Genoomannotatie ab de novo regenworm
Alena Savachenko & Laisja Tomaisja
genvoorspellingsalgoritme
![]()
.
Hidden Markov Models
slide2
![]()
C Elegans test-model
![]()
elegans.
Lumbricus Terrestris (regenworm)
![]()
calmodulin.
Proteome
genomisch dna
sarcoplasmic reticulum:
-Calmodulin -Calreticulin -Sarcoplasmic calcium binding protein
cytoskelet :
-Actine -Myosine -Tubuline -Collagen
energiecomplex :
NaK-ATPase Calcium-transporting ATPase
mitochondriaal dna:
-NADH oxidoreductase -NADH dehydrogenase -ATP synthase -Cytochrome c oxidase
Hoe het ging
Onderzoeksvraag:
Genoomonderzoek van de novo bij regenwormen.
Deelvragen:
- Welke augustus pipiline geeft de meest betrouwbare voorspellingen?
- Welke genen zijn belangrijk voor de motorische functies van regenwormen?
Resultaten
- We hebben een eigen model ontwikkeld met een hogere specificiteit voor regenwormen, gebaseerd op RNA-seq data en proteoomdatabases.
- We hebben een genendatabase gemaakt voor de chromosomen 1 tot 6 van de regenworm.
We onderzochten de wormgenen die te maken hebben met motorische functies en maakten een analytisch rapport.
