Introducción
Existen varias opciones para analizar los datos de secuenciación de microbiota. En este ejercicio utilizaremos herramientas basadas en R y Python para realizar el análisis de secuenciación de amplicones del gen ribosomal 16S. Estas herramientas generan resultados robustos, con tiempos de análisis cortos, y sin mucha necesidad de poder de cómputo.
Prerequisitos
Python
- Crear
conda create --name <nombre_ambiente>
- Lista
conda info --envs
- Activar
activate <nombre_ambiente>
- Instalar paquetes
conda install -c conda-forge jupyterlab
- Actualizar
conda update conda
Sólo para windows
PowerShell o CMD como Administrador
QIIME
Actualizar conda update conda
qiime2 (2024.5)
conda env create -n qiime2-metagenome-2024.5 --file https://data.qiime2.org/distro/metagenome/qiime2-metagenome-2024.5-py39-osx-conda.yml conda env create -n qiime2-amplicon-2024.5 --file https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.5-py39-osx-conda.yml
conda env create -n qiime2-amplicon-2024.5 --file https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.5-py39-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-amplicon-2024.5 --file https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.5-py39-linux-conda.yml
Activar ambiente conda activate qiime2-amplicon-2024.5
Si en cualquier momento se cierra o desactiva el ambiente hay que volver a utilizar este comando.
Info conda info
Ayuda qiime --help
