R Markdown About gl function in R

##2kX2k Crosstable

You can see the simple pattern for design f exp factor expected by gl function

gl(2,3,4)
## [1] 1 1 1 2
## Levels: 1 2
gl(4,1,length=4,ordered = TRUE)
## [1] 1 2 3 4
## Levels: 1 < 2 < 3 < 4
gl(2,3,12,labels=c("oui","non"))
##  [1] oui oui oui non non non oui oui oui non non non
## Levels: oui non
#2 levels factors repeated 3 times with 12 reps sequencing labels not mandatory
gl(3,4,12,labels=letters[1:3])#2 levels factors repeated 3 times with 12 reps sequencing labels not mandatory
##  [1] a a a a b b b b c c c c
## Levels: a b c
#Altenating a pairs in factor
gl(3,2,12,labels=letters[1:3])#2 levels factors repeated 3 times with 12 reps sequencing labels not mandatory#second position of gl function gives you the prepeated pattern
##  [1] a a b b c c a a b b c c
## Levels: a b c

We try to repoduce this exemple of two way table:

table 2X2

mytab=c(5,1,11,24)
#for a table 2X2k of (de gauche a droite en descendant 5,11,oui non, 1,24 oui non )
#problem here the repat pattern isnt equal in sec position of the function

A=gl(2,1,length=4,labels=c("oui","non"))#sequence de oui non 1x dans un tableau

avant=factor(rep(A,mytab))#je repete le vecteur autant de fois dans sa joint distribution puisque il est a la fois ds les lignes et le colommnes
avant
##  [1] oui oui oui oui oui non oui oui oui oui oui oui oui oui oui oui oui non non
## [20] non non non non non non non non non non non non non non non non non non non
## [39] non non non
## Levels: oui non
##checks 5,oui 1 non 11 oui 24 non
##je fais de meme ds les colomnes:

C=gl(2,2,length=4,labels=c("oui","non"))#sequence de oui non 2x dans un 
C#cette fois les paires oui sont a la suites ds la colomne de 1 a column 2
## [1] oui oui non non
## Levels: oui non
apres=rep(C,mytab)
apres
##  [1] oui oui oui oui oui oui non non non non non non non non non non non non non
## [20] non non non non non non non non non non non non non non non non non non non
## [39] non non non
## Levels: oui non
table(avant,apres)#meme si j'ai oublié factor ds après table le mets pour moi
##      apres
## avant oui non
##   oui   5  11
##   non   1  24
apres=factor(apres)
chisq.test(table(avant,apres)#meme si j'ai oublié factor ds après table le mets pour moi
)
## Warning in chisq.test(table(avant, apres)): L’approximation du Chi-2 est
## peut-être incorrecte
## 
##  Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction
## 
## data:  table(avant, apres)
## X-squared = 3.8229, df = 1, p-value = 0.05056
avv=c(rep("oui",5),rep("oui",11),rep("non",1),rep("non",24))
avv
##  [1] "oui" "oui" "oui" "oui" "oui" "oui" "oui" "oui" "oui" "oui" "oui" "oui"
## [13] "oui" "oui" "oui" "oui" "non" "non" "non" "non" "non" "non" "non" "non"
## [25] "non" "non" "non" "non" "non" "non" "non" "non" "non" "non" "non" "non"
## [37] "non" "non" "non" "non" "non"
length(avv)
## [1] 41
appp=c(rep("oui",5),rep("non",11),rep("oui",1),rep("non",24))

TAB=table(avv,appp)
addmargins(t(TAB))
##      avv
## appp  non oui Sum
##   non  24  11  35
##   oui   1   5   6
##   Sum  25  16  41
chisq.test(TAB)
## Warning in chisq.test(TAB): L’approximation du Chi-2 est peut-être incorrecte
## 
##  Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction
## 
## data:  TAB
## X-squared = 3.8229, df = 1, p-value = 0.05056
prop.test(TAB)
## Warning in prop.test(TAB): L’approximation du Chi-2 est peut-être incorrecte
## 
##  2-sample test for equality of proportions with continuity correction
## 
## data:  TAB
## X-squared = 3.8229, df = 1, p-value = 0.05056
## alternative hypothesis: two.sided
## 95 percent confidence interval:
##  -0.01850523  0.56350523
## sample estimates:
## prop 1 prop 2 
## 0.9600 0.6875
prop.test(t(TAB))
## Warning in prop.test(t(TAB)): L’approximation du Chi-2 est peut-être incorrecte
## 
##  2-sample test for equality of proportions with continuity correction
## 
## data:  t(TAB)
## X-squared = 3.8229, df = 1, p-value = 0.05056
## alternative hypothesis: two.sided
## 95 percent confidence interval:
##  0.08590482 0.95219042
## sample estimates:
##    prop 1    prop 2 
## 0.6857143 0.1666667
# some testing equally equivalent on 2k2ktable

Explique moi pour la prochaine fois pourquoi ces test sont equivalents?