title: “Covid_Longa”

author: ” Maria Thereza,Camila , Marcelo Ribeiro, Frank - Lafex ”

date: “2025-02-17”

format: html

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library("ggplot2")
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Classificar natureza das variáveis

'data.frame':   40 obs. of  29 variables:
 $ numero_da_amostra: chr  "1" "2" "3" "4" ...
 $ nome             : chr  "Angelita Trindade dos Santos" "Anilson Junior da Silva de Campos" "Wandiclecia Rodrigues Ferreirea" "Maria Efigenia Bernarda Soares" ...
 $ Sexo             : Factor w/ 2 levels "fem","masc": 1 2 1 1 2 1 2 1 1 1 ...
 $ Classificação    : Factor w/ 2 levels "Nao_obeso","obeso": 2 1 1 1 2 1 2 2 2 2 ...
 $ Risco_Pesc       : Factor w/ 2 levels "Normal","Risco elevado": 2 2 1 1 2 1 2 2 2 2 ...
 $ Risco_cardio     : Factor w/ 3 levels "Alto","Baixo",..: 1 1 1 1 1 2 1 2 1 3 ...
 $ tempo_Covid      : num  3 3.5 2 1.5 2.5 4 3.5 3 2 2 ...
 $ N_Covid          : int  2 1 1 1 1 3 1 2 1 2 ...
 $ Sintomas         : Factor w/ 2 levels "Não","Sim": 2 2 1 1 1 2 2 2 2 1 ...
 $ HbGlic           : num  5.3 5.3 5.1 8.3 5.4 5.8 4.9 5.8 5.6 5.4 ...
 $ ClasseGlicada    : Factor w/ 3 levels "Diabetes","Normal",..: 2 2 2 1 2 3 2 3 2 2 ...
 $ VitD             : num  26 30 23 16 29 21 21 26 27 14 ...
 $ ClasseVitD       : Factor w/ 2 levels "Baixa","Normal": 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Trig             : num  118 180 91 426 153 134 187 96 91 172 ...
 $ Class_Trig       : Factor w/ 2 levels "Alto","Baixo": 2 1 2 1 1 2 1 2 2 1 ...
 $ CH50             : num  79.3 45 60.4 96 66.4 ...
 $ Classe_CH50      : Factor w/ 3 levels "Alto","Baixo",..: 3 3 3 1 3 1 3 3 3 3 ...
 $ SOD.mg_ptn       : num  1 2.026 1.39 1.476 0.802 ...
 $ CAT              : num  0.596 1.014 0.976 0.515 0.521 ...
 $ TBARs            : num  0.0448 0.1774 0.1328 0.1132 0.0982 ...
 $ PTN_CARB         : num  2.24 3.27 2.15 2.29 2.67 ...
 $ FEV1.pred        : num  93 85 110 94 74 97 76 75 72 83 ...
 $ Classe_Fev1_pre  : Factor w/ 4 levels "Leve","Moderado",..: 3 3 3 3 1 3 1 1 1 3 ...
 $ predFEV1post     : num  96 78 113 94 83 100 76 82 83 82 ...
 $ Classe_Fev1_pós  : Factor w/ 4 levels "Leve","Moderada",..: 3 1 3 3 3 3 1 3 3 3 ...
 $ IL_10            : num  2375 2888 2829 2961 2580 ...
 $ Lep              : num  2084 2636 2066 2458 2111 ...
 $ TNF              : num  2754 3672 3870 3006 3204 ...
 $ IL_17A           : num  1064 1094 856 1043 846 ...

Pressupostos

Normalidade

       variavel      p_value normalidade
1   tempo_Covid 3.630395e-02  Não Normal
2        HbGlic 1.319530e-08  Não Normal
3          VitD 2.111857e-03  Não Normal
4          Trig 1.032014e-04  Não Normal
5          CH50 2.181509e-03  Não Normal
6    SOD.mg_ptn 1.630162e-02  Não Normal
7           CAT 2.709300e-11  Não Normal
8         TBARs 1.241179e-06  Não Normal
9      PTN_CARB 8.031895e-01      Normal
10    FEV1.pred 4.287182e-02  Não Normal
11 predFEV1post 5.402040e-02      Normal
12        IL_10 3.025229e-05  Não Normal
13          Lep 5.402827e-03  Não Normal
14          TNF 5.959556e-08  Não Normal
15       IL_17A 4.513822e-03  Não Normal

Desbalanceamento de classes

Warning: `aes_string()` was deprecated in ggplot2 3.0.0.
ℹ Please use tidy evaluation idioms with `aes()`.
ℹ See also `vignette("ggplot2-in-packages")` for more information.

Variável : Risco Pescoço

##Testes - Risco Pescoço vs Variáveis numéricas

[1] "Normal"        "Risco elevado"

 0  1 
12 28 
        Variavel Estatistica    P_valor
W    tempo_Covid       115.5 0.11914458
W1        HbGlic       110.0 0.08858686
W2          VitD       140.5 0.42250178
W3          Trig        86.0 0.01600061
W4          CH50       184.0 0.64615693
W5    SOD.mg_ptn       164.0 0.26301057
W6           CAT       125.0 0.81731496
W7         TBARs       124.5 0.80353946
W8      PTN_CARB       110.0 0.67598786
W9     FEV1.pred       132.0 0.50191621
W10 predFEV1post       129.5 0.45347603
W11        IL_10       113.5 0.41943794
W12          Lep        92.5 0.12633801
W13          TNF       121.5 0.59440073
W14       IL_17A        85.5 0.07667488

Boxplots - Risco Pescoço vs Variáveis numéricas

Medidas descritivas - Risco Pescoço


Attaching package: 'kableExtra'
The following object is masked from 'package:dplyr':

    group_rows
Resumo Estatístico por Nível de Risco_Pesc
Risco_Pesc HbGlic_Media HbGlic_Mediana HbGlic_IQR HbGlic_Desvio_Padrao HbGlic_Variancia VitD_Media VitD_Mediana VitD_IQR VitD_Desvio_Padrao VitD_Variancia Trig_Media Trig_Mediana Trig_IQR Trig_Desvio_Padrao Trig_Variancia CH50_Media CH50_Mediana CH50_IQR CH50_Desvio_Padrao CH50_Variancia SOD.mg_ptn_Media SOD.mg_ptn_Mediana SOD.mg_ptn_IQR SOD.mg_ptn_Desvio_Padrao SOD.mg_ptn_Variancia CAT_Media CAT_Mediana CAT_IQR CAT_Desvio_Padrao CAT_Variancia TBARs_Media TBARs_Mediana TBARs_IQR TBARs_Desvio_Padrao TBARs_Variancia PTN_CARB_Media PTN_CARB_Mediana PTN_CARB_IQR PTN_CARB_Desvio_Padrao PTN_CARB_Variancia FEV1.pred_Media FEV1.pred_Mediana FEV1.pred_IQR FEV1.pred_Desvio_Padrao FEV1.pred_Variancia predFEV1post_Media predFEV1post_Mediana predFEV1post_IQR predFEV1post_Desvio_Padrao predFEV1post_Variancia IL_10_Media IL_10_Mediana IL_10_IQR IL_10_Desvio_Padrao IL_10_Variancia Lep_Media Lep_Mediana Lep_IQR Lep_Desvio_Padrao Lep_Variancia TNF_Media TNF_Mediana TNF_IQR TNF_Desvio_Padrao TNF_Variancia IL_17A_Media IL_17A_Mediana IL_17A_IQR IL_17A_Desvio_Padrao IL_17A_Variancia tempo_Covid_Media tempo_Covid_Mediana tempo_Covid_IQR tempo_Covid_Desvio_Padrao tempo_Covid_Variancia
Normal 5.258333 5.05 0.400 1.042251 1.086288 29.00000 25 8.5 12.150571 147.63636 132.1667 91 68.00 110.07339 12116.152 70.72167 65.725 42.9175 21.83316 476.6867 1.0206091 0.98730 0.465000 0.3426179 0.1173870 0.9897727 0.97580 0.502850 0.4133759 0.1708796 0.1045182 0.09090 0.0416 0.0726867 0.0052834 2.45200 2.3583 0.707000 0.5042916 0.2543101 83.00000 84.0 15.0 18.29754 334.8000 84.00 88 13.00 19.44222 378.0000 2745.427 2756.1 234.55 167.8017 28157.42 2081.750 1995.1 360.7255 275.3647 75825.70 3362.854 3060.115 324.012 766.7028 587833.2 971.0037 931.869 119.0165 158.3352 25070.03 2.125000 2.0 0.7 0.9928151 0.9856818
Risco elevado 5.707143 5.50 0.775 1.494416 2.233280 28.14286 30 4.5 5.448169 29.68254 173.2857 143 61.25 82.97651 6885.101 68.34536 70.545 35.5425 19.09227 364.5148 0.9476458 0.84985 0.242625 0.3296843 0.1086918 1.4912333 1.02665 0.564925 2.2789748 5.1937263 0.1140625 0.09135 0.0481 0.0816490 0.0066666 2.37699 2.2860 0.821125 0.7486220 0.5604348 88.85714 86.5 18.5 11.33240 128.4233 90.75 89 14.25 11.47501 131.6759 2914.412 2785.4 425.10 441.9718 195339.05 2212.068 2146.5 320.7000 314.0308 98615.36 3433.809 3204.121 522.020 871.5823 759655.7 1036.8056 1002.772 146.8700 143.8082 20680.79 2.540357 2.5 1.0 0.8494725 0.7216036

Variável : Obesidade

Testes - Obesidade vs Variáveis numéricas

[1] "Nao_obeso" "obeso"    

 0  1 
25 15 
        Variavel Estatistica     P_valor
W    tempo_Covid       170.0 0.629629087
W1        HbGlic        77.0 0.002044643
W2          VitD       191.0 0.932770642
W3          Trig       139.5 0.183864034
W4          CH50       128.0 0.098086308
W5    SOD.mg_ptn       187.0 0.137526470
W6           CAT       141.5 0.972762147
W7         TBARs       166.5 0.432267702
W8      PTN_CARB       145.0 0.085167609
W9     FEV1.pred       191.0 0.761643055
W10 predFEV1post       148.5 0.370456601
W11        IL_10       182.5 0.284231777
W12          Lep        83.0 0.029675693
W13          TNF       153.0 0.921268477
W14       IL_17A       130.0 0.531075661

Boxplots - Obesidade

Medidas descritivas - Obesidade

Resumo Estatístico por Classificação
Classificação HbGlic_Media HbGlic_Mediana HbGlic_IQR HbGlic_Desvio_Padrao HbGlic_Variancia VitD_Media VitD_Mediana VitD_IQR VitD_Desvio_Padrao VitD_Variancia Trig_Media Trig_Mediana Trig_IQR Trig_Desvio_Padrao Trig_Variancia CH50_Media CH50_Mediana CH50_IQR CH50_Desvio_Padrao CH50_Variancia SOD.mg_ptn_Media SOD.mg_ptn_Mediana SOD.mg_ptn_IQR SOD.mg_ptn_Desvio_Padrao SOD.mg_ptn_Variancia CAT_Media CAT_Mediana CAT_IQR CAT_Desvio_Padrao CAT_Variancia TBARs_Media TBARs_Mediana TBARs_IQR TBARs_Desvio_Padrao TBARs_Variancia PTN_CARB_Media PTN_CARB_Mediana PTN_CARB_IQR PTN_CARB_Desvio_Padrao PTN_CARB_Variancia FEV1.pred_Media FEV1.pred_Mediana FEV1.pred_IQR FEV1.pred_Desvio_Padrao FEV1.pred_Variancia predFEV1post_Media predFEV1post_Mediana predFEV1post_IQR predFEV1post_Desvio_Padrao predFEV1post_Variancia IL_10_Media IL_10_Mediana IL_10_IQR IL_10_Desvio_Padrao IL_10_Variancia Lep_Media Lep_Mediana Lep_IQR Lep_Desvio_Padrao Lep_Variancia TNF_Media TNF_Mediana TNF_IQR TNF_Desvio_Padrao TNF_Variancia IL_17A_Media IL_17A_Mediana IL_17A_IQR IL_17A_Desvio_Padrao IL_17A_Variancia tempo_Covid_Media tempo_Covid_Mediana tempo_Covid_IQR tempo_Covid_Desvio_Padrao tempo_Covid_Variancia
Nao_obeso 5.184 5.1 0.70 0.7904007 0.6247333 28.96000 29 7.0 8.927859 79.70667 152.7200 140 83.0 94.71119 8970.210 65.15160 61.67 28.140 19.44811 378.2288 1.0442045 0.97545 0.48945 0.3792959 0.1438654 1.021918 0.99505 0.625475 0.409231 0.167470 0.1241136 0.0925 0.057875 0.0921221 0.0084865 2.594132 2.4199 0.85405 0.6444889 0.4153660 87.04167 85.5 16.5 15.07511 227.2591 86.83333 88.5 12.25 16.02625 256.8406 2880.374 2829.4 439.8 301.8912 91138.29 2092.298 2021.8 311.7 250.7580 62879.56 3514.828 3132.118 612.023 1006.1692 1012376.5 1012.901 947.063 202.5805 162.0642 26264.81 2.373200 2.0 1.5 1.0189239 1.0382060
obeso 6.220 5.8 0.65 1.8686129 3.4917143 27.46667 29 6.5 5.962582 35.55238 174.6667 149 69.5 90.07034 8112.667 75.56933 79.34 33.745 18.96978 359.8525 0.8459769 0.83620 0.23300 0.1759907 0.0309727 1.861146 1.03900 0.576800 3.079356 9.482434 0.0889769 0.0886 0.047500 0.0393141 0.0015456 2.070118 1.9553 0.81140 0.5987485 0.3584997 87.46667 87.0 19.0 11.51934 132.6952 92.06667 94.0 15.50 10.47082 109.6381 2831.646 2682.8 234.5 513.4104 263590.28 2313.700 2146.5 400.8 349.3179 122022.97 3230.429 3204.121 162.007 316.8166 100372.7 1023.420 997.708 75.9680 129.5409 16780.83 2.486667 2.5 1.0 0.6937133 0.4812381

Variável: Sintomas

Testes- Sintomas vs Variáveis numéricas

[1] "Não" "Sim"

 0  1 
16 24 
        Variavel Estatistica   P_valor
W    tempo_Covid       169.5 0.5374128
W1        HbGlic       193.0 0.9889485
W2          VitD       199.5 0.8457700
W3          Trig       205.5 0.7192768
W4          CH50       216.0 0.5149752
W5    SOD.mg_ptn       138.0 0.8779035
W6           CAT       129.5 0.6571331
W7         TBARs       161.5 0.5388216
W8      PTN_CARB       101.0 0.7831880
W9     FEV1.pred       208.0 0.5019351
W10 predFEV1post       212.0 0.4319748
W11        IL_10       157.5 0.8048139
W12          Lep       190.0 0.1875661
W13          TNF       146.5 0.9343578
W14       IL_17A       101.5 0.1173692

Boxplots - Sintomas vs Variáveis numéricas

Medidas descritivas - Sintomas

Resumo Estatístico por Grupo de Sintomas
Sintomas HbGlic_Media HbGlic_Mediana HbGlic_IQR HbGlic_Desvio_Padrao HbGlic_Variancia VitD_Media VitD_Mediana VitD_IQR VitD_Desvio_Padrao VitD_Variancia Trig_Media Trig_Mediana Trig_IQR Trig_Desvio_Padrao Trig_Variancia CH50_Media CH50_Mediana CH50_IQR CH50_Desvio_Padrao CH50_Variancia SOD.mg_ptn_Media SOD.mg_ptn_Mediana SOD.mg_ptn_IQR SOD.mg_ptn_Desvio_Padrao SOD.mg_ptn_Variancia CAT_Media CAT_Mediana CAT_IQR CAT_Desvio_Padrao CAT_Variancia TBARs_Media TBARs_Mediana TBARs_IQR TBARs_Desvio_Padrao TBARs_Variancia PTN_CARB_Media PTN_CARB_Mediana PTN_CARB_IQR PTN_CARB_Desvio_Padrao PTN_CARB_Variancia FEV1.pred_Media FEV1.pred_Mediana FEV1.pred_IQR FEV1.pred_Desvio_Padrao FEV1.pred_Variancia predFEV1post_Media predFEV1post_Mediana predFEV1post_IQR predFEV1post_Desvio_Padrao predFEV1post_Variancia IL_10_Media IL_10_Mediana IL_10_IQR IL_10_Desvio_Padrao IL_10_Variancia Lep_Media Lep_Mediana Lep_IQR Lep_Desvio_Padrao Lep_Variancia TNF_Media TNF_Mediana TNF_IQR TNF_Desvio_Padrao TNF_Variancia IL_17A_Media IL_17A_Mediana IL_17A_IQR IL_17A_Desvio_Padrao IL_17A_Variancia tempo_Covid_Media tempo_Covid_Mediana tempo_Covid_IQR tempo_Covid_Desvio_Padrao tempo_Covid_Variancia
Não 5.9250 5.3 1.200 2.0667204 4.2713333 27.56250 30.0 8.0 6.521439 42.52917 157.5625 143.5 88.25 89.33605 7980.929 72.09562 73.290 34.675 20.32270 413.0123 0.9797769 0.8507 0.58450 0.3265416 0.1066294 1.046623 0.9286 0.383400 0.5139705 0.2641656 0.1052154 0.1032 0.0407 0.0485290 0.0023551 2.318658 2.31135 0.701550 0.4995985 0.2495986 90.00000 85.5 14.5 12.52198 156.8000 92.00000 89.5 12.25 13.2916 176.6667 2918.485 2829.4 307.8 504.8430 254866.42 2295.196 2110.9 454.3 372.2405 138562.96 3302.432 3204.121 828.0310 465.7977 216967.5 982.1244 962.256 121.5490 170.4273 29045.48 2.281250 2.25 0.975 0.7643897 0.5842917
Sim 5.3375 5.3 0.675 0.5339048 0.2850543 28.95833 28.5 7.5 8.784765 77.17210 163.2083 137.0 87.00 96.31424 9276.433 67.03333 69.115 32.700 19.43964 377.8994 0.9651409 0.9313 0.25935 0.3403523 0.1158397 1.503227 1.0511 0.653175 2.3723368 5.6279820 0.1145182 0.0885 0.0423 0.0920361 0.0084706 2.457550 2.35830 1.082375 0.7704118 0.5935343 85.26087 86.0 16.5 14.33755 205.5652 86.65217 89.0 14.00 14.7328 217.0553 2831.291 2756.1 366.5 306.4685 93922.95 2102.757 2075.3 311.7 241.6251 58382.71 3474.131 3186.120 333.0125 983.9639 968184.9 1036.2419 1028.095 139.2735 136.0556 18511.12 2.505417 2.00 1.175 0.9896902 0.9794868

Correlação Ponto- Biserial - Sintomas vs Variáveis numéricas


    Pearson's product-moment correlation

data:  dados$Lep and dados$Classificacao_Sintomas_bin
t = -1.8837, df = 34, p-value = 0.06818
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 -0.57761091  0.02349755
sample estimates:
       cor 
-0.3074113 
                     Variavel  Correlacao    Valor_p
tempo_Covid.cor   tempo_Covid  0.12321513 0.44877242
HbGlic.cor             HbGlic -0.21169203 0.18974892
VitD.cor                 VitD  0.08770475 0.59047828
Trig.cor                 Trig  0.03029670 0.85277449
CH50.cor                 CH50 -0.12750343 0.43301696
SOD.mg_ptn.cor     SOD.mg_ptn -0.02170974 0.90148432
CAT.cor                   CAT  0.11765983 0.50085242
TBARs.cor               TBARs  0.05847001 0.73865407
PTN_CARB.cor         PTN_CARB  0.10346562 0.58638075
FEV1.pred.cor       FEV1.pred -0.17293333 0.29243785
predFEV1post.cor predFEV1post -0.18726749 0.25363290
IL_10.cor               IL_10 -0.11032501 0.52181598
Lep.cor                   Lep -0.30741133 0.06817916
TNF.cor                   TNF  0.10069463 0.55899560
IL_17A.cor             IL_17A  0.17658048 0.30290888
corrplot 0.92 loaded