Instalación paqueteria

if(!requireNamespace("pacman", quietly = F))
  install.packages("pacman")
## Loading required namespace: pacman
library("pacman")
p_load("vroom",
       "dplyr",
       "ggplot2")

Llamar base de datos

Datos_PCR <- vroom(file = "https://raw.githubusercontent.com/ManuelLaraMVZ/resultados_PCR_practica/refs/heads/main/Cts1.csv")
## `curl` package not installed, falling back to using `url()`
## Rows: 32 Columns: 5
## ── Column specification ────────────────────────────────────────────────────────
## Delimiter: ","
## chr (4): Well, Grupo, Practica, Fluor
## dbl (1): Cq
## 
## ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.
Datos_PCR
## # A tibble: 32 × 5
##    Well     Grupo Practica Fluor    Cq
##    <chr>    <chr> <chr>    <chr> <dbl>
##  1 A01      G1    Relativa SYBR   30.8
##  2 B01      G1    Relativa SYBR   41  
##  3 C01      G1    Relativa SYBR   26.1
##  4 D01      G1    Relativa SYBR   41  
##  5 E01      G1    Relativa SYBR   41  
##  6 F01      G1    Relativa SYBR   22.3
##  7 Profesor G1    Relativa SYBR   30.7
##  8 Profesor G2    Relativa SYBR   30.7
##  9 B01      G2    Relativa SYBR   20.3
## 10 C01      G2    Relativa SYBR   18.7
## # ℹ 22 more rows

Filtrar los datos

Filtrado <- Datos_PCR %>% #Command+Shift+M
  filter(Practica == "Relativa") %>% 
  filter(Grupo == "G1") %>% 
  select("Well", "Cq")

Filtrado
## # A tibble: 7 × 2
##   Well        Cq
##   <chr>    <dbl>
## 1 A01       30.8
## 2 B01       41  
## 3 C01       26.1
## 4 D01       41  
## 5 E01       41  
## 6 F01       22.3
## 7 Profesor  30.7

Valor de gen de referencia

Referencia <- Datos_PCR %>% 
  filter(Grupo == "Referencia") %>% 
  select(Well, "Cq")
Referencia
## # A tibble: 1 × 2
##   Well          Cq
##   <chr>      <dbl>
## 1 Referencia  18.4

Valor de 2^DCt

Dos_DCt <- Filtrado %>% 
  mutate(DCt = (Cq-Referencia$Cq),
         DosDCT = 2^-DCt)
Dos_DCt
## # A tibble: 7 × 4
##   Well        Cq   DCt      DosDCT
##   <chr>    <dbl> <dbl>       <dbl>
## 1 A01       30.8 12.4  0.000181   
## 2 B01       41   22.6  0.000000157
## 3 C01       26.1  7.72 0.00473    
## 4 D01       41   22.6  0.000000157
## 5 E01       41   22.6  0.000000157
## 6 F01       22.3  3.94 0.0652     
## 7 Profesor  30.7 12.3  0.000198

Obtener el valor de 2^-DDCt

Dos_DDCt <- Dos_DCt %>%
  mutate(
    DosDDCt = DosDCT / last(DosDCT),
    L2 = log2(DosDDCt)
  ) %>%
  slice(3,7)  # Esto selecciona solo la primera fila

Dos_DDCt
## # A tibble: 2 × 6
##   Well        Cq   DCt   DosDCT DosDDCt    L2
##   <chr>    <dbl> <dbl>    <dbl>   <dbl> <dbl>
## 1 C01       26.1  7.72 0.00473     23.9  4.58
## 2 Profesor  30.7 12.3  0.000198     1    0

Graficar datos

Grafica_Comparativa <- ggplot(Dos_DDCt,
                              aes(x = Well, y = DosDDCt, fill = Well)) +
  geom_col() +
  theme_classic ()+
  labs(
    title= "Análisis Relativo RT-qPCR",
    subtitle = "Tejido Hígado",
    caption = "Equipo 1",
    x = "Muestra",
    y = "Log2 (FCh)"
  )

Grafica_Comparativa

Gráfica Logaritmo

Dos_DDCt <- Dos_DCt %>%
  mutate(
    DosDDCt = DosDCT / last(DosDCT),
    L2 = log2(DosDDCt)
  ) 

Grafica_Comparativa2 <- ggplot(Dos_DDCt,
                               aes(x = Well, y = L2, fill = Well)) +
  geom_col() +
  geom_hline(yintercept = 0,
             linetype = "solid",
             color = "black",
             linewidth = 0.8) +
  theme_classic() +
  labs(
    title = "Análisis Relativo RT-qPCR",
    subtitle = "Tejido Hígado",
    caption = "Equipo 1",
    x = "Muestra",
    y = "Log2 (FCh)"
  )

Grafica_Comparativa2