Importar librerías y Datos

A continuación se presenta el script con el cual importamos las librerías necesarias

y la base de datos con la que se presenta el ejemplo del informe llamada “seeds”.

library(table1)#indicadores
library(ggplot2)#graficos
library(plotly)#animaciones 
library(faraway)#datos
data(seeds)
head(seeds)
##   germ moisture covered
## 1   22        1      no
## 2   41        3      no
## 3   66        5      no
## 4   82        7      no
## 5   79        9      no
## 6    0       11      no

La base contiene información para evaluar el experimento realizado para evaluar la germinación de semillas (seeds) de forraje y como esta se ve afectada por la humedad del suelo (moisure). El experimento contiene un total de 48 observaciones.

Exploración de Datos

Para la exploración de los datos utilizamos los indicadores generados con table1 y gráficos de ggplot2:

{r message=FALSE, warning=FALSE} table1(~germ+moisture, data = seeds)

Se observa en la tabla que la media de germinación es de 48% con una desviación del 28%. Mientras que la humedad del suelo fue variada en el experimento desde 1% al 11%

ggplot(seeds,aes(x=germ))+geom_histogram(binwidth = 5, fill = "gray",
                                         color = "black") + 
  labs(
    title = "histograma de germinacion",
    x = "Germinacion",
    y = "frecuencia"
  ) +
  theme_minimal()

En la gráfica se observa que en 8 de las repeticiones no germinaron ninguna de las semillas, mientras que en algunas la germinación superó el 75%. Es decir, una diferencia importante que como hipótesis se espera esté explicada por la humedad del suelo.

Ahora, continuando con la exploración de datos, vamos a realizar un análisis bi variado entre germinación y humedad del suelo para identificar posibles correlaciones.

seeds$moisture_cate=as.factor(seeds$moisture)
table1(~germ | moisture_cate,data = seeds)
1
(N=8)		 3
(N=8)		 5
(N=8)		 7
(N=8)		 9
(N=8)		 11
(N=8)		 Overall
(N=48)
germ
Mean (SD) 33.5 (10.1) 60.6 (17.4) 71.4 (9.35) 65.0 (15.6) 57.6 (19.7) 0 (0) 47.8 (28.0)
Median [Min, Max] 34.0 [22.0, 45.0] 62.0 [38.0, 80.0] 73.5 [51.0, 81.0] 67.5 [40.0, 84.0] 68.0 [31.0, 79.0] 0 [0, 0] 51.0 [0, 84.0]
Missing 0 (0%) 0 (0%) 0 (0%) 0 (0%) 1 (12.5%) 0 (0%) 1 (2.1%)

Se observa que existe un comportamiento no lineal entre la relación de germinación y humedad del suelo. Indicando que valores bajos de humedad tienen una media de germinación baja, al igual que los altos (ejemplo, con 11% de humedad ninguna semilla germinó).

ggplot(data=seeds,aes(x=moisture,y=germ))+geom_point()+geom_smooth()+theme_minimal()

Se puede observar con mayor detalle la relación no lineal, indicando que existe un óptimo de humedad para maximizar la germinación de semillas al rededir del 5% de humedad del suelo.

Conclusiones:

  • Con respecto a la relacion de los datos, se observa una relación no lineal entre la humedad del suelo y la germinación, tanto valores muy bajos como muy altos de humedad reducen la germinación, mientras que un valor intermedio (~5%) maximiza el porcentaje de semillas germinadas. La dispersión de los datos indica que existen condiciones específicas que favorecen la germinación, lo que sugiere que la humedad óptima es un factor crítico a controlar en cultivos de forraje y que en casos extremos (por ejemplo, 0% y 11% de humedad), la germinación fue prácticamente nula, lo que respalda la hipótesis de un rango ideal de humedad necesaria para la germinación de estas semillas

  • Con respecto al uso de rMKdown nos permitió integrar el codigo, hacer analisis estadistico y visualizar sus resultados, facilitando el trabajo en equipo por medio de esta herramienta