MOD.4 TP. Loc. RAFAELA
Florencia Gonzalez
2024-12-18
-Instalación de paquetes y visualizacion de datos para resolver el TP
install.packages("tidyverse")
install.packages("readxl")
install.packages("summarytools")
install.packages("leaflet")library("tidyverse")
library("readxl")
library("summarytools")## Warning in fun(libname, pkgname): couldn't connect to display ":0"library("leaflet")
library("dplyr")Análisis Descriptivo. Responder a las siguientes preguntas utilizando todo lo visto en el módulo:
A. ¿Cuántos casos (o filas) tiene en total la base de datos?
-Función read_excel()
TRIGO <-read_excel("TRIGO.xlsx")glimpse(TRIGO)## Rows: 4,170
## Columns: 5
## $ Año <dbl> 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007…
## $ Localidad <chr> "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "C…
## $ Tratamiento <chr> "ConFung", "ConFung", "ConFung", "SinFung", "SinFung", "Si…
## $ Genotipo <chr> "KleinTauro", "KleinTauro", "KLEINCASTOR", "KleinTauro", "…
## $ Rendimiento <dbl> 5604.40, 4945.05, 6106.75, 4992.15, 5086.34, 6342.23, 5949…-Visualización de la tabla de datos
TRIGO## # A tibble: 4,170 × 5
## Año Localidad Tratamiento Genotipo Rendimiento
## <dbl> <chr> <chr> <chr> <dbl>
## 1 2007 CHA ConFung KleinTauro 5604.
## 2 2007 CHA ConFung KleinTauro 4945.
## 3 2007 CHA ConFung KLEINCASTOR 6107.
## 4 2007 CHA SinFung KleinTauro 4992.
## 5 2007 CHA SinFung KleinTauro 5086.
## 6 2007 CHA SinFung KleinTauro 6342.
## 7 2007 CHA ConFung KleinTauro 5950.
## 8 2007 CHA ConFung KLEINCASTOR 5447.
## 9 2007 CHA SinFung BUCKPUELCHE 4898.
## 10 2007 CHA ConFung BUCKPUELCHE 5557.
## # ℹ 4,160 more rowsRespuesta:La base de datos tiene 4,170 observaciones
B. Cúantos casos (o filas) tiene la base de datos de su localidad?
RAF <-TRIGO %>%
filter (Localidad == "RAF")
RAF## # A tibble: 366 × 5
## Año Localidad Tratamiento Genotipo Rendimiento
## <dbl> <chr> <chr> <chr> <dbl>
## 1 2007 RAF ConFung KleinTauro 5010
## 2 2007 RAF SinFung KLEINCASTOR 4942
## 3 2007 RAF ConFung KLEINCASTOR 4836
## 4 2007 RAF ConFung KleinTauro 5977
## 5 2007 RAF SinFung KleinTauro 5607
## 6 2007 RAF SinFung KleinTauro 5630
## 7 2007 RAF ConFung KleinTauro 5720
## 8 2007 RAF ConFung BUCKPUELCHE 5259.
## 9 2007 RAF ConFung BUCKPUELCHE 5586.
## 10 2007 RAF SinFung BUCKPUELCHE 4986
## # ℹ 356 more rowsRespuesta:La Localidad Rafaela tiene 366 observaciones
C. ¿Cómo se distribuye el rendimiento de trigo en su localidad? Elabore un gráfico y saque conclusiones.
- Histograma
ggplot(RAF, aes(Rendimiento)) +
geom_histogram(color = "yellow", fill = "darkgreen")+
geom_vline(xintercept = 4361, color = "red")+
labs(title = "Rendimiento de trigo en la localidad de Rafaela, Buenos Aires",
x = "Rendimiento (Kg/ha)",
y = "Frecuencia")## `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
-Para una mejor visualización del comporamiento de los datos se agrupo en 13 columnas segun el siguiente gráfico
ggplot(RAF, aes(Rendimiento)) +
geom_histogram(bins = 13,color = "gray", fill = "lightblue")+
geom_vline(xintercept = 4361, color = "red" )+
geom_freqpoly(color = "red", linewidth = 0.2)+
labs(title = "Rendimiento de trigo en la localidad de Rafaela, Buenos Aires",
x = "Rendimiento (Kg/ha)",
y = "Frecuencia")## `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
Respuesta: Según lo visualizado en el Histograma, la distribución del rendimiento en la localidad Rafaela es bimodal; Un conjunto de datos se encuentra entre los 3.300 y 3.600 kg/ha y el otro conjunto de datos entre los 4.800 y 5.300 kg/ha, aproximadamente. Esta distribución de los datos puede estar indicando que existe más de un proceso en la recolecciónn de los mismo, posiblemente se manifieste el efecto del fertilizante en el rendimiento. La media del rendimiento (4361Kg) se ubica a la derecha del conjunto de datos modal. la distribución de los datos no es normal
D.¿Cómo varía el rendimiento promedio en su localidad para los diferentes tratamientos? ¿Qué tratamiento recomendaría (Con fungicida o Sin fungicida). En todos los gráficos realizar las modificaciones que consideren adecuadas (ejes, tamaño de letra, color, etc.) para mejorar la presentación.
-Gráfico de cajas
ggplot(RAF, aes(Tratamiento, Rendimiento, color = Tratamiento)) +
geom_boxplot() +
stat_summary(fun = mean, color = "black", size = 0.8, shape = 4) +
labs(title = "Distribución del rendimiento por tratamiento",
x = "Tratamiento",
y = "Rendimiento (Kg/ha)") +
theme_classic() +
theme(plot.title = element_text(size = 20, hjust = 0.5),
axis.title.x = element_text(size = 14, color = "black"),
axis.title.y = element_text(size = 16, color = "black"),
axis.text.x = element_text(size = 12, color = "black"),
axis.text.y = element_text(size = 12, color = "black"),
legend.position = ("right"),
legend.text = element_text(size = 14),
legend.title = element_text(size = 16)) +
scale_y_continuous(limits = c(200, 8000),breaks = seq(200, 8000, by = 1000)) +
scale_color_manual(values = c("SinFung" = "blue", "ConFung" = "orange"))## Warning: Removed 2 rows containing missing values or values outside the scale range
## (`geom_segment()`).
Respuesta: El boxplot muestra la distribución del rendimiento de trigo, en Kg/ha, para los tratamientos “Con fungicida” (ConFung) y “Sin fungicida” (SinFung) realizados en la localidad de Rafaela. ##El Rendimiento promedio para ambos tratamientos se encuentran entre los 4300 kg/ha y 4500 kg/ha, observandose una mejor performance del rendimiento en el tratamiento SinFung. Los promedios de los rendimientos, en ambos casos se encuentran muy próximos a la mediana ##El Rendimeinto en las parcelas con fungicida presenta un rango algo mas amplio con valores mínimos bajos y valores máximos respecto al tratamiento Sin Fungicida. Por otra parte, en el tratamiento sin fungicida hay una menor dispersión en los rendimientos; la mitad de los casos tiene un valor superior a la mediana y la otra mitad tiene un valor inferior. En ambos tratamientos no se observan valores atípico.
Recomendación: En la localidad de Rafaela, No se recomienda realizar aplicación de fertilizante para emjorar los rendimientos,expresados en Kg/ha, en trigo
E. Agregar una ubicación ficticia de un campo dentro de su localidad usando el paquete leaflet.
leaflet() %>%
addProviderTiles(providers$Esri.WorldImagery) %>%
setView(lng = -61.460535, lat = -31.285141, zoom = 15) %>%
addMarkers(lng = -61.460535, lat = -31.285141)F. Crear una tabla de frecuencias para la variable Rendimiento y analizar los resultados.
TF_Rendimiento_RAF <- cut(RAF$Rendimiento,
breaks = seq(min(RAF$Rendimiento), max(RAF$Rendimiento), by = 1000),
right = FALSE,
include.lowest = TRUE)
freq(TF_Rendimiento_RAF,
report.nas = FALSE,
justify = "center" )## Frequencies
## TF_Rendimiento_RAF
## Type: Factor
##
## Freq % % Cum.
## ------------------------- ------ -------- --------
## [1.35e+03,2.35e+03) 11 3.01 3.01
## [2.35e+03,3.35e+03) 64 17.53 20.55
## [3.35e+03,4.35e+03) 119 32.60 53.15
## [4.35e+03,5.35e+03) 87 23.84 76.99
## [5.35e+03,6.35e+03) 73 20.00 96.99
## [6.35e+03,7.35e+03] 11 3.01 100.00
## Total 365 100.00 100.00Respuesta: Los rendimientos de trigo en la localidad Rafaela varían entre 1350kg/ha y 7350 kg/ha, lo que muestra una amplia dispersión en los datos, aunque el 75,6% de los datos relevados del rendiemnto varia entre 3350y6350 kg/ha. Estos intervalos comprenden la mayoría de los datos, lo que sugiere que el rendimiento promedio de los genotipos de trigo se encuentra en este rango. ##Los intervalos con mayor frecuencia son: 3350-4350 kg/ha, con 119 observaciones concentrando el 32% de los datos; con 87 observaciones, el intervalo 4350-5500 kg/ha (23.85% de los datos).El 20,55% de los datos se encuentra por debajo de los 3350 kg/ha y Tan solo el 3,01% supera el rendimeito de 6350kg/ha lo que muestra que los valores más altos son poco frecuentes y pueden estar influenciado por condiciones optimas en cuanto a clima o de manejo. La distribución muestra una tendencia central en torno a 3350-4350 kg/ha, con una disminución gradual en las frecuencias hacia los extremos.
G. Obtener medidas de resumen para la variable Rendimiento según el tratamiento aplicado.
-Cambiamos el nombre de los casos
RAF <- RAF %>%
mutate(Tratamiento_RAF = case_when(
Tratamiento == "SinFung" ~ "Sin Funguicida",
Tratamiento == "ConFung" ~ "Con Funguicida"))
RAF## # A tibble: 366 × 6
## Año Localidad Tratamiento Genotipo Rendimiento Tratamiento_RAF
## <dbl> <chr> <chr> <chr> <dbl> <chr>
## 1 2007 RAF ConFung KleinTauro 5010 Con Funguicida
## 2 2007 RAF SinFung KLEINCASTOR 4942 Sin Funguicida
## 3 2007 RAF ConFung KLEINCASTOR 4836 Con Funguicida
## 4 2007 RAF ConFung KleinTauro 5977 Con Funguicida
## 5 2007 RAF SinFung KleinTauro 5607 Sin Funguicida
## 6 2007 RAF SinFung KleinTauro 5630 Sin Funguicida
## 7 2007 RAF ConFung KleinTauro 5720 Con Funguicida
## 8 2007 RAF ConFung BUCKPUELCHE 5259. Con Funguicida
## 9 2007 RAF ConFung BUCKPUELCHE 5586. Con Funguicida
## 10 2007 RAF SinFung BUCKPUELCHE 4986 Sin Funguicida
## # ℹ 356 more rows-Medidas de resumen por tratameinto para la localidad Rafaela
RAF %>%
group_by(Tratamiento_RAF) %>%
descr(Rendimiento,
headings = FALSE,
justify = "center")##
## Con Funguicida Sin Funguicida
## ----------------- ---------------- ----------------
## Mean 4298.18 4433.10
## Std.Dev 1196.02 1105.61
## Min 1350.00 1935.00
## Q1 3385.70 3626.00
## Median 4179.50 4346.00
## Q3 5328.00 5239.00
## Max 7455.00 6958.00
## MAD 1425.67 1280.03
## IQR 1910.50 1600.20
## CV 0.28 0.25
## Skewness -0.05 -0.03
## SE.Skewness 0.17 0.19
## Kurtosis -0.58 -0.71
## N.Valid 195.00 171.00
## Pct.Valid 100.00 100.00H. ¿Qué genotipo recomendaría sembrar en la localidad? justifique la respuesta
Rendimiento_promedio <- RAF %>%
group_by(Genotipo, Tratamiento) %>%
summarise(Rendimiento_promedio = mean(Rendimiento, na.rm = TRUE)) %>%
arrange(desc(Rendimiento_promedio)) # Ordenar de mayor a menor rendimiento## `summarise()` has grouped output by 'Genotipo'. You can override using the
## `.groups` argument.Rendimiento_promedio## # A tibble: 59 × 3
## # Groups: Genotipo [31]
## Genotipo Tratamiento Rendimiento_promedio
## <chr> <chr> <dbl>
## 1 ONIX ConFung 5831.
## 2 KLEINCHAJA ConFung 5625
## 3 ACA905 SinFung 5543.
## 4 ACA905 ConFung 5521.
## 5 SY300 SinFung 5237.
## 6 KLEINCHAJA SinFung 5210
## 7 ACA801 SinFung 5196
## 8 ACA801 ConFung 5186.
## 9 SY300 ConFung 5176.
## 10 BIOINTA1001 ConFung 5157.
## # ℹ 49 more rows-Seleccionar el genotipo de mayor rendimiento
Mejor_genotipo <- Rendimiento_promedio %>%
group_by(Tratamiento) %>%
slice(1) # Tomar el genotipo con mayor rendimiento por tratamiento
Mejor_genotipo## # A tibble: 2 × 3
## # Groups: Tratamiento [2]
## Genotipo Tratamiento Rendimiento_promedio
## <chr> <chr> <dbl>
## 1 ONIX ConFung 5831.
## 2 ACA905 SinFung 5543.Respuesta: El genotipo que recomendaría es ACA905 ya que tiene un rendimeinto del 5543 kg/ha. Esta recomenación se sustenta en que el genotipo ONIX, el segundo genotipo con mayor rendimiento, tratado con fungincida tan solo supera a ACA905 en 300kg/ha. Si se considera los costos que implica la plicación del fungicida, debería ser muy superior el rendimiento como para justificar su utilización en la localidad de Rafaela.
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summary(cars)## speed dist
## Min. : 4.0 Min. : 2.00
## 1st Qu.:12.0 1st Qu.: 26.00
## Median :15.0 Median : 36.00
## Mean :15.4 Mean : 42.98
## 3rd Qu.:19.0 3rd Qu.: 56.00
## Max. :25.0 Max. :120.00Including Plots
You can also embed plots, for example:
Note that the echo = FALSE parameter was added to the
code chunk to prevent printing of the R code that generated the
plot.