Tianqi covid paper
2024-11-29
Table 1 before matching
| 0 (N=182) |
1 (N=731) |
Overall (N=913) |
|
|---|---|---|---|
| Gender_Legal_Sex | |||
| Female | 86 (47 %) | 368 (50 %) | 454 (50 %) |
| Male | 96 (53 %) | 363 (50 %) | 459 (50 %) |
| age_bl | |||
| Mean (SD) | 70 (± 15) | 74 (± 13) | 73 (± 13) |
| Median (IQR) | 73 (62 - 82) | 75 (66 - 82) | 75 (65 - 82) |
| htn | |||
| 0 | 71 (39 %) | 105 (14 %) | 176 (19 %) |
| 1 | 111 (61 %) | 626 (86 %) | 737 (81 %) |
| dm | |||
| 0 | 118 (65 %) | 373 (51 %) | 491 (54 %) |
| 1 | 64 (35 %) | 358 (49 %) | 422 (46 %) |
| cad | |||
| 0 | 122 (67 %) | 345 (47 %) | 467 (51 %) |
| 1 | 60 (33 %) | 386 (53 %) | 446 (49 %) |
| chf | |||
| 0 | 174 (96 %) | 650 (89 %) | 824 (90 %) |
| 1 | 8 (4 %) | 81 (11 %) | 89 (10 %) |
| copd | |||
| 0 | 168 (92 %) | 597 (82 %) | 765 (84 %) |
| 1 | 14 (8 %) | 134 (18 %) | 148 (16 %) |
| nsaid | |||
| 0 | 159 (87 %) | 586 (80 %) | 745 (82 %) |
| 1 | 23 (13 %) | 145 (20 %) | 168 (18 %) |
| beta_blockers | |||
| 0 | 135 (74 %) | 417 (57 %) | 552 (60 %) |
| 1 | 47 (26 %) | 314 (43 %) | 361 (40 %) |
| statins | |||
| 0 | 136 (75 %) | 349 (48 %) | 485 (53 %) |
| 1 | 46 (25 %) | 382 (52 %) | 428 (47 %) |
| ace_arb | |||
| 0 | 134 (74 %) | 432 (59 %) | 566 (62 %) |
| 1 | 48 (26 %) | 299 (41 %) | 347 (38 %) |
| ppi | |||
| 0 | 149 (82 %) | 490 (67 %) | 639 (70 %) |
| 1 | 33 (18 %) | 241 (33 %) | 274 (30 %) |
| diur | |||
| 0 | 138 (76 %) | 452 (62 %) | 590 (65 %) |
| 1 | 44 (24 %) | 279 (38 %) | 323 (35 %) |
| immunosuppressant | |||
| 0 | 174 (96 %) | 694 (95 %) | 868 (95 %) |
| 1 | 8 (4 %) | 37 (5 %) | 45 (5 %) |
| renal_group2 | |||
| eGFR 45-59.9, no ESKD | 108 (59 %) | 428 (59 %) | 536 (59 %) |
| eGFR <30, no ESKD | 17 (9 %) | 54 (7 %) | 71 (8 %) |
| eGFR 30-44.9, no ESKD | 42 (23 %) | 168 (23 %) | 210 (23 %) |
| ESKD | 15 (8 %) | 81 (11 %) | 96 (11 %) |
| cancer | |||
| 0 | 144 (79 %) | 409 (56 %) | 553 (61 %) |
| 1 | 38 (21 %) | 322 (44 %) | 360 (39 %) |
| pre_cre_freq_cat | |||
| 1 | 79 (43 %) | 163 (22 %) | 242 (27 %) |
| 2-4 | 55 (30 %) | 283 (39 %) | 338 (37 %) |
| 5+ | 48 (26 %) | 285 (39 %) | 333 (36 %) |
| pre_inpt_freq_cat | |||
| 0 | 136 (75 %) | 555 (76 %) | 691 (76 %) |
| 1-2 | 26 (14 %) | 94 (13 %) | 120 (13 %) |
| 3+ | 20 (11 %) | 82 (11 %) | 102 (11 %) |
| sglt2i | |||
| 0 | 172 (95 %) | 690 (94 %) | 862 (94 %) |
| 1 | 10 (5 %) | 41 (6 %) | 51 (6 %) |
| ccb | |||
| 0 | 141 (77 %) | 504 (69 %) | 645 (71 %) |
| 1 | 41 (23 %) | 227 (31 %) | 268 (29 %) |
| pre_HGB_365days_cat | |||
| Missing | 8 (4 %) | 76 (10 %) | 84 (9 %) |
| Q1 | 40 (22 %) | 166 (23 %) | 206 (23 %) |
| Q2 | 37 (20 %) | 164 (22 %) | 201 (22 %) |
| Q3 | 37 (20 %) | 168 (23 %) | 205 (22 %) |
| Q4 | 60 (33 %) | 157 (21 %) | 217 (24 %) |
| pre_ALB_365days_cat | |||
| Missing | 24 (13 %) | 113 (15 %) | 137 (15 %) |
| Q1 | 83 (46 %) | 207 (28 %) | 290 (32 %) |
| Q2 | 24 (13 %) | 140 (19 %) | 164 (18 %) |
| Q3 | 31 (17 %) | 163 (22 %) | 194 (21 %) |
| Q4 | 20 (11 %) | 108 (15 %) | 128 (14 %) |
| pre_WBC_365days_cat | |||
| Missing | 8 (4 %) | 76 (10 %) | 84 (9 %) |
| Q1 | 74 (41 %) | 188 (26 %) | 262 (29 %) |
| Q2 | 33 (18 %) | 145 (20 %) | 178 (19 %) |
| Q3 | 28 (15 %) | 154 (21 %) | 182 (20 %) |
| Q4 | 39 (21 %) | 168 (23 %) | 207 (23 %) |
| pre_sodium_365days_cat | |||
| Missing | 1 (1 %) | 4 (1 %) | 5 (1 %) |
| Q1 | 80 (44 %) | 244 (33 %) | 324 (35 %) |
| Q2 | 34 (19 %) | 174 (24 %) | 208 (23 %) |
| Q3 | 43 (24 %) | 179 (24 %) | 222 (24 %) |
| Q4 | 24 (13 %) | 130 (18 %) | 154 (17 %) |
| pre_potassium_365days_cat | |||
| Missing | 5 (3 %) | 13 (2 %) | 18 (2 %) |
| Q1 | 63 (35 %) | 194 (27 %) | 257 (28 %) |
| Q2 | 37 (20 %) | 176 (24 %) | 213 (23 %) |
| Q3 | 38 (21 %) | 183 (25 %) | 221 (24 %) |
| Q4 | 39 (21 %) | 165 (23 %) | 204 (22 %) |
| factor(new_renal_outcome_status) | |||
| 0 | 174 (96 %) | 707 (97 %) | 881 (96 %) |
| 1 | 8 (4 %) | 24 (3 %) | 32 (4 %) |
| factor(new_dm_outcome_status) | |||
| 0 | 180 (99 %) | 716 (98 %) | 896 (98 %) |
| 1 | 2 (1 %) | 15 (2 %) | 17 (2 %) |
| factor(new_cv_outcome_status) | |||
| 0 | 151 (83 %) | 602 (82 %) | 753 (82 %) |
| 1 | 31 (17 %) | 129 (18 %) | 160 (18 %) |
| factor(hosp_outcome_30days_status) | |||
| 0 | 159 (87 %) | 667 (91 %) | 826 (90 %) |
| 1 | 23 (13 %) | 64 (9 %) | 87 (10 %) |
| factor(death_status_30) | |||
| 0 | 167 (92 %) | 720 (98 %) | 887 (97 %) |
| 1 | 15 (8 %) | 11 (2 %) | 26 (3 %) |
Create cpmpeting risk variables
## Balance Measures
## Type Diff.Un Diff.Adj
## distance Distance 1.0891 0.0381
## Gender_Legal_Sex_Male Binary 0.0309 -0.0237
## age_bl Contin. -0.2286 -0.0198
## htn Binary -0.2465 0.0053
## dm Binary -0.1381 -0.0116
## cad Binary -0.1984 -0.0084
## chf Binary -0.0669 0.0016
## copd Binary -0.1064 0.0053
## cancer Binary -0.2317 -0.0142
## renal_group2_eGFR 45-59.9, no ESKD Binary 0.0079 0.0158
## renal_group2_eGFR <30, no ESKD Binary 0.0195 -0.0100
## renal_group2_eGFR 30-44.9, no ESKD Binary 0.0009 -0.0090
## renal_group2_ESKD Binary -0.0284 0.0032
## nsaid Binary -0.0720 0.0037
## beta_blockers Binary -0.1713 -0.0090
## statins Binary -0.2698 -0.0248
## ace_arb Binary -0.1453 -0.0121
## ppi Binary -0.1484 -0.0021
## diur Binary -0.1399 -0.0074
## immunosuppressant Binary -0.0067 0.0047
## sglt2i Binary -0.0011 0.0000
## ccb Binary -0.0853 -0.0053
## pre_cre_freq_cat_1 Binary 0.2111 0.0206
## pre_cre_freq_cat_2-4 Binary -0.0849 -0.0079
## pre_cre_freq_cat_5+ Binary -0.1261 -0.0127
## pre_inpt_freq_cat_0 Binary -0.0120 0.0185
## pre_inpt_freq_cat_1-2 Binary 0.0143 -0.0132
## pre_inpt_freq_cat_3+ Binary -0.0023 -0.0053
## pre_HGB_365days_cat_Missing Binary -0.0600 0.0074
## pre_HGB_365days_cat_Q1 Binary -0.0073 -0.0264
## pre_HGB_365days_cat_Q2 Binary -0.0211 0.0074
## pre_HGB_365days_cat_Q3 Binary -0.0265 -0.0026
## pre_HGB_365days_cat_Q4 Binary 0.1149 0.0142
## pre_ALB_365days_cat_Missing Binary -0.0227 0.0185
## pre_ALB_365days_cat_Q1 Binary 0.1729 -0.0195
## pre_ALB_365days_cat_Q2 Binary -0.0597 0.0026
## pre_ALB_365days_cat_Q3 Binary -0.0527 0.0116
## pre_ALB_365days_cat_Q4 Binary -0.0379 -0.0132
## pre_WBC_365days_cat_Missing Binary -0.0600 0.0074
## pre_WBC_365days_cat_Q1 Binary 0.1494 0.0195
## pre_WBC_365days_cat_Q2 Binary -0.0170 -0.0306
## pre_WBC_365days_cat_Q3 Binary -0.0568 -0.0026
## pre_WBC_365days_cat_Q4 Binary -0.0155 0.0063
## pre_sodium_365days_cat_Missing Binary 0.0000 -0.0032
## pre_sodium_365days_cat_Q1 Binary 0.1058 0.0142
## pre_sodium_365days_cat_Q2 Binary -0.0512 0.0069
## pre_sodium_365days_cat_Q3 Binary -0.0086 -0.0032
## pre_sodium_365days_cat_Q4 Binary -0.0460 -0.0148
## pre_potassium_365days_cat_Missing Binary 0.0097 -0.0095
## pre_potassium_365days_cat_Q1 Binary 0.0808 -0.0322
## pre_potassium_365days_cat_Q2 Binary -0.0375 0.0142
## pre_potassium_365days_cat_Q3 Binary -0.0416 0.0105
## pre_potassium_365days_cat_Q4 Binary -0.0114 0.0169
##
## Sample sizes
## Control Treated
## All 731. 182
## Matched (ESS) 283.41 158
## Matched (Unweighted) 404. 158
## Unmatched 327. 24#Table 1
| 0 (N=158) |
1 (N=404) |
Overall (N=562) |
|
|---|---|---|---|
| Gender_Legal_Sex | |||
| Female | 80 (51 %) | 204 (50 %) | 284 (51 %) |
| Male | 78 (49 %) | 200 (50 %) | 278 (49 %) |
| age_bl | |||
| Mean (SD) | 71 (± 15) | 72 (± 14) | 72 (± 15) |
| htn | |||
| 0 | 51 (32 %) | 84 (21 %) | 135 (24 %) |
| 1 | 107 (68 %) | 320 (79 %) | 427 (76 %) |
| dm | |||
| 0 | 97 (61 %) | 219 (54 %) | 316 (56 %) |
| 1 | 61 (39 %) | 185 (46 %) | 246 (44 %) |
| cad | |||
| 0 | 98 (62 %) | 218 (54 %) | 316 (56 %) |
| 1 | 60 (38 %) | 186 (46 %) | 246 (44 %) |
| chf | |||
| 0 | 150 (95 %) | 374 (93 %) | 524 (93 %) |
| 1 | 8 (5 %) | 30 (7 %) | 38 (7 %) |
| copd | |||
| 0 | 145 (92 %) | 361 (89 %) | 506 (90 %) |
| 1 | 13 (8 %) | 43 (11 %) | 56 (10 %) |
| nsaid | |||
| 0 | 137 (87 %) | 336 (83 %) | 473 (84 %) |
| 1 | 21 (13 %) | 68 (17 %) | 89 (16 %) |
| beta_blockers | |||
| 0 | 112 (71 %) | 253 (63 %) | 365 (65 %) |
| 1 | 46 (29 %) | 151 (37 %) | 197 (35 %) |
| statins | |||
| 0 | 113 (72 %) | 238 (59 %) | 351 (62 %) |
| 1 | 45 (28 %) | 166 (41 %) | 211 (38 %) |
| ace_arb | |||
| 0 | 111 (70 %) | 245 (61 %) | 356 (63 %) |
| 1 | 47 (30 %) | 159 (39 %) | 206 (37 %) |
| ppi | |||
| 0 | 125 (79 %) | 299 (74 %) | 424 (75 %) |
| 1 | 33 (21 %) | 105 (26 %) | 138 (25 %) |
| diur | |||
| 0 | 115 (73 %) | 265 (66 %) | 380 (68 %) |
| 1 | 43 (27 %) | 139 (34 %) | 182 (32 %) |
| immunosuppressant | |||
| 0 | 150 (95 %) | 384 (95 %) | 534 (95 %) |
| 1 | 8 (5 %) | 20 (5 %) | 28 (5 %) |
| renal_group2 | |||
| eGFR 45-59.9, no ESKD | 95 (60 %) | 240 (59 %) | 335 (60 %) |
| eGFR <30, no ESKD | 12 (8 %) | 32 (8 %) | 44 (8 %) |
| eGFR 30-44.9, no ESKD | 37 (23 %) | 90 (22 %) | 127 (23 %) |
| ESKD | 14 (9 %) | 42 (10 %) | 56 (10 %) |
| cancer | |||
| 0 | 121 (77 %) | 275 (68 %) | 396 (70 %) |
| 1 | 37 (23 %) | 129 (32 %) | 166 (30 %) |
| pre_cre_freq_cat | |||
| 1 | 60 (38 %) | 117 (29 %) | 177 (31 %) |
| 2-4 | 52 (33 %) | 147 (36 %) | 199 (35 %) |
| 5+ | 46 (29 %) | 140 (35 %) | 186 (33 %) |
| pre_inpt_freq_cat | |||
| 0 | 117 (74 %) | 296 (73 %) | 413 (73 %) |
| 1-2 | 22 (14 %) | 55 (14 %) | 77 (14 %) |
| 3+ | 19 (12 %) | 53 (13 %) | 72 (13 %) |
| sglt2i | |||
| 0 | 149 (94 %) | 378 (94 %) | 527 (94 %) |
| 1 | 9 (6 %) | 26 (6 %) | 35 (6 %) |
| ccb | |||
| 0 | 118 (75 %) | 281 (70 %) | 399 (71 %) |
| 1 | 40 (25 %) | 123 (30 %) | 163 (29 %) |
| pre_HGB_365days_cat | |||
| Missing | 8 (5 %) | 27 (7 %) | 35 (6 %) |
| Q1 | 35 (22 %) | 101 (25 %) | 136 (24 %) |
| Q2 | 32 (20 %) | 88 (22 %) | 120 (21 %) |
| Q3 | 34 (22 %) | 85 (21 %) | 119 (21 %) |
| Q4 | 49 (31 %) | 103 (25 %) | 152 (27 %) |
| pre_ALB_365days_cat | |||
| Missing | 20 (13 %) | 56 (14 %) | 76 (14 %) |
| Q1 | 67 (42 %) | 144 (36 %) | 211 (38 %) |
| Q2 | 21 (13 %) | 64 (16 %) | 85 (15 %) |
| Q3 | 31 (20 %) | 82 (20 %) | 113 (20 %) |
| Q4 | 19 (12 %) | 58 (14 %) | 77 (14 %) |
| pre_WBC_365days_cat | |||
| Missing | 8 (5 %) | 27 (7 %) | 35 (6 %) |
| Q1 | 64 (41 %) | 126 (31 %) | 190 (34 %) |
| Q2 | 26 (16 %) | 81 (20 %) | 107 (19 %) |
| Q3 | 27 (17 %) | 82 (20 %) | 109 (19 %) |
| Q4 | 33 (21 %) | 88 (22 %) | 121 (22 %) |
| pre_sodium_365days_cat | |||
| Missing | 0 (0 %) | 2 (0 %) | 2 (0 %) |
| Q1 | 67 (42 %) | 151 (37 %) | 218 (39 %) |
| Q2 | 32 (20 %) | 86 (21 %) | 118 (21 %) |
| Q3 | 38 (24 %) | 102 (25 %) | 140 (25 %) |
| Q4 | 21 (13 %) | 63 (16 %) | 84 (15 %) |
| pre_potassium_365days_cat | |||
| Missing | 2 (1 %) | 9 (2 %) | 11 (2 %) |
| Q1 | 49 (31 %) | 126 (31 %) | 175 (31 %) |
| Q2 | 34 (22 %) | 84 (21 %) | 118 (21 %) |
| Q3 | 36 (23 %) | 93 (23 %) | 129 (23 %) |
| Q4 | 37 (23 %) | 92 (23 %) | 129 (23 %) |
| factor(new_renal_outcome_status) | |||
| 0 | 151 (96 %) | 385 (95 %) | 536 (95 %) |
| 1 | 7 (4 %) | 19 (5 %) | 26 (5 %) |
| factor(new_dm_outcome_status) | |||
| 0 | 156 (99 %) | 399 (99 %) | 555 (99 %) |
| 1 | 2 (1 %) | 5 (1 %) | 7 (1 %) |
| factor(new_cv_outcome_status) | |||
| 0 | 128 (81 %) | 331 (82 %) | 459 (82 %) |
| 1 | 30 (19 %) | 73 (18 %) | 103 (18 %) |
| factor(hosp_outcome_30days_status) | |||
| 0 | 138 (87 %) | 369 (91 %) | 507 (90 %) |
| 1 | 20 (13 %) | 35 (9 %) | 55 (10 %) |
| factor(death_status_30) | |||
| 0 | 147 (93 %) | 400 (99 %) | 547 (97 %) |
| 1 | 11 (7 %) | 4 (1 %) | 15 (3 %) |
Critical_illness VS vaccine_ACTUAL
| 0 (N=23) |
1 (N=63) |
Overall (N=86) |
|
|---|---|---|---|
| factor(Critical_illness) | |||
| 0 | 20 (87.0%) | 54 (85.7%) | 74 (86.0%) |
| 1 | 3 (13.0%) | 9 (14.3%) | 12 (14.0%) |
Critical_illness VS vaccine_ACTUAL
| 0 (N=20) |
1 (N=35) |
Overall (N=55) |
|
|---|---|---|---|
| factor(Critical_illness) | |||
| 0 | 17 (85.0%) | 29 (82.9%) | 46 (83.6%) |
| 1 | 3 (15.0%) | 6 (17.1%) | 9 (16.4%) |
Univariate coxph death 365 days
| Characteristic | N | HR1 | 95% CI1 | p-value |
|---|---|---|---|---|
| days_last_vaccine_cat_new | 562 | |||
| 0 | — | — | ||
| 0-270days | 0.48 | 0.25, 0.94 | 0.033 | |
| over 270days | 0.69 | 0.28, 1.74 | 0.434 | |
| subclass | 562 | 1.01 | 1.00, 1.01 | 0.036 |
| 1 HR = Hazard Ratio, CI = Confidence Interval | ||||
Survival cure 365 days
Competing risk model
Competing risk MACE subdistributation
## Variable Coefficient SE p_value HR CI_lower
## 1 days_last_vaccine_cat_new0-270days -0.16 0.20 0.41 0.85 0.58
## 2 days_last_vaccine_cat_newover 270days 0.04 0.29 0.89 1.04 0.59
## CI_upper
## 1 1.25
## 2 1.82CIF MACE
## Plotting outcome "1".
MACE cause specific harzard function relative effects
| Characteristic | N | HR1 | 95% CI1 | p-value |
|---|---|---|---|---|
| days_last_vaccine_cat_new | 562 | |||
| 0 | — | — | ||
| 0-270days | 0.85 | 0.53, 1.34 | 0.473 | |
| over 270days | 1.27 | 0.76, 2.12 | 0.360 | |
| 1 HR = Hazard Ratio, CI = Confidence Interval | ||||
Competing risk hospitalization outcome subdistributation
## Variable Coefficient SE p_value HR CI_lower
## 1 days_last_vaccine_cat_new0-270days -0.47 0.25 0.07 0.63 0.38
## 2 days_last_vaccine_cat_newover 270days 0.26 0.38 0.49 1.30 0.62
## CI_upper
## 1 1.03
## 2 2.73CIF hospitalization outcome
## Plotting outcome "1".
hospitalization outcome cause specific harzard function relative effects
| Characteristic | N | HR1 | 95% CI1 | p-value |
|---|---|---|---|---|
| days_last_vaccine_cat_new | 562 | |||
| 0 | — | — | ||
| 0-270days | 0.63 | 0.34, 1.16 | 0.136 | |
| over 270days | 0.96 | 0.46, 2.03 | 0.920 | |
| 1 HR = Hazard Ratio, CI = Confidence Interval | ||||
Competing risk renal outcome subdistributation
0:censor 1:renal outcome 2:death
## Variable Coefficient SE p_value HR CI_lower
## 1 days_last_vaccine_cat_new0-270days 0.38 0.41 0.35 1.46 0.66
## 2 days_last_vaccine_cat_newover 270days -0.76 0.74 0.31 0.47 0.11
## CI_upper
## 1 3.22
## 2 2.02| 0 (N=141) |
0-270days (N=289) |
over 270days (N=76) |
Overall (N=506) |
|
|---|---|---|---|---|
| as.factor(cmp_status_new_renal) | ||||
| 0 | 122 (86.5%) | 258 (89.3%) | 69 (90.8%) | 449 (88.7%) |
| 1 | 7 (5.0%) | 17 (5.9%) | 2 (2.6%) | 26 (5.1%) |
| 2 | 12 (8.5%) | 14 (4.8%) | 5 (6.6%) | 31 (6.1%) |
Competing risk outcome dm
0:censor 1:renal outcome 2:death
| 0 (N=155) |
0-270days (N=326) |
over 270days (N=81) |
Overall (N=562) |
|
|---|---|---|---|---|
| as.factor(cmp_status_new_dm) | ||||
| 0 | 137 (88.4%) | 304 (93.3%) | 75 (92.6%) | 516 (91.8%) |
| 1 | 2 (1.3%) | 5 (1.5%) | 0 (0%) | 7 (1.2%) |
| 2 | 16 (10.3%) | 17 (5.2%) | 6 (7.4%) | 39 (6.9%) |