cluster_Ploy_data_way02

นำเข้าข้อมูล

raw<-read.table("G:\\My Drive\\document for each subject\\senior_project\\67\\ploy_sp.csv", header=TRUE, sep = ",")

เปิดใช้งาน package

library(vegan)

Warning: package 'vegan' was built under R version 4.4.2

Loading required package: permute

Loading required package: lattice

This is vegan 2.6-8

ดึงเฉพาะข้อมูลที่ไม่เป็น 0 ทั้ง row

sp<-raw[c(1:12, 14:18), 2:ncol(raw)]

หาระยะห่างของแต่ละแปลงโดยใช้ข้อมูลชนิดและจำนวนพืชที่พบในแต่ละแปลง

sp_dist<-vegdist(sp)
sp_clus<-hclust(sp_dist)

ลอง Plot แบบธรรมดาดูก่อน

plot(sp_clus)

เตรียมการแบ่งข้อมูลออกเป็น 3 กลุ่ม

sp_cutree <-cutree(sp_clus, k = 3)

Plot แบบแบ่งข้อมูลออกเป็น 3 กลุ่ม

plot (sp_clus, cex = .5)
clus_in_dendro <- unique (sp_cutree[sp_clus$order]) 
rect.hclust (sp_clus, k = 3, border = c("#A5B68D", "#789DBC", "#BC7C7C"))

#legend ('topright', legend = paste ('Cluster', 1:3), col = c("#A5B68D", "#789DBC", "#BC7C7C"), pch = 22, bty = 'n')