2024-07-04

Analisis AGT/Stroke time

Seccion 1: AGT

Orden

  • Hay un patron temporal-circadiano para AGT?
  • Ese patron temporal depende del ciclo luminico?
  • Hay un patron temporal estacional?
  • Hay distintos patrones para distintos triggers?

Patron temporal circadiano - circularplot

Patron temporal circadiano - deteccion modal

Patron temporal circadiano - a lo largo del año

Dividimos el año en periodos de 90 dias alrededor de los puntos de mayor o menor luminosidad (solsticios y equinoccios)

TGA time-Fotoperiodo 2

Invernal

TGA time-Fotoperiodo 1-3

Vernal/otoñal

TGA time-Fotoperiodo 4

Estival

Descripcion analitica 1

This distribution is described by a mean direction φ (q) and concentration parameter κ, which are analogous to the mean μ and reciprocal of the variance 1/σ2 of the normal distribution, respectively. The Rayleigh test compares the likelihood of the data assuming a uniform von Mises distribution (κ=0) with the likelihood assuming a non-uniform von Mises distribution (κ>0). Rao test is the extension for non uniformal or multimodal, test unformity against non uniformity

## 
##        Rayleigh Test of Uniformity 
##        General Unimodal Alternative 
## 
## Test Statistic:  0.387 
## P-value:  0

Descripcion analitica 1

## 
##        Rao's Spacing Test of Uniformity 
##  
## Test Statistic = 290.8537 
## P-value < 0.001 
## 

Los resultados sugieren que la distribucion no tienen uniformidad (siguen direccion especificas) y el test de Rao que tiene mas de una. Vamos a modelar para ver si una o varias direcciones especificas tienen mas sentidos

Descripcion analitica 2

Vamos a testear que modelos explican mejor lo que observamos utilizando la propuesta de: https://journals.biologists.com/jeb/article/220/21/3878/33774/Bringing-the-analysis-of-animal-orientation-data

Model params q1 k1 lamda q2 k2 Likelihood AIC AICc BIC
M5B 5 4.823 1.900 0.535 2.740 3.921 513.356 1036.7 1036.9 1055.677
M5A 4 4.948 2.682 0.453 2.821 2.682 514.582 1037.2 1037.3 1052.336
M2A 2 3.701 0.840 1.000 - 0.000 551.683 1107.4 1107.4 1114.952
M2C 3 3.607 1.043 0.750 - 0.000 557.334 1120.7 1120.7 1132.047
M2B 2 3.539 1.275 0.500 - 0.000 565.538 1135.1 1135.1 1142.662
M3B 3 3.371 1.183 0.500 6.512 0.001 566.525 1139.0 1139.1 1150.429
M4B 4 2.795 7.089 0.258 5.936 0.001 570.607 1149.2 1149.3 1164.386
M4A 3 3.125 1.015 0.749 6.267 1.015 575.694 1157.4 1157.5 1168.767
M3A 2 2.393 1.624 0.500 5.535 1.624 585.311 1174.6 1174.7 1182.207
M1 0 - 0.000 1.000 - 0.000 602.824 1205.6 1205.6 1205.647

Descripcion analitica 2

El modelo M5B tiene lamejor perfomance descriptiva sobre los datos El modelo se llama bimodal, sugiere que hay dos modas y esas modas pueden tener diferencias de magnitud significativas entre ellas. Entonces el parametro q y el k de cada uno serian:

##          q1       k1       q2       k2
## M5B 18.4225 7.257465 10.46603 14.97712

Descripcion analitica 2

Ploteamos el resultado

Estacionalidad

Triggers

dataset_agt$time<-sapply(dataset_agt$hour, convert_to_decimal)


dataset_agt %>%
  select(23:38) %>%  
  summarise_all(sum)
##   gatillante estres coito valsalva llanto tos defecar agacharse levantar_peso
## 1        193     68    35       43      2  NA      15         5             1
##   ejercicio vomitos inmersion_agua_fria inmersion_agua_caliente viaje_largo
## 1        35       4                   1                      23           5
##   medicacion no_filiado
## 1          2        117
# seleccion: estres, coito, agua caliente, no filiado

Triggers patron temporal

Estres

## Triggers patron temporal

Agua Caliente

Triggers patron temporal

Coito

Comparacion de triggers

Comparacion de triggers

A named 4-element vector: obs = observed overlap index; null = mean null overlap index; seNull = standard error of the null distribution; pNull = probability observed index arose by chance. m1: coito, m2: estres, m3: baño caliente

Comparacion de triggers

compareCkern(m1,m2,reps=100)
##       obs      null    seNull     pNull 
## 0.8803483 0.8317050 0.0466317 0.9100000
compareCkern(m1,m3,reps=100)
##        obs       null     seNull      pNull 
## 0.77385289 0.79154120 0.06240732 0.34000000
compareCkern(m2,m3,reps=100)
##        obs       null     seNull      pNull 
## 0.74110182 0.78609026 0.05845287 0.21000000

Seccion 2: Stroke

Orden

  • Hay un patron temporal-circadiano para stroke?
  • Ese patron temporal depende del ciclo luminico?
  • Hay un patron temporal estacional?
  • Hay distintos patrones para distintos subtipos

Patron temporal circadiano - circularplot

## Patron temporal circadiano - deteccion modal

Descripcion analitica 1

## 
##        Rao's Spacing Test of Uniformity 
##  
## Test Statistic = 259.0506 
## P-value < 0.001 
## 
## 
##        Watson's Test for Circular Uniformity 
##  
## Test Statistic: 1.8901 
## P-value < 0.01 
## 

Stroke time-Fotoperiodo 2

Invernal

Stroke time-Fotoperiodo 1-3

Vernal/otoñal

Stroke time-Fotoperiodo 4

Estival

Comparacion de photoperiods

Comparacion de photoperiods

A named 4-element vector: obs = observed overlap index; null = mean null overlap index; seNull = standard error of the null distribution; pNull = probability observed index arose by chance. m1: invierno, m2: primavera/otoño, m3: verano

Comparacion de photoperiods

compareCkern(m1,m2,reps=100)
##       obs      null    seNull     pNull 
## 0.8406299 0.8638275 0.0272460 0.2100000
compareCkern(m1,m3,reps=100)
##        obs       null     seNull      pNull 
## 0.80212918 0.86567117 0.03866086 0.07000000
compareCkern(m2,m3,reps=100)
##        obs       null     seNull      pNull 
## 0.88859238 0.90693224 0.02844375 0.25000000

Descripcion analitica

Model params q1 k1 lamda q2 k2 Likelihood AIC AICc BIC
M5B 5 5.177 1.068 0.572 2.806 3.170 846.109 1702.2 1702.3 1723.232
M5A 4 2.951 1.823 0.592 5.443 1.823 847.987 1704.0 1704.1 1720.784
M3B 3 2.814 2.229 0.500 5.956 0.902 873.304 1752.6 1752.7 1765.215
M4A 3 5.999 1.516 0.362 9.140 1.516 873.702 1753.4 1753.5 1766.011
M4B 4 5.943 0.772 0.541 9.085 2.526 873.271 1754.5 1754.6 1771.352
M2A 2 3.676 0.506 1.000 - 0.000 877.701 1759.4 1759.4 1767.806
M2C 3 2.898 4.273 0.251 - 0.000 877.919 1761.8 1761.9 1774.445
M2B 2 3.419 1.026 0.500 - 0.000 880.189 1764.4 1764.4 1772.783
M3A 2 2.694 1.572 0.500 5.835 1.572 882.710 1769.4 1769.4 1777.825
M1 0 - 0.000 1.000 - 0.000 907.911 1815.8 1815.8 1815.823

Descripcion analitica

Modas:

##           q1      k1       q2       k2
## M5B 19.77468 4.07946 10.71813 12.10851

Descripcion analitica 2

Ploteamos el resultado

Comparacion de tipos de stroke

Seccion 3: AGT vs Stroke

AGT vs stroke general

AGT vs stroke por subtipos