SERIE SSP:MAC NEMAR +Build a MATRIX+TEST

NOTE ABOUT Gl et factor:

gl function [https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/gl]

1. Je construis un tableau croisé 2X2 –Cela marche pour un 3X2 ou 3x5

AA=gl(2,8,labels=c("sable","palge"))#avec fl
AA

##  [1] sable sable sable sable sable sable sable sable palge palge palge palge
## [13] palge palge palge palge
## Levels: sable palge

BB=factor(c(rep("sable",8),rep("palge",8)))
BB

##  [1] sable sable sable sable sable sable sable sable palge palge palge palge
## [13] palge palge palge palge
## Levels: palge sable

table(AA,BB)#pas de pairs discordantes OK CA marche

##        BB
## AA      palge sable
##   sable     0     8
##   palge     8     0

Pour conruires les discodantes a partir de factor pas possible

AAA=gl(2,8,labels=c("sable","palge"))
AAA

##  [1] sable sable sable sable sable sable sable sable palge palge palge palge
## [13] palge palge palge palge
## Levels: sable palge

BBB=factor(c(rep("sable",2),rep("palge",14)))
BBB

##  [1] sable sable palge palge palge palge palge palge palge palge palge palge
## [13] palge palge palge palge
## Levels: palge sable

table(AAA,BBB)#pas de pairs discordantes

##        BBB
## AAA     palge sable
##   sable     6     2
##   palge     8     0

OK ca marche pas car les pairs discordantes ne sont oas comptes ds la tables ```

LE MEILLEUR MOYENS : MATRIX

[https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/matrix]

Create a 2x2 contingency table representing the counts of symptom relief outcomes (exemple du WEB:

datamac <- matrix(c(70, 30, 60, 40), nrow = 2,
               dimnames = list("After " = c("sable", "plage"),
                               "After before" = c("sable", "plage")))
##attention nrow ncol verifier votre tableau apèrs sa construction
datamac

##        After before
## After   sable plage
##   sable    70    60
##   plage    30    40

kable(datamac)

	sable	plage
sable	70	60
plage	30	40

#90 pairs discordantes donc comparaisons de paires disco:
90*89/2

## [1] 4005

LE TEST MC NEMAR:

mcnemar.test(datamac)

## 
##  McNemar's Chi-squared test with continuity correction
## 
## data:  datamac
## McNemar's chi-squared = 9.3444, df = 1, p-value = 0.002237

mchammer=mcnemar.test(datamac)
mchammer$p.value

## [1] 0.002236624

mchammer$method#

## [1] "McNemar's Chi-squared test with continuity correction"

mcnemar.test(datamac,correct = F)#sans continuite regardez la theorie 

## 
##  McNemar's Chi-squared test
## 
## data:  datamac
## McNemar's chi-squared = 10, df = 1, p-value = 0.001565

##MPVAL a la main avec conti
pchisq(9.33,1)##Non par la droite la chisq  PVAL(T/t>9.33)

## [1] 0.9977457

pchisq(9.33,1,lower.tail = F)#ou

## [1] 0.002254324

1-pchisq(9.33,1)

## [1] 0.002254324

test a la main MAC NEMAR

[https://fr.wikipedia.org/wiki/Test_de_McNemar]

Hulk adore les stat! Ils les fait a la main/ pas de R!

#Prconcdiaggauche
110*109/2

## [1] 5995

#airdisgdroite=
90*89/2

## [1] 4005

#seuls les paires discodrantes du tableau nous interesse
TESTMC=((60-30)^2)/(60+30)
TESTMC

## [1] 10

1-pchisq(10,1)

## [1] 0.001565402

##Meme pvaleur sans continuite de correction mais a la main