CORRELACIÓN ENTRE ACTIVIDAD ENZIMÁTICA Y EFECTO SOBRE GERMINACION DE UREDOSPORAS DE UN HONGO FITOPATOGENO

Se desea encontrar la correlación entre las actividades enzimáticas de quitinasa y celulasa de bacterias aisladas de suelos agrícolas con respecto al efecto sobre la germinación de uredosporas.

col1_quitin=(c(15,27,18,12,13,18,28,25,21,14,17,19,37,35,38,55,72,64,277,270,283,66,60,54))
col2_germ=(c(25,25,20,32,19,32,52,52,45,51,39,39,35,25,41,25,25,25,58,45,58,28,51,45))
col3_cel=(c(32,21,27,2,2,2,160,156,168,2,3,3,1,2,1,0,0,0,141,145,150,0,0,0))
col4_germ2=(c(38,38,35,46,40,46,26,31,37,43,30,40,38,43,38,43,38,38,43,49,43,40,35,46))

CALCULO DE ESTADISTICOS DESCRIPTIVOS

En este apartado se calcularan la moda, la media, mediana, desviación estandar, error estandar, kurtosis.

hist(col1_quitin)

hist(col2_germ)

hist(col3_cel)

hist(col4_germ2)

sum(col1_quitin)
## [1] 1538
sum(col2_germ)
## [1] 892
sum(col3_cel)
## [1] 1018
sum(col4_germ2)
## [1] 944
mean(col1_quitin)
## [1] 64.08333
mean(col2_germ)
## [1] 37.16667
mean(col3_cel)
## [1] 42.41667
mean(col4_germ2)
## [1] 39.33333
sd(col1_quitin)
## [1] 84.17989
sd(col2_germ)
## [1] 12.42601
sd(col3_cel)
## [1] 66.14208
sd(col4_germ2)
## [1] 5.450701
mode(col1_quitin)
## [1] "numeric"
mode(col2_germ)
## [1] "numeric"
mode(col3_cel)
## [1] "numeric"
mode(col4_germ2)
## [1] "numeric"
median(col1_quitin)
## [1] 31.5
median(col2_germ)
## [1] 37
median(col3_cel)
## [1] 2
median(col4_germ2)
## [1] 39
qqnorm(col1_quitin)

qqnorm(col2_germ)

qqnorm(col3_cel)

qqnorm(col4_germ2)

##DETERMINACION DE NORMALIDAD DE LOS DATOS En este apartado se determinará la normalidad de cada uno de los datos para tomar la decisión de utilizar una prueba de correlación de PEARSON o de RANGOS DE SPEARMAN.

shapiro.test(col1_quitin)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  col1_quitin
## W = 0.58831, p-value = 4.586e-07
shapiro.test(col2_germ)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  col2_germ
## W = 0.92066, p-value = 0.06039
shapiro.test(col3_cel)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  col3_cel
## W = 0.63455, p-value = 1.538e-06
shapiro.test(col4_germ2)
## 
##  Shapiro-Wilk normality test
## 
## data:  col4_germ2
## W = 0.95396, p-value = 0.3294

##CORRELACION ENTRE ACTIVIDAD ENZIMATICA Y EFECTO SOBRE GERMINACION DE UREDOSPORAS

cor(col1_quitin,col2_germ,method='spearman')
## [1] 0.3036359
cor(col1_quitin,col4_germ2,method='spearman')
## [1] 0.1492978
cor(col3_cel,col2_germ,method='spearman')
## [1] 0.4040915
cor(col3_cel,col4_germ2,method='spearman')
## [1] -0.2123244
dat1=data.frame(col1_quitin,col2_germ)
library(PerformanceAnalytics)
## Cargando paquete requerido: xts
## Cargando paquete requerido: zoo
## 
## Adjuntando el paquete: 'zoo'
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     as.Date, as.Date.numeric
## 
## Adjuntando el paquete: 'PerformanceAnalytics'
## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     legend
chart.Correlation(dat1)

dat2=data.frame(col1_quitin,col4_germ2)
chart.Correlation(dat2)

dat3=data.frame(col3_cel,col2_germ)
chart.Correlation(dat3)

dat4=data.frame(col3_cel,col4_germ2)
chart.Correlation(dat4)

##RESULTADOS

Como se puede apreciar en los resultados obtenidos, los datos de actividad quitinasa y celulasa no siguen una distribución normal, y además, los datos de col2_germ mostraron una normalidad muy baja. Debido a esto, se decidió realizar una prueba de correlación para datos no normales, en este caso una correlación por rangos de Spearman.

Los coeficientes de correlación obtenidos para actividad quitinasa-germinación de uredosporas a las 24 h, actividad quitinasa-germinación de uredosporas a las 48 h, actividad celulasa-germinacion de uredosporas a las 24 h y actividad celulasa-germinacion de uredosporas a las 48 h, fueron: 0.3, 0.15, 0.4 y -0.2, respectivamente. El coeficiente de correlacion entre actividad celulasa y la germinación de uredosporas a las 24 h fue el más alto (0.4), indicando una correlación positiva de forma moderada, mientras que la actividad quitinasa presentó una correlación positiva débil.

##CONCLUSIONES

Los datos analizados no presentaron normalidad, por lo que el análisis de la correlacion entre los datos se realizó por métodos no paramétricos. El resultado del análisis de correlación arrojó que existe una correlacion moderadamente positiva entre la actividad celulasa y la germinación de uredosporas de hongo fitopatogeno.