aula gbif (07/05)
Ana Beatriz de Sousa Farias
2025-05-07
Obtendo a Bounding Box
bbox <- st_bbox(alpa_poly_wgs84)
bbox## xmin ymin xmax ymax
## -49.73857 -24.51341 -47.37545 -22.98259# Função para baixar ocorrências de uma classe taxonômica
baixar_ocorrencias <- function(classe, bbox, limite = 2000) {
occ_search(
classKey = name_backbone(name = classe, rank = "class")$usageKey,
hasCoordinate = TRUE,
limit = limite,
decimalLatitude = paste0(bbox["ymin"], ",", bbox["ymax"]),
decimalLongitude = paste0(bbox["xmin"], ",", bbox["xmax"])
)$data}
aves <- baixar_ocorrencias("Aves", bbox)
nrow(aves)## [1] 2000anfibios <- baixar_ocorrencias("Amphibia", bbox)
nrow(anfibios)## [1] 2000# Convertendo para sf
aves_sf <- st_as_sf(aves, coords = c("decimalLongitude", "decimalLatitude"), crs = 4326)
anfibios_sf <- st_as_sf(anfibios, coords = c("decimalLongitude", "decimalLatitude"), crs = 4326)
# Mapa
plot(st_geometry(alpa_poly_wgs84), main = "Registros GBIF em ALPA", col = NA, border = "black")
plot(aves_sf, col = "blue", pch = 1, add = TRUE)## Warning in plot.sf(aves_sf, col = "blue", pch = 1, add = TRUE): ignoring all
## but the first attributeplot(anfibios_sf, col = "green", pch = 3, add = TRUE)## Warning in plot.sf(anfibios_sf, col = "green", pch = 3, add = TRUE): ignoring
## all but the first attributelegend("bottomleft", legend = c("Aves", "Anfíbios"), col = c("blue", "green"), pch = c(1, 3))
axis(1)
axis(2)
Obtendo a lista de espécies
# Lista de aves
aves_lista <- aves %>%
filter(!is.na(scientificName)) %>%
group_by(scientificName, vernacularName, order, family) %>%
summarise(n = n(), .groups = "drop") %>%
arrange(desc(n))
# Lista de anfibios
anfibios_lista <- anfibios %>%
filter(!is.na(scientificName)) %>%
group_by(scientificName, vernacularName, order, family) %>%
summarise(n = n(), .groups = "drop") %>%
arrange(desc(n))Visualizando a lista de espécies
print(anfibios_lista, n=202)## # A tibble: 202 × 5
## scientificName vernacularName order family n
## <chr> <chr> <chr> <chr> <int>
## 1 Rhinella icterica (Spix, 1824) <NA> Anura Bufon… 123
## 2 Hyla Laurenti, 1768 <NA> Anura Hylid… 121
## 3 Rhinella ornata (Spix, 1824) <NA> Anura Bufon… 85
## 4 Proceratophrys boiei (Wied-Neuwied, 1824) <NA> Anura Odont… 71
## 5 Scinax fuscovarius (Lutz, 1925) <NA> Anura Hylid… 60
## 6 Dendropsophus minutus (Peters, 1872) <NA> Anura Hylid… 53
## 7 Physalaemus olfersii (Lichtenstein & Mart… <NA> Anura Lepto… 48
## 8 Physalaemus cuvieri Fitzinger, 1826 <NA> Anura Lepto… 44
## 9 Phyllomedusa distincta Lutz, 1950 <NA> Anura Phyll… 42
## 10 Boana faber (Wied-Neuwied, 1821) <NA> Anura Hylid… 39
## 11 Boana bischoffi (Boulenger, 1887) <NA> Anura Hylid… 38
## 12 Ololygon rizibilis (Bokermann, 1964) <NA> Anura Hylid… 37
## 13 Phyllomedusa tetraploidea Pombal & Haddad… <NA> Anura Phyll… 35
## 14 Scinax rizibilis (Bokermann, 1964) <NA> Anura Hylid… 35
## 15 Boana albomarginata (Spix, 1824) <NA> Anura Hylid… 28
## 16 Dendropsophus sanborni (Schmidt, 1944) <NA> Anura Hylid… 28
## 17 Scinax perereca Pombal, Haddad & Kasahara… <NA> Anura Hylid… 28
## 18 Adenomera marmorata Steindachner, 1867 <NA> Anura Lepto… 26
## 19 Crossodactylus caramaschii Bastos & Pomba… <NA> Anura Hylod… 25
## 20 Haddadus binotatus (Spix, 1824) <NA> Anura Craug… 23
## 21 Leptodactylus fuscus (Schneider, 1799) <NA> Anura Lepto… 23
## 22 Rhinella diptycha (Cope, 1862) <NA> Anura Bufon… 23
## 23 Scinax Wagler, 1830 <NA> Anura Hylid… 23
## 24 Itapotihyla langsdorffii (Duméril & Bibro… <NA> Anura Hylid… 22
## 25 Dendropsophus nanus (Boulenger, 1889) <NA> Anura Hylid… 21
## 26 Eleutherodactylus Duméril & Bibron, 1841 <NA> Anura Eleut… 21
## 27 Ischnocnema henselii (Peters, 1870) <NA> Anura Brach… 21
## 28 Physalaemus lateristriga (Steindachner, 1… <NA> Anura Lepto… 19
## 29 Boana semilineata (Spix, 1824) <NA> Anura Hylid… 18
## 30 Dendropsophus microps (Peters, 1872) <NA> Anura Hylid… 18
## 31 Physalaemus spiniger (Miranda-Ribeiro, 19… <NA> Anura Lepto… 18
## 32 Leptodactylus Fitzinger, 1826 <NA> Anura Lepto… 17
## 33 Leptodactylus notoaktites Heyer, 1978 <NA> Anura Lepto… 17
## 34 Scinax fuscomarginatus (Lutz, 1925) <NA> Anura Hylid… 17
## 35 Dendropsophus elegans (Wied-Neuwied, 1824) <NA> Anura Hylid… 16
## 36 Ischnocnema Reinhardt & Lütken, 1862 <NA> Anura Brach… 16
## 37 Rhinella margaritifera (Laurenti, 1768) <NA> Anura Bufon… 16
## 38 Sphaenorhynchus surdus (Cochran, 1953) <NA> Anura Hylid… 16
## 39 Aplastodiscus perviridis Lutz, 1950 <NA> Anura Hylid… 15
## 40 Boana prasina (Burmeister, 1856) <NA> Anura Hylid… 15
## 41 Physalaemus Fitzinger, 1826 <NA> Anura Lepto… 15
## 42 Scinax crospedospilus (Lutz, 1925) <NA> Anura Hylid… 15
## 43 Trachycephalus mesophaeus (Hensel, 1867) <NA> Anura Hylid… 15
## 44 Hypsiboas caingua (Carrizo, 1991) <NA> Anura Hylid… 14
## 45 Leptodactylus mystacinus (Burmeister, 186… <NA> Anura Lepto… 14
## 46 Sphaenorhynchus caramaschii Toledo, Garci… <NA> Anura Hylid… 13
## 47 Bokermannohyla circumdata (Cope, 1871) <NA> Anura Hylid… 12
## 48 Hypsiboas faber (Wied-Neuwied, 1821) <NA> Anura Hylid… 12
## 49 Dendropsophus elianeae (Napoli & Caramasc… <NA> Anura Hylid… 11
## 50 Hylodes Fitzinger, 1826 <NA> Anura Hylod… 11
## 51 Hypsiboas bischoffi (Boulenger, 1887) <NA> Anura Hylid… 11
## 52 Leptodactylus ocellatus (Linnaeus, 1758) <NA> Anura Hylid… 11
## 53 Macrogenioglottus alipioi Carvalho, 1946 <NA> Anura Odont… 11
## 54 Rhinella hoogmoedi Caramaschi & Pombal, 2… <NA> Anura Bufon… 11
## 55 Bokermannohyla hylax (Heyer, 1985) <NA> Anura Hylid… 10
## 56 Dendropsophus jimi (Napoli & Caramaschi, … <NA> Anura Hylid… 10
## 57 Phyllomedusa Wagler, 1830 <NA> Anura Phyll… 10
## 58 Scinax imbegue Nunes, Kwet & Pombal, 2012 <NA> Anura Hylid… 10
## 59 Aplastodiscus albosignatus (Lutz & Lutz, … <NA> Anura Hylid… 9
## 60 Bufo Garsault, 1764 <NA> Anura Bufon… 9
## 61 Dendropsophus anceps (Lutz, 1929) <NA> Anura Hylid… 9
## 62 Dendropsophus werneri (Cochran, 1952) <NA> Anura Hylid… 9
## 63 Leptodactylus marmorata (Steindachner, 18… <NA> Anura Lepto… 9
## 64 Dendrophryniscus brevipollicatus Jiménez … <NA> Anura Bufon… 8
## 65 Leptodactylus labyrinthicus (Spix, 1824) <NA> Anura Lepto… 8
## 66 Odontophrynus americanus (Duméril & Bibro… <NA> Anura Odont… 8
## 67 Rhinella schneideri (Werner, 1894) <NA> Anura Bufon… 8
## 68 Scinax hayii (Barbour, 1909) <NA> Anura Hylid… 8
## 69 Hypsiboas albopunctatus (Spix, 1824) <NA> Anura Hylid… 7
## 70 Ischnocnema guentheri (Steindachner, 1864) <NA> Anura Brach… 7
## 71 Phyllomedusa burmeisteri Boulenger, 1882 <NA> Anura Phyll… 7
## 72 Scinax x-signatus (Spix, 1824) <NA> Anura Hylid… 7
## 73 Boana albopunctata (Spix, 1824) <NA> Anura Hylid… 6
## 74 Bokermannohyla Faivovich, Haddad, Garcia,… <NA> Anura Hylid… 6
## 75 Chiasmocleis albopunctata (Boettger, 1885) <NA> Anura Micro… 6
## 76 Dendropsophus giesleri (Mertens, 1950) <NA> Anura Hylid… 6
## 77 Hylodes cardosoi Lingnau, Canedo & Pombal… Torret Frog Anura Hylod… 6
## 78 Hypsiboas geographicus (Spix, 1824) <NA> Anura Hylid… 6
## 79 Paratelmatobius Lutz & Carvalho, 1958 <NA> Anura Lepto… 6
## 80 Bokermannohyla luctuosa (Pombal & Haddad,… <NA> Anura Hylid… 5
## 81 Chiasmocleis leucosticta (Boulenger, 1888) <NA> Anura Micro… 5
## 82 Dendropsophus berthalutzae (Bokermann, 19… <NA> Anura Hylid… 5
## 83 Elachistocleis bicolor (Guérin-Méneville,… <NA> Anura Micro… 5
## 84 Fritziana mitus Walker, Wachlevski, Nogue… <NA> Anura Hemip… 5
## 85 Gastrotheca microdiscus (Andersson, 1910) <NA> Anura Hemip… 5
## 86 Hypsiboas pardalis (Spix, 1824) <NA> Anura Hylid… 5
## 87 Hypsiboas prasinus (Burmeister, 1856) <NA> Anura Hylid… 5
## 88 Ololygon argyreornata (Miranda-Ribeiro, 1… <NA> Anura Hylid… 5
## 89 Physalaemus marmoratus (Reinhardt & Lütke… <NA> Anura Lepto… 5
## 90 Physalaemus nattereri (Steindachner, 1863) <NA> Anura Lepto… 5
## 91 Vitreorana parvula (Boulenger, 1895) <NA> Anura Centr… 5
## 92 Adenomera Steindachner, 1867 <NA> Anura Lepto… 4
## 93 Boana caingua (Carrizo, 1991) <NA> Anura Hylid… 4
## 94 Bufo crucifer Wied-Neuwied, 1821 <NA> Anura Bufon… 4
## 95 Crossodactylus Duméril & Bibron, 1841 <NA> Anura Hylod… 4
## 96 Cycloramphus acangatan Verdade & Rodrigue… <NA> Anura Cyclo… 4
## 97 Dendropsophus seniculus (Cope, 1868) <NA> Anura Hylid… 4
## 98 Hylodes cardosoi Lingnau, Canedo & Pombal… <NA> Anura Hylod… 4
## 99 Hypsiboas Wagler, 1830 <NA> Anura Hylid… 4
## 100 Hypsiboas caipora Antunes, Faivovich & Ha… <NA> Anura Hylid… 4
## 101 Leptodactylus latrans (Steffen, 1815) <NA> Anura Lepto… 4
## 102 Scinax berthae (Barrio, 1962) <NA> Anura Hylid… 4
## 103 Scinax perpusillus (Lutz & Lutz, 1939) <NA> Anura Hylid… 4
## 104 Sphaenorhynchus orophilus (Lutz & Lutz, 1… <NA> Anura Hylid… 4
## 105 Adenomera bokermanni (Heyer, 1973) <NA> Anura Lepto… 3
## 106 Aplastodiscus Lutz, 1950 <NA> Anura Hylid… 3
## 107 Boana pardalis (Spix, 1824) <NA> Anura Hylid… 3
## 108 Cycloramphus Tschudi, 1838 <NA> Anura Cyclo… 3
## 109 Elachistocleis cesarii (Miranda-Ribeiro, … <NA> Anura Micro… 3
## 110 Eupemphix nattereri Steindachner, 1863 <NA> Anura Lepto… 3
## 111 Hyla microcephala werneri Cochran, 1952 <NA> Anura Hylid… 3
## 112 Hylodes asper (Müller, 1924) <NA> Anura Hylod… 3
## 113 Leptodactylus luctator <NA> Anura Lepto… 3
## 114 Leptodactylus mystaceus (Spix, 1824) <NA> Anura Lepto… 3
## 115 Paratelmatobius cardosoi Pombal & Haddad,… <NA> Anura Lepto… 3
## 116 Paratelmatobius segallai Santos, Oliveira… <NA> Anura Lepto… 3
## 117 Phasmahyla cochranae (Bokermann, 1966) <NA> Anura Phyll… 3
## 118 Physalaemus centralis Bokermann, 1962 <NA> Anura Lepto… 3
## 119 Rhinella acutirostris (Spix, 1824) <NA> Anura Bufon… 3
## 120 Scinax littoralis (Pombal & Gordo, 1991) <NA> Anura Hylid… 3
## 121 Aplastodiscus leucopygius (Cruz & Peixoto… <NA> Anura Hylid… 2
## 122 BOLD:ACA3289 <NA> Anura Odont… 2
## 123 Boana Gray, 1825 <NA> Anura Hylid… 2
## 124 Boana polytaenia (Cope, 1870) <NA> Anura Hylid… 2
## 125 Bokermannohyla astartea (Bokermann, 1967) <NA> Anura Hylid… 2
## 126 Bokermannohyla ibitipoca (Caramaschi & Fe… <NA> Anura Hylid… 2
## 127 Dendropsophus microcephalus (Cope, 1886) <NA> Anura Hylid… 2
## 128 Flectonotus fissilis (Miranda-Ribeiro, 19… <NA> Anura Hemip… 2
## 129 Hyalinobatrachium uranoscopum (Müller, 19… <NA> Anura Centr… 2
## 130 Hyla geographica Spix, 1824 <NA> Anura Hylid… 2
## 131 Hyla marginata Boulenger, 1887 <NA> Anura Hylid… 2
## 132 Hylidae <NA> Anura Hylid… 2
## 133 Hypsiboas albomarginatus (Spix, 1824) <NA> Anura Hylid… 2
## 134 Ischnocnema parva (Girard, 1853) <NA> Anura Brach… 2
## 135 Leptodactylus podicipinus (Cope, 1862) <NA> Anura Lepto… 2
## 136 Myersiella microps (Duméril & Bibron, 184… <NA> Anura Micro… 2
## 137 Ololygon Fitzinger, 1843 <NA> Anura Hylid… 2
## 138 Ololygon littoralis (Pombal & Gordo, 1991) <NA> Anura Hylid… 2
## 139 Ololygon perpusilla (Lutz & Lutz, 1939) <NA> Anura Hylid… 2
## 140 Pseudis bolbodactyla Lutz, 1925 <NA> Anura Hylid… 2
## 141 Rhinella crucifer (Wied-Neuwied, 1821) <NA> Anura Bufon… 2
## 142 Scinax rossaferesae Conte, Araujo-Vieira,… <NA> Anura Hylid… 2
## 143 Scinax squalirostris (Lutz, 1925) <NA> Anura Hylid… 2
## 144 Scinax tymbamirim Nunes, Kwet & Pombal, 2… <NA> Anura Hylid… 2
## 145 Trachycephalus imitatrix (Miranda-Ribeiro… <NA> Anura Hylid… 2
## 146 Vitreorana uranoscopa (Müller, 1924) <NA> Anura Centr… 2
## 147 Adenomera ajurauna (Berneck, Costa & Garc… <NA> Anura Lepto… 1
## 148 Amphibia <NA> <NA> <NA> 1
## 149 Aplastodiscus ehrhardti (Müller, 1924) <NA> Anura Hylid… 1
## 150 BOLD:ACA3409 <NA> Anura Hemip… 1
## 151 BOLD:ACA3449 <NA> Anura Micro… 1
## 152 BOLD:ACA3456 <NA> Anura Odont… 1
## 153 BOLD:ACA3556 <NA> Anura Hemip… 1
## 154 BOLD:ACA3587 <NA> Anura Hylid… 1
## 155 BOLD:ACA3668 <NA> Anura Lepto… 1
## 156 BOLD:ACA3685 <NA> Anura Phyll… 1
## 157 BOLD:ACA3689 <NA> Anura Cerat… 1
## 158 BOLD:ACA3692 <NA> Anura Hylid… 1
## 159 BOLD:ACF8140 <NA> Anura Odont… 1
## 160 Boana jaguariaivensis (Caramaschi, Cruz &… <NA> Anura Hylid… 1
## 161 Brachycephalus sulfuratus Condez, Monteir… <NA> Anura Brach… 1
## 162 Ceratophrys aurita (Raddi, 1823) <NA> Anura Cerat… 1
## 163 Chiasmocleis Méhely, 1904 <NA> Anura Micro… 1
## 164 Crossodactylus gaudichaudii Duméril & Bib… <NA> Anura Hylod… 1
## 165 Cycloramphus eleutherodactylus (Miranda-R… <NA> Anura Cyclo… 1
## 166 Cycloramphus lutzorum Heyer, 1983 <NA> Anura Cyclo… 1
## 167 Elachistocleis Parker, 1927 <NA> Anura Micro… 1
## 168 Elachistocleis ovalis (Schneider, 1799) <NA> Anura Micro… 1
## 169 Flectonotus Miranda-Ribeiro, 1926 <NA> Anura Hemip… 1
## 170 Flectonotus ohausi (Wandolleck, 1907) <NA> Anura Hemip… 1
## 171 Fritziana Mello-Leitão, 1937 <NA> Anura Hemip… 1
## 172 Fritziana fissilis (Miranda-Ribeiro, 1920) <NA> Anura Hemip… 1
## 173 Fritziana ohausi (Wandolleck, 1907) <NA> Anura Hemip… 1
## 174 Hylodes heyeri Haddad, Pombal & Bastos, 1… <NA> Anura Hylod… 1
## 175 Hylodes lateristrigatus (Baumann, 1912) <NA> Anura Hylod… 1
## 176 Hylodes phyllodes Heyer & Cocroft, 1986 <NA> Anura Hylod… 1
## 177 Hypsiboas lundii (Burmeister, 1856) <NA> Anura Hylid… 1
## 178 Ischnocnema spanios (Heyer, 1985) <NA> Anura Brach… 1
## 179 Leptodactylus elenae Heyer, 1978 <NA> Anura Lepto… 1
## 180 Leptodactylus flavopictus Lutz, 1926 <NA> Anura Lepto… 1
## 181 Leptodactylus nanus Müller, 1922 <NA> Anura Lepto… 1
## 182 Lithobates catesbeianus (Shaw, 1802) <NA> Anura Ranid… 1
## 183 Luetkenotyphlus brasiliensis (Lütken, 185… <NA> Gymn… Sipho… 1
## 184 Megaelosia goeldii (Baumann, 1912) <NA> Anura Hylod… 1
## 185 Odontophrynus Reinhardt & Lütken, 1862 <NA> Anura Odont… 1
## 186 Osteocephalus Steindachner, 1862 <NA> Anura Hylid… 1
## 187 Phrynohyas mesophaea (Hensel, 1867) <NA> Anura Hylid… 1
## 188 Phrynopus Peters, 1873 <NA> Anura Craug… 1
## 189 Physalaemus gracilis (Boulenger, 1883) <NA> Anura Lepto… 1
## 190 Physalaemus maculiventris (Lutz, 1925) <NA> Anura Lepto… 1
## 191 Pseudis platensis Gallardo, 1961 <NA> Anura Hylid… 1
## 192 Pseudopaludicola mystacalis (Cope, 1887) <NA> Anura Lepto… 1
## 193 Rhinella marina (Linnaeus, 1758) <NA> Anura Bufon… 1
## 194 Scinax alter (Lutz, 1973) <NA> Anura Hylid… 1
## 195 Scinax argyreornatus (Miranda-Ribeiro, 19… <NA> Anura Hylid… 1
## 196 Scinax catharinae (Boulenger, 1888) <NA> Anura Hylid… 1
## 197 Scinax obtriangulatus (Lutz, 1973) <NA> Anura Hylid… 1
## 198 Scinax ruber (Laurenti, 1768) <NA> Anura Hylid… 1
## 199 Siphonops Wagler, 1828 <NA> Gymn… Sipho… 1
## 200 Sphaenorhynchus Tschudi, 1838 <NA> Anura Hylid… 1
## 201 Trachycephalus Tschudi, 1838 <NA> Anura Hylid… 1
## 202 Vitreorana eurygnatha (Lutz, 1925) <NA> Anura Centr… 1print(aves_lista)## # A tibble: 497 × 5
## scientificName vernacularName order family n
## <chr> <chr> <chr> <chr> <int>
## 1 Tachyphonus coronatus (Vieillot, 1822) <NA> Pass… Thrau… 30
## 2 Fluvicola nengeta (Linnaeus, 1766) <NA> Pass… Tyran… 26
## 3 Sicalis flaveola (Linnaeus, 1766) <NA> Pass… Thrau… 24
## 4 Tangara seledon (P.L.S.Müller, 1776) <NA> Pass… Thrau… 21
## 5 Zonotrichia capensis (P.L.S.Müller, 1776) Rufous-collared… Pass… Passe… 21
## 6 Thalurania glaucopis (J.F.Gmelin, 1788) <NA> Apod… Troch… 19
## 7 Tyrannus melancholicus Vieillot, 1819 Tropical Kingbi… Pass… Tyran… 18
## 8 Hirundinea ferruginea (Gmelin, 1788) <NA> Pass… Tyran… 17
## 9 Pitangus sulphuratus (Linnaeus, 1766) Great Kiskadee Pass… Tyran… 17
## 10 Turdus leucomelas Vieillot, 1818 Pale-breasted T… Pass… Turdi… 17
## # ℹ 487 more rowsSalvando os resultados
# Cria pasta de saída
dir.create("dados_gbif_alpa", showWarnings = FALSE)
# 1. Salvar os dados tabulares como CSV
write_csv(aves_lista, "dados_gbif_alpa/aves_alpa.csv")
write_csv(anfibios_lista, "dados_gbif_alpa/anfibios_alpa.csv")