Evaluación Final
Alumnos: Arturo Murua, Carlos Salcedo, Yuliana Vera
Taller de R y RStudio con Posit Cloud
Facultad de Ciencias Agrarias - Universidad Nacional de Catamarca
En este trabajo final del Taller de R aplicamos los conocimientos adquiridos a lo largo del curso para analizar datos agronómicos mediante el uso de tablas de frecuencias, gráficos y medidas de resumen, buscando entender mejor la información y ser capaces de tomar decisiones agronómicas fundamentadas. Este análisis permite resaltar la importancia de herramientas como R y RStudio en la toma de decisiones en el ámbito agronómico. ________________________________________________________________________________________________________________
Instalación y Activación de los paquetes
install.packages("summarytools") ## Installing package into '/cloud/lib/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4'
## (as 'lib' is unspecified)install.packages("tidyverse")## Installing package into '/cloud/lib/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4'
## (as 'lib' is unspecified)install.packages("readxl")## Installing package into '/cloud/lib/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4'
## (as 'lib' is unspecified)install.packages("leaflet")## Installing package into '/cloud/lib/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4'
## (as 'lib' is unspecified)library(tidyverse) ## ── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
## ✔ dplyr 1.1.4 ✔ readr 2.1.5
## ✔ forcats 1.0.0 ✔ stringr 1.5.1
## ✔ ggplot2 3.5.1 ✔ tibble 3.2.1
## ✔ lubridate 1.9.3 ✔ tidyr 1.3.1
## ✔ purrr 1.0.2
## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
## ✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
## ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errorslibrary(summarytools) ## Warning in fun(libname, pkgname): couldn't connect to display ":0"## system might not have X11 capabilities; in case of errors when using dfSummary(), set st_options(use.x11 = FALSE)
##
## Attaching package: 'summarytools'
##
## The following object is masked from 'package:tibble':
##
## viewlibrary(readxl)
library(leaflet)1. Base de datos “TRIGO”
Obtenida al realizar un ensayo comparativo de rendimiento en diferentes localidades de la República Argentina.
TRIGO <- read_excel("TRIGO.xlsx")
TRIGO## # A tibble: 4,170 × 5
## Año Localidad Tratamiento Genotipo Rendimiento
## <dbl> <chr> <chr> <chr> <dbl>
## 1 2007 CHA ConFung KleinTauro 5604.
## 2 2007 CHA ConFung KleinTauro 4945.
## 3 2007 CHA ConFung KLEINCASTOR 6107.
## 4 2007 CHA SinFung KleinTauro 4992.
## 5 2007 CHA SinFung KleinTauro 5086.
## 6 2007 CHA SinFung KleinTauro 6342.
## 7 2007 CHA ConFung KleinTauro 5950.
## 8 2007 CHA ConFung KLEINCASTOR 5447.
## 9 2007 CHA SinFung BUCKPUELCHE 4898.
## 10 2007 CHA ConFung BUCKPUELCHE 5557.
## # ℹ 4,160 more rowsTRYGO <- TRIGO %>%
rename(ANIO = Año,
LOCALIDAD = Localidad,
TRATAMIENTO = Tratamiento,
GENOTIPO = Genotipo,
RENDIMIENTO = Rendimiento)glimpse(TRYGO)## Rows: 4,170
## Columns: 5
## $ ANIO <dbl> 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007…
## $ LOCALIDAD <chr> "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "CHA", "C…
## $ TRATAMIENTO <chr> "ConFung", "ConFung", "ConFung", "SinFung", "SinFung", "Si…
## $ GENOTIPO <chr> "KleinTauro", "KleinTauro", "KLEINCASTOR", "KleinTauro", "…
## $ RENDIMIENTO <dbl> 5604.40, 4945.05, 6106.75, 4992.15, 5086.34, 6342.23, 5949…2. Localidad “Los Altos” Provincia de Catamarca
LOSALTOS <- TRYGO %>%
filter(LOCALIDAD == "ALT") %>%
select (ANIO, GENOTIPO, RENDIMIENTO, TRATAMIENTO)
LOSALTOS## # A tibble: 360 × 4
## ANIO GENOTIPO RENDIMIENTO TRATAMIENTO
## <dbl> <chr> <dbl> <chr>
## 1 2007 BIOINTA1001 5822. SinFung
## 2 2007 ONIX 5207. SinFung
## 3 2007 ONIX 5779. ConFung
## 4 2007 BIOINTA1001 6029. SinFung
## 5 2007 ONIX 5807. ConFung
## 6 2007 ONIX 5379. SinFung
## 7 2007 B75ANIVERSARIO 5572. ConFung
## 8 2007 BIOINTA1001 6422. ConFung
## 9 2007 BIOINTA1002 5543. SinFung
## 10 2007 BIOINTA1002 5450. ConFung
## # ℹ 350 more rows3. Análisis descriptivo
A. ¿Qué variedades se sembraron en su localidad?
freq(LOSALTOS$GENOTIPO,
justify = "center",
report.nas = FALSE,
headings = FALSE,
cumul = FALSE) ##
## Freq %
## -------------------- ------ --------
## ACA801 6 1.67
## ACA901 18 5.00
## ACA903 12 3.33
## ACA905 6 1.67
## ACA906 12 3.33
## ACA907 6 1.67
## AGPFast 12 3.33
## Arex 12 3.33
## ATLAX 18 5.00
## B75ANIVERSARIO 18 5.00
## Baguette9 6 1.67
## BIOINTA1001 6 1.67
## BIOINTA1002 24 6.67
## Biointa1005 18 5.00
## Biointa1006 18 5.00
## BUCKPUELCHE 12 3.33
## Cronox 12 3.33
## KLEINCASTOR 6 1.67
## KLEINCHAJA 6 1.67
## KleinLeon 12 3.33
## KleinNutria 12 3.33
## KleinRayo 12 3.33
## KleinTauro 24 6.67
## KleinTIGRE 18 5.00
## KleinZorro 18 5.00
## LE2331 12 3.33
## LE2357 6 1.67
## ONIX 6 1.67
## SY300 12 3.33
## Total 360 100.00ggplot(LOSALTOS, aes(y = GENOTIPO)) +
geom_bar(fill = "#F2D054", color = "black") +
labs(title = "Variedades de Trigo sembradas por Año",
x = "Nro. de ensayos agrícolas",
y = "Genotipo") +
theme_get() +
facet_grid(.~ ANIO)
En un total de 6 ensayos agrícolas, se evaluó la presencia de variedades de trigo sembradas en la localidad de Los Altos, mostrando resultados muy diversos según el gráfico, con algunas variedades presentes de manera intermitente o esporádica durante los años 2007, 2009, 2010 y 2011. Hay variedades que muestran una participación constante: BIOINTA1002 y KLEINTAURO, son los genotipos regularmente seleccionados para los ensayos agrícolas durante el período estudiado. Además, cabe destacar aquellos genotipos introducidos en el intervalo de los últimos tres años: KLEINTIGRE, BIOINTA1006, BIOINTA1005 y ATLAX.
B. Ubicación ficticia del campo donde se realizó el ensayo teniendo en cuenta la Localidad y Provincia
Se tomó como lugar de ensayo un campo ubicado 5 km al Sur de Los Altos, sobre Ruta Provincial N° 21.
leaflet() %>%
addProviderTiles(providers$Esri.WorldImagery)%>%
addPolygons(lng = c( -65.497990, -65.516196, -65.516544, -65.497938 ), lat = c(-28.089488,-28.089456, -28.094691, -28.094657), color = "#F2D054") %>%
addMarkers(lng = -65.497665, lat = -28.092146) C. ¿Cuáles fueron los rendimientos alcanzados por las variedades?
RENDIMIENTOS <- LOSALTOS %>%
select (GENOTIPO, RENDIMIENTO) %>%
group_by(GENOTIPO) %>%
summarise(RENDIMIENTOSPROMEDIO = mean(RENDIMIENTO, na.rm = TRUE))
RENDIMIENTOS## # A tibble: 29 × 2
## GENOTIPO RENDIMIENTOSPROMEDIO
## <chr> <dbl>
## 1 ACA801 5407.
## 2 ACA901 4661.
## 3 ACA903 3859.
## 4 ACA905 3890
## 5 ACA906 4648.
## 6 ACA907 4264.
## 7 AGPFast 4824.
## 8 ATLAX 4800.
## 9 Arex 4544.
## 10 B75ANIVERSARIO 4512.
## # ℹ 19 more rowsggplot(RENDIMIENTOS, aes(x = GENOTIPO, y = RENDIMIENTOSPROMEDIO, fill = RENDIMIENTOSPROMEDIO)) +
geom_bar(stat = "identity") +
scale_fill_gradient(low = "#EFC000", high = "#AD7B25") +
theme_get() +
labs(title = "Rendimiento Promedio por Genotipo",
x = "Genotipo",
y = "Rendimiento Promedio") +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))
En el gráfico observamos los rendimientos alcanzados por las 29 variedades que se implantaron en Los Altos de trigo. De los genotipos ya mencionados anteriormente, como aquellos presentes en los 4 años y los introducidos en los últimos 3 (BIOINTA1002, KLEINTAURO, KLEINTIGRE, BIOINTA1006, BIOINTA1005 y ATLAX), sus rendimientos se hayan limitando los 5000 kg/ha, siendo KLEINTAURO el que obtuvo el mayor valor. Además, podemos destacar 3 tipos de variedades y seleccionarlas como las mejores en cuanto a rendimiento: BIOINTA1001, KLEINCASTOR y ONIX. Estos genotipos tienen un rto. cercano a los 6.000 kg/ha.
D. En líneas generales ¿Se observan diferencias entre los tratamientos “Sin fungicida” y “Con fungicida”?
RENDIMIENTOS <- LOSALTOS %>%
select(TRATAMIENTO, RENDIMIENTO) %>%
group_by(TRATAMIENTO)
RENDIMIENTOS## # A tibble: 360 × 2
## # Groups: TRATAMIENTO [2]
## TRATAMIENTO RENDIMIENTO
## <chr> <dbl>
## 1 SinFung 5822.
## 2 SinFung 5207.
## 3 ConFung 5779.
## 4 SinFung 6029.
## 5 ConFung 5807.
## 6 SinFung 5379.
## 7 ConFung 5572.
## 8 ConFung 6422.
## 9 SinFung 5543.
## 10 ConFung 5450.
## # ℹ 350 more rowsggplot(RENDIMIENTOS, aes(RENDIMIENTO, color = TRATAMIENTO)) +
geom_freqpoly(binwidth = 600, linewidth = 0.7) +
labs(title = "Rto./Ha según el Tratamiento",
x = "Rto.",
y = "Frecuencia") +
theme_classic()+
scale_color_manual(values = c("SinFung" = "#EFC000", "ConFung" = "#AD7B25"))
Con base en el gráfico proporcionado, se puede observar que las diferencias entre ambos tratamientos son mínimas en términos generales. Ambas curvas presentan un comportamiento similar, con picos de frecuencia cercanos en valores de rendimiento alrededor de los 4,000-5,000 kg/ha. Sin embargo, el tratamiento “Con fungicida” muestra una ligera ventaja en los valores mayores a 6,000 kg/ha.
E. ¿Qué variedad recomendaría sembrar?
MEJORESVARIEDADES <- LOSALTOS %>%
filter(GENOTIPO == "BIOINTA1001" | GENOTIPO == "KLEINCASTOR" | GENOTIPO == "ONIX",
TRATAMIENTO %in% c("SinFung","ConFung")) %>%
select(TRATAMIENTO, GENOTIPO, RENDIMIENTO)
MEJORESVARIEDADES## # A tibble: 18 × 3
## TRATAMIENTO GENOTIPO RENDIMIENTO
## <chr> <chr> <dbl>
## 1 SinFung BIOINTA1001 5822.
## 2 SinFung ONIX 5207.
## 3 ConFung ONIX 5779.
## 4 SinFung BIOINTA1001 6029.
## 5 ConFung ONIX 5807.
## 6 SinFung ONIX 5379.
## 7 ConFung BIOINTA1001 6422.
## 8 ConFung BIOINTA1001 5807.
## 9 ConFung ONIX 6307.
## 10 ConFung BIOINTA1001 5507.
## 11 SinFung BIOINTA1001 5650.
## 12 SinFung ONIX 5386.
## 13 ConFung KLEINCASTOR 5686.
## 14 ConFung KLEINCASTOR 6314.
## 15 SinFung KLEINCASTOR 5564.
## 16 ConFung KLEINCASTOR 5772.
## 17 SinFung KLEINCASTOR 5836.
## 18 SinFung KLEINCASTOR 5843.ggplot(MEJORESVARIEDADES, aes(x = factor(TRATAMIENTO), y = RENDIMIENTO, fill = TRATAMIENTO)) +
geom_boxplot() +
labs(x = "Variedad/Tratamiento", y = "Rendimiento (Kg/Ha)", title = "Comparación de Rto. de las mejores Variedades/Tratamientos") +
theme_gray() +
stat_summary(fun = mean, color = "black") +
facet_grid(.~ GENOTIPO) +
scale_fill_manual(values = c("SinFung" = "#EFC000", "ConFung" = "#AD7B25"))## Warning: Removed 2 rows containing missing values or values outside the scale range
## (`geom_segment()`).
## Removed 2 rows containing missing values or values outside the scale range
## (`geom_segment()`).
## Removed 2 rows containing missing values or values outside the scale range
## (`geom_segment()`).
Se puede observar que las tres variedades con fungicida tienen una media y mediana aproximadas; existe una gran concentración de datos entre el mínimo y el Q2 en las variedades KLEINCASTOR y ONIX. Las tres variedades tratadas con fungicidas presentan mayores rendimientos promedio. La variedad ONIX presenta mayor susceptibilidad ante ataques fúngicos, por lo que su elección debería ser necesariamente con fungicida. La variedad recomendada en caso de contar con la aplicación de fungicida es ONIX, debido a que presenta valores más altos y concentrados con respecto a la media. En caso de no contar con fungicida, se debería usar BIOINTA1001, ya que presenta mayores rendimientos que las otras variedades.
4. CONCLUSIONES
En los ensayos agrícolas realizados en Los Altos entre los años 2007 y 2011, exceptuando el año 2009, se evaluó un total de 29 variedades de trigo, destacando como las más productivas BIOINTA1001 con 5872.7 kg/ha, KLEINCASTOR con 5835.8 kg/ha y ONIX con 5644.2 kg/ha. La diferencia entre los rendimientos de BIOINTA1001 y KLEINCASTOR es insignificante teniendo en cuenta que si se aplica o no fungicida producirá aproximadamente la misma cantidad. En cuanto a la variedad ONIX, el análisis mostró una significativa variación con respecto a los tratamientos. Aunque los genotipos BIOINTA1001 y ONIX se perciban como los más adecuados según su tratamiento, es conveniente resaltar que los mismos se pusieroo a prueba en un solo año de los analizados, en 2007, por lo que la falta de repeticiones no genera confianza, afecta la calidad del análisis y la validez de las conclusiones.