广义线性模型

1 广义线性模型

1.1 Logisitic回归：妊娠糖尿病分析

  • 因变量：糖尿病(Diabetes){阳性：pos，阴性：neg}，设阳性为1、阴性为0

  • 自变量：年龄(Age)、体重指数(BMI，kg/m2 )、血糖浓度(Glucose )、舒张压(Diastolic blood pressure，(mm)Hg )、怀孕次数(Number of times pregnant )

  • 数据文件：diabetes.csv，共 724个观察值

1.1.1 划分训练集和测试集

  • 前450条个案为训练集，用于估计Logist模型
  • 后274条个案为测试集，用于评价模型的估计效果
  • 训练集糖尿病率36.44%，测试集糖尿病率为31.02%，两者大致相等。

1.1.2 训练集估计回归方程

term estimate std.error statistic p.value
(Intercept) -7.950 0.97 -8.21 0.00
Age 0.012 0.01 1.00 0.32
BMI 0.089 0.02 4.81 0.00
Glucose 0.032 0.00 7.39 0.00
Pressure -0.005 0.01 -0.50 0.61
Pregnant 0.098 0.04 2.45 0.01

\[ log(\frac{p}{1-p}) =-7.95+0.012\times Age+0.089\times BMI+0.032\times Glucose-0.005\times Pressure+0.098\times Pregnant\]

1.1.3 测试集预测效果评价

pos_pred neg_pred
pos 53 32
neg 21 168

由训练集预测混淆矩阵可知

  • 准确率(accuracy)：80.66%
  • 精确率(precision)：62.35%
  • 召回率(recall)：71.62%
  • \(F_1\)得分(\(F_1\) score)：66.67%

1.1.4 回归模型边际效应

     Age      BMI  Glucose Pressure Pregnant 
    0.26     1.94     0.70    -0.11     2.14

  • 年龄每增加一岁患病风险提高0.26%；体重指数每增加1患病风险提高1.94%；血糖浓度每增加1患病风险提高0.7%；舒张压每增加1患病风险降低0.11%；怀孕次数每增加一次患病风险提高2.14%。

  • 体重指数、血糖浓度、怀孕次数对患病风险呈正向影响，符合预期。

  • 年龄和舒张压对患病风险影响小且不显著，考虑逐步回归选择更合适的模型

1.2 Logisitic回归逐步回归

1.2.1 逐步回归的回归方程

term estimate std.error statistic p.value
(Intercept) -7.940 0.82 -9.69 0
BMI 0.085 0.02 4.82 0
Glucose 0.033 0.00 7.67 0
Pregnant 0.115 0.03 3.32 0

\[ log(\frac{p}{1-p}) =-7.94+0.085\times BMI+0.033\times Glucose+0.115\times Pregnant\]

step.glm=step(glm.fits)
Start:  AIC=458.43
Diabetes ~ BMI + Glucose + Pregnant

           Df Deviance    AIC
<none>          450.43 458.43
- Pregnant  1   461.76 467.76
- BMI       1   476.19 482.19
- Glucose   1   522.88 528.88
summary(step.glm)

Call:
glm(formula = Diabetes ~ BMI + Glucose + Pregnant, family = binomial, 
    data = diabetes, subset = id.train)

Coefficients:
             Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
(Intercept) -7.939663   0.819306  -9.691  < 2e-16 ***
BMI          0.085129   0.017658   4.821 1.43e-06 ***
Glucose      0.032675   0.004262   7.666 1.77e-14 ***
Pregnant     0.115033   0.034649   3.320    9e-04 ***
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)

    Null deviance: 590.34  on 449  degrees of freedom
Residual deviance: 450.43  on 446  degrees of freedom
AIC: 458.43

Number of Fisher Scoring iterations: 4
glm.probs=predict(step.glm,data.test,type="response")

1.2.2 逐步回归的预测效果

y.pred <- rep("neg", 274)
y.pred[glm.probs>.5]<-"pos"
y.pred <- factor(y.pred,levels=c("pos","neg"))
y <- factor(data.test$Diabetes,levels=c("pos","neg"))
t2=table(y,y.pred);colnames(t2)=c("pos_pred","neg_pred")
t2
     y.pred
y     pos_pred neg_pred
  pos       53       32
  neg       22      167

1.2.3 逐步回归的边际效应

      BMI   Glucose  Pregnant 
1.8654786 0.7168173 2.5209170

2 判别分析

2.1 线性贝叶斯判别

2.1.1 判别函数

由于只有目标变量只有两类，线性贝叶斯判别等价于Fisher判别。以下为Fisher判别的判别函数：

\[ w =5.981+0.008\times Age+0.068\times BMI+0.028\times Glucose-0.003\times Pressure+0.082\times Pregnant\]

该判别函数和Logsitic回归的方程近似等价，各系数存在近似的倍数关系。注意，这里\(w\)大于0判为neg，小于0判为pos。

2.1.2 测试集合的预测结果

测试集合预测的后验概率:

两类后验概率差异越大代表判别越有把握，错判的概率越小。

测试集合预测的混淆矩阵

pos_pred neg_pred
pos 53 32
neg 22 167

预测效果与Logistic模型基本一致。

2.2 二次贝叶斯判别

2.2.1 测试集合的预测

2.2.2 测试集合的混淆矩阵

pos_pred neg_pred
pos 53 32
neg 22 167

3 聚类分析

利用例子7.2中2007年城镇居民消费数据作聚类分析，并比较不同聚类的效果

3.1 系统聚类

3.1.1 类平均法

从树状图看两类聚合为一类时聚类距离明显突变，分为两类比较合理。其中第一类包括：北京、上海、浙江、广东，其余为一类。

从各类的类中心看，第一类为沿海发达地区，各类消费水平明显高于第二类。

类别 食品 衣着 设备 医疗 交通 教育 居住 杂项
1 5252.19 1265.92 864.95 940.69 2730.43 2297.70 1317.82 583.77
2 3252.73 983.08 521.21 635.12 1012.19 1072.89 880.07 316.79

3.1.2 离差平方和法

类别 食品 衣着 设备 医疗 交通 教育 居住 杂项
1 5252.19 1265.92 864.95 940.69 2730.43 2297.70 1317.82 583.77
2 3252.73 983.08 521.21 635.12 1012.19 1072.89 880.07 316.79

3.2 K-means聚类

3.2.1 分为三类

第一类包括：河北、山西、内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、安徽、江西、山东、河南、湖北、湖南、广西、海南、四川、贵州、云南、西藏、陕西、甘肃、青海、宁夏、新疆 ，多为中部和沿海地区

第二类包括：北京、上海、浙江、广东，多为东北和西部地区 ，多为东北和西部地区。

第三类包括：天津、江苏、福建、重庆 ，为沿海发达地区。

从各类的类中心看，第三类地区的各项消费水平最高，尤其在交通、教育等项目；第一类地区的的各项消费水平均低于第三类但高于第二类地区。

类别 食品 衣着 设备 医疗 交通 教育 居住 杂项
1 3116.32 974.65 489.24 610.56 956.10 998.49 830.21 307.50
2 5252.19 1265.92 864.95 940.69 2730.43 2297.70 1317.82 583.77
3 4037.13 1031.51 705.01 776.32 1334.66 1500.69 1166.79 370.25

3.2.2 分为两类

第一类包括：北京、上海、浙江、广东 ，多为沿海发达地区和西部地区

第二类包括：天津、河北、山西、内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、江苏、安徽、福建、江西、山东、河南、湖北、湖南、广西、海南、重庆、四川、贵州、云南、西藏、陕西、甘肃、青海、宁夏、新疆，多为中部和沿海地区

从各类的类中心看，第二类地区的各项消费水平最高，尤其在食品、交通、教育等项目；第一类地区的的各项消费水平均低于第二类地区。

类别 食品 衣着 设备 医疗 交通 教育 居住 杂项
1 5252.19 1265.92 864.95 940.69 2730.43 2297.70 1317.82 583.77
2 3252.73 983.08 521.21 635.12 1012.19 1072.89 880.07 316.79