Introducción a R Markdown
Jairo A. Ayala Godoy
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R Markdown es una sintaxis de formato simple para crear reportes elegantes. Utiliza un lenguaje llamado Markdown para enriquecer el informe final. Este permite incluir texto, fórmulas matemáticas, comandos de R, imágenes y gráficos a un documento. Para obtener más detalles sobre el uso de RMarkdown, consulte http://rmarkdown.rstudio.com.
Antes de iniciar cualquier documento, debemos descargar la librería de R que nos ayudará para poder hacer los reportes.
# Descargar la librería
install.packages("rmarkdown")
# Ejecutarlo para poder usarlo
library(rmarkdown)Primer informe en R Markdown:
para crear tu primer informe en R Markdown puedes seguir los siguientes pasos:
- Debes crear un archivo Rmd desde el menú. Esto lo
puedes hacer con ayuda del menú superior:
New file\(\rightarrow\)R Markdown.
- En la venta emergente que se activa, debes colocar el título y autor del documento. Además, debes elegir el formato de salida (HTML, PDF o Word)
Esto creara automáticamente un archivo que incluye algunos ejemplos en lenguaje R Markdown.
Finalmente, debes crear una carpeta donde puedas guardar el archivo .Rmd para ejecutarlo y guardar la salida.
Para ejecutar el archivo y visualizar una vista previa, debes dar clic en el botón
.
Cuando ejecuta, R Markdown envía el archivo .Rmd a knitr , que ejecuta todos los fragmentos de código y crea un nuevo documento Markdown (.md) que incluye el código y su salida. Este archivo es procesado por pandoc, que es responsable de crear el formato final.
Partes del documento:
Un archivo R Markdown tiene tres tipos de contenido:
1. Un encabezado:
Los encabezados son metadatos que se escriben entre un par de tres
guiones,---. La sintaxis de los metadatos
es YAML. Un ejemplo de
encabezado:
---
title: "Prueba"
author: "Jairo A. Ayala Godoy"
date: "2023-20-02"
output: html_document
---2. Texto en diferentes formatos:
La sintaxis para el texto es Markdown.Cualquier texto que se incluya en el informe aparecerá tal cual. Si queremos incluir títulos, subtítulos, caracteres en negrita, caracteres en cursiva o ecuaciones matemáticas, tendremos que introducir una sintaxis específica. Veamos algunos ejemplos:
- para introducir encabezados de diferentes tamaños, podemos usar el carácter \(\#\).
# Encabezado 1
## Encabezado 2
### Encabezado 3
#### Encabezado 4
##### Encabezado 5
###### Encabezado 6Encabezado 1
Encabezado 2
Encabezado 3
Encabezado 4
Encabezado 5
Encabezado 6
- Para negrita debemos ponerla entre (**) o (_ _).
Negrita una **palabra** o _ _varias palabras_ _.Negrita una palabra o varias palabras.
- Para itálica debemos ponerla entre (*) o (_).
Itálica *palabra* o _varias palabras_.Itálica palabra o varias palabras.
- Para agregar una lista ordenada se usan los números de forma simple.
* Punto 1
* Punto 2
* Punto 3
+ Punto 3a
+ Punto 3b- Punto 1
- Punto 2
- Punto 3
- Punto 3a
- Punto 3b
- Para agregar un link, puedes simplemente poner el link o ajustar un nombre al link.
Guía de R Markdown: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
[Guía de R Markdown](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/)Guía de R Markdown: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
- Para incluir fórmulas matemáticas en R Markdown se basa en la sintaxis del sistema de LATEX (composición de textos científicos).
Fórmulas o ecuación dentro del mismo párrafo, se escribe el código entre dos signos pesos, $x^2+y^2=4$.Fórmulas o ecuación dentro del mismo párrafo, se escribe el código entre dos signos pesos, \(x^2+y^2=4\).
Fórmula o ecuación centrada en una línea aparte, se escribe el código entre dobles signos de pesos, $$f(x)=x^2+3x+5$$Fórmula o ecuación centrada en una línea aparte, se escribe el código entre dobles signos de pesos, \[f(x)=x^2+3x+5\] Revisar LATEX + RStudio
- Para incluir una imagen:
<center><img src="Image/RStudio.png" width="200"></center> 
- Para incluir una tabla
Encabezado 1 | Encabezado 2
:-----------: | :----------:
Celda 1 | Celda 2
Celda 3 | Celda 4 | Encabezado 1 | Encabezado 2 |
|---|---|
| Celda 1 | Celda 2 |
| Celda 3 | Celda 4 |
Para más detalles en general sobre los diferentes formatos de texto,
puedes ir a la ayuda de RStudio. Esto lo puedes hacer
desde el menú superior: help \(\rightarrow\)
Markdown Quick Reference.
También puedes usar la Guía de referencia de R Markdown.
3. Fragmentos de código R
Los fragmentos de código (“chunk”) se escriben entre un par
de tres comiñas,```. En estos se puede
incluir cualquier análisis o resultados conseguido con código escrito en
R.
Para agregar un fragmento de código, debes dar clic en el menú de la parte superior.
Algunos ejemplos se fragmento de código:
paste("Encuentro", "de", "Matemáticas", "y","Estadística")## [1] "Encuentro de Matemáticas y Estadística"
## [1] "Encuentro de Matemáticas y Estadística"data <- c(1,2,2,3,3,3,4,4,5)
barplot(table(data),col="cyan")
library(plotly)
plot_ly(x=~iris$Sepal.Length, y=~iris$Sepal.Width, z=~iris$Petal.Length,type = "scatter3d", color=iris$Species)library(leaflet)
leaflet() %>% addTiles() %>%
setView(lng = -66.04875, lat = 18.4059, zoom = 7) %>%
addMarkers(lng = -66.04875, lat = 18.4059)\[ \]
La salida del fragmento de código se puede personalizar con
diferentes argumentos, que se pueden agregar en el encabezado
{}. Los más usados pueden ser:
include = FALSE: evita que el código y los resultados aparezcan en el archivo. Este código se ejecuta y los resultados pueden ser utilizados por otros fragmentos.echo = FALSE: evita que el código, pero no los resultados, aparezcan en el archivo. Esta es una forma útil de incrustar figuras.message = FALSE: evita que los mensajes generados por código aparezcan en el archivo.warning = FALSE: evita que las advertencias generadas por el código aparezcan.fig.cap = "...": agrega un título a los resultados gráficos.
Para aprender más del tema, visita: knitr
R Markdown admite docenas de formatos de salida estáticos y dinámicos, incluidos HTML , PDF , Word , Beamer , diapositivas HTML5 , folletos estilo Tufte , libros, aplicaciones dinámicas, Tableros dinámicos, artículos científicos, sitios web y más.
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