.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
2 Community 3
2.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
2.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
2.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
2.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
2.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
2.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
2.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
3 Community 4
3.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
3.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
3.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
3.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
3.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
3.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
3.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
4 Community 7
4.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<- "purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
4.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
4.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
4.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
4.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
4.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
4.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
5 Community 10
5.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
5.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
5.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
5.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
5.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
5.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
5.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
6 Community 12
6.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
6.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
6.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
6.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
6.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
6.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
6.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
7 Community 14
7.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
7.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
7.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_5, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
7.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_5, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
7.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_5, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
7.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
7.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
8 Community 15
8.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
8.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
8.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
8.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
8.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
8.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
8.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
9 Community 16
9.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
9.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
9.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
9.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
9.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
9.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
9.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
10 Community 19
10.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
10.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
10.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_5, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
10.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_5, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
10.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_5, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
10.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
10.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
11 Community 22
11.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
11.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
11.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
11.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
11.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
11.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
11.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
12 Community 23
12.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
12.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
12.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
12.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
12.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
12.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
12.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
13 Community 24
13.1 Stabilization
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% orden_deseado)
taxa<-unique(df_filtered$taxon)
paleta<-hue_pal()(length(taxa))
names(paleta)<-taxa
paleta["ASV1"]<-"purple"
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = orden_deseado), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
13.2 NS
lista_NS <- c(orden_deseado, NS)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_NS)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_NS), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
13.3 I1
lista_I1 <- c(orden_deseado, I1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
13.4 I2
lista_I2 <- c(orden_deseado, I2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
13.5 I3
lista_I3 <- c(orden_deseado, I3_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_I3)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_I3), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
13.6 M1
lista_M1 <- c(orden_deseado, M1_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M1)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M1), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)
13.7 M2
lista_M2 <- c(orden_deseado, M2_6)
df_plot <- df_filtered %>%
filter(Sample %in% lista_M2)
ggplot(df_plot, aes(x = factor(Sample, levels = lista_M2), y = Count, fill = taxon)) +
geom_col(position = "fill") +
geom_text(
aes(label = taxon, y = Count),
position = position_fill(vjust = 0.5),
color = "black", # puedes usar "white" si el fondo es oscuro
size = 2,
show.legend = FALSE # evita que aparezca en la leyenda también
) +
scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
scale_fill_manual(values=paleta)+
theme_minimal() +
theme(
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none"
) +
labs(
x = "Muestra",
y = "Porcentaje de lecturas",
fill = "Taxon (nivel_valor)"
)