Genoomannotatie ab de novo regenworm
Alena Savachenko & Laisja Tomaisja
genvoorspellingsalgoritme
![]()
.
Hidden Markov Models
![]()
Augustus. C Elegans test-model
![.]()
- Welke augustus pipiline geeft de meest betrouwbare voorspellingen?
Lumbricus Terrestris (regenworm)
![]()
calmodulin.
Proteome. Motorische functie
- Welke genen zijn belangrijk voor de motorische functies van regenwormen?
| sarcoplasmic reticulum |
NaK-ATPase |
|
| Calmodulin |
ATPase Calcium-transporting ATPase |
|
| Calreticulin |
mitochondriaal dna |
|
| Sarcoplasmic calcium binding protein |
ATP synthase |
|
| cytoskelet |
Cytochrome c oxidase |
|
| Actine, Myosine |
NADH-oxidoreductase |
|
| Tubuline, Collagen |
NADH-dehydrogenase |
|
Resultaten.Basisstatistieken
|
|
|
| chr1 |
4358 |
1665 |
| chr2 |
3540 |
3178 |
| chr3 |
3337 |
3045 |
| chr4 |
3192 |
3238 |
| chr5 |
2817 |
2748 |
| chr6 |
3141 |
3118 |
Resultaten
| - We hebben een eigen model ontwikkeld met een hogere specificiteit voor de regenworm, gebaseerd op proteoomdatabases en RNA-seq data als hints. |
| - We hebben een genendatabase gemaakt voor de chromosomen 1 tot 6 van de regenworm. |
| -We hebben de genen van de regenworm onderzocht die te maken hebben met motorische functies en een analytisch rapport opgesteld. In totaal zijn er 52 genen ontdekt die een rol spelen in deze motorische functies. |
- Welke augustus pipiline geeft de meest betrouwbare voorspellingen?
