##Indexation à grande échelle de kmers via kmindex (Pierre Peterlongo, Inria). Les supports sont disponibles ici Ma prise de note: Objectifs: données descriptives associées à l’indexage pour requeter aisément sur la base de la sequence (=moteur de recherche GOOGLE) frugal en IT Notions: kmers = mot >1000 milliard de mot possible pour une sequence DNA
La taille du k ne serait pas déterminante Les kmers de faible complexité sont filtrés (=sequence répétée)
##Analyses génétiques de la variabilité transcriptomique, et notamment les méthodes pour la prise en compte des group-specific eQTLs (23 mai 2024) Andrea Rau défi computationnel = haute dimension des données d’entreé (transcripto, genotypage, phenotypage) eQTL soit cis soit trans representation efficicente des entrées compute efficient representation efficiente des sorties wang et al 2021 flowchart eqtl package matrixeqtl (shabalin 2012) Modele bayesien hierarchique multivariate adaptative shrinkage (mash) Urbut et al 2019
##Exploring the cancer transcriptome with k-mers (Daniel Gautheret) Défis à résoudre: interrogation de grand jeu de données résolution nucleotidique
Généralités: colored dbg= ??? dbg dix fois moins volumineux qu’un fastq unitig= fusion de kMer
Présentation de reindeer tool 10.1093/bioinformatics/btaa487 rayan chiki concept du minitig = unitig commun a plusieurs ech concept de l’usage du kmer et du minitig un kmer est associé à son minitig et son Identtifiant qui perrmet de tenir un comptte de kmer via la tabble de hash
Applications: Identification de mutations (SNP/Indels) connues Le comptage obtenu par cette appproche se rapproche du comptage obtenu par l’approche par mapper comme Kallisto
Identification de mutations (SNP/Indels) inconnues pebblescout indexing and searching petabase-scale nucleotide resources
https://nextcloud.inrae.fr/apps/files/?dir=/espacenextcloud/WP4%20Diversité%20%26%20Pangenome/Pangenome/Presentations/Retours_experience&fileid=132306855 ##Some feedback on pangenome graph construction 15-01-2024 :Benjamin Linard benjamin.linard@inrae.fr miat.inrae.fr/teams/saab
##Navigate a variation graph Le 24 janvier 2024: Siegfried Dubois, PhD 1st year at INRIA, Rennes
Le 14 mars 2024 : Ludovic Duvaux BIOGECO
##Tri et vérification primaire de données pour la mise en place d’un
pangénome de Prunus Le 21 mars 2024: Ismaël BLANCHARD
https://inrae-fr.zoom.us/j/5605478400?pwd=VlluYlZCMGNIWGFybTI2THdyUFhQZz09
Utiliser des fichiers FASTA une ligne
##Pan1c Snakemake workflow for constructing chromosome-level pangenomes https://forgemia.inra.fr/alexis.mergez/pan1c Le 2 avril 2024 : Alexis Mergez — MIAT INRAE
##Conservation dans les graphes de pangénome Le 4 avril 2024 : Matthias Zytnicki — MIAT INRAE
##Stages de Master sur la pangénomique retour sur les stages par les étudiants, une discussion sur ces différentes thématiques.
Présentations/discussions 20mn
Le strobemer en tant qu’objet de nature plus complexe que le kmer serait plus complexe à manipuler - Julien Guidihounme, MIAT, Détection de différentiel de motifs fonctionnels dans les GVs (e.g différentiel de score de matrices PSSM) score de matrice pour caractériser si une sequence est fonctionnelle ou aléatoire - Fatima-Zahra Abani, DIADE, Skimming sur graphe et mapping Full clip = full-centromère filter=
pas de documentation sur les formats de sortie de vg - Thomas Biscop et Hugo Bellavoir, ISE-M, Recherche de variations structurales de type inversion dans un graphe de Pangénome appliquée au champignon pathogène P. destructans test de minigraph, minigraph cactus, genome centré progressive cactus et pggb détection d’un inversion principe taille de noeud d’ancrage parametrable 35-45 secondes sur génome de 35 millions (dont 30 secondes de lecture du gfa) pggb ++ mais cyclique
Cf capture d’écran
##Some contributions to the estimation of genetic distances between populations au lien suivant Vendredi 8 mars 2024 13h30-14h30 : Tristan Mary-Huard (GQE-Le Moulon / MIAPS) Il nous parlera des mathématiques qui se cachent derrière le calcul des distances génétiques et des Fst en particulier.
##Estimation de la vulnérabilité du raygrass anglais face au changement climatique à l’échelle européenne Vendredi 5 avril 13h30-14h30 : Marie Pégard (P3F - Lusignan) - - https://inrae-fr.zoom.us/j/91711646041
##Considering the DNA-binding sites of transcription factors to discover domestication mutations: the example of cabbage Mercredi 15 mai 13h30-14h30 : Romain Blanc-Mathieu (LPCV - Grenoble) https://inrae-fr.zoom.us/j/92842950468
##Etude du fardeau génétique chez les arbres fruitiers (titre à confirmer) Mercredi 19 juin 13h30-14h30 : Enrique Saez Lugana (BFP - Bordeaux) - https://inrae-fr.zoom.us/j/93898582177 # Diversité inter-spécifique (WP6)