253 Factor Analysis
Samah
2024-05-05
Loading the libraries:
read and prepare the data:
read the data:
#set filepath for data file
filepath <- "https://raw.githubusercontent.com/The-Change-Lab/collaborations/main/AMIB/AMIB_persons.csv"
#read in the .csv file using the url() function
AMIB_persons <- read.csv(file=url(filepath), header=TRUE)
filepath_daily <- "https://raw.githubusercontent.com/The-Change-Lab/collaborations/main/AMIB/AMIB_daily.csv"
#read in the .csv file using the url() function
AMIB_daily <- read.csv(file=url(filepath), header=TRUE)A look at the data:
#removing first 7 columns
AMIB_daily<- AMIB_daily[ ,8:60]
#replacing 0 with NA
AMIB_daily[AMIB_daily == 0] <- NA
#descriptives
describe(AMIB_daily)## vars n mean sd median trimmed mad min max range skew
## wofo_w 1 190 4.23 0.45 4.17 4.25 0.49 2.67 5.00 2.33 -0.37
## wofo_m 2 190 3.23 0.48 3.25 3.23 0.56 1.75 4.62 2.88 -0.10
## wofo_wm 3 190 3.80 0.39 3.80 3.80 0.37 2.56 4.84 2.28 -0.04
## wofo_wmtot 4 190 3.66 0.40 3.64 3.65 0.32 2.36 4.79 2.43 0.03
## socdes 5 184 0.40 0.20 0.38 0.39 0.23 0.08 0.92 0.85 0.37
## tpfs_aut 6 190 3.51 0.61 3.57 3.54 0.64 1.71 5.00 3.29 -0.39
## tpfs_hub 7 190 1.47 0.57 1.29 1.36 0.42 1.00 4.14 3.14 1.72
## pni_cse 8 189 2.20 1.02 2.17 2.18 1.11 0.08 4.75 4.67 0.11
## pni_exp 9 188 2.47 0.96 2.40 2.47 1.19 0.20 5.00 4.80 0.02
## pni_ssse 10 190 2.94 0.81 3.00 2.96 0.74 0.50 4.67 4.17 -0.33
## pni_hds 11 190 2.62 0.90 2.57 2.64 1.06 0.14 4.57 4.43 -0.18
## pni_grnf 12 189 3.21 0.94 3.29 3.26 0.85 0.29 4.86 4.57 -0.58
## pni_dev 13 184 1.60 0.94 1.43 1.52 0.86 0.14 4.71 4.57 0.74
## pni_enrg 14 190 2.31 0.99 2.38 2.32 1.11 0.12 5.00 4.88 -0.08
## pni_total 15 190 2.43 0.64 2.38 2.43 0.60 0.65 4.11 3.45 -0.09
## agg_hos 16 190 2.59 0.78 2.62 2.58 0.93 1.00 4.38 3.38 0.07
## agg_ang 17 190 2.30 0.86 2.14 2.25 0.85 1.00 4.71 3.71 0.54
## erq_reap 18 190 4.84 1.09 5.00 4.89 0.99 1.00 7.00 6.00 -0.56
## erq_supp 19 190 3.54 1.25 3.62 3.53 1.30 1.00 6.50 5.50 0.01
## ecr_avo 20 190 3.11 1.39 3.00 3.05 1.48 1.00 6.67 5.67 0.29
## ecr_anx 21 190 3.66 1.31 3.67 3.65 1.38 1.00 6.83 5.83 0.02
## bfi_e 22 190 3.38 1.00 3.50 3.40 0.74 1.00 5.00 4.00 -0.21
## bfi_a 23 190 3.61 0.88 3.50 3.69 0.74 1.00 5.00 4.00 -0.72
## bfi_c 24 190 3.76 0.85 4.00 3.77 0.74 1.50 5.00 3.50 -0.12
## bfi_n 25 190 2.98 0.96 3.00 3.00 1.48 1.00 5.00 4.00 -0.09
## bfi_o 26 190 3.60 0.96 3.50 3.64 0.74 1.00 5.00 4.00 -0.34
## iipsc_pa 27 159 3.51 2.35 3.00 3.20 2.97 1.00 11.00 10.00 0.99
## iipsc_bc 28 141 3.21 2.30 3.00 2.86 1.48 1.00 14.00 13.00 1.61
## iipsc_de 29 146 4.66 3.39 4.00 4.23 2.97 1.00 15.00 14.00 0.95
## iipsc_fg 30 148 4.56 3.28 4.00 4.12 2.97 1.00 16.00 15.00 1.12
## iipsc_hi 31 177 6.55 3.17 6.00 6.41 2.97 1.00 15.00 14.00 0.43
## iipsc_jk 32 178 6.30 3.34 6.00 6.22 2.97 1.00 16.00 15.00 0.25
## iipsc_lm 33 183 6.87 3.38 7.00 6.76 2.97 1.00 16.00 15.00 0.28
## iipsc_no 34 165 4.90 3.20 4.00 4.58 2.97 1.00 14.00 13.00 0.73
## stif_fix 35 190 3.40 1.07 3.67 3.43 0.99 1.00 5.67 4.67 -0.24
## stif_inc 36 190 3.56 1.02 3.67 3.57 0.99 1.33 6.00 4.67 0.00
## stif_diff 37 182 0.16 2.02 0.33 0.13 1.98 -4.00 5.00 9.00 0.15
## vdi_exp 38 186 35.47 8.43 36.00 35.99 8.90 9.00 51.00 42.00 -0.56
## vdi_sub 39 185 24.75 7.32 24.00 24.59 8.90 11.00 44.00 33.00 0.21
## vdi_lov 40 187 41.10 6.45 42.00 41.43 5.93 12.00 54.00 42.00 -0.73
## tsca_shame 41 190 2.91 0.61 2.91 2.91 0.60 1.00 4.33 3.33 -0.04
## tsca_guilt 42 190 3.95 0.46 3.97 3.98 0.42 2.25 4.75 2.50 -0.69
## csiv_pa 43 190 2.16 0.62 2.25 2.18 0.56 0.50 3.88 3.38 -0.25
## csiv_bc 44 187 1.21 0.66 1.12 1.17 0.74 0.12 3.38 3.25 0.45
## csiv_de 45 184 1.07 0.67 1.00 1.00 0.74 0.12 3.12 3.00 0.92
## csiv_fg 46 190 1.67 0.73 1.62 1.66 0.74 0.12 3.25 3.12 0.09
## csiv_hi 47 189 1.81 0.70 1.75 1.81 0.74 0.25 3.71 3.46 0.03
## csiv_jk 48 190 2.62 0.69 2.65 2.64 0.77 0.50 4.00 3.50 -0.33
## csiv_lm 49 190 2.57 0.65 2.69 2.59 0.65 0.62 4.00 3.38 -0.24
## csiv_no 50 190 2.58 0.63 2.62 2.61 0.56 1.00 4.00 3.00 -0.37
## csiv_mean 51 190 1.95 0.52 2.01 1.96 0.50 0.52 3.48 2.97 -0.09
## pni_grandi 52 190 2.86 0.67 2.91 2.88 0.66 0.60 4.12 3.51 -0.50
## pni_vulner 53 190 2.17 0.76 2.15 2.17 0.76 0.07 4.60 4.54 0.04
## kurtosis se
## wofo_w 0.10 0.03
## wofo_m 0.14 0.04
## wofo_wm -0.05 0.03
## wofo_wmtot 0.09 0.03
## socdes -0.56 0.01
## tpfs_aut -0.18 0.04
## tpfs_hub 3.57 0.04
## pni_cse -0.69 0.07
## pni_exp -0.58 0.07
## pni_ssse 0.06 0.06
## pni_hds -0.47 0.07
## pni_grnf 0.32 0.07
## pni_dev 0.05 0.07
## pni_enrg -0.46 0.07
## pni_total 0.12 0.05
## agg_hos -0.72 0.06
## agg_ang -0.42 0.06
## erq_reap 0.62 0.08
## erq_supp -0.73 0.09
## ecr_avo -0.73 0.10
## ecr_anx -0.61 0.09
## bfi_e -0.58 0.07
## bfi_a 0.14 0.06
## bfi_c -0.90 0.06
## bfi_n -0.82 0.07
## bfi_o -0.48 0.07
## iipsc_pa 0.39 0.19
## iipsc_bc 3.67 0.19
## iipsc_de 0.35 0.28
## iipsc_fg 0.82 0.27
## iipsc_hi -0.29 0.24
## iipsc_jk -0.59 0.25
## iipsc_lm -0.44 0.25
## iipsc_no -0.39 0.25
## stif_fix -0.70 0.08
## stif_inc -0.49 0.07
## stif_diff -0.65 0.15
## vdi_exp 0.06 0.62
## vdi_sub -0.72 0.54
## vdi_lov 1.34 0.47
## tsca_shame -0.11 0.04
## tsca_guilt 0.74 0.03
## csiv_pa -0.18 0.05
## csiv_bc -0.19 0.05
## csiv_de 0.46 0.05
## csiv_fg -0.60 0.05
## csiv_hi -0.65 0.05
## csiv_jk -0.27 0.05
## csiv_lm -0.48 0.05
## csiv_no -0.47 0.05
## csiv_mean -0.13 0.04
## pni_grandi 0.36 0.05
## pni_vulner -0.06 0.06The correlation between variables in the data:
round(cor(AMIB_daily, use="complete.obs"),2)## wofo_w wofo_m wofo_wm wofo_wmtot socdes tpfs_aut tpfs_hub pni_cse
## wofo_w 1.00 0.49 0.89 0.81 0.06 0.25 -0.12 -0.07
## wofo_m 0.49 1.00 0.83 0.91 0.22 0.14 0.09 -0.02
## wofo_wm 0.89 0.83 1.00 0.99 0.15 0.23 -0.03 -0.06
## wofo_wmtot 0.81 0.91 0.99 1.00 0.18 0.21 0.00 -0.05
## socdes 0.06 0.22 0.15 0.18 1.00 -0.02 -0.11 -0.22
## tpfs_aut 0.25 0.14 0.23 0.21 -0.02 1.00 0.08 -0.13
## tpfs_hub -0.12 0.09 -0.03 0.00 -0.11 0.08 1.00 0.13
## pni_cse -0.07 -0.02 -0.06 -0.05 -0.22 -0.13 0.13 1.00
## pni_exp 0.07 0.34 0.22 0.26 -0.05 0.09 0.04 0.15
## pni_ssse 0.31 0.16 0.28 0.26 0.06 -0.05 -0.11 0.37
## pni_hds 0.17 0.12 0.17 0.16 -0.20 -0.17 0.07 0.23
## pni_grnf 0.31 0.16 0.28 0.26 -0.14 0.08 -0.15 0.44
## pni_dev -0.10 0.08 -0.02 0.01 -0.11 0.04 0.13 0.30
## pni_enrg -0.02 -0.09 -0.06 -0.07 -0.26 0.13 0.28 0.64
## pni_total 0.13 0.15 0.16 0.16 -0.21 0.00 0.11 0.77
## agg_hos 0.06 0.14 0.11 0.13 -0.31 -0.30 0.02 0.31
## agg_ang -0.08 -0.03 -0.07 -0.06 -0.33 -0.03 0.08 0.21
## erq_reap 0.33 0.04 0.23 0.18 0.23 0.35 -0.03 -0.07
## erq_supp -0.15 0.14 -0.02 0.02 0.08 -0.10 0.06 -0.15
## ecr_avo -0.18 -0.17 -0.20 -0.20 -0.11 -0.25 0.06 0.13
## ecr_anx -0.13 0.02 -0.08 -0.05 0.06 -0.30 0.07 0.41
## bfi_e 0.25 0.03 0.17 0.14 -0.18 0.22 0.05 0.19
## bfi_a 0.04 -0.13 -0.04 -0.07 0.43 -0.09 -0.16 -0.38
## bfi_c 0.37 0.24 0.36 0.34 -0.06 0.27 0.07 0.20
## bfi_n 0.12 -0.04 0.06 0.03 -0.14 -0.09 0.14 0.26
## bfi_o 0.03 0.13 0.09 0.11 -0.30 0.11 -0.21 0.12
## iipsc_pa -0.15 0.06 -0.07 -0.03 -0.30 -0.05 0.22 0.07
## iipsc_bc -0.11 0.13 0.00 0.04 -0.24 -0.15 0.43 0.30
## iipsc_de -0.06 0.09 0.01 0.03 -0.11 -0.05 0.24 0.18
## iipsc_fg -0.24 -0.01 -0.16 -0.12 -0.03 -0.40 0.04 0.15
## iipsc_hi 0.02 -0.14 -0.06 -0.08 0.09 -0.26 0.05 0.24
## iipsc_jk 0.02 -0.07 -0.03 -0.04 0.22 -0.24 0.01 0.22
## iipsc_lm 0.17 0.24 0.23 0.24 0.06 -0.21 -0.03 0.30
## iipsc_no -0.09 -0.02 -0.07 -0.06 -0.11 0.01 0.27 0.25
## stif_fix -0.02 -0.07 -0.05 -0.06 0.09 -0.06 0.04 0.05
## stif_inc 0.17 0.19 0.21 0.21 0.10 0.10 -0.08 -0.11
## stif_diff 0.10 0.15 0.14 0.14 0.00 0.09 -0.06 -0.08
## vdi_exp 0.24 0.21 0.26 0.26 0.12 -0.08 -0.15 0.49
## vdi_sub -0.23 -0.29 -0.30 -0.30 0.10 -0.59 -0.09 0.24
## vdi_lov 0.41 0.06 0.29 0.24 0.00 0.08 -0.21 0.28
## tsca_shame 0.08 -0.05 0.02 0.01 -0.02 -0.22 0.12 0.27
## tsca_guilt 0.45 0.28 0.44 0.41 0.12 0.01 -0.08 0.21
## csiv_pa 0.35 0.30 0.38 0.37 -0.15 0.13 0.10 0.17
## csiv_bc -0.11 0.13 0.00 0.04 -0.18 -0.15 0.39 0.11
## csiv_de -0.11 0.10 -0.02 0.02 -0.17 -0.14 0.32 0.12
## csiv_fg 0.02 0.11 0.07 0.08 -0.15 -0.04 0.18 0.17
## csiv_hi 0.01 0.09 0.05 0.07 -0.04 -0.12 0.13 0.34
## csiv_jk 0.31 0.16 0.29 0.26 0.03 -0.12 -0.20 0.31
## csiv_lm 0.34 0.12 0.28 0.24 0.15 -0.15 -0.14 0.21
## csiv_no 0.46 0.13 0.36 0.31 0.03 -0.05 -0.18 0.20
## csiv_mean 0.21 0.20 0.24 0.23 -0.09 -0.12 0.12 0.29
## pni_grandi 0.32 0.31 0.36 0.36 -0.06 0.06 -0.10 0.44
## pni_vulner -0.02 0.02 0.00 0.01 -0.27 -0.04 0.21 0.75
## pni_exp pni_ssse pni_hds pni_grnf pni_dev pni_enrg pni_total agg_hos
## wofo_w 0.07 0.31 0.17 0.31 -0.10 -0.02 0.13 0.06
## wofo_m 0.34 0.16 0.12 0.16 0.08 -0.09 0.15 0.14
## wofo_wm 0.22 0.28 0.17 0.28 -0.02 -0.06 0.16 0.11
## wofo_wmtot 0.26 0.26 0.16 0.26 0.01 -0.07 0.16 0.13
## socdes -0.05 0.06 -0.20 -0.14 -0.11 -0.26 -0.21 -0.31
## tpfs_aut 0.09 -0.05 -0.17 0.08 0.04 0.13 0.00 -0.30
## tpfs_hub 0.04 -0.11 0.07 -0.15 0.13 0.28 0.11 0.02
## pni_cse 0.15 0.37 0.23 0.44 0.30 0.64 0.77 0.31
## pni_exp 1.00 0.01 0.03 0.22 0.14 0.11 0.35 0.16
## pni_ssse 0.01 1.00 0.27 0.60 0.08 0.30 0.57 0.33
## pni_hds 0.03 0.27 1.00 0.22 0.31 0.37 0.52 0.55
## pni_grnf 0.22 0.60 0.22 1.00 0.27 0.47 0.72 0.27
## pni_dev 0.14 0.08 0.31 0.27 1.00 0.49 0.61 0.52
## pni_enrg 0.11 0.30 0.37 0.47 0.49 1.00 0.80 0.32
## pni_total 0.35 0.57 0.52 0.72 0.61 0.80 1.00 0.54
## agg_hos 0.16 0.33 0.55 0.27 0.52 0.32 0.54 1.00
## agg_ang 0.15 0.00 0.24 0.17 0.19 0.41 0.31 0.30
## erq_reap -0.05 0.21 0.02 0.11 -0.03 0.09 0.06 -0.07
## erq_supp 0.08 -0.05 0.36 -0.13 0.15 0.00 0.04 0.10
## ecr_avo 0.28 0.04 0.24 0.04 0.07 0.13 0.20 0.17
## ecr_anx 0.00 0.18 0.00 0.02 0.12 0.15 0.24 0.19
## bfi_e 0.14 0.07 -0.18 0.20 -0.01 0.23 0.16 -0.03
## bfi_a -0.43 0.05 -0.28 -0.18 -0.19 -0.29 -0.38 -0.35
## bfi_c -0.04 0.32 0.05 0.26 0.13 0.24 0.28 -0.04
## bfi_n -0.11 0.25 -0.05 0.06 0.03 0.24 0.17 0.29
## bfi_o 0.16 0.28 -0.06 0.28 0.01 0.02 0.17 0.10
## iipsc_pa 0.35 -0.30 0.03 -0.08 0.23 0.21 0.12 0.28
## iipsc_bc 0.27 -0.05 0.24 0.06 0.40 0.45 0.38 0.43
## iipsc_de 0.36 0.09 0.41 -0.04 0.30 0.28 0.35 0.39
## iipsc_fg 0.08 0.03 0.08 -0.03 -0.08 -0.01 0.03 0.18
## iipsc_hi -0.11 0.39 0.10 0.13 -0.06 0.15 0.18 0.08
## iipsc_jk -0.18 0.46 0.11 0.18 0.07 0.17 0.22 0.07
## iipsc_lm -0.01 0.43 0.18 0.16 0.13 0.07 0.27 0.35
## iipsc_no 0.21 0.05 -0.20 0.03 0.00 0.11 0.12 0.06
## stif_fix -0.08 0.00 -0.12 0.09 0.17 0.11 0.07 0.11
## stif_inc 0.24 0.06 0.01 -0.02 -0.10 -0.16 -0.04 -0.13
## stif_diff 0.18 0.03 0.07 -0.06 -0.14 -0.15 -0.06 -0.13
## vdi_exp -0.06 0.62 0.12 0.43 0.18 0.29 0.48 0.34
## vdi_sub -0.27 0.24 0.04 -0.02 -0.08 0.01 0.04 0.22
## vdi_lov -0.10 0.42 -0.02 0.46 0.03 0.10 0.28 0.14
## tsca_shame -0.18 0.21 0.13 0.07 0.20 0.10 0.20 0.26
## tsca_guilt 0.04 0.46 0.10 0.21 -0.21 -0.04 0.16 0.05
## csiv_pa 0.25 0.22 0.20 0.47 0.29 0.33 0.43 0.31
## csiv_bc 0.30 -0.27 0.06 0.02 0.39 0.25 0.21 0.20
## csiv_de 0.12 -0.20 0.25 -0.02 0.33 0.25 0.21 0.24
## csiv_fg 0.13 -0.03 0.17 0.11 0.17 0.21 0.21 0.19
## csiv_hi -0.04 0.21 0.07 0.26 0.02 0.37 0.30 0.15
## csiv_jk -0.10 0.43 0.15 0.40 -0.02 0.18 0.31 0.26
## csiv_lm -0.08 0.28 0.12 0.32 -0.02 0.16 0.22 0.17
## csiv_no 0.04 0.29 0.10 0.34 -0.01 0.08 0.23 0.16
## csiv_mean 0.11 0.15 0.20 0.32 0.21 0.32 0.37 0.30
## pni_grandi 0.59 0.74 0.24 0.84 0.23 0.40 0.75 0.35
## pni_vulner 0.15 0.34 0.62 0.48 0.72 0.85 0.92 0.57
## agg_ang erq_reap erq_supp ecr_avo ecr_anx bfi_e bfi_a bfi_c bfi_n
## wofo_w -0.08 0.33 -0.15 -0.18 -0.13 0.25 0.04 0.37 0.12
## wofo_m -0.03 0.04 0.14 -0.17 0.02 0.03 -0.13 0.24 -0.04
## wofo_wm -0.07 0.23 -0.02 -0.20 -0.08 0.17 -0.04 0.36 0.06
## wofo_wmtot -0.06 0.18 0.02 -0.20 -0.05 0.14 -0.07 0.34 0.03
## socdes -0.33 0.23 0.08 -0.11 0.06 -0.18 0.43 -0.06 -0.14
## tpfs_aut -0.03 0.35 -0.10 -0.25 -0.30 0.22 -0.09 0.27 -0.09
## tpfs_hub 0.08 -0.03 0.06 0.06 0.07 0.05 -0.16 0.07 0.14
## pni_cse 0.21 -0.07 -0.15 0.13 0.41 0.19 -0.38 0.20 0.26
## pni_exp 0.15 -0.05 0.08 0.28 0.00 0.14 -0.43 -0.04 -0.11
## pni_ssse 0.00 0.21 -0.05 0.04 0.18 0.07 0.05 0.32 0.25
## pni_hds 0.24 0.02 0.36 0.24 0.00 -0.18 -0.28 0.05 -0.05
## pni_grnf 0.17 0.11 -0.13 0.04 0.02 0.20 -0.18 0.26 0.06
## pni_dev 0.19 -0.03 0.15 0.07 0.12 -0.01 -0.19 0.13 0.03
## pni_enrg 0.41 0.09 0.00 0.13 0.15 0.23 -0.29 0.24 0.24
## pni_total 0.31 0.06 0.04 0.20 0.24 0.16 -0.38 0.28 0.17
## agg_hos 0.30 -0.07 0.10 0.17 0.19 -0.03 -0.35 -0.04 0.29
## agg_ang 1.00 -0.04 -0.13 0.16 0.05 0.26 -0.23 -0.12 0.31
## erq_reap -0.04 1.00 0.00 -0.18 -0.05 0.06 0.15 0.04 0.07
## erq_supp -0.13 0.00 1.00 0.07 0.07 -0.51 0.08 0.04 -0.15
## ecr_avo 0.16 -0.18 0.07 1.00 0.10 -0.05 -0.14 -0.14 -0.05
## ecr_anx 0.05 -0.05 0.07 0.10 1.00 0.13 0.03 0.01 0.25
## bfi_e 0.26 0.06 -0.51 -0.05 0.13 1.00 0.00 0.05 0.12
## bfi_a -0.23 0.15 0.08 -0.14 0.03 0.00 1.00 -0.01 0.03
## bfi_c -0.12 0.04 0.04 -0.14 0.01 0.05 -0.01 1.00 0.18
## bfi_n 0.31 0.07 -0.15 -0.05 0.25 0.12 0.03 0.18 1.00
## bfi_o 0.14 0.01 -0.15 0.06 -0.01 0.07 -0.22 0.04 -0.02
## iipsc_pa 0.46 -0.13 -0.08 0.15 0.05 0.13 -0.49 -0.22 0.13
## iipsc_bc 0.36 0.02 0.20 0.18 0.26 -0.02 -0.34 -0.06 0.17
## iipsc_de 0.31 -0.06 0.22 0.52 0.18 -0.05 -0.35 -0.10 -0.03
## iipsc_fg 0.03 -0.27 0.17 -0.02 0.19 -0.52 -0.19 -0.13 0.07
## iipsc_hi -0.08 -0.03 0.00 -0.01 0.23 -0.08 -0.03 0.13 0.15
## iipsc_jk -0.19 0.10 0.10 0.05 0.24 -0.07 0.22 0.15 0.15
## iipsc_lm 0.06 0.05 0.04 -0.09 0.19 -0.15 -0.16 0.12 0.27
## iipsc_no -0.01 0.12 -0.19 0.11 0.29 0.26 -0.08 -0.18 0.19
## stif_fix 0.03 -0.09 0.04 -0.05 0.29 -0.03 -0.01 0.27 0.11
## stif_inc 0.04 0.16 -0.09 0.12 -0.26 0.09 0.07 -0.19 -0.02
## stif_diff 0.01 0.14 -0.07 0.09 -0.30 0.07 0.04 -0.25 -0.07
## vdi_exp 0.12 0.15 -0.05 0.02 0.32 0.14 0.01 0.20 0.34
## vdi_sub -0.04 -0.08 0.00 0.17 0.19 -0.34 0.08 -0.15 0.26
## vdi_lov 0.08 0.28 -0.37 -0.12 0.15 0.40 0.10 0.22 0.30
## tsca_shame -0.07 0.16 -0.04 -0.03 0.27 0.00 0.09 0.14 0.18
## tsca_guilt -0.11 0.24 -0.09 -0.07 0.20 0.07 0.04 0.22 0.36
## csiv_pa 0.41 0.15 0.03 -0.01 0.04 0.16 -0.23 0.16 0.05
## csiv_bc 0.34 -0.19 0.21 0.10 0.13 0.05 -0.19 0.02 -0.01
## csiv_de 0.23 -0.11 0.46 0.23 0.09 -0.21 -0.21 0.09 0.04
## csiv_fg 0.37 0.01 0.29 0.01 -0.05 -0.09 -0.17 0.11 0.07
## csiv_hi 0.30 0.17 0.16 -0.13 0.10 0.03 -0.07 0.02 0.20
## csiv_jk 0.25 0.24 -0.07 -0.09 0.18 0.14 0.01 0.12 0.14
## csiv_lm 0.12 0.32 -0.12 -0.10 0.18 0.14 0.08 0.04 0.10
## csiv_no 0.16 0.38 -0.25 -0.11 0.13 0.28 0.03 0.07 0.05
## csiv_mean 0.38 0.16 0.14 -0.01 0.14 0.08 -0.13 0.11 0.11
## pni_grandi 0.15 0.12 -0.05 0.17 0.09 0.19 -0.26 0.24 0.09
## pni_vulner 0.35 0.00 0.11 0.19 0.24 0.09 -0.39 0.21 0.17
## bfi_o iipsc_pa iipsc_bc iipsc_de iipsc_fg iipsc_hi iipsc_jk iipsc_lm
## wofo_w 0.03 -0.15 -0.11 -0.06 -0.24 0.02 0.02 0.17
## wofo_m 0.13 0.06 0.13 0.09 -0.01 -0.14 -0.07 0.24
## wofo_wm 0.09 -0.07 0.00 0.01 -0.16 -0.06 -0.03 0.23
## wofo_wmtot 0.11 -0.03 0.04 0.03 -0.12 -0.08 -0.04 0.24
## socdes -0.30 -0.30 -0.24 -0.11 -0.03 0.09 0.22 0.06
## tpfs_aut 0.11 -0.05 -0.15 -0.05 -0.40 -0.26 -0.24 -0.21
## tpfs_hub -0.21 0.22 0.43 0.24 0.04 0.05 0.01 -0.03
## pni_cse 0.12 0.07 0.30 0.18 0.15 0.24 0.22 0.30
## pni_exp 0.16 0.35 0.27 0.36 0.08 -0.11 -0.18 -0.01
## pni_ssse 0.28 -0.30 -0.05 0.09 0.03 0.39 0.46 0.43
## pni_hds -0.06 0.03 0.24 0.41 0.08 0.10 0.11 0.18
## pni_grnf 0.28 -0.08 0.06 -0.04 -0.03 0.13 0.18 0.16
## pni_dev 0.01 0.23 0.40 0.30 -0.08 -0.06 0.07 0.13
## pni_enrg 0.02 0.21 0.45 0.28 -0.01 0.15 0.17 0.07
## pni_total 0.17 0.12 0.38 0.35 0.03 0.18 0.22 0.27
## agg_hos 0.10 0.28 0.43 0.39 0.18 0.08 0.07 0.35
## agg_ang 0.14 0.46 0.36 0.31 0.03 -0.08 -0.19 0.06
## erq_reap 0.01 -0.13 0.02 -0.06 -0.27 -0.03 0.10 0.05
## erq_supp -0.15 -0.08 0.20 0.22 0.17 0.00 0.10 0.04
## ecr_avo 0.06 0.15 0.18 0.52 -0.02 -0.01 0.05 -0.09
## ecr_anx -0.01 0.05 0.26 0.18 0.19 0.23 0.24 0.19
## bfi_e 0.07 0.13 -0.02 -0.05 -0.52 -0.08 -0.07 -0.15
## bfi_a -0.22 -0.49 -0.34 -0.35 -0.19 -0.03 0.22 -0.16
## bfi_c 0.04 -0.22 -0.06 -0.10 -0.13 0.13 0.15 0.12
## bfi_n -0.02 0.13 0.17 -0.03 0.07 0.15 0.15 0.27
## bfi_o 1.00 0.07 0.00 -0.05 0.03 -0.04 -0.04 0.26
## iipsc_pa 0.07 1.00 0.67 0.34 0.13 -0.18 -0.25 -0.02
## iipsc_bc 0.00 0.67 1.00 0.54 0.37 0.08 0.12 0.18
## iipsc_de -0.05 0.34 0.54 1.00 0.20 0.00 0.02 0.11
## iipsc_fg 0.03 0.13 0.37 0.20 1.00 0.37 0.19 0.27
## iipsc_hi -0.04 -0.18 0.08 0.00 0.37 1.00 0.74 0.40
## iipsc_jk -0.04 -0.25 0.12 0.02 0.19 0.74 1.00 0.45
## iipsc_lm 0.26 -0.02 0.18 0.11 0.27 0.40 0.45 1.00
## iipsc_no 0.02 0.32 0.31 0.00 0.12 0.21 0.22 0.10
## stif_fix -0.09 0.04 0.05 -0.11 0.06 0.14 0.08 0.15
## stif_inc 0.11 -0.11 -0.13 0.16 -0.08 -0.01 0.02 -0.09
## stif_diff 0.10 -0.08 -0.10 0.14 -0.08 -0.08 -0.03 -0.13
## vdi_exp 0.13 -0.14 0.10 0.09 -0.06 0.33 0.53 0.60
## vdi_sub -0.12 -0.05 0.17 0.06 0.48 0.44 0.52 0.43
## vdi_lov 0.15 -0.21 -0.25 -0.22 -0.31 0.06 0.14 0.20
## tsca_shame -0.02 -0.07 0.18 -0.05 0.09 0.26 0.40 0.29
## tsca_guilt 0.16 -0.25 -0.19 -0.15 0.02 0.23 0.24 0.42
## csiv_pa 0.20 0.20 0.37 0.30 0.05 -0.11 -0.09 0.23
## csiv_bc -0.03 0.52 0.69 0.36 0.22 -0.13 -0.10 -0.04
## csiv_de -0.13 0.35 0.61 0.50 0.17 -0.07 0.03 0.02
## csiv_fg -0.02 0.28 0.44 0.36 0.21 -0.07 -0.01 0.16
## csiv_hi -0.03 0.23 0.44 0.15 0.21 0.01 0.14 0.25
## csiv_jk 0.14 -0.01 0.13 0.08 0.11 0.11 0.22 0.38
## csiv_lm 0.01 0.06 0.13 -0.03 -0.04 -0.03 0.13 0.28
## csiv_no 0.14 0.07 0.10 -0.02 -0.02 -0.11 0.04 0.27
## csiv_mean 0.04 0.31 0.52 0.31 0.16 -0.07 0.06 0.27
## pni_grandi 0.33 0.00 0.13 0.20 0.04 0.18 0.20 0.27
## pni_vulner 0.04 0.19 0.47 0.39 0.04 0.15 0.19 0.23
## iipsc_no stif_fix stif_inc stif_diff vdi_exp vdi_sub vdi_lov
## wofo_w -0.09 -0.02 0.17 0.10 0.24 -0.23 0.41
## wofo_m -0.02 -0.07 0.19 0.15 0.21 -0.29 0.06
## wofo_wm -0.07 -0.05 0.21 0.14 0.26 -0.30 0.29
## wofo_wmtot -0.06 -0.06 0.21 0.14 0.26 -0.30 0.24
## socdes -0.11 0.09 0.10 0.00 0.12 0.10 0.00
## tpfs_aut 0.01 -0.06 0.10 0.09 -0.08 -0.59 0.08
## tpfs_hub 0.27 0.04 -0.08 -0.06 -0.15 -0.09 -0.21
## pni_cse 0.25 0.05 -0.11 -0.08 0.49 0.24 0.28
## pni_exp 0.21 -0.08 0.24 0.18 -0.06 -0.27 -0.10
## pni_ssse 0.05 0.00 0.06 0.03 0.62 0.24 0.42
## pni_hds -0.20 -0.12 0.01 0.07 0.12 0.04 -0.02
## pni_grnf 0.03 0.09 -0.02 -0.06 0.43 -0.02 0.46
## pni_dev 0.00 0.17 -0.10 -0.14 0.18 -0.08 0.03
## pni_enrg 0.11 0.11 -0.16 -0.15 0.29 0.01 0.10
## pni_total 0.12 0.07 -0.04 -0.06 0.48 0.04 0.28
## agg_hos 0.06 0.11 -0.13 -0.13 0.34 0.22 0.14
## agg_ang -0.01 0.03 0.04 0.01 0.12 -0.04 0.08
## erq_reap 0.12 -0.09 0.16 0.14 0.15 -0.08 0.28
## erq_supp -0.19 0.04 -0.09 -0.07 -0.05 0.00 -0.37
## ecr_avo 0.11 -0.05 0.12 0.09 0.02 0.17 -0.12
## ecr_anx 0.29 0.29 -0.26 -0.30 0.32 0.19 0.15
## bfi_e 0.26 -0.03 0.09 0.07 0.14 -0.34 0.40
## bfi_a -0.08 -0.01 0.07 0.04 0.01 0.08 0.10
## bfi_c -0.18 0.27 -0.19 -0.25 0.20 -0.15 0.22
## bfi_n 0.19 0.11 -0.02 -0.07 0.34 0.26 0.30
## bfi_o 0.02 -0.09 0.11 0.10 0.13 -0.12 0.15
## iipsc_pa 0.32 0.04 -0.11 -0.08 -0.14 -0.05 -0.21
## iipsc_bc 0.31 0.05 -0.13 -0.10 0.10 0.17 -0.25
## iipsc_de 0.00 -0.11 0.16 0.14 0.09 0.06 -0.22
## iipsc_fg 0.12 0.06 -0.08 -0.08 -0.06 0.48 -0.31
## iipsc_hi 0.21 0.14 -0.01 -0.08 0.33 0.44 0.06
## iipsc_jk 0.22 0.08 0.02 -0.03 0.53 0.52 0.14
## iipsc_lm 0.10 0.15 -0.09 -0.13 0.60 0.43 0.20
## iipsc_no 1.00 -0.08 0.04 0.07 0.10 0.14 0.15
## stif_fix -0.08 1.00 -0.69 -0.92 0.14 0.04 -0.01
## stif_inc 0.04 -0.69 1.00 0.92 -0.09 -0.10 0.01
## stif_diff 0.07 -0.92 0.92 1.00 -0.13 -0.07 0.01
## vdi_exp 0.10 0.14 -0.09 -0.13 1.00 0.35 0.53
## vdi_sub 0.14 0.04 -0.10 -0.07 0.35 1.00 0.01
## vdi_lov 0.15 -0.01 0.01 0.01 0.53 0.01 1.00
## tsca_shame 0.31 0.13 -0.13 -0.14 0.30 0.35 0.35
## tsca_guilt 0.19 -0.01 0.14 0.08 0.42 0.06 0.47
## csiv_pa -0.04 0.04 -0.03 -0.04 0.22 -0.10 0.15
## csiv_bc 0.10 0.14 -0.08 -0.12 -0.17 0.01 -0.28
## csiv_de -0.12 0.15 -0.06 -0.11 0.01 0.05 -0.36
## csiv_fg 0.02 0.03 0.01 -0.01 0.11 0.03 -0.05
## csiv_hi 0.17 0.10 -0.21 -0.17 0.34 0.22 0.04
## csiv_jk 0.12 0.00 -0.02 -0.01 0.53 0.23 0.38
## csiv_lm 0.15 -0.08 0.03 0.06 0.35 0.21 0.37
## csiv_no 0.20 -0.07 0.06 0.07 0.27 0.08 0.39
## csiv_mean 0.10 0.06 -0.05 -0.06 0.28 0.13 0.09
## pni_grandi 0.14 0.00 0.13 0.07 0.45 -0.03 0.35
## pni_vulner 0.07 0.08 -0.12 -0.11 0.37 0.07 0.14
## tsca_shame tsca_guilt csiv_pa csiv_bc csiv_de csiv_fg csiv_hi
## wofo_w 0.08 0.45 0.35 -0.11 -0.11 0.02 0.01
## wofo_m -0.05 0.28 0.30 0.13 0.10 0.11 0.09
## wofo_wm 0.02 0.44 0.38 0.00 -0.02 0.07 0.05
## wofo_wmtot 0.01 0.41 0.37 0.04 0.02 0.08 0.07
## socdes -0.02 0.12 -0.15 -0.18 -0.17 -0.15 -0.04
## tpfs_aut -0.22 0.01 0.13 -0.15 -0.14 -0.04 -0.12
## tpfs_hub 0.12 -0.08 0.10 0.39 0.32 0.18 0.13
## pni_cse 0.27 0.21 0.17 0.11 0.12 0.17 0.34
## pni_exp -0.18 0.04 0.25 0.30 0.12 0.13 -0.04
## pni_ssse 0.21 0.46 0.22 -0.27 -0.20 -0.03 0.21
## pni_hds 0.13 0.10 0.20 0.06 0.25 0.17 0.07
## pni_grnf 0.07 0.21 0.47 0.02 -0.02 0.11 0.26
## pni_dev 0.20 -0.21 0.29 0.39 0.33 0.17 0.02
## pni_enrg 0.10 -0.04 0.33 0.25 0.25 0.21 0.37
## pni_total 0.20 0.16 0.43 0.21 0.21 0.21 0.30
## agg_hos 0.26 0.05 0.31 0.20 0.24 0.19 0.15
## agg_ang -0.07 -0.11 0.41 0.34 0.23 0.37 0.30
## erq_reap 0.16 0.24 0.15 -0.19 -0.11 0.01 0.17
## erq_supp -0.04 -0.09 0.03 0.21 0.46 0.29 0.16
## ecr_avo -0.03 -0.07 -0.01 0.10 0.23 0.01 -0.13
## ecr_anx 0.27 0.20 0.04 0.13 0.09 -0.05 0.10
## bfi_e 0.00 0.07 0.16 0.05 -0.21 -0.09 0.03
## bfi_a 0.09 0.04 -0.23 -0.19 -0.21 -0.17 -0.07
## bfi_c 0.14 0.22 0.16 0.02 0.09 0.11 0.02
## bfi_n 0.18 0.36 0.05 -0.01 0.04 0.07 0.20
## bfi_o -0.02 0.16 0.20 -0.03 -0.13 -0.02 -0.03
## iipsc_pa -0.07 -0.25 0.20 0.52 0.35 0.28 0.23
## iipsc_bc 0.18 -0.19 0.37 0.69 0.61 0.44 0.44
## iipsc_de -0.05 -0.15 0.30 0.36 0.50 0.36 0.15
## iipsc_fg 0.09 0.02 0.05 0.22 0.17 0.21 0.21
## iipsc_hi 0.26 0.23 -0.11 -0.13 -0.07 -0.07 0.01
## iipsc_jk 0.40 0.24 -0.09 -0.10 0.03 -0.01 0.14
## iipsc_lm 0.29 0.42 0.23 -0.04 0.02 0.16 0.25
## iipsc_no 0.31 0.19 -0.04 0.10 -0.12 0.02 0.17
## stif_fix 0.13 -0.01 0.04 0.14 0.15 0.03 0.10
## stif_inc -0.13 0.14 -0.03 -0.08 -0.06 0.01 -0.21
## stif_diff -0.14 0.08 -0.04 -0.12 -0.11 -0.01 -0.17
## vdi_exp 0.30 0.42 0.22 -0.17 0.01 0.11 0.34
## vdi_sub 0.35 0.06 -0.10 0.01 0.05 0.03 0.22
## vdi_lov 0.35 0.47 0.15 -0.28 -0.36 -0.05 0.04
## tsca_shame 1.00 0.40 0.04 0.10 -0.07 0.11 0.21
## tsca_guilt 0.40 1.00 0.07 -0.28 -0.35 -0.05 0.10
## csiv_pa 0.04 0.07 1.00 0.56 0.36 0.58 0.46
## csiv_bc 0.10 -0.28 0.56 1.00 0.67 0.54 0.32
## csiv_de -0.07 -0.35 0.36 0.67 1.00 0.59 0.36
## csiv_fg 0.11 -0.05 0.58 0.54 0.59 1.00 0.64
## csiv_hi 0.21 0.10 0.46 0.32 0.36 0.64 1.00
## csiv_jk 0.30 0.36 0.55 0.07 0.09 0.50 0.71
## csiv_lm 0.30 0.36 0.52 0.13 -0.02 0.33 0.53
## csiv_no 0.27 0.39 0.54 0.13 -0.06 0.33 0.47
## csiv_mean 0.22 0.09 0.79 0.61 0.55 0.80 0.79
## pni_grandi 0.04 0.33 0.44 0.03 -0.04 0.10 0.19
## pni_vulner 0.24 0.02 0.34 0.28 0.32 0.24 0.28
## csiv_jk csiv_lm csiv_no csiv_mean pni_grandi pni_vulner
## wofo_w 0.31 0.34 0.46 0.21 0.32 -0.02
## wofo_m 0.16 0.12 0.13 0.20 0.31 0.02
## wofo_wm 0.29 0.28 0.36 0.24 0.36 0.00
## wofo_wmtot 0.26 0.24 0.31 0.23 0.36 0.01
## socdes 0.03 0.15 0.03 -0.09 -0.06 -0.27
## tpfs_aut -0.12 -0.15 -0.05 -0.12 0.06 -0.04
## tpfs_hub -0.20 -0.14 -0.18 0.12 -0.10 0.21
## pni_cse 0.31 0.21 0.20 0.29 0.44 0.75
## pni_exp -0.10 -0.08 0.04 0.11 0.59 0.15
## pni_ssse 0.43 0.28 0.29 0.15 0.74 0.34
## pni_hds 0.15 0.12 0.10 0.20 0.24 0.62
## pni_grnf 0.40 0.32 0.34 0.32 0.84 0.48
## pni_dev -0.02 -0.02 -0.01 0.21 0.23 0.72
## pni_enrg 0.18 0.16 0.08 0.32 0.40 0.85
## pni_total 0.31 0.22 0.23 0.37 0.75 0.92
## agg_hos 0.26 0.17 0.16 0.30 0.35 0.57
## agg_ang 0.25 0.12 0.16 0.38 0.15 0.35
## erq_reap 0.24 0.32 0.38 0.16 0.12 0.00
## erq_supp -0.07 -0.12 -0.25 0.14 -0.05 0.11
## ecr_avo -0.09 -0.10 -0.11 -0.01 0.17 0.19
## ecr_anx 0.18 0.18 0.13 0.14 0.09 0.24
## bfi_e 0.14 0.14 0.28 0.08 0.19 0.09
## bfi_a 0.01 0.08 0.03 -0.13 -0.26 -0.39
## bfi_c 0.12 0.04 0.07 0.11 0.24 0.21
## bfi_n 0.14 0.10 0.05 0.11 0.09 0.17
## bfi_o 0.14 0.01 0.14 0.04 0.33 0.04
## iipsc_pa -0.01 0.06 0.07 0.31 0.00 0.19
## iipsc_bc 0.13 0.13 0.10 0.52 0.13 0.47
## iipsc_de 0.08 -0.03 -0.02 0.31 0.20 0.39
## iipsc_fg 0.11 -0.04 -0.02 0.16 0.04 0.04
## iipsc_hi 0.11 -0.03 -0.11 -0.07 0.18 0.15
## iipsc_jk 0.22 0.13 0.04 0.06 0.20 0.19
## iipsc_lm 0.38 0.28 0.27 0.27 0.27 0.23
## iipsc_no 0.12 0.15 0.20 0.10 0.14 0.07
## stif_fix 0.00 -0.08 -0.07 0.06 0.00 0.08
## stif_inc -0.02 0.03 0.06 -0.05 0.13 -0.12
## stif_diff -0.01 0.06 0.07 -0.06 0.07 -0.11
## vdi_exp 0.53 0.35 0.27 0.28 0.45 0.37
## vdi_sub 0.23 0.21 0.08 0.13 -0.03 0.07
## vdi_lov 0.38 0.37 0.39 0.09 0.35 0.14
## tsca_shame 0.30 0.30 0.27 0.22 0.04 0.24
## tsca_guilt 0.36 0.36 0.39 0.09 0.33 0.02
## csiv_pa 0.55 0.52 0.54 0.79 0.44 0.34
## csiv_bc 0.07 0.13 0.13 0.61 0.03 0.28
## csiv_de 0.09 -0.02 -0.06 0.55 -0.04 0.32
## csiv_fg 0.50 0.33 0.33 0.80 0.10 0.24
## csiv_hi 0.71 0.53 0.47 0.79 0.19 0.28
## csiv_jk 1.00 0.77 0.77 0.77 0.33 0.21
## csiv_lm 0.77 1.00 0.82 0.70 0.23 0.16
## csiv_no 0.77 0.82 1.00 0.68 0.30 0.13
## csiv_mean 0.77 0.70 0.68 1.00 0.27 0.35
## pni_grandi 0.33 0.23 0.30 0.27 1.00 0.45
## pni_vulner 0.21 0.16 0.13 0.35 0.45 1.00#visusal correlation matrix
corrplot(cor(AMIB_daily, use="complete.obs"),
order = "original",
tl.col='black', tl.cex=.75) 
corrplot(cor(AMIB_daily, use="complete.obs"),
order = "hclust",
tl.col='black', tl.cex=.75) 
It seems like there is some colinearity i.e. some variables are correlated either negatively or positively outside the diagonal in the correlation matrix above.
Standardize the data:
AMIBdaily_standard <- data.frame(scale(AMIB_daily, center=TRUE, scale=TRUE))
#descriptives
describe(AMIBdaily_standard)## vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis
## wofo_w 1 190 0 1 -0.15 0.04 1.10 -3.48 1.71 5.19 -0.37 0.10
## wofo_m 2 190 0 1 0.05 0.01 1.15 -3.05 2.89 5.95 -0.10 0.14
## wofo_wm 3 190 0 1 0.00 0.00 0.94 -3.18 2.66 5.84 -0.04 -0.05
## wofo_wmtot 4 190 0 1 -0.04 -0.01 0.80 -3.28 2.84 6.12 0.03 0.09
## socdes 5 184 0 1 -0.09 -0.04 1.13 -1.61 2.58 4.19 0.37 -0.56
## tpfs_aut 6 190 0 1 0.10 0.05 1.04 -2.95 2.44 5.38 -0.39 -0.18
## tpfs_hub 7 190 0 1 -0.32 -0.18 0.75 -0.82 4.72 5.54 1.72 3.57
## pni_cse 8 189 0 1 -0.03 -0.01 1.09 -2.07 2.50 4.57 0.11 -0.69
## pni_exp 9 188 0 1 -0.07 0.00 1.23 -2.36 2.64 4.99 0.02 -0.58
## pni_ssse 10 190 0 1 0.08 0.03 0.91 -3.00 2.13 5.13 -0.33 0.06
## pni_hds 11 190 0 1 -0.05 0.03 1.17 -2.74 2.16 4.90 -0.18 -0.47
## pni_grnf 12 189 0 1 0.08 0.06 0.90 -3.11 1.76 4.87 -0.58 0.32
## pni_dev 13 184 0 1 -0.18 -0.09 0.92 -1.55 3.31 4.86 0.74 0.05
## pni_enrg 14 190 0 1 0.06 0.01 1.13 -2.22 2.73 4.95 -0.08 -0.46
## pni_total 15 190 0 1 -0.08 0.00 0.93 -2.78 2.61 5.39 -0.09 0.12
## agg_hos 16 190 0 1 0.05 -0.01 1.19 -2.04 2.30 4.34 0.07 -0.72
## agg_ang 17 190 0 1 -0.19 -0.07 0.98 -1.51 2.80 4.31 0.54 -0.42
## erq_reap 18 190 0 1 0.14 0.05 0.91 -3.53 1.98 5.50 -0.56 0.62
## erq_supp 19 190 0 1 0.07 -0.01 1.04 -2.03 2.37 4.41 0.01 -0.73
## ecr_avo 20 190 0 1 -0.08 -0.04 1.07 -1.51 2.56 4.07 0.29 -0.73
## ecr_anx 21 190 0 1 0.01 0.00 1.06 -2.03 2.43 4.47 0.02 -0.61
## bfi_e 22 190 0 1 0.12 0.02 0.74 -2.38 1.62 4.00 -0.21 -0.58
## bfi_a 23 190 0 1 -0.12 0.09 0.84 -2.95 1.58 4.53 -0.72 0.14
## bfi_c 24 190 0 1 0.29 0.02 0.87 -2.66 1.47 4.12 -0.12 -0.90
## bfi_n 25 190 0 1 0.02 0.02 1.55 -2.07 2.11 4.18 -0.09 -0.82
## bfi_o 26 190 0 1 -0.10 0.05 0.77 -2.70 1.46 4.16 -0.34 -0.48
## iipsc_pa 27 159 0 1 -0.22 -0.13 1.26 -1.07 3.18 4.25 0.99 0.39
## iipsc_bc 28 141 0 1 -0.09 -0.15 0.65 -0.96 4.70 5.66 1.61 3.67
## iipsc_de 29 146 0 1 -0.19 -0.13 0.87 -1.08 3.05 4.13 0.95 0.35
## iipsc_fg 30 148 0 1 -0.17 -0.13 0.90 -1.09 3.49 4.57 1.12 0.82
## iipsc_hi 31 177 0 1 -0.17 -0.05 0.94 -1.75 2.66 4.41 0.43 -0.29
## iipsc_jk 32 178 0 1 -0.09 -0.02 0.89 -1.59 2.90 4.49 0.25 -0.59
## iipsc_lm 33 183 0 1 0.04 -0.03 0.88 -1.73 2.70 4.43 0.28 -0.44
## iipsc_no 34 165 0 1 -0.28 -0.10 0.93 -1.22 2.84 4.06 0.73 -0.39
## stif_fix 35 190 0 1 0.25 0.03 0.92 -2.25 2.11 4.36 -0.24 -0.70
## stif_inc 36 190 0 1 0.10 0.01 0.97 -2.18 2.39 4.58 0.00 -0.49
## stif_diff 37 182 0 1 0.08 -0.02 0.98 -2.06 2.39 4.45 0.15 -0.65
## vdi_exp 38 186 0 1 0.06 0.06 1.06 -3.14 1.84 4.98 -0.56 0.06
## vdi_sub 39 185 0 1 -0.10 -0.02 1.22 -1.88 2.63 4.51 0.21 -0.72
## vdi_lov 40 187 0 1 0.14 0.05 0.92 -4.51 2.00 6.51 -0.73 1.34
## tsca_shame 41 190 0 1 -0.01 0.00 0.98 -3.12 2.32 5.44 -0.04 -0.11
## tsca_guilt 42 190 0 1 0.04 0.07 0.90 -3.67 1.72 5.39 -0.69 0.74
## csiv_pa 43 190 0 1 0.14 0.04 0.89 -2.66 2.75 5.41 -0.25 -0.18
## csiv_bc 44 187 0 1 -0.12 -0.05 1.12 -1.63 3.28 4.91 0.45 -0.19
## csiv_de 45 184 0 1 -0.10 -0.11 1.10 -1.40 3.05 4.45 0.92 0.46
## csiv_fg 46 190 0 1 -0.06 -0.02 1.02 -2.13 2.18 4.31 0.09 -0.60
## csiv_hi 47 189 0 1 -0.09 0.00 1.06 -2.23 2.71 4.94 0.03 -0.65
## csiv_jk 48 190 0 1 0.04 0.03 1.12 -3.08 2.01 5.09 -0.33 -0.27
## csiv_lm 49 190 0 1 0.18 0.03 1.00 -2.99 2.19 5.18 -0.24 -0.48
## csiv_no 50 190 0 1 0.07 0.05 0.88 -2.49 2.24 4.73 -0.37 -0.47
## csiv_mean 51 190 0 1 0.11 0.01 0.97 -2.79 2.97 5.76 -0.09 -0.13
## pni_grandi 52 190 0 1 0.08 0.04 0.99 -3.38 1.90 5.28 -0.50 0.36
## pni_vulner 53 190 0 1 -0.02 0.00 1.00 -2.75 3.19 5.93 0.04 -0.06
## se
## wofo_w 0.07
## wofo_m 0.07
## wofo_wm 0.07
## wofo_wmtot 0.07
## socdes 0.07
## tpfs_aut 0.07
## tpfs_hub 0.07
## pni_cse 0.07
## pni_exp 0.07
## pni_ssse 0.07
## pni_hds 0.07
## pni_grnf 0.07
## pni_dev 0.07
## pni_enrg 0.07
## pni_total 0.07
## agg_hos 0.07
## agg_ang 0.07
## erq_reap 0.07
## erq_supp 0.07
## ecr_avo 0.07
## ecr_anx 0.07
## bfi_e 0.07
## bfi_a 0.07
## bfi_c 0.07
## bfi_n 0.07
## bfi_o 0.07
## iipsc_pa 0.08
## iipsc_bc 0.08
## iipsc_de 0.08
## iipsc_fg 0.08
## iipsc_hi 0.08
## iipsc_jk 0.07
## iipsc_lm 0.07
## iipsc_no 0.08
## stif_fix 0.07
## stif_inc 0.07
## stif_diff 0.07
## vdi_exp 0.07
## vdi_sub 0.07
## vdi_lov 0.07
## tsca_shame 0.07
## tsca_guilt 0.07
## csiv_pa 0.07
## csiv_bc 0.07
## csiv_de 0.07
## csiv_fg 0.07
## csiv_hi 0.07
## csiv_jk 0.07
## csiv_lm 0.07
## csiv_no 0.07
## csiv_mean 0.07
## pni_grandi 0.07
## pni_vulner 0.07Exoloratory factor analysis using Factanal():
No rotation:
# This doesn't work because there are many variables that are correlated
AMIBresult1= factanal(~ ., data=AMIBdaily_standard,
factors = 10,
rotation = "none",
na.action = na.exclude) #note the formula specification allows NA The code above doesn’t work because of the colinearity. Now we need to remove some of the colinear variables.
Plot loadings of the first 2 factors against one another:
load = AMIBresult1$loadings[,1:2] #first 2 columns of lambda
plot(load, type="n") # set up plot
text(load,labels=names(AMIBdaily_standard),cex=.7) # add variable names
abline(h = 0, v = 0) #add lines
EFA with Orthogonal rotation:
EFAresult2 = factanal(~ ., data=AMIBdaily_standard,
factors = 10,
rotation = "varimax",
na.action = na.exclude)
EFAresult2##
## Call:
## factanal(x = ~., factors = 10, data = AMIBdaily_standard, na.action = na.exclude, rotation = "varimax")
##
## Uniquenesses:
## wofo_m socdes tpfs_aut tpfs_hub pni_exp pni_hds pni_grnf
## 0.547 0.642 0.284 0.709 0.621 0.454 0.543
## pni_dev pni_enrg agg_ang erq_reap erq_supp ecr_avo ecr_anx
## 0.540 0.005 0.429 0.662 0.349 0.531 0.668
## bfi_a bfi_c bfi_n bfi_o iipsc_pa iipsc_fg iipsc_hi
## 0.339 0.503 0.658 0.805 0.331 0.428 0.417
## iipsc_lm iipsc_no stif_diff vdi_lov tsca_shame tsca_guilt csiv_fg
## 0.464 0.005 0.712 0.217 0.498 0.005 0.402
## csiv_lm
## 0.489
##
## Loadings:
## Factor1 Factor2 Factor3 Factor4 Factor5 Factor6 Factor7 Factor8
## wofo_m 0.110 -0.144 0.351 0.463
## socdes -0.278 -0.225 -0.196 0.368 -0.130
## tpfs_aut -0.443 -0.335 -0.140 0.135 0.102 0.578
## tpfs_hub 0.151 0.165 0.186 -0.239 -0.123 0.315 0.176
## pni_exp -0.104 0.196 -0.200 0.161
## pni_hds 0.105 0.141 0.646 0.239 -0.156
## pni_grnf 0.118 0.152 0.111 0.398 0.252 0.309 0.194
## pni_dev 0.155 0.309 0.283 0.417 0.110 0.114 0.111
## pni_enrg 0.276 0.108 0.932 0.134
## agg_ang 0.647 0.324 -0.105
## erq_reap -0.238 -0.184 0.443 0.108
## erq_supp 0.207 0.640 -0.299 0.201
## ecr_avo 0.622 -0.152 0.131 -0.128
## ecr_anx 0.265 0.114 0.201 0.265 0.159 0.255 -0.148
## bfi_a -0.201 -0.383 -0.277 -0.101 0.101 0.316 -0.201
## bfi_c 0.168 0.153 0.642
## bfi_n 0.160 0.350 0.185 0.180
## bfi_o
## iipsc_pa 0.709 0.304
## iipsc_fg 0.648 0.133 -0.265 -0.235
## iipsc_hi 0.639 -0.131 0.242 0.100 -0.153 0.223
## iipsc_lm 0.620 0.151 0.202 0.151 0.151
## iipsc_no 0.194 0.165 0.101 0.100 0.934 -0.112
## stif_diff -0.275 -0.125 0.288 -0.114
## vdi_lov -0.254 0.773 0.251 0.104
## tsca_shame 0.292 0.121 0.449 0.199
## tsca_guilt 0.216 -0.137 -0.124 0.270 0.348 0.170
## csiv_fg 0.308 0.505 0.284 0.171 0.162 0.141 0.193
## csiv_lm 0.157 0.199 0.155 0.262 0.575
## Factor9 Factor10
## wofo_m 0.266
## socdes -0.189
## tpfs_aut 0.142
## tpfs_hub
## pni_exp 0.496
## pni_hds 0.111
## pni_grnf 0.226
## pni_dev -0.209
## pni_enrg
## agg_ang 0.137
## erq_reap 0.165
## erq_supp -0.246
## ecr_avo
## ecr_anx 0.130
## bfi_a -0.479
## bfi_c
## bfi_n 0.331
## bfi_o 0.418
## iipsc_pa 0.193
## iipsc_fg
## iipsc_hi
## iipsc_lm 0.178
## iipsc_no 0.106
## stif_diff 0.267
## vdi_lov 0.190
## tsca_shame -0.226 0.308
## tsca_guilt 0.827
## csiv_fg -0.153 -0.173
## csiv_lm
##
## Factor1 Factor2 Factor3 Factor4 Factor5 Factor6 Factor7 Factor8
## SS loadings 2.092 1.984 1.904 1.776 1.476 1.408 1.401 1.399
## Proportion Var 0.072 0.068 0.066 0.061 0.051 0.049 0.048 0.048
## Cumulative Var 0.072 0.141 0.206 0.267 0.318 0.367 0.415 0.463
## Factor9 Factor10
## SS loadings 1.177 1.124
## Proportion Var 0.041 0.039
## Cumulative Var 0.504 0.543
##
## Test of the hypothesis that 10 factors are sufficient.
## The chi square statistic is 149.34 on 161 degrees of freedom.
## The p-value is 0.735Getting the factor loadings after rotation, Lambdas:
lambda1 = AMIBresult1$loadings[1:29, 1:10]
lambda2 = EFAresult2$loadings [1:29, 1:10]
lambda1## Factor1 Factor2 Factor3 Factor4 Factor5
## wofo_m -0.04635167 0.002812316 0.230033443 0.464275122 0.12383213
## socdes -0.29422356 -0.221460725 0.250479136 -0.142842079 -0.01601806
## tpfs_aut -0.01444345 -0.574192970 0.003538778 0.554752159 0.03287384
## tpfs_hub 0.34362778 0.132937841 -0.149225748 0.272709452 -0.05438032
## pni_exp 0.18560878 0.100063321 -0.065199364 0.468368976 -0.06220088
## pni_hds 0.13298940 0.459485783 -0.152020733 0.143705362 0.36035576
## pni_grnf 0.35676729 -0.065455669 0.067164045 0.034729123 0.38618794
## pni_dev 0.45423549 0.208100257 -0.295177345 -0.035561486 0.16157050
## pni_enrg 0.78528038 -0.010405830 -0.346981885 -0.001574183 0.50764000
## agg_ang 0.37569567 0.102577251 -0.173370978 0.029503071 0.25083335
## erq_reap -0.04046880 -0.385638855 0.274343997 0.100445770 0.09202602
## erq_supp -0.03682828 0.585996945 -0.109237637 0.186178056 0.08030456
## ecr_avo 0.15015096 0.436590888 -0.083643738 0.176899671 0.01596001
## ecr_anx 0.43087756 0.232459664 0.109950195 -0.239689756 0.06342487
## bfi_a -0.30374379 -0.414169835 0.127405252 -0.388888953 -0.09322435
## bfi_c 0.01572176 -0.127101066 0.040987590 0.208531240 0.35511643
## bfi_n 0.27074710 0.128925306 0.182731617 -0.203276158 0.23776995
## bfi_o 0.05903916 -0.090066104 0.029622026 0.135535577 0.05626687
## iipsc_pa 0.45577278 0.270437473 -0.123546308 0.172877462 -0.21246188
## iipsc_fg 0.08876853 0.561858303 0.081427641 -0.221471837 -0.08537003
## iipsc_hi 0.37549650 0.352215123 0.133818114 -0.346936580 0.03947037
## iipsc_lm 0.24970816 0.330586372 0.357501220 -0.190072115 0.15854098
## iipsc_no 0.78490077 -0.004770899 0.323497441 0.002544783 -0.52366400
## stif_diff -0.04247080 -0.184319818 0.182233131 0.186712178 -0.05235983
## vdi_lov 0.08750940 -0.503663338 0.422812451 -0.302477584 0.18337782
## tsca_shame 0.30782768 0.046861760 0.407074838 -0.367042003 0.12982575
## tsca_guilt 0.02008999 0.007263286 0.926060897 0.007135107 0.36989788
## csiv_fg 0.38639220 0.379241269 -0.131219759 0.033950515 0.05093731
## csiv_lm 0.28004649 -0.106074171 0.292433942 -0.196670331 0.14047399
## Factor6 Factor7 Factor8 Factor9 Factor10
## wofo_m 0.150716194 0.300939278 -0.1085114609 0.0340547839 0.2016611132
## socdes -0.138949844 0.191697991 -0.1417879809 0.2106476282 0.1375990023
## tpfs_aut -0.062560896 0.169795179 -0.1920282497 -0.0264263994 -0.0854786747
## tpfs_hub -0.131950484 0.070371438 0.0019615645 0.0198915138 -0.1821240548
## pni_exp 0.096217258 -0.151118023 0.0881243648 -0.0485414752 0.2538935755
## pni_hds 0.090891172 0.136422305 0.3259301687 -0.0139454245 0.1031856273
## pni_grnf 0.244501450 0.208927402 0.0421199664 -0.0131136455 0.2551095755
## pni_dev 0.160447232 0.236431654 0.0912974733 -0.0706243459 -0.0338122377
## pni_enrg -0.009745092 -0.005230135 -0.0013664050 0.0021883869 0.0009178091
## agg_ang 0.502636136 -0.171175472 -0.0245755716 0.1729246832 -0.1127264574
## erq_reap 0.009076197 0.095913278 0.0051832414 0.2815739838 0.0735145654
## erq_supp -0.256472514 0.378922955 0.1589439455 0.1228608580 -0.0550397984
## ecr_avo -0.019331944 -0.067999900 0.4600273586 -0.0085296423 -0.0255448711
## ecr_anx -0.010512412 0.033435402 0.1273996859 0.0025286966 -0.0396273700
## bfi_a -0.279741769 0.123302267 0.0667148194 0.3494394837 -0.0317032187
## bfi_c -0.076277105 0.438567628 -0.0479287718 -0.2914564665 -0.1541711767
## bfi_n 0.234187770 -0.098654751 -0.0422291316 0.0642664719 -0.2237964717
## bfi_o 0.182486982 -0.202766676 -0.0420363061 -0.1843441536 0.2264355615
## iipsc_pa 0.485902438 -0.139208068 -0.1127188979 0.0921434265 -0.1438515407
## iipsc_fg -0.031788178 -0.104134112 -0.3789402903 0.0632738961 0.1611000002
## iipsc_hi -0.232131354 0.111931909 -0.1447687651 -0.2833705410 0.1009641912
## iipsc_lm 0.156740759 0.247753548 -0.2405673063 -0.1335547377 0.1170823409
## iipsc_no -0.004758546 0.001262449 0.0022108172 -0.0001200494 0.0005093413
## stif_diff 0.063299571 -0.108483872 0.2804333280 0.1475978481 0.2550957611
## vdi_lov 0.354087631 0.175008362 0.1589891604 -0.1887182550 0.0285302503
## tsca_shame 0.096089977 0.185591124 0.0576031657 -0.0882742859 -0.1807209048
## tsca_guilt -0.004641520 -0.007068384 -0.0004149155 0.0019870293 -0.0024286467
## csiv_fg 0.269807976 0.401270220 -0.1126437147 0.1741610480 -0.0830821977
## csiv_lm 0.258938740 0.271658904 -0.0270756296 0.3321455060 0.1609282461lambda2## Factor1 Factor2 Factor3 Factor4 Factor5
## wofo_m 0.0201898608 0.05729075 0.1100844257 -0.14426235 -0.0696977978
## socdes 0.0353294295 -0.27839539 -0.2245656482 -0.19561057 0.0184465798
## tpfs_aut -0.4428540364 -0.06895964 -0.3350499165 0.02175997 -0.1401962275
## tpfs_hub -0.0401836538 0.15105864 0.1654129306 0.18633595 -0.2392673549
## pni_exp -0.1038609746 0.09603055 0.1956190716 0.02738593 -0.1996792966
## pni_hds 0.1045158795 0.14116477 0.6458332148 0.23911531 -0.0008738458
## pni_grnf 0.1183644612 0.15187951 0.1106996598 0.39790237 0.2515360381
## pni_dev 0.1550629510 0.30855537 0.2830991610 0.41741662 0.1100034441
## pni_enrg 0.0661885680 0.27614862 0.1084040397 0.93212306 -0.0150644862
## agg_ang -0.0362494705 0.64737710 0.0560136309 0.32420598 0.0528899721
## erq_reap -0.2380225832 -0.08990117 -0.1840423974 -0.01340391 0.0579691860
## erq_supp 0.2067937242 -0.03411072 0.6401613365 -0.03247083 -0.2989342850
## ecr_avo -0.0507327722 0.07989447 0.6217138064 0.04667379 -0.0587779365
## ecr_anx 0.2645443069 0.11395836 0.2011515732 0.26466555 0.1590556413
## bfi_a -0.2014639069 -0.38349387 -0.2773511476 -0.10100386 0.1007680168
## bfi_c 0.0006647456 -0.09333218 0.0676721992 0.16848276 0.1526358337
## bfi_n 0.1603956399 0.35025823 0.0006135329 0.18512753 0.1800895193
## bfi_o -0.0096961145 0.03623013 -0.0988337485 0.04083449 0.0698517949
## iipsc_pa 0.0817041769 0.70869353 0.0632833645 0.02886465 -0.0795311643
## iipsc_fg 0.6480245312 0.13342092 0.0257698551 -0.07770061 -0.2652932436
## iipsc_hi 0.6386001677 -0.13053435 0.0842150036 0.24166555 0.1004922098
## iipsc_lm 0.6201452206 0.15075672 0.0667820120 0.04197620 0.2016910455
## iipsc_no 0.1944377063 0.16520316 -0.0847148049 0.07455423 0.1005879730
## stif_diff -0.2746798689 -0.12504424 0.0860236726 -0.09565689 0.0640353864
## vdi_lov -0.0724706609 -0.02112089 -0.2537521089 0.06374081 0.7728124278
## tsca_shame 0.2919756271 0.09159523 0.0173454010 0.12094504 0.4486797773
## tsca_guilt 0.2155797281 -0.13668644 0.0068434221 -0.12399731 0.2701812035
## csiv_fg 0.3083714948 0.50460029 0.2836694346 0.17113688 -0.0367602057
## csiv_lm 0.1567715388 0.19910688 -0.0402486211 0.15509035 0.2621868983
## Factor6 Factor7 Factor8 Factor9 Factor10
## wofo_m 0.3507717609 -0.027376722 0.463249656 0.26610442 0.046465879
## socdes 0.3678024990 -0.129654413 0.039995252 -0.18910020 0.035276015
## tpfs_aut 0.1347461903 0.102435253 0.577708482 0.14240572 -0.020865620
## tpfs_hub -0.1230500475 0.315474025 0.175540813 -0.03361039 -0.030100327
## pni_exp 0.0236900474 0.161465839 0.059478518 0.49579915 -0.061210399
## pni_hds -0.0039054063 -0.155697957 0.068559400 0.11073751 0.005182196
## pni_grnf 0.3091364162 -0.030879179 0.193561935 0.22591564 0.030538440
## pni_dev -0.0672193012 0.114223339 0.110911647 -0.02896205 -0.209297356
## pni_enrg -0.0331349070 0.134091172 0.087936061 0.08101144 0.012487277
## agg_ang 0.0373265255 -0.057079632 -0.104994261 0.13738823 0.068313299
## erq_reap 0.4434151847 0.015508330 0.107960732 -0.01675026 0.165022510
## erq_supp 0.0094344246 -0.003950649 0.200934873 -0.24612062 -0.073049421
## ecr_avo -0.1520065386 0.131079487 -0.128385949 0.09496739 0.046278716
## ecr_anx -0.0000773367 0.255445344 -0.148400984 -0.09667016 0.129972067
## bfi_a 0.3164497517 -0.077633621 -0.200644516 -0.47913459 -0.006838406
## bfi_c -0.0462192792 -0.088909202 0.642366157 -0.07495260 0.059825574
## bfi_n 0.0006054627 0.010624742 -0.090320020 -0.09542083 0.330543240
## bfi_o -0.0223794189 -0.042581202 -0.003544324 0.41835366 0.019537857
## iipsc_pa -0.0735307216 0.303730988 -0.089407449 0.19273234 -0.075106039
## iipsc_fg -0.0149175634 -0.003998142 -0.234857124 0.00440464 0.041293182
## iipsc_hi -0.1532919745 0.223026024 -0.032859538 -0.06491320 0.061421964
## iipsc_lm 0.1512455050 0.057644440 0.151483485 0.03004130 0.178387037
## iipsc_no 0.1000070813 0.933514944 -0.112455132 0.10611812 0.041142154
## stif_diff 0.2878058642 0.068652481 -0.113890875 0.26683169 0.066447595
## vdi_lov 0.2508231854 -0.001925435 0.104424245 0.03981659 0.190108646
## tsca_shame 0.0754456015 0.198813953 0.022004551 -0.22575308 0.308442890
## tsca_guilt 0.3475263838 0.027836241 0.170033441 0.08785969 0.826585772
## csiv_fg 0.1622149379 0.141237297 0.192949981 -0.15306188 -0.173450236
## csiv_lm 0.5748760227 0.088153274 -0.006481116 -0.08342212 0.086697740Visualizing the first two factor loadings after rotation:
load2 = EFAresult2$loadings[,1:2] #first 2 columns of lambda
plot(load2, type="n") # set up plot
text(load,labels=names(AMIBdaily_standard),cex=.7) # add variable names
abline(h = 0, v = 0) #add lines