QT
Quality threshold (QT) clustering is firstly developed for clustering gene expression data. It is a partitioning method taht forms clusters based on a maximum cluster diameter. It iteratively identifies the largest cluster below the threshold and removes its items from the data set until all items are assigned.
library(flexclust)## Loading required package: grid
## Loading required package: lattice
## Loading required package: modeltools
## Loading required package: stats4x <- matrix(10*runif(1000), ncol = 2)
cl1 <- qtclust(x, radius = 3) # maximum distance to cluster centers is 3
cl2 <- qtclust(x, radius = 1)
par(mfrow=c(2,1))
plot(x, col=predict(cl1), xlab = "", ylab = "")
plot(x, col=predict(cl2))
The row-to-cluster assignment info:
data.frame(name_index=1:nrow(x), cl=attributes(cl1)$cluster)## name_index cl
## 1 1 1
## 2 2 3
## 3 3 1
## 4 4 4
## 5 5 3
## 6 6 2
## 7 7 1
## 8 8 1
## 9 9 1
## 10 10 4
## 11 11 1
## 12 12 1
## 13 13 1
## 14 14 2
## 15 15 1
## 16 16 2
## 17 17 2
## 18 18 3
## 19 19 4
## 20 20 2
## 21 21 1
## 22 22 4
## 23 23 1
## 24 24 4
## 25 25 6
## 26 26 1
## 27 27 1
## 28 28 3
## 29 29 3
## 30 30 4
## 31 31 1
## 32 32 4
## 33 33 3
## 34 34 2
## 35 35 1
## 36 36 5
## 37 37 2
## 38 38 4
## 39 39 2
## 40 40 5
## 41 41 5
## 42 42 2
## 43 43 5
## 44 44 2
## 45 45 3
## 46 46 1
## 47 47 1
## 48 48 5
## 49 49 3
## 50 50 2
## 51 51 3
## 52 52 6
## 53 53 1
## 54 54 2
## 55 55 5
## 56 56 3
## 57 57 5
## 58 58 2
## 59 59 1
## 60 60 1
## 61 61 5
## 62 62 1
## 63 63 4
## 64 64 5
## 65 65 3
## 66 66 4
## 67 67 1
## 68 68 4
## 69 69 3
## 70 70 2
## 71 71 1
## 72 72 4
## 73 73 4
## 74 74 1
## 75 75 3
## 76 76 4
## 77 77 4
## 78 78 5
## 79 79 2
## 80 80 1
## 81 81 4
## 82 82 1
## 83 83 2
## 84 84 3
## 85 85 2
## 86 86 2
## 87 87 1
## 88 88 1
## 89 89 4
## 90 90 1
## 91 91 4
## 92 92 1
## 93 93 4
## 94 94 4
## 95 95 4
## 96 96 3
## 97 97 2
## 98 98 3
## 99 99 3
## 100 100 1
## 101 101 4
## 102 102 1
## 103 103 1
## 104 104 2
## 105 105 1
## 106 106 2
## 107 107 5
## 108 108 3
## 109 109 1
## 110 110 2
## 111 111 2
## 112 112 3
## 113 113 6
## 114 114 4
## 115 115 2
## 116 116 1
## 117 117 5
## 118 118 3
## 119 119 3
## 120 120 5
## 121 121 1
## 122 122 3
## 123 123 4
## 124 124 2
## 125 125 2
## 126 126 3
## 127 127 4
## 128 128 3
## 129 129 3
## 130 130 1
## 131 131 4
## 132 132 2
## 133 133 3
## 134 134 6
## 135 135 4
## 136 136 4
## 137 137 2
## 138 138 1
## 139 139 3
## 140 140 1
## 141 141 1
## 142 142 3
## 143 143 6
## 144 144 4
## 145 145 4
## 146 146 1
## 147 147 1
## 148 148 1
## 149 149 1
## 150 150 2
## 151 151 2
## 152 152 1
## 153 153 2
## 154 154 1
## 155 155 4
## 156 156 4
## 157 157 1
## 158 158 2
## 159 159 2
## 160 160 1
## 161 161 1
## 162 162 1
## 163 163 2
## 164 164 3
## 165 165 4
## 166 166 2
## 167 167 5
## 168 168 2
## 169 169 1
## 170 170 1
## 171 171 1
## 172 172 3
## 173 173 2
## 174 174 1
## 175 175 2
## 176 176 6
## 177 177 1
## 178 178 4
## 179 179 3
## 180 180 3
## 181 181 1
## 182 182 4
## 183 183 1
## 184 184 3
## 185 185 5
## 186 186 5
## 187 187 1
## 188 188 5
## 189 189 3
## 190 190 1
## 191 191 1
## 192 192 3
## 193 193 1
## 194 194 3
## 195 195 3
## 196 196 1
## 197 197 2
## 198 198 3
## 199 199 3
## 200 200 3
## 201 201 5
## 202 202 5
## 203 203 1
## 204 204 2
## 205 205 1
## 206 206 2
## 207 207 3
## 208 208 2
## 209 209 1
## 210 210 1
## 211 211 3
## 212 212 4
## 213 213 2
## 214 214 4
## 215 215 1
## 216 216 5
## 217 217 5
## 218 218 5
## 219 219 1
## 220 220 2
## 221 221 1
## 222 222 1
## 223 223 3
## 224 224 2
## 225 225 1
## 226 226 2
## 227 227 3
## 228 228 5
## 229 229 3
## 230 230 2
## 231 231 4
## 232 232 5
## 233 233 3
## 234 234 2
## 235 235 3
## 236 236 2
## 237 237 5
## 238 238 5
## 239 239 3
## 240 240 1
## 241 241 5
## 242 242 4
## 243 243 3
## 244 244 1
## 245 245 5
## 246 246 1
## 247 247 4
## 248 248 3
## 249 249 4
## 250 250 3
## 251 251 1
## 252 252 4
## 253 253 2
## 254 254 1
## 255 255 2
## 256 256 1
## 257 257 3
## 258 258 4
## 259 259 1
## 260 260 3
## 261 261 1
## 262 262 5
## 263 263 1
## 264 264 3
## 265 265 4
## 266 266 1
## 267 267 3
## 268 268 1
## 269 269 3
## 270 270 1
## 271 271 6
## 272 272 3
## 273 273 2
## 274 274 3
## 275 275 5
## 276 276 1
## 277 277 1
## 278 278 6
## 279 279 2
## 280 280 3
## 281 281 1
## 282 282 4
## 283 283 1
## 284 284 5
## 285 285 3
## 286 286 5
## 287 287 5
## 288 288 2
## 289 289 1
## 290 290 NA
## 291 291 2
## 292 292 1
## 293 293 4
## 294 294 2
## 295 295 1
## 296 296 2
## 297 297 2
## 298 298 1
## 299 299 2
## 300 300 6
## 301 301 4
## 302 302 5
## 303 303 4
## 304 304 6
## 305 305 4
## 306 306 2
## 307 307 4
## 308 308 3
## 309 309 5
## 310 310 2
## 311 311 2
## 312 312 5
## 313 313 3
## 314 314 4
## 315 315 3
## 316 316 4
## 317 317 2
## 318 318 1
## 319 319 3
## 320 320 3
## 321 321 4
## 322 322 2
## 323 323 5
## 324 324 4
## 325 325 3
## 326 326 1
## 327 327 4
## 328 328 4
## 329 329 5
## 330 330 6
## 331 331 5
## 332 332 2
## 333 333 1
## 334 334 6
## 335 335 1
## 336 336 6
## 337 337 6
## 338 338 3
## 339 339 3
## 340 340 3
## 341 341 2
## 342 342 3
## 343 343 1
## 344 344 2
## 345 345 1
## 346 346 4
## 347 347 2
## 348 348 2
## 349 349 5
## 350 350 1
## 351 351 4
## 352 352 4
## 353 353 5
## 354 354 2
## 355 355 1
## 356 356 1
## 357 357 4
## 358 358 1
## 359 359 2
## 360 360 1
## 361 361 5
## 362 362 1
## 363 363 2
## 364 364 4
## 365 365 1
## 366 366 3
## 367 367 5
## 368 368 2
## 369 369 3
## 370 370 4
## 371 371 3
## 372 372 1
## 373 373 2
## 374 374 1
## 375 375 1
## 376 376 1
## 377 377 4
## 378 378 2
## 379 379 4
## 380 380 3
## 381 381 3
## 382 382 4
## 383 383 2
## 384 384 1
## 385 385 1
## 386 386 1
## 387 387 3
## 388 388 1
## 389 389 3
## 390 390 4
## 391 391 4
## 392 392 5
## 393 393 1
## 394 394 5
## 395 395 4
## 396 396 2
## 397 397 5
## 398 398 3
## 399 399 1
## 400 400 1
## 401 401 5
## 402 402 2
## 403 403 1
## 404 404 4
## 405 405 5
## 406 406 1
## 407 407 2
## 408 408 4
## 409 409 2
## 410 410 1
## 411 411 2
## 412 412 1
## 413 413 6
## 414 414 1
## 415 415 3
## 416 416 3
## 417 417 2
## 418 418 1
## 419 419 2
## 420 420 1
## 421 421 1
## 422 422 2
## 423 423 5
## 424 424 4
## 425 425 1
## 426 426 4
## 427 427 5
## 428 428 4
## 429 429 2
## 430 430 1
## 431 431 3
## 432 432 4
## 433 433 1
## 434 434 1
## 435 435 3
## 436 436 2
## 437 437 4
## 438 438 5
## 439 439 3
## 440 440 1
## 441 441 3
## 442 442 1
## 443 443 2
## 444 444 2
## 445 445 1
## 446 446 3
## 447 447 2
## 448 448 3
## 449 449 3
## 450 450 1
## 451 451 1
## 452 452 1
## 453 453 3
## 454 454 2
## 455 455 2
## 456 456 4
## 457 457 2
## 458 458 5
## 459 459 5
## 460 460 1
## 461 461 2
## 462 462 2
## 463 463 5
## 464 464 4
## 465 465 1
## 466 466 2
## 467 467 1
## 468 468 2
## 469 469 2
## 470 470 1
## 471 471 1
## 472 472 5
## 473 473 4
## 474 474 3
## 475 475 3
## 476 476 2
## 477 477 2
## 478 478 1
## 479 479 1
## 480 480 1
## 481 481 1
## 482 482 1
## 483 483 4
## 484 484 1
## 485 485 2
## 486 486 4
## 487 487 2
## 488 488 1
## 489 489 1
## 490 490 2
## 491 491 4
## 492 492 3
## 493 493 4
## 494 494 3
## 495 495 3
## 496 496 2
## 497 497 4
## 498 498 5
## 499 499 5
## 500 500 5