Semaine 10

1 Modèles d’occupancy

1.1 Bibliographie

• Ref de Simon Lacombe :

  • Occupancy Modeling, Morgan Byrne, James Golde

  • Citizen science indicates significant range recovery and defines new conservation priorities for Earth’s most endangered pinniped in Greece

    • Et le code associé : https://oliviergimenez.github.io/monkseal-occupancy/https://oliviergimenez.github.io/monkseal-occupancy/

• Ref de Franck Simonnet:

  • Estimating Site Occupancy Rates When Detection Probabilities Are Less Than One

  • Journal of Biogeography Journal of Biogeography Free Access Predicting species distributions from checklist data using site-occupancy models

• Autres références :

  • Occupancy modeling. Présente les hypothèses et les problèmes si les hypothèses ne sont pas vérifiés. https://pubs.usgs.gov/fs/2005/3096/fs 20053096.pdf

  • Exemples d’utilisation du package.

    • https://cran.r-project.org/web/packages/unmarked/vignettes/occuComm.html

    • https://cran.r-project.org/web/packages/unmarked/vignettes/colext.html

    • Tests + puissance : https://cran.r-project.org/web/packages/unmarked/vignettes/powerAnalysis.html

Livre super:

• Darryl I. MacKenzie and James D. Nichols and J. Andrew Royle and Kenneth H. Pollock and Larissa L. Bailey and James E. Hines, Occupancy Estimation and Modeling (Second Edition)}

• Video sur l’implémentation de unmarked. https://www.youtube.com/watch?v=rpjVrFI_dr8&t=577s

1.2 Suite modélisation

J’ai fait 3 périodes 2010-2014, 2015-2019, 2020-2024. Pour l’instant j’ai gardé les 3 periodes, sans laisser de periode ou les colonisation/extinction locaux ont lieu mais ca a lair okay quand même

Je n’ai pas inclu DIRO car seulement après 2014 / 2015 donc pour ce modèle ca ne marcherait surement pas car on veut comparer. Il y aura probablement une fausse augementation des sites ou les individus sont detectés.

On a des modèles qui sembles okay pour le lapin. J’ai commencé la procédure stepwise forward manuellement pour trouver le modèle optimal selon l’AIC, mais dure a dire quelque chose sans tests pour valider le modèle je trouves. On a quand même une assez forte probabilité d’extinction locale du lapin qui semble etre coherent peut etre donc ca ressure sur le modèle. Ca serait intéressant au retour de discuter des variable intéressantes, et non pas de faire du overfitting a juste mettre plein de variables partout qui n’ont pas de sens forcément (par exemple pour la probabilité de detection ou extinction ou qqe chose.)

1.3 Semaine qui arrive :

• tests, significativité, coherence -> livre Kenneth P. Burnham David R. Anderson Model Selection and Multimodel Inference apparament il explique les tests qu’on peut faire dans notre cas, mais il fait plus de 500 pages, et en feuilletant je vois pas vraiment vraiment. A plus chercher, peut etre bien contacter qqun de l’ecole.

• Bien commencer le rapport de stage et bien expliquer ce qui se passe mais dure sans savoir si les tests sont okay… -> priorité.

• voir ce qu’il disait avec la transformation des pelottes de chouettes effraies.

• faire le brouillon pour les autres espèces comme ca plus qu’a tourner et analyser.

Faut vraiment que je me dépèche…