PLOT MEANS INTERACTIONS AND ANOVA DIAGNOSTICS
Dimitrios Zacharatos
Description
This shows the output of several ANOVA related functions from
workingfunctions.
Installation instructions for workingfunctions can be found here
Plot Oneway
df_blood_pressure_melt<-melt(df_blood_pressure,
variable.name="treatment",
value.name="blood_pressure",
id.vars=c("patient","sex","agegrp"))
plot_oneway(df=df_blood_pressure_melt,dv=5,iv=3:4,type="se")## | | | 0% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100%
## $plot_data ## $plot_data$agegrp_blood_pressure ## agegrp N blood_pressure sd se ci ## 1 30-45 80 148.0000 11.21708 1.254107 2.496238 ## 2 46-59 80 152.9375 13.16819 1.472248 2.930436 ## 3 60+ 80 160.7750 11.60202 1.297146 2.581904 ## ## $plot_data$treatment_blood_pressure ## treatment N blood_pressure sd se ci ## 1 bp_before 120 156.4500 11.38985 1.039746 2.058801 ## 2 bp_after 120 151.3583 14.17762 1.294234 2.562712 ## ## ## $plot_data_df ## agegrp treatment blood_pressure N sd se ci ## 1 30-45148.0000 80 11.21708 1.254107 2.496238 ## 2 46-59 152.9375 80 13.16819 1.472248 2.930436 ## 3 60+ 160.7750 80 11.60202 1.297146 2.581904 ## 4 bp_before 156.4500 120 11.38985 1.039746 2.058801 ## 5 bp_after 151.3583 120 14.17762 1.294234 2.562712 ## ## $plots ## $plots$agegrp_blood_pressure
## ## $plots$treatment_blood_pressure
plot_oneway(df=df_blood_pressure,dv=5,iv=2,type="ci")## | | | 0% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100%
## $plot_data ## $plot_data$sex_bp_after ## sex N bp_after sd se ci ## 1 Female 60 147.2000 11.74272 1.515979 3.033467 ## 2 Male 60 155.5167 15.24322 1.967891 3.937740 ## ## ## $plot_data_df ## sex bp_after N sd se ci ## 1 Female 147.2000 60 11.74272 1.515979 3.033467 ## 2 Male 155.5167 60 15.24322 1.967891 3.937740 ## ## $plots ## $plots$sex_bp_after
plot_oneway(df=df_blood_pressure,dv=4:5,iv=2,type="sd")## | | | 0% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100%
## $plot_data ## $plot_data$sex_bp_before ## sex N bp_before sd se ci ## 1 Female 60 153.6333 10.73560 1.385960 2.773300 ## 2 Male 60 159.2667 11.41344 1.473469 2.948405 ## ## $plot_data$sex_bp_after ## sex N bp_after sd se ci ## 1 Female 60 147.2000 11.74272 1.515979 3.033467 ## 2 Male 60 155.5167 15.24322 1.967891 3.937740 ## ## ## $plot_data_df ## sex bp_before bp_after N sd se ci ## 1 Female 153.6333 NA 60 10.73560 1.385960 2.773300 ## 2 Male 159.2667 NA 60 11.41344 1.473469 2.948405 ## 3 Female NA 147.2000 60 11.74272 1.515979 3.033467 ## 4 Male NA 155.5167 60 15.24322 1.967891 3.937740 ## ## $plots ## $plots$sex_bp_before
## ## $plots$sex_bp_after
plot_oneway(df=df_blood_pressure,dv=4:5,iv=2:3)## | | | 0% | |======================================================================================================================================================================================================================================================== | 25% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 75% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100% | |======================================================================================================================================================================================================================================================== | 25% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |====================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 75% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100%
## $plot_data ## $plot_data$sex_bp_before ## sex N bp_before sd se ci ## 1 Female 60 153.6333 10.73560 1.385960 2.773300 ## 2 Male 60 159.2667 11.41344 1.473469 2.948405 ## ## $plot_data$agegrp_bp_before ## agegrp N bp_before sd se ci ## 1 30-45 40 151.675 9.258087 1.463832 2.960880 ## 2 46-59 40 155.100 11.459628 1.811926 3.664967 ## 3 60+ 40 162.575 10.727122 1.696107 3.430700 ## ## $plot_data$sex_bp_after ## sex N bp_after sd se ci ## 1 Female 60 147.2000 11.74272 1.515979 3.033467 ## 2 Male 60 155.5167 15.24322 1.967891 3.937740 ## ## $plot_data$agegrp_bp_after ## agegrp N bp_after sd se ci ## 1 30-45 40 144.325 11.89352 1.880530 3.803732 ## 2 46-59 40 150.775 14.50285 2.293102 4.638237 ## 3 60+ 40 158.975 12.28609 1.942602 3.929283 ## ## ## $plot_data_df ## sex agegrp bp_before bp_after N sd se ci ## 1 Female153.6333 NA 60 10.735600 1.385960 2.773300 ## 2 Male 159.2667 NA 60 11.413442 1.473469 2.948405 ## 3 30-45 151.6750 NA 40 9.258087 1.463832 2.960880 ## 4 46-59 155.1000 NA 40 11.459628 1.811926 3.664967 ## 5 60+ 162.5750 NA 40 10.727122 1.696107 3.430700 ## 6 Female NA 147.2000 60 11.742722 1.515979 3.033467 ## 7 Male NA 155.5167 60 15.243217 1.967891 3.937740 ## 8 30-45 NA 144.3250 40 11.893518 1.880530 3.803732 ## 9 46-59 NA 150.7750 40 14.502851 2.293102 4.638237 ## 10 60+ NA 158.9750 40 12.286093 1.942602 3.929283 ## ## $plots ## $plots$sex_bp_before
## ## $plots$agegrp_bp_before
## ## $plots$sex_bp_after
## ## $plots$agegrp_bp_after
Plot Interactions
plot_interaction(df=df_blood_pressure_melt,
dv=5,iv=2:4,base_size=20,title="",type="se")## | | | 0% | |===================================================================================================================================================================== | 17% | |========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 33% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 67% | |========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================= | 83% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100% | |===================================================================================================================================================================== | 17% | |========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 33% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 67% | |========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================= | 83% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100%
## $plot_data ## $plot_data$agegrp_sex_blood_pressure ## agegrp sex N blood_pressure sd se ci ## 1 30-45 Female 40 146.050 9.483995 1.499551 3.033129 ## 2 30-45 Male 40 149.950 12.534977 1.981954 4.008880 ## 3 46-59 Female 40 147.725 10.102012 1.597268 3.230780 ## 4 46-59 Male 40 158.150 13.909137 2.199228 4.448358 ## 5 60+ Female 40 157.475 12.029851 1.902086 3.847333 ## 6 60+ Male 40 164.075 10.276654 1.624882 3.286633 ## ## $plot_data$treatment_sex_blood_pressure ## treatment sex N blood_pressure sd se ci ## 1 bp_before Female 60 153.6333 10.73560 1.385960 2.773300 ## 2 bp_before Male 60 159.2667 11.41344 1.473469 2.948405 ## 3 bp_after Female 60 147.2000 11.74272 1.515979 3.033467 ## 4 bp_after Male 60 155.5167 15.24322 1.967891 3.937740 ## ## $plot_data$sex_agegrp_blood_pressure ## sex agegrp N blood_pressure sd se ci ## 1 Female 30-45 40 146.050 9.483995 1.499551 3.033129 ## 2 Female 46-59 40 147.725 10.102012 1.597268 3.230780 ## 3 Female 60+ 40 157.475 12.029851 1.902086 3.847333 ## 4 Male 30-45 40 149.950 12.534977 1.981954 4.008880 ## 5 Male 46-59 40 158.150 13.909137 2.199228 4.448358 ## 6 Male 60+ 40 164.075 10.276654 1.624882 3.286633 ## ## $plot_data$treatment_agegrp_blood_pressure ## treatment agegrp N blood_pressure sd se ci ## 1 bp_before 30-45 40 151.675 9.258087 1.463832 2.960880 ## 2 bp_before 46-59 40 155.100 11.459628 1.811926 3.664967 ## 3 bp_before 60+ 40 162.575 10.727122 1.696107 3.430700 ## 4 bp_after 30-45 40 144.325 11.893518 1.880530 3.803732 ## 5 bp_after 46-59 40 150.775 14.502851 2.293102 4.638237 ## 6 bp_after 60+ 40 158.975 12.286093 1.942602 3.929283 ## ## $plot_data$sex_treatment_blood_pressure ## sex treatment N blood_pressure sd se ci ## 1 Female bp_before 60 153.6333 10.73560 1.385960 2.773300 ## 2 Female bp_after 60 147.2000 11.74272 1.515979 3.033467 ## 3 Male bp_before 60 159.2667 11.41344 1.473469 2.948405 ## 4 Male bp_after 60 155.5167 15.24322 1.967891 3.937740 ## ## $plot_data$agegrp_treatment_blood_pressure ## agegrp treatment N blood_pressure sd se ci ## 1 30-45 bp_before 40 151.675 9.258087 1.463832 2.960880 ## 2 30-45 bp_after 40 144.325 11.893518 1.880530 3.803732 ## 3 46-59 bp_before 40 155.100 11.459628 1.811926 3.664967 ## 4 46-59 bp_after 40 150.775 14.502851 2.293102 4.638237 ## 5 60+ bp_before 40 162.575 10.727122 1.696107 3.430700 ## 6 60+ bp_after 40 158.975 12.286093 1.942602 3.929283 ## ## ## $plot_data_df ## sex agegrp treatment blood_pressure N sd se ci ## 1 Female 30-45146.0500 40 9.483995 1.499551 3.033129 ## 2 Male 30-45 149.9500 40 12.534977 1.981954 4.008880 ## 3 Female 46-59 147.7250 40 10.102012 1.597268 3.230780 ## 4 Male 46-59 158.1500 40 13.909137 2.199228 4.448358 ## 5 Female 60+ 157.4750 40 12.029851 1.902086 3.847333 ## 6 Male 60+ 164.0750 40 10.276654 1.624882 3.286633 ## 7 Female bp_before 153.6333 60 10.735600 1.385960 2.773300 ## 8 Male bp_before 159.2667 60 11.413442 1.473469 2.948405 ## 9 Female bp_after 147.2000 60 11.742722 1.515979 3.033467 ## 10 Male bp_after 155.5167 60 15.243217 1.967891 3.937740 ## 11 Female 30-45 146.0500 40 9.483995 1.499551 3.033129 ## 12 Female 46-59 147.7250 40 10.102012 1.597268 3.230780 ## 13 Female 60+ 157.4750 40 12.029851 1.902086 3.847333 ## 14 Male 30-45 149.9500 40 12.534977 1.981954 4.008880 ## 15 Male 46-59 158.1500 40 13.909137 2.199228 4.448358 ## 16 Male 60+ 164.0750 40 10.276654 1.624882 3.286633 ## 17 30-45 bp_before 151.6750 40 9.258087 1.463832 2.960880 ## 18 46-59 bp_before 155.1000 40 11.459628 1.811926 3.664967 ## 19 60+ bp_before 162.5750 40 10.727122 1.696107 3.430700 ## 20 30-45 bp_after 144.3250 40 11.893518 1.880530 3.803732 ## 21 46-59 bp_after 150.7750 40 14.502851 2.293102 4.638237 ## 22 60+ bp_after 158.9750 40 12.286093 1.942602 3.929283 ## 23 Female bp_before 153.6333 60 10.735600 1.385960 2.773300 ## 24 Female bp_after 147.2000 60 11.742722 1.515979 3.033467 ## 25 Male bp_before 159.2667 60 11.413442 1.473469 2.948405 ## 26 Male bp_after 155.5167 60 15.243217 1.967891 3.937740 ## 27 30-45 bp_before 151.6750 40 9.258087 1.463832 2.960880 ## 28 30-45 bp_after 144.3250 40 11.893518 1.880530 3.803732 ## 29 46-59 bp_before 155.1000 40 11.459628 1.811926 3.664967 ## 30 46-59 bp_after 150.7750 40 14.502851 2.293102 4.638237 ## 31 60+ bp_before 162.5750 40 10.727122 1.696107 3.430700 ## 32 60+ bp_after 158.9750 40 12.286093 1.942602 3.929283 ## ## $plots ## $plots$agegrp_sex_blood_pressure
## ## $plots$treatment_sex_blood_pressure
## ## $plots$sex_agegrp_blood_pressure
## ## $plots$treatment_agegrp_blood_pressure
## ## $plots$sex_treatment_blood_pressure
## ## $plots$agegrp_treatment_blood_pressure
plot_interaction(df=df_crop_yield,dv=3,iv=1:2,type="se",order_factor=TRUE)## | | | 0% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100% | |=============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 50% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100%
## $plot_data ## $plot_data$Water_Fert_Yield ## Water Fert N Yield sd se ci ## 1 High A 5 31.80 3.146427 1.407125 3.906805 ## 2 High B 5 29.84 3.374611 1.509172 4.190133 ## 3 Low A 5 30.00 3.512834 1.570987 4.361759 ## 4 Low B 5 24.52 3.791042 1.695406 4.707200 ## ## $plot_data$Fert_Water_Yield ## Fert Water N Yield sd se ci ## 1 A High 5 31.80 3.146427 1.407125 3.906805 ## 2 A Low 5 30.00 3.512834 1.570987 4.361759 ## 3 B High 5 29.84 3.374611 1.509172 4.190133 ## 4 B Low 5 24.52 3.791042 1.695406 4.707200 ## ## ## $plot_data_df ## Fert Water Yield N sd se ci ## 1 A High 31.80 5 3.146427 1.407125 3.906805 ## 2 B High 29.84 5 3.374611 1.509172 4.190133 ## 3 A Low 30.00 5 3.512834 1.570987 4.361759 ## 4 B Low 24.52 5 3.791042 1.695406 4.707200 ## 5 A High 31.80 5 3.146427 1.407125 3.906805 ## 6 A Low 30.00 5 3.512834 1.570987 4.361759 ## 7 B High 29.84 5 3.374611 1.509172 4.190133 ## 8 B Low 24.52 5 3.791042 1.695406 4.707200 ## ## $plots ## $plots$Water_Fert_Yield
## ## $plots$Fert_Water_Yield
Plot ANOVA Diagnostics
plot_oneway_diagnostics(df=df_blood_pressure_melt,dv=5,iv=2:4,base_size=15)## | | | 0% | |========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 33% | |==================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== | 67% | |==============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================| 100%
## $sex_blood_pressure
## ## $agegrp_blood_pressure
## ## $treatment_blood_pressure
