Quarto ile Akademik Yazım

Author

Fikret Bartu Yurdacan – Medyan İstatistik Danışmanlık

Quarto Nedir? Akademik Üretkenlik İçin Güçlü ve Esnek Bir Araç

Akademik dünyada araştırma sürecinin en önemli bileşenlerinden biri, çalışmaların şeffaf, yeniden üretilebilir ve erişilebilir bir biçimde sunulmasıdır. Bu noktada öne çıkan güçlü ve modern bir açık kaynak platformu vardır: Quarto.

Quarto, bilimsel raporlar, akademik makaleler, sunumlar, bloglar, kitaplar ve veri görselleştirme projeleri oluşturmak için geliştirilen açık kaynaklı bir yayınlama sistemidir. R Markdown’ın devamı niteliğindedir; ancak R’a bağımlı değildir. R, Python, Julia ve Observable JavaScript ile entegre çalışabilir.

Quarto, akademik çalışmaların şeffaf, sistematik ve profesyonel bir şekilde sunulmasını kolaylaştırır. Yeniden üretilebilir araştırma anlayışıyla, analiz kodları, grafikler ve sonuçlar tek bir dosyada bütünleşik olarak yer alır; bu da hem bilimsel şeffaflık sağlar hem de başkalarının çalışmaları kolayca tekrarlamasına imkân tanır. Tez, makale ve rapor gibi akademik metin türlerine uygun olarak geliştirilen journal article, preprint ve thesis gibi şablonlarla doğrudan uyumlu çalışır. Quarto’nun sunduğu bir diğer güçlü özellik ise, R veya Python ile yapılan veri analizlerinin doğrudan metin içine gömülerek anlatımla iç içe sunulabilmesidir; bu sayede okuyucu hem anlatımı hem de analitik süreci aynı anda izleyebilir. Ayrıca HTML, PDF, Word, PowerPoint ve reveal.js gibi çoklu çıktı biçimlerini desteklemesi, kullanıcıya esnek sunum olanakları sağlar. Son olarak, Zotero ve BibTeX gibi kaynakça yönetim araçlarıyla entegre çalışarak APA, MLA gibi çeşitli akademik alıntılama stillerinde otomatik referans yönetimi sunar. Tüm bu özellikleriyle Quarto, akademik yazım ve sunum süreçlerinde güçlü bir yardımcıdır.

Özellik Açıklama
Çoklu dil desteği R, Python, Julia, JavaScript
Dinamik içerik Kod, grafik, tablo ve açıklama iç içe
Çıktı seçenekleri HTML, PDF, Word, slayt, kitap, web sitesi
Akademik stiller Nature, IEEE, APA gibi dergi şablonları
Gömülü kaynakça .bib dosyaları ve citekey kullanımı

Quarto’yu yüklemek için

1. Quarto Nedir?

Quarto, veri bilimi, akademik yazım ve teknik belgeler oluşturmak için modern ve açık kaynaklı bir sistemdir. R, Python, Julia ve Observable ile entegre çalışabilir. Aşağıdaki formatlarda çıktı üretir:

  • HTML
  • PDF
  • Microsoft Word
  • Reveal.js (Slayt sunumları)
  • Kitaplar ve bloglar

2. Quarto’nun Kurulumu

Adım 1: Quarto’yu İndir

👉 https://quarto.org/download

İşletim sisteminize uygun sürümü seçin:

  • Windows: .msi dosyasını indirip çalıştırın.
  • macOS: .pkg dosyasını indirin ve kurun.
  • Linux: Terminal üzerinden:

```bash sudo apt install gdebi-core wget https://quarto.org/download/latest/quarto-linux-amd64.deb sudo gdebi quarto-linux-amd64.deb

Giriş

Quarto, yeniden üretilebilir araştırmalar için güçlü bir platformdur (Smith & Doe, 2020). Akademik yazımda analiz kodlarını, grafik çıktıları ve metni bir araya getirme becerisi sayesinde şeffaflık ve izlenebilirlik sağlar.

İstatistiksel düşünme ve veri analizi süreçlerinin akademik metinlere entegrasyonu giderek önem kazanmaktadır. Bu bağlamda, metodolojik bütünlük sağlamak açısından kaynakça yönetimi ve doğru atıf sistemi kritik bir rol oynar (Miller, 2018).

R’da oluşturulan Grafik ve Tabloların Eklenmesi

Bu örnekte, `survival` paketinde yer alan ve birincil biliyer siroz (PBC) hastalarına ait gerçek klinik verileri içeren `pbc` veri seti ile temel tanımlayıcı analizler yapılmaktadır. Amaç, Quarto ortamında `gtsummary` ve görselleştirme araçlarını kullanarak tıbbi verileri raporlamaktır.

library(survival)
library(dplyr)
library(gtsummary)
library(ggplot2)

# Veri setini yükle
data(pbc)

# Cinsiyeti faktöre çevir
pbc <- pbc %>%
  mutate(
    sex = factor(sex, levels = c("m", "f"), labels = c("Erkek", "Kadın")),
    stage = factor(stage)
  )

# NA içeren değişkenleri kontrol et
sapply(pbc, function(x) sum(is.na(x)))
      id     time   status      trt      age      sex  ascites   hepato 
       0        0        0      106        0        0      106      106 
 spiders    edema     bili     chol  albumin   copper alk.phos      ast 
     106        0        0      134        0      108      106      106 
    trig platelet  protime    stage 
     136       11        2        6 
# Özet tablo: Cinsiyete göre gruplandırılmış
pbc %>%
  select(sex, age, stage, bili, albumin, ast, protime) %>%
  tbl_summary(by = sex,
              statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ± {sd}"),
              digits = all_continuous() ~ 2) %>%
  add_p() %>%
  modify_header(label = "**Değişken**") %>%
  bold_labels()
Değişken Erkek
N = 441		 Kadın
N = 3741		 p-value2
age 55.71 ± 10.98 50.16 ± 10.24 0.003
stage

0.8
    1 3 (6.8%) 18 (4.9%)
    2 8 (18%) 84 (23%)
    3 16 (36%) 139 (38%)
    4 17 (39%) 127 (35%)
    Unknown 0 6
bili 2.87 ± 2.32 3.26 ± 4.59 0.029
albumin 3.54 ± 0.46 3.49 ± 0.42 0.3
ast 121.99 ± 47.01 122.63 ± 57.92 0.7
    Unknown 8 98
protime 10.94 ± 0.93 10.71 ± 1.03 0.042
    Unknown 0 2
1 Mean ± SD; n (%)
2 Wilcoxon rank sum test; Fisher’s exact test

Klinik Özellikler Özeti

# Özet tablo: Cinsiyete göre gruplandırılmış
pbc %>%
  select(sex, age, stage, bili, albumin, ast, protime) %>%
  tbl_summary(by = sex,
              statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ± {sd}"),
              digits = all_continuous() ~ 2) %>%
  add_p() %>%
  modify_header(label = "**Değişken**") %>%
  bold_labels()
Değişken Erkek
N = 441		 Kadın
N = 3741		 p-value2
age 55.71 ± 10.98 50.16 ± 10.24 0.003
stage

0.8
    1 3 (6.8%) 18 (4.9%)
    2 8 (18%) 84 (23%)
    3 16 (36%) 139 (38%)
    4 17 (39%) 127 (35%)
    Unknown 0 6
bili 2.87 ± 2.32 3.26 ± 4.59 0.029
albumin 3.54 ± 0.46 3.49 ± 0.42 0.3
ast 121.99 ± 47.01 122.63 ± 57.92 0.7
    Unknown 8 98
protime 10.94 ± 0.93 10.71 ± 1.03 0.042
    Unknown 0 2
1 Mean ± SD; n (%)
2 Wilcoxon rank sum test; Fisher’s exact test

Görselleştirme: Serum Bilirubin Dağılımı

ggplot(pbc, aes(x = bili, fill = sex)) +
  geom_density(alpha = 0.4) +
  labs(title = "Serum Bilirubin Dağılımı (mg/dL)",
       x = "Bilirubin",
       y = "Yoğunluk") +
  theme_minimal()

Görselleştirme: Hastalık Evresi ve Cinsiyet

ggplot(pbc, aes(x = stage, fill = sex)) +
  geom_bar(position = "dodge") +
  labs(title = "Hastalık Evresine Göre Cinsiyet Dağılımı",
       x = "Histolojik Evre (stage)",
       y = "Hasta Sayısı") +
  theme_minimal()

Sonuç

Quarto ile bilimsel belgeler oluşturmak, araştırmaların paylaşımını daha verimli ve profesyonel hale getirir. Ayrıca kaynakça yönetimi BibTeX ve CSL stilleri ile kolayca otomatikleştirilebilir.

İletişim

Her türlü akademik danışmanlık, veri analizi veya Quarto ile belge üretimi konusunda destek almak için bizimle iletişime geçebilirsiniz:

📧 E-posta: info@medyanistdanismanlik.com
🌐 Web sitesi: www.medyanistdanismanlik.com

Referanslar

Miller, A. (2018). Statistical thinking. Academic Press.
Smith, J., & Doe, J. (2020). A comprehensive guide to data science. Journal of Data Methods, 12(4), 123–145.