Untitled

library(readxl)
outcome <- read_excel("C:/dl/data/R-Rstudio/outcome.xlsx", 
    col_types = c("text", "text", "text", 
        "text", "text", "text", "text", "text", 
        "text", "text", "text", "text"))
View(outcome)
head(outcome)

## # A tibble: 6 × 12
##   `Số PCI` AF    VT    RLN   MACCE AHF   DQ    `Recur-MI` death bleeding PCIk 
##   <chr>    <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>      <chr> <chr>    <chr>
## 1 7601     1     0     1     0     0     0     0          0     0        1    
## 2 7620     0     0     0     0     0     0     0          0     0        1    
## 3 7644     0     0     0     0     0     0     0          0     0        1    
## 4 7648     0     0     0     0     0     0     0          0     0        1    
## 5 7669     0     0     0     0     0     0     0          0     0        1    
## 6 7673     0     0     0     0     0     0     0          0     0        1    
## # ℹ 1 more variable: TOCA <chr>

library(gtsummary)
library(ggplot2)
library(dplyr)

## 
## Attaching package: 'dplyr'

## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag

## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

# Chuyển đổi biến TOCA thành yếu tố (factor) với các nhãn tương ứng
outcome <- outcome %>%
  mutate(TOCA = factor(TOCA, levels = c(0, 1), labels = c("không tắc hoàn toàn", "tắc hoàn toàn")))

# Tạo bảng tóm tắt đặc điểm outcome của dân số nghiên cứu
library(gtsummary)
library(ggplot2)
library(dplyr)

summary2 <- outcome %>%
  select(AF, VT, RLN,   MACCE,  AHF,    DQ, `Recur-MI`, death, bleeding,    PCIk,   TOCA
) %>%
  tbl_summary(
    by = TOCA,
    type = all_continuous() ~ "continuous2",
    statistic = list(
      all_continuous() ~ c("{mean} ({sd})", "{median} ({p25}, {p75})", "{min}, {max}"),
      all_categorical() ~ "{n} / {N} ({p}%)"
    ),
    digits = all_continuous() ~ 2,
    label = list(
      PCIk ~ "Bệnh nhân được can thiệp ĐMV qua da",
      AF ~ "Rung nhĩ",
      VT ~ "Nhanh thất, rung thất",
      RLN ~ "Rối loạn nhịp",
      MACCE ~ "Biến cố tim mạch chính", 
      AHF ~ "Suy tim cấp",  
      DQ ~ "Đột quỵ",
      `Recur-MI` ~ "Tái NMCT",  
      death ~ "Tử vong", 
      bleeding ~ "Xuất huyết"),
    missing_text = "(Thiếu)"
  ) %>%
  add_p(test = list(
   PCIk ~ "chisq.test",
      AF ~ "chisq.test",
      VT ~ "chisq.test",
      RLN ~ "chisq.test",
      MACCE ~ "chisq.test",
      AHF  ~ "chisq.test",
      DQ ~ "chisq.test",
      `Recur-MI` ~ "chisq.test",    
      death ~ "chisq.test", 
      bleeding ~ "chisq.test"
  ),
  pvalue_fun = ~ style_pvalue(.x, digits = 2)) %>%
  add_overall() %>%
  add_n() %>%
  modify_caption("Đặc điểm kết cục nội viện của dân số nghiên cứu")

## The following errors were returned during `modify_caption()`:

## ✖ For variable `Recur-MI` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: 'x' and 'y' must have at least 2 levels
## The following warnings were returned during `modify_caption()`:
## ! For variable `AF` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: Chi-squared approximation may be incorrect
## ! For variable `AHF` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: Chi-squared approximation may be incorrect
## ! For variable `DQ` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: Chi-squared approximation may be incorrect
## ! For variable `MACCE` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: Chi-squared approximation may be incorrect
## ! For variable `PCIk` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: Chi-squared approximation may be incorrect
## ! For variable `RLN` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: Chi-squared approximation may be incorrect
## ! For variable `VT` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: Chi-squared approximation may be incorrect
## ! For variable `bleeding` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: Chi-squared approximation may be incorrect
## ! For variable `death` (`TOCA`) and "statistic", "p.value", and "parameter"
##   statistics: Chi-squared approximation may be incorrect

# Xem kết quả
summary2

Đặc điểm kết cục nội viện của dân số nghiên cứu

Characteristic	N	Overall N = 1581	không tắc hoàn toàn N = 1201	tắc hoàn toàn N = 381	p-value2
Rung nhĩ	158				0.090
0		156 / 158 (99%)	120 / 120 (100%)	36 / 38 (95%)
1		2 / 158 (1.3%)	0 / 120 (0%)	2 / 38 (5.3%)
Nhanh thất, rung thất	158				0.97
0		156 / 158 (99%)	119 / 120 (99%)	37 / 38 (97%)
1		2 / 158 (1.3%)	1 / 120 (0.8%)	1 / 38 (2.6%)
Rối loạn nhịp	158				0.17
0		153 / 158 (97%)	118 / 120 (98%)	35 / 38 (92%)
1		5 / 158 (3.2%)	2 / 120 (1.7%)	3 / 38 (7.9%)
Biến cố tim mạch chính	158				>0.99
0		151 / 158 (96%)	115 / 120 (96%)	36 / 38 (95%)
1		7 / 158 (4.4%)	5 / 120 (4.2%)	2 / 38 (5.3%)
Suy tim cấp	158				0.96
0		152 / 158 (96%)	116 / 120 (97%)	36 / 38 (95%)
1		6 / 158 (3.8%)	4 / 120 (3.3%)	2 / 38 (5.3%)
Đột quỵ	158				>0.99
0		157 / 158 (99%)	119 / 120 (99%)	38 / 38 (100%)
1		1 / 158 (0.6%)	1 / 120 (0.8%)	0 / 38 (0%)
Tái NMCT	158
0		158 / 158 (100%)	120 / 120 (100%)	38 / 38 (100%)
Tử vong	158				>0.99
0		156 / 158 (99%)	118 / 120 (98%)	38 / 38 (100%)
1		2 / 158 (1.3%)	2 / 120 (1.7%)	0 / 38 (0%)
Xuất huyết	157				0.98
0		155 / 157 (99%)	118 / 119 (99%)	37 / 38 (97%)
1		2 / 157 (1.3%)	1 / 119 (0.8%)	1 / 38 (2.6%)
(Thiếu)		1	1	0
Bệnh nhân được can thiệp ĐMV qua da	158				0.46
0		7 / 158 (4.4%)	4 / 120 (3.3%)	3 / 38 (7.9%)
1		151 / 158 (96%)	116 / 120 (97%)	35 / 38 (92%)
1 n / N (%)
2 Pearson’s Chi-squared test