Analisis Klaster
Alfisyahrina Happsery, Lusy
2023-06-14
library(ppclust)## Warning: package 'ppclust' was built under R version 4.3.3library (readr)## Warning: package 'readr' was built under R version 4.3.3library(factoextra)## Warning: package 'factoextra' was built under R version 4.3.3## Loading required package: ggplot2## Welcome! Want to learn more? See two factoextra-related books at https://goo.gl/ve3WBalibrary(cluster)
library(fclust)## Warning: package 'fclust' was built under R version 4.3.3library(ggplot2)
library(psych)## Warning: package 'psych' was built under R version 4.3.2##
## Attaching package: 'psych'## The following objects are masked from 'package:ggplot2':
##
## %+%, alpha## The following object is masked from 'package:ppclust':
##
## pcalibrary(readxl)
library(car)## Loading required package: carData##
## Attaching package: 'car'## The following object is masked from 'package:psych':
##
## logitdataJPM <- read_excel("D:/Data Coba2.xlsx",
col_types = c("text", "numeric", "numeric",
"numeric", "numeric", "numeric",
"numeric", "numeric"))head(dataJPM)#Variabel tingkat kemiskinan jatim X_1 Jumlah Penduduk Miskin X_2 Garis Kemiskinan X_3 Tingkat Pengangguran Terbuka X_4 Rata – Rata Pengeluaran Per Kapita X_5 Rata – Rata Lama Sekolah X_6 Upah Minimum X_7 Indeks Kedalaman Kemiskinan (P1)
#setting data
PMiskin<-dataJPM[,c(2:8)]
rownames(PMiskin)<-dataJPM$KabupatenKota[1:38]## Warning: Setting row names on a tibble is deprecated.#statistika deskriptif
summary(PMiskin)## JPM GK TPT PK
## Min. : 7.88 Min. :327758 Min. :1.360 Min. : 8944
## 1st Qu.: 71.41 1st Qu.:392002 1st Qu.:4.343 1st Qu.:10278
## Median :112.33 Median :424585 Median :5.315 Median :11564
## Mean :110.03 Mean :446894 Mean :5.273 Mean :11838
## 3rd Qu.:150.72 3rd Qu.:509746 3rd Qu.:6.338 3rd Qu.:12979
## Max. :252.88 Max. :652540 Max. :8.800 Max. :18345
## RLS UMK P1
## Min. : 5.060 Min. :1922123 Min. :0.4000
## 1st Qu.: 7.383 1st Qu.:1961513 1st Qu.:0.9925
## Median : 7.915 Median :2061496 Median :1.3450
## Mean : 8.268 Mean :2502930 Mean :1.5026
## 3rd Qu.: 9.545 3rd Qu.:2628888 3rd Qu.:1.6700
## Max. :11.670 Max. :4375479 Max. :3.7200z=(x-rata2)/sd
#Standart deviasi data
sd(PMiskin$JPM)## [1] 67.839sd(PMiskin$GK)## [1] 80063.28sd(PMiskin$TPT)## [1] 1.775418sd(PMiskin$PK)## [1] 2237.915sd(PMiskin$RLS)## [1] 1.62324sd(PMiskin$UMK)## [1] 803663sd(PMiskin$P1)## [1] 0.7354303#standarisasi data z=(x-m)/sd
JPM= (76.93-110)/67,84= -0,487
datascaling=scale(PMiskin)
print(datascaling)## JPM GK TPT PK
## Kabupaten Pacitan -0.48797038 -1.488018990 -0.914239913 -1.185913406
## Kabupaten Ponorogo -0.41618276 -1.054574356 0.133400765 -0.732366291
## Kabupaten Trenggalek -0.49062372 -0.817424448 0.054546091 -0.802520870
## Kabupaten Tulungagung -0.58245880 -0.687027595 0.775503117 -0.302055088
## Kabupaten Blitar -0.11930337 -1.141380690 0.099605905 -0.373997044
## Kabupaten Kediri 0.87599436 -1.172331207 0.876887698 -0.121976775
## Kabupaten Malang 2.10567055 -0.990649922 0.730443302 -0.675617046
## Kabupaten Lumajang -0.22101478 -1.175541168 -0.170752980 -1.059903272
## Kabupaten Jember 1.80864375 -0.573704737 -0.683308365 -0.892783448
## Kabupaten Banyuwangi 0.17654416 -0.399867247 -0.007411154 0.215390783
## Kabupaten Bondowoso -0.06402543 0.035800628 -0.536863969 -0.441023711
## Kabupaten Situbondo -0.42119462 -1.133611835 -1.066316785 -0.703768247
## Kabupaten Probolinggo 1.37379063 0.359956712 -1.139538983 -0.260945399
## Kabupaten Pasuruan 0.56879642 -0.660448620 0.358699836 -0.496879267
## Kabupaten Sidoarjo 0.23079025 0.953237411 1.986485621 1.327139770
## Kabupaten Mojokerto 0.01469035 -0.016058350 -0.249607654 0.542034074
## Kabupaten Jombang 0.08028684 0.024184817 0.110870858 -0.115720953
## Kabupaten Nganjuk 0.05301639 0.343919398 -0.300299945 0.228349272
## Kabupaten Madiun -0.53012902 -0.521670897 0.319272499 0.004480204
## Kabupaten Magetan -0.69846877 -0.626975098 -0.531231493 0.086252738
## Kabupaten Ngawi 0.13246922 -0.806770376 -1.573239694 -0.122870464
## Kabupaten Bojonegoro 0.63925737 -0.543203864 -0.328462329 -0.676957580
## Kabupaten Tuban 1.00261769 -0.319830558 -0.412949481 -0.507156689
## Kabupaten Lamongan 0.60505875 -0.003655661 0.437554511 -0.084888686
## Kabupaten Gresik 0.58383202 1.119743200 1.445767851 0.690833276
## Kabupaten Bangkalan 1.26883625 0.148136767 1.564049863 -1.281091273
## Kabupaten Sampang 1.59106978 -0.440060453 -1.218393658 -1.293156073
## Kabupaten Pamekasan 0.23565471 -0.681319610 -2.181547184 -1.282878651
## Kabupaten Sumenep 1.41757076 -0.237458217 -2.204077091 -1.094757138
## Kota Kediri -1.31021130 1.129510474 -0.503069109 0.412896029
## Kota Blitar -1.46498953 0.880170209 0.065811044 0.992006434
## Kota Malang -1.05357425 1.994900927 1.344383270 2.260597821
## Kota Probolinggo -1.38376781 1.602498828 -0.396052050 0.327548739
## Kota Pasuruan -1.43005387 0.499596253 0.510776709 0.878061099
## Kota Mojokerto -1.50582150 1.060540032 -0.125693166 0.990219056
## Kota Madiun -1.49682962 1.308044249 0.629058721 2.084541109
## Kota Surabaya 0.41534486 2.568547157 1.321853363 2.907628582
## Kota Batu -1.50331557 1.462796836 1.778083980 0.561248386
## RLS UMK P1
## Kabupaten Pacitan -0.27592633 -0.674132096 -0.20754050
## Kabupaten Ponorogo -0.30672892 -0.682684748 -0.69704983
## Kabupaten Trenggalek -0.23280271 -0.694317211 -0.16674806
## Kabupaten Tulungagung 0.23539661 -0.589265801 -1.14576671
## Kabupaten Blitar -0.27592633 -0.607043763 -0.23473547
## Kabupaten Kediri -0.02334512 -0.571765605 0.22757890
## Kabupaten Malang -0.36217358 0.703461008 -0.79223220
## Kabupaten Lumajang -0.86117549 -0.625041332 -0.22113799
## Kabupaten Jember -1.08911464 -0.183244565 -0.57467250
## Kabupaten Banyuwangi -0.37449461 -0.216546820 -0.43869769
## Kabupaten Bondowoso -1.26160913 -0.677261082 0.15959149
## Kabupaten Situbondo -1.00902791 -0.697032242 -0.22113799
## Kabupaten Probolinggo -1.31705379 0.062633425 1.41055977
## Kabupaten Pasuruan -0.52234703 2.317144666 -0.28912539
## Kabupaten Sidoarjo 1.54142632 2.321435843 -0.90101205
## Kabupaten Mojokerto 0.43253317 2.304271086 -0.18034554
## Kabupaten Jombang 0.30316231 0.188096376 -0.42510021
## Kabupaten Nganjuk -0.09111081 -0.663117977 -0.03077325
## Kabupaten Madiun -0.20200013 -0.677547035 0.22757890
## Kabupaten Magetan 0.24155713 -0.678891977 0.06440912
## Kabupaten Ngawi -0.41761824 -0.672351225 0.21398142
## Kabupaten Bojonegoro -0.51618652 -0.526790111 0.54032097
## Kabupaten Tuban -0.55314962 0.045162084 1.88647162
## Kabupaten Lamongan 0.03826006 -0.001185216 0.85306304
## Kabupaten Gresik 0.91305354 2.325727020 0.90745296
## Kabupaten Bangkalan -1.41562206 -0.679583747 2.06323887
## Kabupaten Sampang -1.97622915 -0.722699469 1.87287414
## Kabupaten Pamekasan -0.85501498 -0.700845259 0.74428319
## Kabupaten Sumenep -1.44026413 -0.652017789 3.01506257
## Kota Kediri 1.34428976 -0.478824035 -0.11235814
## Kota Blitar 1.46750011 -0.577238658 -0.81942716
## Kota Malang 1.49214218 0.611219134 -0.68345235
## Kota Probolinggo 0.62966973 -0.157639653 -0.62906242
## Kota Pasuruan 0.86376940 0.417971041 -0.77863472
## Kota Mojokerto 1.55990787 0.009360361 -0.86021961
## Kota Madiun 2.09587289 -0.636863962 -1.49930123
## Kota Surabaya 1.38125286 2.330018222 -1.10497427
## Kota Batu 0.83912733 0.407431113 -1.17296168
## attr(,"scaled:center")
## JPM GK TPT PK RLS UMK
## 1.100334e+02 4.468937e+05 5.273158e+00 1.183797e+04 8.267895e+00 2.502930e+06
## P1
## 1.502632e+00
## attr(,"scaled:scale")
## JPM GK TPT PK RLS UMK
## 6.783900e+01 8.006328e+04 1.775418e+00 2.237915e+03 1.623240e+00 8.036630e+05
## P1
## 7.354303e-01#melakukan uji kecukupan data H0: jumlah data cukup untuk dilakukan analisis H1: Jumlah data tidak cukup dilakukan analsis
KMO <- function(x)
{
x <- subset(x, complete.cases(x))
r <- cor(x)
r2 <- r^2
i <- solve(r)
d <- diag(i)
p2 <- (-i/sqrt(outer(d, d)))^2
diag(r2) <- diag(p2) <- 0
KMO <- sum(r2)/(sum(r2)+sum(p2))
MSA <- colSums(r2)/(colSums(r2)+colSums(p2))
return(list(KMO=KMO, MSA=MSA))
}
KMO(datascaling)## $KMO
## [1] 0.7398337
##
## $MSA
## JPM GK TPT PK RLS UMK P1
## 0.6029186 0.7191458 0.8543475 0.7544899 0.7885276 0.7155323 0.7321145kriteria KMO yaitu apabila nilai Kaizer – Meyer – Olkin (KMO) < 0,5 (Nugroho, 2008:15)
#pemeriksaan missing value
summary(is.na(PMiskin))## JPM GK TPT PK
## Mode :logical Mode :logical Mode :logical Mode :logical
## FALSE:38 FALSE:38 FALSE:38 FALSE:38
## RLS UMK P1
## Mode :logical Mode :logical Mode :logical
## FALSE:38 FALSE:38 FALSE:38#visualisasi boxplot
boxplot(dataJPM$JPM,ylab="X1")
boxplot(dataJPM$GK,ylab="X2")
boxplot(dataJPM$TPT,ylab="X3")
boxplot(dataJPM$PK,ylab="X4")
boxplot(dataJPM$RLS,ylab="X5")
boxplot(dataJPM$UMK,ylab="X6")
car::Boxplot(dataJPM$PK, data = dataJPM, ylab="X4") 
## [1] 37car::Boxplot(dataJPM$UMK, data = dataJPM, ylab="X6")
## [1] 14 15 16 25 37car::Boxplot(dataJPM$P1, data = dataJPM, ylab="X7")
## [1] 23 26 27 29library(writexl)## Warning: package 'writexl' was built under R version 4.3.3#jarak euclidian
jarak <- get_dist(datascaling,method='euclidean')
jarak## Kabupaten Pacitan Kabupaten Ponorogo Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Ponorogo 1.3179245
## Kabupaten Trenggalek 1.2406334 0.5997847
## Kabupaten Tulungagung 2.3314961 1.1243556 1.4086895
## Kabupaten Blitar 1.3958529 0.6675689 0.6652729
## Kabupaten Kediri 2.5619842 1.8858643 1.8295833
## Kabupaten Malang 3.4909598 2.9422856 3.0992650
## Kabupaten Lumajang 1.0405145 0.8886728 0.8488532
## Kabupaten Jember 2.6993876 2.5981494 2.6569672
## Kabupaten Banyuwangi 2.1642965 1.4094895 1.4077456
## Kabupaten Bondowoso 2.0749446 1.8688841 1.5986420
## Kabupaten Situbondo 0.9611462 1.4718471 1.4058349
## Kabupaten Probolinggo 3.4687911 3.6146632 3.2890553
## Kabupaten Pasuruan 3.5933116 3.2316564 3.2404712
## Kabupaten Sidoarjo 5.8277865 4.9605836 4.9704452
## Kabupaten Mojokerto 3.9013350 3.5735635 3.4974642
## Kabupaten Jombang 2.4355604 1.7306491 1.6253522
## Kabupaten Nganjuk 2.4680460 1.9436568 1.6948192
## Kabupaten Madiun 2.0171766 1.3192398 0.9834050
## Kabupaten Magetan 1.7007577 1.5016163 1.2211524
## Kabupaten Ngawi 1.6159042 2.1187057 1.9182189
## Kabupaten Bojonegoro 1.8450531 1.7863660 1.4569173
## Kabupaten Tuban 3.0459224 3.1885935 2.7655604
## Kabupaten Lamongan 2.8485261 2.3760072 2.0293725
## Kabupaten Gresik 5.3569615 4.7527182 4.5453536
## Kabupaten Bangkalan 4.2859922 3.9347816 3.5927371
## Kabupaten Sampang 3.5701749 3.9927265 3.6793138
## Kabupaten Pamekasan 2.0079573 2.9333679 2.6446229
## Kabupaten Sumenep 4.3137363 4.9690121 4.5549993
## Kota Kediri 3.5951493 3.2242084 2.9642990
## Kota Blitar 3.9610669 3.3159080 3.2221730
## Kota Malang 5.8681465 5.0040173 4.9213115
## Kota Probolinggo 3.7652874 3.2491747 3.0625883
## Kota Pasuruan 3.7345071 2.9609856 2.9092328
## Kota Mojokerto 4.1414939 3.5616478 3.4631858
## Kota Madiun 5.4045237 4.6204557 4.6256878
## Kota Surabaya 7.1836937 6.3696541 6.3473544
## Kota Batu 4.8357609 3.8242997 3.7987830
## Kabupaten Tulungagung Kabupaten Blitar Kabupaten Kediri
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar 1.4052429
## Kabupaten Kediri 2.0877366 1.3921326
## Kabupaten Malang 3.1004877 2.7382153 2.1573357
## Kabupaten Lumajang 1.9742620 0.9476808 2.0215938
## Kabupaten Jember 3.2330537 2.4244109 2.4873608
## Kabupaten Banyuwangi 1.5968985 1.0954464 1.6355865
## Kabupaten Bondowoso 2.5466847 1.7118390 2.4480102
## Kabupaten Situbondo 2.4888274 1.4508770 2.6433563
## Kabupaten Probolinggo 4.2381652 3.2048424 3.1869396
## Kabupaten Pasuruan 3.3605071 3.0661973 3.1027816
## Kabupaten Sidoarjo 4.2083726 4.8256461 4.5120193
## Kabupaten Mojokerto 3.4516057 3.3505216 3.5262626
## Kabupaten Jombang 1.5967954 1.5713188 1.9394869
## Kabupaten Nganjuk 2.0641301 1.6844756 2.1364669
## Kabupaten Madiun 1.5547923 0.9841172 1.6645045
## Kabupaten Magetan 1.8297539 1.2539020 2.2160280
## Kabupaten Ngawi 2.8907450 1.8062444 2.6182710
## Kabupaten Bojonegoro 2.5068385 1.3686254 1.5985747
## Kabupaten Tuban 3.7842517 2.6862317 2.4429597
## Kabupaten Lamongan 2.5334932 1.9146788 1.5343355
## Kabupaten Gresik 4.3854133 4.4578592 4.0072164
## Kabupaten Bangkalan 4.3286080 3.6251976 3.0055625
## Kabupaten Sampang 4.8748754 3.6531667 3.6541691
## Kabupaten Pamekasan 3.8922024 2.7694759 3.5111485
## Kabupaten Sumenep 5.8165955 4.5743197 4.6249436
## Kota Kediri 2.8783869 3.1959573 3.7766335
## Kota Blitar 2.6529132 3.3387026 3.8614301
## Kota Malang 4.1880560 4.9001289 4.9169036
## Kota Probolinggo 2.8743183 3.3231236 3.9950493
## Kota Pasuruan 2.2657035 2.9652945 3.4678999
## Kota Mojokerto 2.9296653 3.5810898 4.1144394
## Kota Madiun 3.7579645 4.6311379 4.9183467
## Kota Surabaya 5.6596658 6.2001823 5.9792821
## Kota Batu 2.9289620 3.9423312 4.1890531
## Kabupaten Malang Kabupaten Lumajang Kabupaten Jember
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang 2.9576257
## Kabupaten Jember 1.9157102 2.2681469
## Kabupaten Banyuwangi 2.5259513 1.6922875 2.2156569
## Kabupaten Bondowoso 3.3231956 1.5221934 2.2174016
## Kabupaten Situbondo 3.5129155 0.9988692 2.4214615
## Kabupaten Probolinggo 3.4933253 3.1338789 2.3920172
## Kabupaten Pasuruan 2.3502983 3.2034862 3.0727799
## Kabupaten Sidoarjo 4.3744622 5.4775844 5.4933323
## Kabupaten Mojokerto 3.3665647 3.7720811 3.7992994
## Kabupaten Jombang 2.5831146 2.1352736 2.5841705
## Kabupaten Nganjuk 3.2241098 2.1658529 2.6172528
## Kabupaten Madiun 3.2820463 1.5920901 2.9929468
## Kabupaten Magetan 3.6300069 1.8091329 3.1136585
## Kabupaten Ngawi 3.5282033 1.8692920 2.3581205
## Kabupaten Bojonegoro 2.6047638 1.4212420 1.7973236
## Kabupaten Tuban 3.2630865 2.7531393 2.7078756
## Kabupaten Lamongan 2.6503975 2.3934271 2.6504997
## Kabupaten Gresik 4.0367695 4.9722195 4.8896880
## Kabupaten Bangkalan 3.7729176 3.5438691 3.6503952
## Kabupaten Sampang 4.0606876 3.2579608 2.7532312
## Kabupaten Pamekasan 4.1251604 2.3417164 2.6353608
## Kabupaten Sumenep 5.2271372 4.3022842 3.9810530
## Kota Kediri 4.8622820 3.6981716 4.5374048
## Kota Blitar 4.9457985 3.9777737 4.8677978
## Kota Malang 5.5992366 5.5987858 6.0125923
## Kota Probolinggo 4.7882988 3.6949655 4.4109992
## Kota Pasuruan 4.3323176 3.5863856 4.5188144
## Kota Mojokerto 4.9938992 4.1866878 4.9647783
## Kota Madiun 5.8505696 5.3573413 6.0215245
## Kota Surabaya 5.8734599 6.8508658 6.5558569
## Kota Batu 4.8319025 4.4602935 5.2644125
## Kabupaten Banyuwangi Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso 1.5218608
## Kabupaten Situbondo 1.8821897 1.4330364
## Kabupaten Probolinggo 2.8116639 2.1641343
## Kabupaten Pasuruan 2.7068349 3.3770848
## Kabupaten Sidoarjo 4.1678878 5.3288247
## Kabupaten Mojokerto 2.7223930 3.5962500
## Kabupaten Jombang 0.9673940 2.0212770
## Kabupaten Nganjuk 1.0490777 1.4209728
## Kabupaten Madiun 1.1625956 1.6083731
## Kabupaten Magetan 1.3981020 1.8407643
## Kabupaten Ngawi 1.8355816 1.6245415
## Kabupaten Bojonegoro 1.4862077 1.2853794
## Kabupaten Tuban 2.6233873 2.2999684
## Kabupaten Lamongan 1.5856114 2.0379390
## Kabupaten Gresik 3.8400433 4.5948854
## Kabupaten Bangkalan 3.7095006 3.2490446
## Kabupaten Sampang 3.7295843 2.7576222
## Kabupaten Pamekasan 2.9865158 2.1273250
## Kabupaten Sumenep 4.6219381 3.6963542
## Kota Kediri 2.8219904 3.2223507
## Kota Blitar 2.9342154 3.6754554
## Kota Malang 4.1818369 5.0605515
## Kota Probolinggo 2.7668971 3.0456054
## Kota Pasuruan 2.4797803 3.3934807
## Kota Mojokerto 3.0900034 3.8495202
## Kota Madiun 4.1255570 5.0433746
## Kota Surabaya 5.2815874 6.2402306
## Kota Batu 3.4641632 4.2233584
## Kabupaten Situbondo Kabupaten Probolinggo
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Situbondo
## Kabupaten Probolinggo 2.9980964
## Kabupaten Pasuruan 3.5502372 3.5486528
## Kabupaten Sidoarjo 5.8568259 5.7069201
## Kabupaten Mojokerto 3.8399926 3.7473015
## Kabupaten Jombang 2.4228998 3.0628416
## Kabupaten Nganjuk 2.1779716 2.6068228
## Kabupaten Madiun 1.9133302 3.1291236
## Kabupaten Magetan 1.6999530 3.2480960
## Kabupaten Ngawi 1.2439797 2.4269896
## Kabupaten Bojonegoro 1.6941024 1.9829961
## Kabupaten Tuban 2.8906266 1.4137819
## Kabupaten Lamongan 2.7766096 2.3223121
## Kabupaten Gresik 5.3337002 4.3748248
## Kabupaten Bangkalan 4.1394704 3.0647293
## Kabupaten Sampang 3.1971473 1.7389391
## Kabupaten Pamekasan 1.7807020 2.3979246
## Kabupaten Sumenep 4.0363976 2.2994871
## Kota Kediri 3.6157727 4.2837414
## Kota Blitar 3.9758876 4.9485422
## Kota Malang 5.7417371 5.8026380
## Kota Probolinggo 3.6150235 4.2479935
## Kota Pasuruan 3.7062081 4.6450778
## Kota Mojokerto 4.1535443 4.9812111
## Kota Madiun 5.3893759 6.1946131
## Kota Surabaya 6.9863414 6.3753123
## Kota Batu 4.8108931 5.4886345
## Kabupaten Pasuruan Kabupaten Sidoarjo Kabupaten Mojokerto
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Situbondo
## Kabupaten Probolinggo
## Kabupaten Pasuruan
## Kabupaten Sidoarjo 3.6508283
## Kabupaten Mojokerto 1.7593880 2.8899890
## Kabupaten Jombang 2.4792876 3.5772189 2.2634809
## Kabupaten Nganjuk 3.3718982 4.3783165 3.0551585
## Kabupaten Madiun 3.2890114 4.5376792 3.2596526
## Kabupaten Magetan 3.5247516 4.7815227 3.1881817
## Kabupaten Ngawi 3.6448916 5.6502474 3.5456634
## Kabupaten Bojonegoro 3.0494779 5.1190990 3.4050641
## Kabupaten Tuban 3.2857033 5.3550992 3.5415586
## Kabupaten Lamongan 2.7572041 4.0223861 2.7843179
## Kabupaten Gresik 3.0420281 2.1248625 2.4341472
## Kabupaten Bangkalan 4.3039124 5.9366729 5.0562555
## Kabupaten Sampang 4.4992846 7.0897070 5.1138652
## Kabupaten Pamekasan 4.1795853 6.6663786 4.3700729
## Kabupaten Sumenep 5.3292380 7.7019575 5.5654087
## Kota Kediri 4.4314762 4.2357733 3.4249310
## Kota Blitar 4.6293112 3.8854534 3.6162581
## Kota Malang 5.0380613 2.6444086 3.8628652
## Kota Probolinggo 4.2130781 4.0932967 3.3081833
## Kota Pasuruan 3.6086692 3.0726138 2.6732614
## Kota Mojokerto 4.4384391 3.5985897 3.2691073
## Kota Madiun 5.6501653 3.8657110 4.5106476
## Kota Surabaya 5.2208972 2.3770353 4.0818999
## Kota Batu 4.2682420 2.8508576 3.6540203
## Kabupaten Jombang Kabupaten Nganjuk Kabupaten Madiun
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Situbondo
## Kabupaten Probolinggo
## Kabupaten Pasuruan
## Kabupaten Sidoarjo
## Kabupaten Mojokerto
## Kabupaten Jombang
## Kabupaten Nganjuk 1.1941233
## Kabupaten Madiun 1.4693411 1.2659159
## Kabupaten Magetan 1.5743703 1.3041715 0.9964137
## Kabupaten Ngawi 2.2798704 1.8002022 2.0407944
## Kabupaten Bojonegoro 1.8046638 1.5736782 1.5719715
## Kabupaten Tuban 2.7374651 2.5073759 2.5662254
## Kabupaten Lamongan 1.4572356 1.5179476 1.5765117
## Kabupaten Gresik 3.2562886 3.8688656 4.0497469
## Kabupaten Bangkalan 3.8466545 3.6620005 3.4248523
## Kabupaten Sampang 4.1179057 3.6495481 3.7962278
## Kabupaten Pamekasan 3.2616503 2.8448301 3.0359939
## Kabupaten Sumenep 4.8738413 4.3211619 4.5556494
## Kota Kediri 2.3319788 2.1567826 2.5930750
## Kota Blitar 2.5390145 2.5234371 2.7878465
## Kota Malang 3.7412910 3.9168757 4.2554743
## Kota Probolinggo 2.3142453 2.1909730 2.7482124
## Kota Pasuruan 2.0363649 2.4379397 2.4497263
## Kota Mojokerto 2.5825419 2.7240640 3.0634147
## Kota Madiun 3.7806801 3.8184914 4.1193420
## Kota Surabaya 4.8379233 5.2125614 5.7623471
## Kota Batu 2.9512627 3.3794334 3.3979352
## Kabupaten Magetan Kabupaten Ngawi Kabupaten Bojonegoro
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Situbondo
## Kabupaten Probolinggo
## Kabupaten Pasuruan
## Kabupaten Sidoarjo
## Kabupaten Mojokerto
## Kabupaten Jombang
## Kabupaten Nganjuk
## Kabupaten Madiun
## Kabupaten Magetan
## Kabupaten Ngawi 1.5196133
## Kabupaten Bojonegoro 1.8010932 1.5232157
## Kabupaten Tuban 2.7981928 2.4121848 1.5357454
## Kabupaten Lamongan 2.0440494 2.4453597 1.3824212
## Kabupaten Gresik 4.3770686 4.9931720 4.2545947
## Kabupaten Bangkalan 4.1800101 4.2193668 2.8235634
## Kabupaten Sampang 3.9803172 2.9901846 2.4564337
## Kabupaten Pamekasan 2.6718502 1.4884186 2.0419930
## Kabupaten Sumenep 4.5120000 3.4943376 3.3742683
## Kota Kediri 2.2032368 3.2420813 3.4214518
## Kota Blitar 2.5160141 3.7360048 3.8963077
## Kota Malang 4.3627615 5.4359572 5.2498923
## Kota Probolinggo 2.5337569 3.4299656 3.5393486
## Kota Pasuruan 2.4120740 3.6481645 3.6094851
## Kota Mojokerto 2.7473297 3.8774285 4.0685489
## Kota Madiun 3.9505130 5.1092146 5.2466883
## Kota Surabaya 5.8792800 6.5595792 6.3067073
## Kota Batu 3.6934751 4.9188481 4.4978141
## Kabupaten Tuban Kabupaten Lamongan Kabupaten Gresik
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Situbondo
## Kabupaten Probolinggo
## Kabupaten Pasuruan
## Kabupaten Sidoarjo
## Kabupaten Mojokerto
## Kabupaten Jombang
## Kabupaten Nganjuk
## Kabupaten Madiun
## Kabupaten Magetan
## Kabupaten Ngawi
## Kabupaten Bojonegoro
## Kabupaten Tuban
## Kabupaten Lamongan 1.6060927
## Kabupaten Gresik 3.9302633 3.0105575
## Kabupaten Bangkalan 2.4693580 2.6836649 4.5941475
## Kabupaten Sampang 2.0596646 3.3141372 5.7492941
## Kabupaten Pamekasan 2.5299868 3.1921558 5.7210872
## Kabupaten Sumenep 2.5058199 3.9995937 6.1558024
## Kota Kediri 4.0217588 2.9917850 4.0686848
## Kota Blitar 4.6688420 3.3964588 4.2387247
## Kota Malang 5.6073825 4.2330402 3.4245146
## Kota Probolinggo 4.2255540 3.1577060 4.0295253
## Kota Pasuruan 4.3140338 2.9744201 3.4401213
## Kota Mojokerto 4.7468881 3.5088877 3.9796884
## Kota Madiun 5.9704128 4.5883621 4.7898349
## Kota Surabaya 6.4241064 5.2403637 3.3654197
## Kota Batu 5.1797090 3.7045066 3.5516963
## Kabupaten Bangkalan Kabupaten Sampang Kabupaten Pamekasan
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Situbondo
## Kabupaten Probolinggo
## Kabupaten Pasuruan
## Kabupaten Sidoarjo
## Kabupaten Mojokerto
## Kabupaten Jombang
## Kabupaten Nganjuk
## Kabupaten Madiun
## Kabupaten Magetan
## Kabupaten Ngawi
## Kabupaten Bojonegoro
## Kabupaten Tuban
## Kabupaten Lamongan
## Kabupaten Gresik
## Kabupaten Bangkalan
## Kabupaten Sampang 2.9230679
## Kabupaten Pamekasan 4.2236642 2.3139669
## Kabupaten Sumenep 3.9130093 1.6367444 2.6704261
## Kota Kediri 5.2103545 5.4156953 4.1209000
## Kota Blitar 5.6616253 6.0895462 4.8384613
## Kota Malang 6.2499217 7.2431978 6.5636703
## Kota Probolinggo 5.2235362 5.4492500 4.2432611
## Kota Pasuruan 5.2588357 5.8405117 4.7552775
## Kota Mojokerto 5.8668833 6.2257780 4.9366990
## Kota Madiun 6.7985364 7.4413615 6.3200946
## Kota Surabaya 7.1490318 7.9995530 7.6180620
## Kota Batu 5.4398229 6.6403557 5.8715380
## Kabupaten Sumenep Kota Kediri Kota Blitar Kota Malang
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Situbondo
## Kabupaten Probolinggo
## Kabupaten Pasuruan
## Kabupaten Sidoarjo
## Kabupaten Mojokerto
## Kabupaten Jombang
## Kabupaten Nganjuk
## Kabupaten Madiun
## Kabupaten Magetan
## Kabupaten Ngawi
## Kabupaten Bojonegoro
## Kabupaten Tuban
## Kabupaten Lamongan
## Kabupaten Gresik
## Kabupaten Bangkalan
## Kabupaten Sampang
## Kabupaten Pamekasan
## Kabupaten Sumenep
## Kota Kediri 5.6604188
## Kota Blitar 6.4984012 1.1269131
## Kota Malang 7.6690123 3.0295294 2.4672832
## Kota Probolinggo 5.8594822 1.0623982 1.4482538 2.8925355
## Kota Pasuruan 6.3843750 1.7704468 1.3090577 2.3292139
## Kota Mojokerto 6.5843824 1.1674103 0.6520577 2.2914226
## Kota Madiun 7.8677111 2.5799760 1.5986264 1.9490367
## Kota Surabaya 8.4354965 4.8454774 4.4916192 2.4597149
## Kota Batu 7.3403004 2.7458248 2.2243577 2.0661230
## Kota Probolinggo Kota Pasuruan Kota Mojokerto Kota Madiun
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Situbondo
## Kabupaten Probolinggo
## Kabupaten Pasuruan
## Kabupaten Sidoarjo
## Kabupaten Mojokerto
## Kabupaten Jombang
## Kabupaten Nganjuk
## Kabupaten Madiun
## Kabupaten Magetan
## Kabupaten Ngawi
## Kabupaten Bojonegoro
## Kabupaten Tuban
## Kabupaten Lamongan
## Kabupaten Gresik
## Kabupaten Bangkalan
## Kabupaten Sampang
## Kabupaten Pamekasan
## Kabupaten Sumenep
## Kota Kediri
## Kota Blitar
## Kota Malang
## Kota Probolinggo
## Kota Pasuruan 1.6590482
## Kota Mojokerto 1.3294766 1.1816512
## Kota Madiun 2.7155265 2.2973350 1.7151735
## Kota Surabaya 4.5560814 4.0611889 4.1489868 3.9838777
## Kota Batu 2.3397212 1.6720564 2.1785299 2.5379380
## Kota Surabaya
## Kabupaten Ponorogo
## Kabupaten Trenggalek
## Kabupaten Tulungagung
## Kabupaten Blitar
## Kabupaten Kediri
## Kabupaten Malang
## Kabupaten Lumajang
## Kabupaten Jember
## Kabupaten Banyuwangi
## Kabupaten Bondowoso
## Kabupaten Situbondo
## Kabupaten Probolinggo
## Kabupaten Pasuruan
## Kabupaten Sidoarjo
## Kabupaten Mojokerto
## Kabupaten Jombang
## Kabupaten Nganjuk
## Kabupaten Madiun
## Kabupaten Magetan
## Kabupaten Ngawi
## Kabupaten Bojonegoro
## Kabupaten Tuban
## Kabupaten Lamongan
## Kabupaten Gresik
## Kabupaten Bangkalan
## Kabupaten Sampang
## Kabupaten Pamekasan
## Kabupaten Sumenep
## Kota Kediri
## Kota Blitar
## Kota Malang
## Kota Probolinggo
## Kota Pasuruan
## Kota Mojokerto
## Kota Madiun
## Kota Surabaya
## Kota Batu 3.8226237jarak_matrix <- as.matrix(jarak)
jarak_df <- as.data.frame(as.table(jarak_matrix))
write_xlsx(jarak_df, "D:/jarak1.xlsx")#visualisasikan matriks jarak dalam bentuk heatmap
fviz_dist(jarak,lab_size = 5.0, gradient = list(low = "#00AFBB", mid = "white", high = "#FC4E07"))
Warna biru kehijauan (low: #00AFBB) menunjukkan jarak yang rendah,
artinya dua kabupaten/kota tersebut sangat mirip atau berdekatan. Warna
putih (mid: white) menunjukkan jarak menengah. Warna merah oranye (high:
#FC4E07) menunjukkan jarak yang tinggi, artinya dua kabupaten/kota
tersebut sangat berbeda atau berjauhan.
#diagonal Diagonal utama dari kiri atas ke kanan bawah selalu berwarna biru kehijauan karena jarak setiap kabupaten/kota dengan dirinya sendiri adalah nol.
#merah Jika kotak pada perpotongan baris ‘Kota Surabaya’ dan kolom ‘Kabupaten Madiun’ berwarna merah, ini berarti kedua wilayah tersebut memiliki jarak yang tinggi satu sama lain, artinya mereka lebih berbeda dalam hal karakteristik yang diukur.
#biru sekelompok kotak yang berdekatan yang berwarna biru, ini menunjukkan bahwa kabupaten/kota dalam kelompok ini saling berdekatan atau memiliki karakteristik yang sangat mirip.
Jika kotak pada perpotongan baris ‘Kabupaten Jombang’ dan kolom ‘Kabupaten Bangkalan’ berwarna biru, ini berarti kedua kabupaten tersebut memiliki jarak yang rendah satu sama lain, artinya mereka lebih dekat secara geografis dalam hal karakteristik yang diukur.
#validasi silhoute
set.seed(123)
fviz_nbclust(datascaling, kmeans, method = "silhouette", print.summary = TRUE)
titik puncak dari plot ini menunjukkan jumlah klaster yang memberikan
nilai rata-rata lebar siluet tertinggi.berarti dua klaster adalah jumlah
klaster yang optimal untuk data ini.
Nilai rata-rata lebar siluet yang lebih tinggi pada 𝑘=, menunjukkan bahwa dua klaster tersebut memiliki objek-objek yang lebih mirip satu sama lain dalam setiap klaster, dan lebih berbeda dari objek-objek di klaster lain, yang merupakan indikasi dari klasterisasi yang baik.
#klastering data dengan k-means,
set.seed(123)
final<-kmeans(datascaling, 2, iter.max = 10)
final## K-means clustering with 2 clusters of sizes 26, 12
##
## Cluster means:
## JPM GK TPT PK RLS UMK P1
## 1 0.3809195 -0.5601357 -0.3002999 -0.5374906 -0.560021 -0.341418 0.3013191
## 2 -0.8253255 1.2136273 0.6506499 1.1645629 1.213379 0.739739 -0.6528580
##
## Clustering vector:
## Kabupaten Pacitan Kabupaten Ponorogo Kabupaten Trenggalek
## 1 1 1
## Kabupaten Tulungagung Kabupaten Blitar Kabupaten Kediri
## 1 1 1
## Kabupaten Malang Kabupaten Lumajang Kabupaten Jember
## 1 1 1
## Kabupaten Banyuwangi Kabupaten Bondowoso Kabupaten Situbondo
## 1 1 1
## Kabupaten Probolinggo Kabupaten Pasuruan Kabupaten Sidoarjo
## 1 1 2
## Kabupaten Mojokerto Kabupaten Jombang Kabupaten Nganjuk
## 2 1 1
## Kabupaten Madiun Kabupaten Magetan Kabupaten Ngawi
## 1 1 1
## Kabupaten Bojonegoro Kabupaten Tuban Kabupaten Lamongan
## 1 1 1
## Kabupaten Gresik Kabupaten Bangkalan Kabupaten Sampang
## 2 1 1
## Kabupaten Pamekasan Kabupaten Sumenep Kota Kediri
## 1 1 2
## Kota Blitar Kota Malang Kota Probolinggo
## 2 2 2
## Kota Pasuruan Kota Mojokerto Kota Madiun
## 2 2 2
## Kota Surabaya Kota Batu
## 2 2
##
## Within cluster sum of squares by cluster:
## [1] 94.33096 52.78540
## (between_SS / total_SS = 43.2 %)
##
## Available components:
##
## [1] "cluster" "centers" "totss" "withinss" "tot.withinss"
## [6] "betweenss" "size" "iter" "ifault"data telah dikelompokkan ke dalam 2 klaster dengan ukuran klaster pertama berisi 26 observasi dan klaster kedua berisi 12 observasi. Koya Batu klaster 2, ngawi klaster 1.
finalfix<-data.frame(datascaling,final$cluster)
finalfix#visualisasai
plt=fviz_cluster(final, geom=c("point","text"), data=PMiskin, ellipse = TRUE, ellipse.type = "euclid", labelsize = 8, palette="Set2",star.plot=TRUE, star.plot.ity="solid", star.plot.lwd=0.4)+ggtitle("Plot Hasil Klaster K-Means")
plt
aggregate(PMiskin, by=list(cluster=final$cluster), mean)=========================== #single klaster
matrik_jarak = dist(datascaling, method="euclidean")single_klas= hclust(matrik_jarak, method="single")
plot(single_klas, main="Dendogram single lingkage clustering", xlab="Kabupaten/Kota", sub="", cex=0.7)
library(dendextend)## Warning: package 'dendextend' was built under R version 4.3.3##
## ---------------------
## Welcome to dendextend version 1.17.1
## Type citation('dendextend') for how to cite the package.
##
## Type browseVignettes(package = 'dendextend') for the package vignette.
## The github page is: https://github.com/talgalili/dendextend/
##
## Suggestions and bug-reports can be submitted at: https://github.com/talgalili/dendextend/issues
## You may ask questions at stackoverflow, use the r and dendextend tags:
## https://stackoverflow.com/questions/tagged/dendextend
##
## To suppress this message use: suppressPackageStartupMessages(library(dendextend))
## ---------------------##
## Attaching package: 'dendextend'## The following object is masked from 'package:stats':
##
## cutreelibrary(factoextra)dendo = as.dendrogram(single_klas)
dendo_col= color_branches(dendo, k=2, cex=0.7, set(dendo,"branches_lwd",4))
plot(dendo_col, main ="Dendogram dengan k=4")
#average lingkage
average_klas= hclust(matrik_jarak, method="average")
dendo= as.dendrogram(average_klas)
dendo_col= color_branches(dendo, k=4, cex=0.5, set(dendo,"branches_lwd",4))
plot(dendo_col, main ="Dendogram dengan k=4")
#complete lingkage
com_klas= hclust(matrik_jarak, method="com")
dendo= as.dendrogram(com_klas)
dendo_col= color_branches(dendo, k=4, cex=0.7, set(dendo,"branches_lwd",4))
plot(dendo_col, main ="Dendogram dengan k=4")