## ── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
## ✔ dplyr     1.1.4     ✔ readr     2.1.5
## ✔ forcats   1.0.0     ✔ stringr   1.5.1
## ✔ ggplot2   3.5.2     ✔ tibble    3.2.1
## ✔ lubridate 1.9.4     ✔ tidyr     1.3.1
## ✔ purrr     1.0.4     
## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
## ✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()
## ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors
## 
## 载入程序包:'gridExtra'
## 
## 
## The following object is masked from 'package:dplyr':
## 
##     combine
## 
## 
## Registered S3 method overwritten by 'GGally':
##   method from   
##   +.gg   ggplot2
## 
## 
## 载入程序包:'corrgram'
## 
## 
## The following object is masked from 'package:GGally':
## 
##     baseball
## 
## 
## corrplot 0.95 loaded
## 
## 载入需要的程序包:viridisLite
## 
## scatterpie v0.2.4 Learn more at https://yulab-smu.top/

解释原始数据

mtcars

  • mtcars 是R自带的数据集,该数据集摘自 1974年《美国汽车趋势》杂志,包括32款汽车(1973~74款)的油耗、汽车设计和性能等共11个指标。根据该数据集绘制本次练习图形。
data = mtcars
datatable(data)
  • 指标解释:cyl、vs、am、gear和carb作为因子变量,其余可看作数值变量。

    • mpg: 燃油效率(英里/加仑),数值越高越省油。

    • cyl: 发动机气缸数(4/6/8缸),缸数越多通常动力越强。

    • disp: 发动机排量(立方英寸),排量越大动力越强,油耗越高。

    • hp: 发动机马力(马力),数值越高动力越强。

    • drat: 后轴传动比(比值),影响加速和燃油经济性。

    • wt: 车重(千磅),重量轻的车通常更省油。

    • qsec: 1/4英里加速时间(秒),时间越短动力越强。

    • vs: 发动机类型(0=V型,1=直列),V型多见于高性能车。

    • am: 变速器类型(0=自动,1=手动),手动挡通常更省油。

    • gear: 前进挡位数(3/4/5挡),挡位多可能更平顺省油。

    • carb: 化油器数量(1-8个),数量多可能提升动力。

diamonds

  • diamondsRggplot2包内置的经典数据集,记录了约 54,000 颗钻石的物理属性和价格信息。数据集包含 10 个变量,4个分类变量,6个数值变量。
bigdata = diamonds
datatable(head(bigdata,12))
  • 指标解释:cut、color、clarity为因子变量,其余可看作数值变量。
    • carat: 钻石重量,单位是克拉(1克拉=0.2克),数值越大钻石越大越贵。
    • cut: 切工质量,分为5个等级:Fair(一般)、Good(良好)、Very Good(很好)、Premium(优质)、Ideal(完美),切工越好钻石光泽越强。
    • color: 颜色等级,从D(无色,最佳)到J(浅黄色),颜色越接近无色价值越高。
    • clarity: 净度等级,分为8级:I1(内含物明显)、SI1-SI2(小内含物)、VS1-VS2(极小内含物)、VVS1-VVS2(极微小内含物)、IF(内部无瑕),净度越高钻石越纯净。
    • depth: 总深度百分比(%),计算公式为z/(x+y)/2*100,影响钻石的光反射效果。
    • table: 台面宽度百分比(%),指钻石顶部平面相对于平均宽度的比例,影响钻石的外观比例。
    • x: 钻石长度(毫米),物理尺寸之一。
    • y: 钻石宽度(毫米),物理尺寸之一。
    • z: 钻石高度(毫米),物理尺寸之一。
    • price: 钻石价格(美元),反映其综合价值,受carat、cut、color、clarity等因素影响。

两变量散点图

绘图要求

  • 利用ggplot(data,aes(x,y))+geom_point()绘制燃油效率(mpg,横轴)和车重(wt,纵轴)两个变量的散点图;

  • 利用geom_rug()为横轴和纵轴绘制地毯图;

  • 利用stat_smooth()为散点图添加拟合直线;

  • 利用geom_point()为散点图添加均值点;

  • 利用ggMarginal(type="densigram") 为散点图添加边际核密度直方图;

  • 利用ggtitle() 将图标题改为散点图+地毯图+线性拟合+边际图

作图代码

df <- data
p1<-ggplot(data=df,aes(x=mpg,y=wt))+
    geom_point(shape=21,size=1.5,fill="deepskyblue")+  # 设置点的形状、大小和填充颜色
    geom_rug(color="steelblue")+               # 添加地毯图
    stat_smooth(method=lm,color="red",fill="blue",size=0.8)+  # 添加线性拟合线、设置线的颜色和置信带的颜色
    geom_point(aes(x=mean(mpg),y=mean(wt)),shape=21,fill="yellow",size=4)+   # 绘制均值点
    ggtitle("散点图+地毯图+线性拟合+边际图")
## Warning: Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0.
## ℹ Please use `linewidth` instead.
## This warning is displayed once every 8 hours.
## Call `lifecycle::last_lifecycle_warnings()` to see where this warning was
## generated.
p11<-ggMarginal(p1,type="densigram",color="grey50",fill="lightskyblue",alpha=0.5)
## Warning in geom_point(aes(x = mean(mpg), y = mean(wt)), shape = 21, fill = "yellow", : All aesthetics have length 1, but the data has 32 rows.
## ℹ Please consider using `annotate()` or provide this layer with data containing
##   a single row.
## `geom_smooth()` using formula = 'y ~ x'
## Warning in geom_point(aes(x = mean(mpg), y = mean(wt)), shape = 21, fill = "yellow", : All aesthetics have length 1, but the data has 32 rows.
## ℹ Please consider using `annotate()` or provide this layer with data containing
##   a single row.
## `geom_smooth()` using formula = 'y ~ x'
## Warning in geom_point(aes(x = mean(mpg), y = mean(wt)), shape = 21, fill = "yellow", : All aesthetics have length 1, but the data has 32 rows.
## ℹ Please consider using `annotate()` or provide this layer with data containing
##   a single row.
## `geom_smooth()` using formula = 'y ~ x'
## Warning: The dot-dot notation (`..density..`) was deprecated in ggplot2 3.4.0.
## ℹ Please use `after_stat(density)` instead.
## ℹ The deprecated feature was likely used in the ggExtra package.
##   Please report the issue at <https://github.com/daattali/ggExtra/issues>.
## This warning is displayed once every 8 hours.
## Call `lifecycle::last_lifecycle_warnings()` to see where this warning was
## generated.
p11

图形观察和代码编写的心得体会

  • 让我懂得了如何将多种类型的图结合起来,使页面变得整洁、一目了然

散点图矩阵和相关系数矩阵图

绘图要求

  • 利用GGally::ggpairs(columns)绘制除cyl、vs、am、gear和carb外6个变量的散点图矩阵;

  • 修改参数upper=list(continuous = "density") ,将上三角图形改为二维核密度等高线图;

  • 利用ggiraphExtra::ggCor() 绘制除cyl、vs、am、gear和carb外6个变量的相关系数矩阵图。

散点图矩阵

df <- data |> dplyr::select(-c("cyl","vs","am","gear","carb"))
ggpairs(df,                  # 选择图变量
  lower = list(continuous = "points"),   # 对角线下方绘制点
  upper = list(continuous = "density"))+ # 对角线上方绘制二维核密度图
  theme(axis.title=element_text(size=8))+     # 设置坐标轴标签字体大小
  theme(axis.text=element_text(size=6))       # 设置坐标轴刻度字体大小

相关系数矩阵图代码

ggCor(df,whaw=1,    # 计算Pearson相关系数
  digits=4,                # 保留4为小数
  label=3,                 # 显示相关系数及其检验的P值
  mode=2,                  # 显示半角矩阵
  xangle=0)+              # 设置x轴标签角度
ggtitle("ggCor函数绘制的相关系数矩阵")

图形观察和代码编写的心得体会

  • 通过变换不同的代码形式,图形也会有所变动,能够更灵活的使用不同的图形对应不同的要求

大数据集的散点图

绘图要求

  • 利用diamonds数据,绘制carat: 钻石重量price: 钻石价格两个变量的散点图;

  • 利用geom_hex(bins=30,size=0.3,color="black"),将散点图转化为六边形分箱散点图;

  • 利用stat_density_2d(geom="raster",aes(fill=..density..),contour=FALSE) ,将散点图转化为二维核密度图;

  • 利用geom_density_2d() ,在散点图上添加核密度等高线;

  • 利用geom_density_2d_filled(alpha=0.8) ,对核密度等高线区域填充颜色。

六边形分箱散点图

library(viridis)     # 色盲友好的颜色配色包
df <- bigdata
p<-ggplot(df,aes(x=carat,y=price))+                       # 绘制散点图
    theme_bw()+                                   # 使用黑白主题
    theme(panel.grid=element_blank())             # 移除网格线
p1<-p+geom_hex(bins=20,size=0.3,color="black")+   # 六边形分箱
    scale_fill_viridis_c(option="H")+             # 选择配色方案
    ggtitle("六边形分箱散点图")

p1

二维核密度图

df <- bigdata
p<-ggplot(df,aes(x=carat,y=price))+                       # 绘制散点图
    theme_bw()+                                   # 使用黑白主题
    theme(panel.grid=element_blank())             # 移除网格线
p2<-p+stat_density_2d(geom="raster",aes(fill=..density..),contour=FALSE)+ # 绘制二维核密度图
    scale_fill_viridis_c(option="H")+
    ggtitle("二维核密度图")
p2

散点图+密度等高线

df <- bigdata
p<-ggplot(df,aes(x=carat,y=price))+                       # 绘制散点图
    theme_bw()+                                   # 使用黑白主题
    theme(panel.grid=element_blank())             # 移除网格线
p3<-p+geom_point(color="grey20")+                 # 绘制散点图
    geom_density_2d()+                            # 添加等高线
    ggtitle("散点图+密度等高线")
p3

散点图+密度等高线带

df <- bigdata
p<-ggplot(df,aes(x=carat,y=price))+                       # 绘制散点图
    theme_bw()+                                   # 使用黑白主题
    theme(panel.grid=element_blank())             # 移除网格线
p4<-p+geom_point(color="grey20")+
    geom_density_2d_filled(alpha=0.8)+
    geom_density_2d(size=0.25,colour="black")+    # 设置等高线宽度和颜色
    guides(fill="none")+                          # 删除图例
    ggtitle("散点图+密度等高线带")
p4

图形观察和代码编写的心得体会

  • 大数据集可以优先考虑分箱或密度图避免过度绘制

3D散点图和气泡图

绘图要求

  • 绘制hp发动机马力、mpg燃油效率和wt车重三个变量的 3D 散点图和气泡图。

  • 采用scatterplot3d(x=hp,y=wt,z=mpg)绘制3D散点图,并添加回归平面。

  • 采用ggplot(df,aes(x=hp,y=mpg,color=wt,size=wt)) 绘制气泡图

3D散点图代码

attach(mtcars)
## The following object is masked from package:ggplot2:
## 
##     mpg
s3d<-scatterplot3d(x=hp,y=wt,z=mpg,
  col.axis="blue",col.grid="lightblue",pch=16,highlight.3d=TRUE,
  type="h",box=TRUE,cex.lab=0.7,main="添加二元回归面")
fit<-lm(mpg~hp+wt)
s3d$plane3d(fit,col="grey30")

气泡图代码

df <- data
ggplot(df,aes(x=hp,y=mpg,color=wt))+
  geom_point(aes(size=wt),alpha=0.5)+   # 气泡大小=总股本
  scale_size(range=c(1,7))+                 # 设置点的大小
  theme(panel.grid.minor=element_blank())+  # 移除次网格线
  theme(plot.title=element_text(size=12))+  # 设置标题字体大小
  theme(legend.text=element_text(size=9,color="blue"))+ # 设置图例字体大小和颜色
  scale_color_binned()+                     # 设置连续分级色键
  guides(size="none")+
  annotate("text",x=300,y=30,label="气泡大小 = 车重",size=4)# 添加注释文本

图形观察和代码编写的心得体会

  • 3D图中直接叠加回归平面更直观,而气泡图需额外添加趋势线或分面表达类似效果

分组散点图

绘图要求

  • 以气缸数(cy1)为因子,绘制车重(wt)和燃油效率(mpg)的分组散点图,添加回归直线;

  • 利用facet_grid(~cy1,scale="free_x") ,按因子变量分面;

  • 利用ggplot(data=df,aes(x=wt,y=mpg,shape=cyl,color=cyl)) ,按形状和颜色分组

按因子变量分面代码

  • 注意分组变量cyl需要转化为因子
df <- data |> mutate(cyl=factor(cyl))
ggplot(data=df,aes(x=wt,y=mpg,color=wt))+
   geom_point(size=1.5)+       # 设置点的大小
   stat_smooth(method="lm",color="red",fill="deepskyblue",size=0.7)+# 添加拟合直线和置信带
   theme(legend.position="none",                 # 移除图例
         panel.spacing.x=unit(0.2,"lines"),
         panel.spacing.y=unit(0.2,"lines"))+     # 设置子图间距
   facet_grid(~cyl,scale="free_x")  # 按股票类型分组、按上市板块分面
## `geom_smooth()` using formula = 'y ~ x'

按形状和颜色分组代码

ggplot(data=df,aes(x=wt,y=mpg,shape=cyl,color=cyl))+
  geom_point(size=2.5)+                     # 设置点的大小
  scale_shape_manual(values=c(1,10,16,17))+ # 设置点的形状
  scale_color_brewer(palette="Set1")+
  theme(legend.position="bottom")+
  scale_alpha(guide="none")+
  ggtitle("用形状和颜色分组")

图形观察和代码编写的心得体会

  • 这两个图可以根据不同的爱好灵活选择,必要时可以结合两者