Análisis Relativo

Paqueteria

if(!requireNamespace("pacman", quietly = F))
  install.packages("pacman")

## Loading required namespace: pacman

library("pacman")
p_load("vroom",
       "dplyr",
       "ggplot2")

Llamar Datos

Datos_PCR <- vroom(file="https://raw.githubusercontent.com/ManuelLaraMVZ/resultados_PCR_practica/refs/heads/main/Cts1.csv")

## Rows: 32 Columns: 5
## ── Column specification ────────────────────────────────────────────────────────
## Delimiter: ","
## chr (4): Well, Grupo, Practica, Fluor
## dbl (1): Cq
## 
## ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.

Datos_PCR

## # A tibble: 32 × 5
##    Well     Grupo Practica Fluor    Cq
##    <chr>    <chr> <chr>    <chr> <dbl>
##  1 A01      G1    Relativa SYBR   30.8
##  2 B01      G1    Relativa SYBR   41  
##  3 C01      G1    Relativa SYBR   26.1
##  4 D01      G1    Relativa SYBR   41  
##  5 E01      G1    Relativa SYBR   41  
##  6 F01      G1    Relativa SYBR   22.3
##  7 Profesor G1    Relativa SYBR   30.7
##  8 Profesor G2    Relativa SYBR   30.7
##  9 B01      G2    Relativa SYBR   20.3
## 10 C01      G2    Relativa SYBR   18.7
## # ℹ 22 more rows

Filtrar Datos

Filtrado <- Datos_PCR %>% 
  filter(Practica == "Relativa") %>% 
  filter(Grupo == "G2") %>% 
  select("Well","Cq")

Filtrado

## # A tibble: 5 × 2
##   Well        Cq
##   <chr>    <dbl>
## 1 Profesor  30.7
## 2 B01       20.3
## 3 C01       18.7
## 4 D01       20.5
## 5 E01       34.2

Valor de gen de referencia

Referencia<- Datos_PCR %>% 
  filter(Grupo == "Referencia") %>% 
  select("Well", "Cq")
Referencia

## # A tibble: 1 × 2
##   Well          Cq
##   <chr>      <dbl>
## 1 Referencia  18.4

Valor 2ˆ-Delta CT

Dos_DCt <- Filtrado %>% 
  mutate(DCt = (Cq-Referencia$Cq),
         DosDCt = 2^-DCt)
Dos_DCt

## # A tibble: 5 × 4
##   Well        Cq    DCt    DosDCt
##   <chr>    <dbl>  <dbl>     <dbl>
## 1 Profesor  30.7 12.3   0.000198 
## 2 B01       20.3  1.89  0.270    
## 3 C01       18.7  0.345 0.787    
## 4 D01       20.5  2.10  0.233    
## 5 E01       34.2 15.8   0.0000170

Obtener 2ˆ-DDCt

Dos_DDCt <- Dos_DCt %>% 
  mutate(DosDDCt = DosDCt/first(DosDCt),
         L2=log2(DosDDCt)) %>% 
  slice(1, 4)

Dos_DDCt

## # A tibble: 2 × 6
##   Well        Cq   DCt   DosDCt DosDDCt    L2
##   <chr>    <dbl> <dbl>    <dbl>   <dbl> <dbl>
## 1 Profesor  30.7 12.3  0.000198      1    0  
## 2 D01       20.5  2.10 0.233      1174.  10.2

Graficar Datos

Grafica_Comparativa <- ggplot(Dos_DDCt,
                              aes(x= Well,
                                   y= DosDDCt,
                                  fill= Well))+
  geom_col()+
  theme_classic()+
  labs(title = "Analisis Relativo RT-qPCR",
       subtitle= "Tejido: Higado",
       caption= "Diseño: Hernandez, Campos, Palos",
       x= "Muestra",
       y= "Fold Change (ˆDDCt)")
Grafica_Comparativa

Dos_DDCt2 <- Dos_DCt %>% 
  mutate(DosDDCt = DosDCt/first(DosDCt),
         L2=log2(DosDDCt))

Dos_DDCt

## # A tibble: 2 × 6
##   Well        Cq   DCt   DosDCt DosDDCt    L2
##   <chr>    <dbl> <dbl>    <dbl>   <dbl> <dbl>
## 1 Profesor  30.7 12.3  0.000198      1    0  
## 2 D01       20.5  2.10 0.233      1174.  10.2

Grafica Logarítmica

Grafica_Comparativa2 <- ggplot(Dos_DDCt2,
                              aes(x= Well,
                                  y= L2,
                                  fill= Well))+
  geom_col()+
  theme_classic()+
  labs(title = "Analisis Relativo RT-qPCR",
       subtitle= "Tejido: Higado",
       caption= "Diseño: Hernandez, Campos, Palos",
       x= "Muestra",
       y= "Fold Change (ˆDDCt)")+
  geom_hline( yintercept = 0,
            linetype = "solid",
            color = "black",
            linewidth = .5)
Grafica_Comparativa2