Reto - Evidencia 1

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Evidencia 1 | Análisis inicial

Análisis de biología computacional (Gpo 854)

Paulina Mariel Garcia Alanis A01285941

Anna Sofia Ramírez Castro A00574296

Zacbe Ortega Obregon A00574358

Sofia Fernandez Vazquez A01722980

Primero hacemos una funcion que calcula la longitud

# Instalar y cargar el paquete seqinr

library(seqinr)

# Función para calcular el tamaño de las secuencias de ADN en un archivo FASTA
longitud <- function(archivo) {
  # Leer el archivo FASTA
  secuencias <- read.fasta(file = archivo)
  # Calcular la longitud de cada secuencia
  longitudes <- sapply(secuencias, length)
  return(longitudes)
}

Hacemos una funcion que calcula el contenido GC

# Función para contar las bases de G y C en un archivo FASTA
conteo_gc <- function(archivo) {
  # Leer el archivo FASTA
  secuencias <- read.fasta(file = archivo)
  # Convertir todas las secuencias a mayúsculas para asegurar la coincidencia
  secuencias <- lapply(secuencias, toupper)
  # Calcular la longitud de cada secuencia
  longitudes <- sapply(secuencias, length)
  # Contar el número de bases de G y C en cada secuencia y calcular su porcentaje
  gc_content <- sapply(secuencias, function(seq) {
    G_count <- sum(seq == "G")
    C_count <- sum(seq == "C")
    total_bases <- G_count + C_count
    G_percentage <- (G_count / total_bases) * 100
    C_percentage <- (C_count / total_bases) * 100
    return(c(G = G_percentage, C = C_percentage))
  })
  return(gc_content)
}

Funcion para convertir en complementaria

# Función para obtener la secuencia complementaria de ADN
complementaria <- function(secuencia) {
  # Definir el complemento de bases nitrogenadas
  complemento <- c("A" = "T", "T" = "A", "C" = "G", "G" = "C", "N" = "N")
  # Convertir la secuencia a mayúsculas
  secuencia <- toupper(secuencia)
  # Obtener la secuencia complementaria
  complemento_seq <- sapply(strsplit(secuencia, ""), function(nucleotido) complemento[nucleotido])
  # Combinar los nucleótidos en la secuencia complementaria
  complementaria <- paste(complemento_seq, collapse = "")
  return(complementaria)
}

Lista de archivos fasta que se mandan a llamar de la computadora (nota: importante poner todo en el desktop para que funcione)

# Lista de archivos FASTA
secuencias <- c("Variante1.fasta", "Variante2.fasta","Variante3.fasta", "Variante4.fasta", "Variante5.fasta")

Hacemos un for que correra todas las funciones para cada secuencia

# Almacena longitudes y conteo de GC
longitudes_list <- list()
gc_content_list <- list()

# Procesar cada archivo en la lista de secuencias

for (secuencia in secuencias) {
  cat("Longitudes de las secuencias en", secuencia, ":\n")
  longitudes <- longitud(secuencia)
  print(longitudes)
  longitudes_list[[secuencia]] <- longitudes
  
  cat("Conteo de G y C en", secuencia, ":\n")
  gc_content <- conteo_gc(secuencia)
  print(gc_content)
  gc_content_list[[secuencia]] <- gc_content
  
  cat("Complementaria de", secuencia, ":\n")
  secuencia_complementaria <- complementaria(read.fasta(file = secuencia)[[1]])
  cat(secuencia_complementaria, "\n\n")
}

Longitudes de las secuencias en Variante1.fasta :
PP031027.1 
     29412 
Conteo de G y C en Variante1.fasta :
  PP031027.1
G   51.76736
C   48.23264
Complementaria de Variante1.fasta :
GACGTACGAATCACGTGAGTGCGTCATATTAATTATTGATTAATGACAGCAACTGTCCTGTGCTCATTGAGCAGATAGAAGACGTCCGACGAATGCCAAAGCAGGCACAACGTCGGCTAGTAGTCGTGTAGATCCAAAACAGGCCCACACTGGCTTTCCATTCTACCTCTCGGAACAGGGACCAAAGTTGCTCTTTTGTGTGCAGGTTGAGTCAAACGGACAAAATGTCCAAGCGCTGCACGAGCATGCACCGAAACCTCTGAGGCACCTCCTCCAGAATAGTCTCCGTGCAGTTGTAGAATTTCTACCGTGAACACCGAATCATCTTCAACTTTTTCCGCAAAACGGAGTTGAACTTGTCGGGATACACAAGTAGTTTGCAAGCCTACGAGCTTGACGTGGAGTACCAGTACAATACCAACTCGACCATCGTCTTGAGCTTCCGTAAGTCATGCCAGCATCACCACTCTGTGAACCACAGGAACAGGGAGTACACCCGCTTTATGGTCACCGAATGGCGTTCCAAGAAGAAGCATTCTTGCCATTATTTCCTCGACCACCAGTATCCATGCCGCGGCTAGATTTCAGTAAACTGAATCCGCTGCTCGAACCGTGACTAGGAATACTTCTAAAAGTTCTTTTGACCTTGTGATTTGTATCGTCACCACAATGGGCACTTGAGTACGCACTCGAATTGCCTCCCCGTATGTGAGCGATACAGCTATTGTTGAAGACACCGGGACTACCGATGGGAGAACTCACGTAATTTCTGGAAGATCGTGCACGACCATTTCTAAGTACGTGAAACAGGCTTGTTGACCTGAAATAACTGTGATTCTCCCCACATATGACGACGGCACTTGTACTCGTACTTTAACGAACCATGTGCCTTGCAAGACTTTTCTCGATACTTAACGTCTGTGGAAAACTTTAATTTAACCGTTTCTTTAAACTGTGGAAGTTACCCCTTACAGGTTTAAAACATAAAGGGAATTTAAGGTATTAGTTCTGATAAGTTGGTTCCCAACTTTTCTTTTTCGAACTACCGAAATACCCATCTTAAGCTAGACAGATAGGTCAACGCAGTGGTTTACTTACGTTGGTTTACACGGAAAGTTGAGAGTACTTCACACTAGTAACACCACTTTGAAGTACCGTCTGCCCGCTAAAACAATTTCGGTGAACGCTTAAAACACCGTGACTCTTAAACTGATTTCTTCCACGGTGATGAACACCAATGAATGGGGTTTTACGACAACAATTTTAAATAACAGGTCGTACAGTGTTAAGTCTTCATCCTGGACTCGTATCAGAACGGCTTATGGTATTACTTAGACCGAACTTTTGGTAAGAAGCATTCCCACCAGCGTGATAACGGAAACCTCCGACACACAAGAGAATACAACCAACGGTATTGTTCACACGGATAACCCAAGGTGCACGATCGCGATTGTATCCAACATTGGTATGTCCACAACAACCTCTTCCAAGGCTTCCAGAATTACTGTTGGAAGAACTTTATGAGGTTTTTCTCTTTCAGTTGTAGTTATAACAACCACTGAAATTTGAATTACTTCTCTAGCGGTAATAAAACCGTAGAAAAAGACGAAGGTGTTCACGAAAACACCTTTGACACTTTCCAAACCTAATATTTCGTAAGTTTGTTTAACAACTTAGGACACCATTAAAATTTCAATGTTTTCCTTTTCGATTTTTTCCACGGACCTTATAACCACTTGTCTTTAGTTATGACTCAGGAGAAATACGTAAACGTAGTCTCCGACGAGCACAACATGCTAGTTAAAAGAGGGCGTGAGAACTTTGACGAGTTTTAAGACACGCACAAAATGTCTTCCGGCGATATTGTTATGATCTACCTTAAAGTGTCATAAGTGACTCTGAGTAACTACGATACTACAAGTGTAGACTAAACCGATGATTGTTAGATCAACATTACCGGATGTAATGTCCACCACAACAAGTCAACTGAAGCGTCACCGATTGATTGTAGAAACCGTGACAAATACTTTTTGAGTTTGGGCAGGAACTAACCGAACTTCTCTTCAAATTCCTTCCACATCTCAAAGAATCTCTGCCAACCCTTTAACAATTTAAATAGAGTTGGACACGAACACTTTAACAGCCACCTGTTTAACAGTGGACACGTTTCCTTTAATTCCTCTCACAAGTCTGTAAGAAATTCGAACATTTATTTAAAAACCGAAACACACGACTGAGATAGTAATAACCACCTCGATTTGAATTTCGGAACTTAAATCCACTTTGTAAACAGTGCGTGAGTTTCCCTAACATGTCTTTCACACAATTTAGGTCTCTTCTTTGACCGGATGAGTACGGAGATTTTCGGGGTTTTCTTTAATAGAAGAATCTCCCTCTTTGTGAAGGGTGTCTTCACAATTGTCTCCTTCAACAGAACTTTTGACCACTAAATGTTGGTAATCTTGTTGGATGATCACTTCGACAACTTCGAGGTAACCAACCATGTGGTCAAACATAATTGCCCGAATACAACGAGCTTTAGTTTCTGTGTCTTTTCATGACACGGGAACGTGGATTATACTACCATTGTTTGTTATGGAAGTGTGAGTTTCCGCCACGTGGTTGTTTCCAATGAAAACCACTACTGTGACACTATCTTCACGTTCCAATGTTCTCACACTTATAGTAAAAACTTGAACTACTTTCCTAACTATTTCATGAATTACTCTTCACGAGACGGATATGTCAACTTGAGCCATGTCTTCATTTACTCAAGCGGACACAACACCGTCTACGACAGTATTTTTGAAACGTTGGTCATAGACTTAATGAATGTGGTGACCCGTAACTAAATCTACTCACCTCATACCGATGTATGATGAATAAACTACTCAGACCACTCAAATTTAACCGAAGTGTATACATAACAAGAAAAATGGGAGGTCTACTCCTACTTCTTCTTCCACTAACACTTCTTCTTCTCAAACTCGGTAGTTGAGTTATACTCATACCATGACTTCTACTAATGGTTCCATTTGGAAACCTTAAACCACGGTGAAGACGACGAGAAGTTGGACTTCTTCTCGTTCTTCTTCTAACCAATCTACTACTATCAGTTGTTTGACAACCAGTTGTTCTGCCGTCACTCCTGTTAGTCTGTTGATGATAAGTTTGTTAACAACTCCAAGTTGGAGTTAATCTCTACCTTGAATGTGGTCAACAAGTCTGATAACTTCACTTATCAAAATCACCAATAAATTTTGAATGACTGTTACATATGTAATTTTTACGTCTGTAACACCTTCTTCGATTTTTCCATTTTGGTTGTAACCAACAATTACGTCGGTTACAAATGGAATTTGTACCTCCTCCACAACGTCCTCGGAATTTATTCCGATGATTGTTACGGTACGTTCAACTTAGACTACTAATGTATCGATGATTACCTGGTGAATTTCACCCGCCATCAACACAAAATTCGCCTGTGTTAGAACGATTTGTGACAGAAGTACAACAGCCGGGTTTACAATTGTTTCCACTTCTGTAAGTTGAAGAATTCTCACGAATACTTTTAAAATTAGTCGTGCTTCAAGATGAACGTGGTAATAATAGTCGACCATAAAAACCACGACTGGGATATGTAAGAAATTCTCAAACACATCTATGACAAGCGTGTTTACAGATGAATCGACAGAAACTATTTTTAGAGATACTGTTTGAACAAAGTTCGAAAAACCTTTACTTCTCACTTTTCGTTCAACTTGTTTTCTAGCGACTCTAAGGATTTCTCCTTCAATTCGGTAAATATTGACTTTCATTTGGAAGTCAACTTGTCTCTTTTGTTCTACTATTCTTTTAGTTTCGAACACAACTTCTTCAATGTTGTTGAGACCTTCTTTGATTCAAGGAGTGTCTTTTGAACAATGAAATATAACTGTAATTACCGTTAGAAGTAGGTCTAAGACGGTGAGAACAATCACTGTAACTGTAGTGAAAGAATTTCTTTCTACGAGGTATATATCACCCACTACAACAAGTTCTCCCACAAAATTGACGACACCAATATGGATGATTTTTCCGATCACCGTGATGACTTTACGATCGCTTTCGAAACTCTTTTCACGGTTGTCTGTTAATATATTGGTGAATGGGCCCAGTCCCAAATTTACCAATGTGACATCTCCTCCGTTTCTGTCACGAATTTTTCACATTTTCACGAAAAATGTAAGATGGTAGATAATAGAGATTACTCTTCGTTCTTTAAGAACCTTGACAAAGAACCTTAAACGCTCTTTACGAACGTGTACGTCTTCTTTGTGCGTTTAATTACGGACAGACACACCTTTGATTTCGGTATCAAAGTTGATATGTCGCATTTATATTCCCATAATTTTATGTTCTCCCACACCAACTAATACCACGATCTAAAATGAAAATGTGGTCATTTTGTTGACATCGCAGTGAATAGTTGTGTGAATTGCTAGATTTACTTTGAGAACAATGTTACGGTGAACCGATACATTGTGTACCGAATTTAAACCTTCTTCGACGAGCCATATACTCTAGAGAGTTTCACGGTCGATGTCAAAGACAAAGAAGTGGACTACGACAATGTCGCATATTACCAATAGAATGAAGAAGAAGATTTTGTGGACTTCTTGTAAAATAACTTTGGTAGAGTGAACGACCAAGGATATTTCTAACCAGGATAAGACCTGTTAGATGTGTTGATCCATATCTTAAAGAATTCTCTCCACTATTTTCACATATAATGTGATCATTAGGATGGTGTAAGGTGGATCTACCACTTCAATAGTGGAAACTGTTAGAATTCTGTGAAGAAAGAAACTCTCTTCACTCCTGATAATTCCACAAATGTTGTCATCTGTTGTAATTGGAGGTGTGCGTTCAACACCTGTACAGTTACTGTATACCTGTTGTCAAACCAGGTTGAATAAACCTACCTCGACTACAATGATTTTATTTTGGAGTATTAAGTG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

Longitudes de las secuencias en Variante2.fasta :
PP029738.1 
     29764 
Conteo de G y C en Variante2.fasta :
  PP029738.1
G   51.70213
C   48.29787
Complementaria de Variante2.fasta :
TTGAAAGCTAGAGAACATCTAGACAAGAGATTTGCTTGAAATTTTAGACACACCGACAGTGAGCCGACGTACGAATCACGTGAGTGCGTCATATTAATTATTGATTAATGACAGCAACTGTCCTGTGCTCATTGAGCAGATAGAAGACGTCCGACGAATGCCAAAGCAGGCACAACGTCGGCTAGTAGTCGTGTAGATCCAAAACAGGCCCACACTGGCTTTCCATTCTACCTCTCGGAACAGGGACCAAAGTTGCTCTTTTGTGTGCAGGTTGAGTCAAACGGACAAAATGTCCAAGCGCTGCACGAGCATGCACCGAAACCTCTGAGGCACCTCCTCCAGAATAGTCTCCGTGCAGTTGTAGAATCTCTACCGTGAACACCGAATCATCTTCAACTTTTTCCGCAAAACGGAGTTGAACTTGTCGGGATACACAAGTAGTTTGCAAGCCTACGAGCTTGACGTGGAGTACTAGTACAATACCAACTCGACCATCGTCTTGAGCTTCCGTAAGTCATGCCAGCATCACCACTCTGTGAACCACAGGAACAGGGAGTACACCCGCTTTATGGTCACCGAATGGCGTTCCAAGAAGAAGCATTCTTGCCATTATTTCCTCGACCACCGGTATCCATGCCGCGGCTAGATTTCAGTAAACTGAATCCGCTGCTCGAACCGTGACTAGGAATACTTCTAAAAGTTCTTTTGACCTTGTGATTTGTATCGTCACCACAATGGGCACTTGAGTACGCACTCGAATTGCCTCCCCGTATGTGAGCGATACAGCTATTGTTGAAGACACCGGGACTACCGATGGGAGAACTCACGTAATTTCTGGAAGATCGTGCACGACCATTTCGAAGTACGTGAAACAGGCTTGTTGACCTGAAATAACTGTGATTCTCCCCACATATGACGACGGCACTTGTACTCGTACTTTAACGAACCATGTGCCTTGCAAGACTTTTCTCGATACTTAACGTCTGTGGAAAACTTTAATTTAACCGTTTCTTTAAACTGTGGAAGTTACCCCTTACAGGTTTAAAACATAAAGGGAATTTAAGGTATTAGTTCTGATAAGTTGGTTCCCAACTTTTCTTTTTCGAACTACCGAAATACCCATCTTAAGCTAGACAGATAGGTCAACGCAGTGGTTTACTTACGTTGGTTTACACGGAAAGTTGAGAGTACTTCACACTAGTAACACCACTTTGAAGTACCGTCTGCCCGCTAAAACAATTTCGGTGAACGCTTAAAACACCGTGACTCTTAAACTGATTTCTTCCACGGTGATGAACACCAATGAATGGGGTTTTACGACAACAATTTTAAATAACAGGTCGTACAGTGTTAAGTCTTCATCCTGGACTCGTATCAGAACGGCTTATGGTATTACTTAGACCGAACTTTTGGTAAGAAGCATTCCCACCAGCGTGATAACGGAAACCTCCGACACACAAGAGAATACAACCAACGGTATTGTTCACACGGATAACCCAAGGTGCACGATCGCGATTGTATCCAACATTGGTATGTCCACAACAACCTCTTCCAAGGCTTCCAGAATTACTGTTGGAAGAACTTTATGAGGTTTTTCTCTTTCAGTTGTAGTTATAACAACCACTGAAATTTGAATTACTTCTCTAGCGGTAATAAAACCGTAGAAAAAGACGAAGGTGTTCACGAAAACACCTTTGACACTTTCCAAACCTAATATTTCGTAAGTTTGTTTAACAACTTAGGACACCATTAAAATTTCAATGTTTTCCTTTTCGATTTTTTCCACGGACCTTATAACCACTTGTCTTTAGTTATGACTCAGGAGAAATACGTAAACGTAGTCTCCGACGAGCACAACATGCTAGTTAAAAGAGGGCGTGAGAACTTTGACGAGTTTTAAGACACGCACAAAATGTCTTCCGGCGATATTGTTATGATCTACCTTAAAGTGTCATAAGTGACTCTGAGTAACTACGATACTACAAGTGTAGACTAAACCGATGATTGTTAGATCAACATTACCGGATGTAATGTCCACCACAACAAGTCAACTGAAGCGTCACCGATTGATTGTAGAAACCGTGACAAATACTTTTTGAGTTTGGGCAGGAACTAACCGAACTTCTCTTCAAATTCCTTCCACATCTCAAAGAATCTCTGCCAACCCTTTAACAATTTAAATAGAGTTGGACACGAACACTTTAACAGCCACCTGTTTAACAGTGGACACGTTTCCTTTAATTCCTCTCACAAGTCTGTAAGAAATTCGAACATTTATTTAAAAACCGAAACACACGACTGAGATAGTAATAACCACCTCGATTTGAATTTCGGAACTTAAATCCACTTTGTAAACAGTGCGTGAGTTTCCCTAACATGTCTTTCACACAATTTAGGTCTCTTCTTTGACCGGATGAGTACGGAGATTTTCGGGGTTTTCTTTAATAGAAGAATCTCCCTCTTTGTGAAGGGTGTCTTCACAATTGTCTCCTTCAACAGAACTTTTGACCACTAAATGTTGGTAATCTTGTTGGATGATCACTTCGACAACTTCGAGGTAACCAACCATGTGGTCAAACATAATTGCCCGAATACAACGAGCTTTAGTTTCTGTGTCTTTTCATGACACGGGAACGTGGATTATACTACCATTGTTTGTTATGGAAGTGTGAGTTTCCGCCACGTGGTTGTTTCCAATGAAAACCACTACTGTGACACTATCTTCACGTTCCAATGTTCTCACACTTATAGTAAAAACTTGAACTACTTTCCTAACTATTTCATGAATTACTCTTCACGAGACAGATATGTCAACTTGAGCCATGTCTTCATTTACTCAAGCGGACACAACACCGTCTACGACAGCATTTTTGAAACGTTGGTCATAGACTTAATGAATGTGGTGACCCGTAACTAAATCTACTCACCTCATACCGATGTATGATGAATAAACTACTCAGACCACTCAAATTTAACCGAAGTGTATACATAACAAGAAAAATGGGAGGTCTACTCCTACTTCTTCTTCCACTAACACTTCTTCTTCTCAAACTCGGTAGTTGAGTTATACTCATACCATGACTTCTACTAATGGTTCCATTTGGAAACCTTAAACCACGGTGAAGACGACGAGAAGTTGGACTTCTTCTCGTTCTTCTTCTAACCAATCTACTACTATCAGTTGTTTGACAACCAGTTGTTCTGCCGTCACTCCTGTTAGTCTGTTGATGATAAGTTTGTTAACAACTCCAAGTTGGAGTTAATCTCTACCTTGAATGTGGTCAACAAGTCTGATAACTTCACTTATCAAAATCACCAATAAATTTTGAATGACTGTTACATATGTAATTTTTACGTCTGTAACACCTTCTTCGATTTTTCCATTTTGGTTGTCACCAACAATTACGTCGGTTACAAATGGAATTTGTACCTCCTCCACAACGTCCTCGGAATTTATTCCGATGATTGTTACGGTACGTTCAACTTAGACTACTAATGTATCGATGATTACCTGGTGAATTTCACCCACCATCAACACAAAATTCGCCTGTGTTAGAACGATTTGTGACAGAAGTACAACAGCCGGGTTTACAATTGTTTCCACTTCTGTAAGTTGAAGAATTCTCACGAATACTTTTAAAATTAGTCGTGCTTCAAGATGAACGTGGTAATAATAGTCGACCATAAAAACCACGACTGGGATATGTAAGAAATTCTCAAACACATCTATGACAAGCGTGTTTACAGATGAATCGACAGAAACTATTTTTAGAGATACTGTTTGAACAAAGTTCGAAAAACCTTTACTTCTCACTTTTCGTTCAACTTGTTTTCTAGCGACTCTAAGGATTTCTCCTTCAATTCGGTAAATATTGACTTTCATTTGGAAGTCAACTTGTCTCTTTTGTTCTACTATTCTTTTAGTTTCGAACACAACTTCTTCAATGTTGTTGAGACCTTCTTTGATTCAAGGAGTGTCTTTTGAACAATGAAATATAACTGTAATTACCGTTAGAAGTAGGTCTAAGACGGTGAGAACAATCACTGTAACTGTAGTGAAAGAATTTCTTTCTACGAGGTATATATCACCCACTACAACAAGTTCTCCCACAAAATTGACGACACCAATATGGATGATTTTTCCGATCACCGTGATGACTTTACGATCGCTTTCGAAACTCTTTTCACGGTTGTCTGTTAATATATTGGTGAATGGGCCCAGTCCCAAATTTACCAATGTGACATCTCCTCCGTTTCTGTCACGAATTTTTCACATTTTCACGAAAAATGTAAGATGGTAGATAATAGAGATTACTCTTCGTTCTTTAAGAACCTTGACAAAGAACCTTAAACGCTCTTTACGAACGTGTACGTCTTCTTTGTGCGTTTAATTACGGACAGACACACCTTTGATTTCGGTATCAAAGTTGATATGTCGCATTTATATTCCCATAATTTTATGTTCTCCCACACCAACTAATACCACGATCTAAAATGAAAATGTGGTCATTTTGTTGACATCGCAGTGAATAGTTGTGTGAATTGCTAGATTTACTTTGAGAACAATGTTACGGTGAACCGATACATTGTGTACCGAATTTAAACCTTCTTCGACGAGCCATATACTCTAGAGAGTTTCACGGTCGATGTCAAAGACAAAGAAGTGGACTACGACAATGTCGCATATTACCAATAGAATGAAGAAGAAGATTTTGTGGACTTCTTGTAAAATAACTTTGGTAGAGTGAACGACCAAGGATATTTCTAACCAGGATAAGACCTGTTAGATGTGTTGATCCATATCTTAAAGAATTCTCTCCACTATTTTCACATATAATGTGATCATTAGGATGGTGTAAGGTGGATCTACCACTTCAATAGTGGAAACTGTTAGAATTCTGTGAAGAAAGAAACTCTCTTCACTCCTGATAATTCCACAAATGTTGTCATCTGTTGTAATTGGAGGTGTGCGTTCAACACCTGTACAGTTACTGTATACC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

Longitudes de las secuencias en Variante3.fasta :
OR900328.1 
     29773 
Conteo de G y C en Variante3.fasta :
  OR900328.1
G   51.77619
C   48.22381
Complementaria de Variante3.fasta :
TTGTTTGGTTGGTTGAAAGCTAGAGAACATCTAGACAAGAGATTTGCTTGAAATTTTAGACACACCGACAGTGAGCCGACGTACGAATCACGTGAGTGCGTCATATTAATTATTGATTAATGACAGCAACTGTCCTGTGCTCATTGAGCAGATAGAAGACGTCCGACGAATGCCAAAGCAGGCACAACGTCGGCTAGTAGTCGTGTAGATCCAAAACAGGCCCACACTGGCTTTCCATTCTACCTCTCGGAACAGGGACCAAAGTTGCTCTTTTGTGTGCAGGTTGAGTCAAACGGACAAAATGTCCAAGCGCTGCACGAGCATGCACCGAAACCTCTGAGGCACCTCCTCCAGAATAGTCTCCGTGCAGTTGTAGAATTTCTACCGTGAACACCGAATCATCTTCAACTTTTTCCGCAAAACGGAGTTGAACTTGTCGGGATACACAAGTAGTTTGCAAGCCTACGAGCTTGACGTGGAGTACCAGTACAATACCAACTCGACCATCGTCTTGAGCTTCCGTAAGTCATGCCAGCATCACCACTCTGTGAACCACAAGAACAGGGAGTACACCCGCTTTATGGTCACCGAATGGCGTTCCAAGAAGAAGCATTCTTGCCATTATTTCCTCGACCACCGGTATCAATGCCGCGGCTAGATTTCAGTAAACTGAATCCGCTGCTCGAACCGTGACTAGGAATACTTCTAAAAGTTCTTTTGACCTTGTGATTTGTACCGTCACCACAATGGGCACTTGAGTACGCACTCGAATTGCCTCCCCGTATGTGAGCGATACAGCTATTGTTGAAGACACCGGGACTACCGATGGGAGAACTCACGTAATTTCTGGAAGATCGTGCACGACCATTTCGAAGTACGTGAAACAGACTTGTTGACCTGAAATAACTGTGATTCTCCCCACATATGACGACGGCACTTGTACTCGTACTTTAACGAACCATGTGCCTTGCAAGACTTTTCTCGATACTTAACGTCTGTGGAAAACTTTAATTTAACCGTTTCTTTAAACTGTGGAAGTTACCCCTTACAGGTTTAAAACATAAAGGGAATTTAAGGTATTAGTTCTGATAAGTTGGTTCCCAACTTTTCTTTTTCGAACTACCGAAATACCCATCTTAAGCTAGACAGATAGGTCAACGCAGTGGTTTACTTACGTTGGTTTACACGGAAAGTTGAGAGTACTTCACACTAGTAACACCACTTTGAAGTACCGTCTGCCCGCTAAAACAATTTCGGTGAACGCTTAAAACACCGTGACTCTTAAACTGATTTCTTCCACGGTGATGAACACCAATGAATGGGGTTTTACGACAACAATTTTAAATAACAGGTCGTACAGTGTTAAGTCTTCATCCTGGACTCGTATCAGAACGGCTTATGGTATTACTTAGACCGAACTTTTGGTAAGAAGCATTCCCACCAGCGTGATAACGGAAACCTCCGACACACAAGAGAATACAACCAACGGTATTGTTCACACGGATAACCCAAGGTGCACGATCGCGATTGTATCCAACATTGGTATGTCCACAACAACCTCTTCCAAGGCTTCCAGAATTACTGTTGGAAGAACTTTATGAGGTTTTTCTCTTTCAGTTGTAGTTATAACAACCACTGAAATTTGAATTACTTCTCTAGCGGTAATAAAACCGTAGAAAAAGACGAAGGTGTTCACGAAAACACCTTTGACACTTTCCAAACCTAATATTTCGTAAGTTTGTTTAACAACTTAGGACACCATTAAAATTTCAATGTTTTCCTTTTCGATTTTTTNNNNNNACCTTATAACCACTTGTCTTTAGTTATGACTCAGGAGAAATACGTAAACGTAGTCTCCGACGAGCACAACATGCTAGTTAAAAGAGAGCGTGAGAACTTTGACGAGTTTTAAGACACGCACAAAATGTCTTCCGGCGATATTGTTATGATCTACCTTAAAGTGTCATAAGTGACTCTGAGTAACTACGATACTACAAGTGTAGACTAAACCGATGATTGTTAGATCAACATTACCGGATGTAATGTCCACCACAACAAGTCAACTGAAGCGTCACCGATTGATTGTAGAAACCGTGACAAATACTTTTTGAGTTTGGGCAGGAACTAACCGAACTTCTCTTCAAATTCCTTCCACATCTCAAAGAATCTCTGCCAACCCTTTAACAATTTAAATAGAGTTGGACACGAACACTTTAACAGCCACCTGTTTAACAGTGGACACGTTTCCTTTAATTCCTCTCACAAGTCTGTAAGAAATTCGAACATTTATTTAAAAACCGAAACACACGACTGAGATAGTAATAACCACCTCGATTTGAATTTCGGAACTTAAATCCACTTTGTAAACAGTGCGTGAGTTTCCCTAACATGTCTTTCACACAATTTAGGTCTCTTCTTTGACCGGATGAGTACGGAGATTTTCGGGGTTTTCTTTAATAAAAGAATCTCCCTCTTTGTGAAGGGTGTCTTCACAATTGTCTCCTTCAACAGAACTTTTGACCACTAAATGTTGGTAATCTTGTTGGATGATCACTTCGACAACTTCGAGGTAACCAACCATGTGGTCAAACATAATTGCCCGAATACAACGAGCTTTAGTTTCTGTGTCTTTTCATGACACGGGAACGTGGATTATACTACCATTGTTTGTTATGGAAGTGTGAGTTTCCGCCACGTGGTTGTTTCCAATGAAAACCACTACTGTGACACTATCTTCACGTTCCAATGTTCTCACACTTATAGTGAAAACTTGAACTACTTTCCTAACTATTTCATGAATTACTCTTCACGAGACGGATATGTCAACTTGAGCCATGTCTTCATTTACTCAAGCGGACACAACACCGTCTACGACAGTATTTTTGAAACGTTGGTCATAGACTTAATGAATGTGGTGACCCGTAACTAAATCTACTCACCTCATACCGATGTATGATGAATAAACTACTCAGACCACTCAAATTTAACCGAAGTGTATACATAACAAGAAAAATGGGAGGTCTACTCCTACTTCTTCTTCCACTAACACTTCTTCTTCTCAAACTCGGTAGTTGAGTTATACTCATACCATGACTTCTACTAATGGTTCCATTTGGAAACCTTAAACCACGGTGAAGACGACGAGAAGTTGGACTTCTTCTCGTTCTTCTTCTAACCAATCTACTACTATCAGTTGTTTGACAACCAGTTGTTCTGCCGTCACTCCTGTTAGTCTGTTGATAATAAGTTTGTTAACAACTCCAAGTTGGAGTTAATCTCTACCTTGAATGTGGTCAACAAGTCTGATAACTTCACTTATCAAAATCACCAATAAATTTTGAATGACTGTTACATATGTAATTTTTACGTCTGTAACACCTTCTTCGATTTTTCCATTTTGGTTGTCACCAACAATTACGTCGGTTACAAATGGAATTTGTACCTCCTCCACAACGTCCTCGGAATTTATTCCGATGATTGTTACGGTACGTTCAACTTAGACTACTAATGTATCGATGATTACCTGGTGAATTTCACCCACCATCAACACAAAATTCGCCTGTGTTAGAACGATTTGTGACAGAAGTACAACAGCCGGGTTTACAATTGTTTCCACTTCTGTAAGTTGAAGAATTCTCACGAATACTTTTAAAATTAGTCGTGCTTCAAGATGAACGTGGTAATAATAGTCGACCATAAAAACCACGACTGGGATATGTAAGAAATTCTCAAACACATCTATGACAAGCGTGTTTACAGATGAATCGACAGAAACTATTTTTAGAGATACTGTTTGAACAAAGTTCGAAAAACCTTTACTTCTCACTTTTCGTTCAACTTGTTTTCTAGCGACTCTAAGGATTTCTCCTTCAATTCGGTAAATATTGACTTTCATTTGGAAGTCAACTTGTCTCTTTTGTTCTACTATTCTTTTAGTTTCGAACACAACTTCTTCAATGTTGTTGAGACCTTCTTTGATTCAAGGAGTGTCTTTTGAACAATGAAATATAACTGTAATTACCGTTAGAAGTAGGTCTAAGACGGTGAGAACAATCACTGTAACTGTAGTGAAAGAATTTCTTTCTACGAGGTATATATCACCCACTACAACAAGTTCTCCCACAAAATTGACGACACCAATATGGATGATTTTTCCGACCACCGTGATGACTTTACGATCGCTTTCGAAACTCTTTTCACGGTTGTCTGTTAATATATTGGTGAATGGGCCCAGTCCCAAATTTACCAATGTGACATCTCCTCCGTTTCTGTCACGAATTTTTCACATTTTCACGGAAAATGTAAGATGGTAGATAATAGAGATTACTCTTCGTTCTTTAAGAACCTTGACAAAGAACCTTAAACGCTCTTTACGAACGTGTACGTCTTCTTTGTGCGTTTAATTACGGACAGACACACCTTTGATTTCGGTATCAAAGTTGATATGTCGCATTTATATTCCCATAATTTTATGTTCTCCCACACCAACTAATACCACGATCTAAAATGAAAATGTGGTCATTTTGTTGACATCGCAGTGAATAGTTGTGTGAATTGCTAGATTTACTTTGAGAACAATGTTACGGTGAACCGATACATTGTGTACCGAATTTAAACCTTCTTCGACGAGCCATATACTCTAGAGAGTTTCACGGTCGATGTCAAAGACAAAGAAGTGGACTACGACAATGTCGCATATTACCAATAGAATGAAGAAGAAGATTTTGTGGACTTCTTGTAAAATAACTTTGGTAGAGTAAACGACCAAGGATATTTCTAACCAGGATAAGACCTGTTAGATGTGTTGATCCATATCTTAAAGAATTCTCTCCACTATTTTCACATATAATGTGATCATTAGGATGGTGTAAGGTGGATCTACCACTTCAATAGTGGAAACTGTTAGAATTCTGTGAAGAAAGAAACTCTCTTCACTCCTGATAATTCCACAAATGTTGTCATCTGTTGTAATTGGAGGTGTGCGTTCAACACCTGTACAG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

Longitudes de las secuencias en Variante4.fasta :
OR857969.1 
     29721 
Conteo de G y C en Variante4.fasta :
  OR857969.1
G   51.77286
C   48.22714
Complementaria de Variante4.fasta :
AACATCTAGACAAGAGATTTGCTTGAAATTTTAGACACACCGACAGTGAGCCGACGTACGAATCACGTGAGTGCGTCATATTAATTATTGATTAATGACAGCAACTGTCCTGTGCTCATTGAGCAGATAGAAGACGTCCGACGAATGCCAAAGCAGGCACAACGTCGGCTAGTAGTCGTGTAGATCCAAAACAGGCCCACACTGGCTTTCCATTCTACCTCTCGGAACAGGGACCAAAGTTGCTCTTTTGTGTGCAGGTTGAGTCAAACGGACAAAATGTCCAAGCGCTGCACGAGCATGCACCGAAACCTCTGAGGCACCTCCTCCAGAATAGTCTCCGTGCAGTTGTAGAATTTCTACCGTGAACACCGAATCATCTTCAACTTTTTCCGCAAAACGGAGTTGAACTTGTCGGGATACACAAGTAGTTTGCAAGCCTACGAGCTTGACGTGGAGTACCAGTACAATACCAACTCGACCATCGTCTTGAGCTTCCGTAAGTCATGCCAGCATCACCACTCTGTGAACCACAGGAACAGGGAGTACACCCGCTTTATGGTCACCGAATGGCGTTCCAAGAAGAAGCATTCTTGCCATTATTTCCTCGACCACCGGTATCCATGCCGCGGCTAGATTTCAGTAAACTGAATCCGCTGCTCGAACCGTGACTAGGAATACTTCTAAAAGTTCTTTTGACCTTGTGATTTGTATCGTCACCACAATGGGCACTTGAGTACGCACTCGAATTGCCTCCCCGTATGTGAGCGATACAGCTATTGTTGAAGACACCGGGACTACCGATGGGAGAACTCACGTAATTTCTGGAAGATCGTGCACGACCATTTCTAAGTACGTGAAACAGGCTTGTTGACCTGAAATAACTGTGATTCTCCCCACATATGACGACGGCACTTGTACTCGTACTTTAACGAACCATGTGCCTTGCAAGACTTTTCTCGATACTTAACGTCTGTGGAAAACTTTAATTTAACCGTTTCTTTAAACTGTGGAAGTTACCCCTTACAGGTTTAAAACATAAAGGGAATTTAAGGTATTAGTTCTGATAAGTTGGTTCCCAACTTTTCTTTTTCGAACTACCGAAATACCCATCTTAAGCTAGACAGATAGGTCAACGCAGTGGTTTACTTACGTTGGTTTACACGGAAAGTTGAGAGTACTTCACACTAGTAACACCACTTTGAAGTACCGTCTGCCCGCTAAAACAATTTCGGTGAACGCTTAAAACACCGTGACTCTTAAACTGATTTCTTCCACGGTGATGAACACCAATGAATGGGGTTTTACGACAACAATTTTAAATAACAGGTCGTACAGTGTTAAGTCTTCATCCTGGACTCGTATCAGAACGGCTTATGGTATTACTTAGACCGAACTTTTGGTAAGAAGCATTCCCACCAGCGTGATAACGGAAACCTCCGACACACAAGAGAATACAACCAACGGTATTGTTCACACGGATAACCCAAGGTGCACGATCGCGATTGTATCCAACATTGGTATGTCCACAACAACCTCTTCCAAGGCTTCCAGAATTACTGTTGGAAGAACTTTATGAGGTTTTTCTCTTTCAGTTGTAGTTATAACAACCACTGAAATTTGAATTACTTCTCTAGCGGTAATAAAACCGTAGAAAAAGACGAAGGTGTTCACGAAAACACCTTTGACACTTTCCAAACCTAATATTTCGTAAGTTTGTTTAACAACTTAGGACACCATTAAAATTTCAATGTTTTCCTTTTCGATTTTTTCCACGGACCTTATAACCACTTGTCTTTAGTTATGACTCAGGAGAAATACGTAAACGTAGTCTCCGACGAGCACAACATGCTAGTTAAAAGAGGGCGTGAGAACTTTGACGAGTTTTAAGACACGCACAAAATGTCTTCCGGCGATATTGTTATGATCTACCTTAAAGTGTCATAAGTGACTCTGAGTAACTACGATACTACAAGTGTAGACTAAACCGATGATTGTTAGATCAACATTACCGGATGTAATGTCCACCACAACAAGTCAACTGAAGCGTCACCGATTGATTGTAGAAACCGTGACAAATACTTTTTGAGTTTGGGCAGGAACTAACCGAACTTCTCTTCAAATTCCTTCCACATCTCAAAGAATCTCTGCCAACCCTTTAACAATTTAAATAGAGTTGGACACGAACACTTTAACAGCCACCTGTTTAACAGTGGACACGTTTCCTTTAATTCCTCTCACAAGTCTGTAAGAAATTCGAACATTTATTTAAAAACCGAAACACACGACTGAGATAGTAATAACCACCTCGATTTGAATTTCGGAACTTAAATCCACTTTGTAAACAGTGCGTGAGTTTCCCTAACATGTCTTTCACACAATTTAGGTCTCTTCTTTGACCGGATGAGTACGGAGATTTTCGGGGTTTTCTTTAATAGAAGAATCTCCCTCTTTGTGAAGGGTGTCTTCACAATTGTCTCCTTCAACAGAACTTTTGACCACTAAATGTTGGTAATCTTGTTGGATGATCACTTCGACAACTTCGAGGTAACCAACCATGTGGTCAAACATAATTGCCCGAATACAACGAGCTTTAGTTTCTGTGTCTTTTCATGACACGGGAACGTGGATTATACTACCATTGTTTGTTATGGAAGTGTGAGTTTCCGCCACGTGGTTGTTTCCAATGAAAACCACTACTGTGACACTATCTTCACGTTCCAATGTTCTCACACTTATAGTAAAAACTTGAACTACTTTCCTAACTATTTCATGAATTACTCTTCACGAGACGGATATGTCAACTTGAGCCATGTCTTCATTTACTCAAGCGGACACAACACCGTCTACGACAGTATTTTTGAAACGTTGGTCATAGACTTAATGAATGTGGTGACCCGTAACTAAATCTACTCACCTCATACCGATGTATGATGAATAAACTACTCAGACCACTCAAATTTAACCGAAGTGTATACATAACAAGAAAAATGGGAGGTCTACTCCTACTTCTTCTTCCACTAACACTTCTTCTTCTCAAACTCGGTAGTTGAGTTATACTCATACCATGACTTCTACTAATGGTTCCATTTGGAAACCTTAAACCACGGTGAAGACGACGAGAAGTTGGACTTCTTCTCGTTCTTCTTCTAACCAATCTACTACTATCAGTTGTTTGACAACCAGTTGTTCTGCCGTCACTCCTGTTAGTCTGTTGATGATAAGTTTGTTAACAACTCCAAGTTGGAGTTAATCTCTACCTTGAATGTGGTCAACAAGTCTGATAACTTCACTTATCAAAATCACCAATAAATTTTGAATGACTGTTACATATGTAATTTTTACGTCTGTAACACCTTCTTCGATTTTTCCATTTTGGTTGTAACCAACAATTACGTCGGTTACAAATGGAATTTGTACCTCCTCCACAACGTCCTCGGAATTTATTCCGATGATTGTTACGGTACGTTCAACTTAGACTACTAATGTATCGATGATTACCTGGTGAATTTCACCCACCATCAACACAAAATTCGCCTGTGTTAGAACGATTTGTGACAGAAGTACAACAGCCGGGTTTACAATTGTTTCCACTTCTGTAAGTTGAAGAATTCTCACGAATACTTTTAAAATTAGTCGTGCTTCAAGATGAACGTGGTAATAATAGTCGACCATAAAAACCACGACTGGGATATGTAAGAAATTCTCAAACACATCTATGACAAGCGTGTTTACAGATGAATCGACAGAAACTATTTTTAGAGATACTGTTTGAACAAAGTTCGAAAAACCTTTACTTCTCACTTTTCGTTCAACTTGTTTTCTAGCGACTCTAAGGATTTCTCCTTCAATTCGGTAAATATTGACTTTCATTTGGAAGTCAACTTGTCTCTTTTGTTCTACTATTCTTTTAGTTTCGAACACAACTTCTTCAATGTTGTTGAGACCTTCTTTGATTCAAGGAGTGTCTTTTGAACAATGAAATATAACTGTAATTACCGTTAGAAGTAGGTCTAAGACGGTGAGAACAATCACTGTAACTGTAGTGAAAGAATTTCTTTCTACGAGGTATATATCACCCACTACAACAAGTTCTCCCACAAAATTGACGACACCAATATGGATGATTTTTCCGATCACCGTGATGACTTTACGATCGCTTTCGAAACTCTTTTCACGGTTGTCTGTTAATATATTGGTGAATGGGCCCAGTCCCAAATTTACCAATGTGACATCTCCTCCGTTTCTGTCACGAATTTTTCACATTTTCACGAAAAATGTAAGATGGTAGATAATAGAGATTACTCTTCGTTCTTTAAGAACCTTGACAAAGAACCTTAAACGCTCTTTACGAACGTGTACGTCTTCTTTGTGCGTTTAATTACGGACAGACACACCTTTGATTTCGGTATCAAAGTTGATATGTCGCATTTATATTCCCATAATTTTATGTTCTCCCACACCAACTAATACCACGATCTAAAATGAAAATGTGGTCATTTTGTTGACATCGCAGTGAATAGTTGTGTGAATTGCTAGATTTACTTTGAGAACAATGTTACGGTGAACCGATACATTGTGTACCGAATTTAAACCTTCTTCGACGAGCCATATACTCTAGAGAGTTTCACGGTCGATGTCAAAGACAAAGAAGTGGACTACGACAATGTCGCATATTACCAATAGAATGAAGAAGAAGATTTTGTGGACTTCTTGTAAAATAACTTTGGTAGAGTGAACGACCAAGGATATTTCTAACCAGGATAAGACCTGTTAGATGTGTTGATCCATATCTTAAAGAATTCTCTCCACTATTTTCACATATAATGTGATCATTAGGATGGTGTAAGGTGGATCTACCACTTCAATAGTGGAAACTGTTAGAATTCTGTGAAGAAAGAAACTCTCTTCACTCCTGATAATTCCACAAATGTTGTCATCTGTTGTAATTGGAGGTGTGCGTTCAACACCTGTACAGTTACTGTATACCTGTTGTCAAACCA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

Longitudes de las secuencias en Variante5.fasta :
OY986769.1 
     29781 
Conteo de G y C en Variante5.fasta :
  OY986769.1
G   51.79942
C   48.20058
Complementaria de Variante5.fasta :
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAAGCTAGAGAACATCTAGACAAGAGATTTGCTTGAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCACGTGAGTGCGTCATATTAATTATTGATTAATGACAGCAACTGTCCTGTGCTCATTGAGCAGATAGAAGACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAGCGCTGCACGAGCATGCACCGAAACCTCTGAGGCACCTCCTCCAGAATAGTCTCCGTGCAGTTGTAGAATCTCTACCGTGAACACCGAATCATCTTCAACTTTTTCCGCAAAACGGAGTTGAACTTGTCGGGATACACAAGTAGTTTGCAAGCCTACGAGCTTGACGTGGAGTACCAGTACAATACCAACTCGACCATCGTCTTGAGCTTCCGTAAGTCATGCCAGCATCACCACTCTGTGAACCACAGGAACAGGGAGTACACCCGCTTTATGGTCACCGAATGGCGTTCCAAGAAGAAGCATTCTTGCCATTATTTCCTCGACCACCGGTATCCATGCCGCGGCTAGATTTCAGTAAACTGAATCCGCTGCTCGAACCGTGACTAGGAATACTTCTAAAAGTTCTTTTGACCTTGTGATTTGTATCGTCACCACAATGGGCACTTGAGTACGCACTCGAATTGCCTCCCCGTATGTGAGCGATACAGCTATTGTTGAAGACACCGGGACTACCGATGGGAGAACTCACGTAATTTCTGGAAGATCGTGCACGACCATTTCGAAGTACGTGAAACAGGCTTGTTGACCTGAAATAACTGTGATTCTCCCCACATATGACGACGGCACTTGTACTCGTACTTTAACGAACCATGTGCCTTGCAAGACTTTTCTCGATACTTAACGTCTGTGGAAAACTTTAATTTAACCGTTTCTTTAAACTGTGGAAGTTACCCCTTACAGGTTTAAAACATAAAGGGAATTTAAGGTATTAGTTCTGATAAGTTGGTTCCCAACTTTTCTTTTTCGAACTACCGAAATACCCATCTTAAGCTAGACAGATAGGTCAACGCAGTGGTTTACTTACGTTGGTTTACACGGAAAGTTGAGAGTACTTCACACTAGTAACACCACTTTGAAGTACCGTCTGCCCGCTAAAACAATTTCGGTGAACGCTTAAAACACCGTGACTCTTAAACTGATTTCTTCCACGGTGATGAACACCAATGAATGGGGTTTTACGACAACAATTTTAAATAACAGGTCGTACAGTGTTAAGTCTTCATCCTGGACTCGTATCAGAACGGCTTATGGTATTACTTAGACCGAACTTTTGGTAAGAAGCATTCCCACCAGCGTGATAACGGAAACCTCCGACACACAAGAGAATACAACCAACGGTATTGTTCACACGGATAACCCAAGGTGCACGATCGCGATTGTATCCAACATTGGTATGTCCACAACAACCTCTTCCAAGGCTTCCAGAATTACTGTTGGAAGAACTTTATGAGGTTTTTCTCTTTCAGTTGTAGTTATAACAACCACTGAAATTTGAATTACTTCTCTAGCGGTAATAAAACCGTAGAAAAAGACGAAGGTGTTCACGAAAACACCTTTGACACTTTCCAAACCTAATATTTCGTAAGTTTGTTTAACAACTTAGGACACCATTAAAATTTCAATGTTTTCCTTTTCGATTTTTTCCACGGACCTTATAACCACTTGTCTTTAGTTATGACTCAGGAGAAATACGTAAACGTAGTCTCCGACGAGCACAACATGCTAGTTAAAAGAGGGCGTGAGAACTTTGACGAGTTTTAAGACACGCACAAAATGTCTTCCGGCGATATTGTTATGATCTACCTTAAAGTGTCATAAGTGACTCTGAGTAACTACGATACTACAAGTGTAGACTAAACCGATGATTGTTAGATCAACATTACCGGATGTAATGTCCACCACAACAAGTCAACTGAAGCGTCACCGATTGATTGTAGAAACCGTGACAAATACTTTTTGAGTTTGGGCAGGAACTAACCGAACTTCTCTTCAAATTCCTTCCACATCTCAAAGAATCTCTGCCAACCCTTTAACAATTTAAATAGAGTTGGACACGAACACTTTAACAGCCACCTGTTTAACAGTGGACACGTTTCCTTTAATTCCTCTCACAAGTCTGTAAGAAATTCGAACATTTATTTAAAAACCGAAACACACAACTGAGATAGTAATAACCACCTCGATTTGAATTTCGGAACTTAAATCCACTTTGTAAACAGTGCGTGAGTTTCCCTAACATGTCTTTCACACAATTTAGGTCTCTTCTTTGACCGGATGAGTACGGAGATTTTCGGGGTTTTCTTTAATAGAAGAATCTCCCTCTTTGTGAAGGGTGTCTTCACAATTGTCTCCTTCAACAGAACTTTTGACCACTAAATGTTGGTAATCTTGTTGGATGATCACTTCGACAACTTCGAGGTAACCAACCATGTGGTCAAACATAATTGCCCGAATACAACGAGCTTTAGTTTCTGTGTCTTTTCATGACACGGGAACGTGGATTATACTACCATTGTTTGTTATGGAAGTGTGAGTTTCCGCCACGTGGTTGTTTCCAATGAAAACCACTACTGTGACACTATCTTCACGTTCCAATGTTCTCACACTTATAGTAAAAACTTGAACTACTTTCCTAACTATTTCATGAATTACTCTTCACGAGACGGATATGTCAACTTGAGCCATGTCTTCATTTACTCAAGCGGACACAACACCGTCTACGACAGTATTTTTGAAACGTTGGTCATAGACTTAATGAATGTGGTGACCCGTAACTAAATCTACTCACCTCATACCGATGTATGATGAATAAACTACTCAGACCACTCAAATTTAACCGAAGTGTATACATAACAAGAAAAATGGGAGGTCTACTCCTACTTCTTCTTCCACTAACACTTCTTCTTCTCAAACTCGGTAGTTGAGTTATACTCATACCATGACTTCTACTAATGGTTCCATTTGGAAACCTTAAACCACGGTGAAGACGACGAGAAGTTGGACTTCTTCTCGTTCTTCTTCTAACCAATCTACTACTATCAGTTGTTTGACAACCAGTTGTTCTGCCGTCACTTCTGTTAGTCTGTTGATGATAAGTTTGTTAACAACTCCAAGTTGGAGTTAATCTCTACCTTGAATGTGGTCAACAAGTCTGATAACTTCACTTATCAAAATCACCAATAAATTTTGAATGACTGTTACATATGTAATTTTTACGTCTGTAACACCTTCTTCGATTTTTCCATTTTGGTTGTCACCAACAATTACGTCGGTTACAAATGGAATTTGTACCTCCTCCACAACGTCCTCGGAATTTATTCCGATGATTGTTACGGTACGTTCAACTTAGACTACTAATGTATCGATGATTACCTGGTGAATTTCACCCACCATCAACACAAAATTCGCCTGTGTTAGAACGATTTGTGACAGAAGTACAACAGCCGGGTTTACAATTGTTTCCACTTCTGTAAGTTGAAGAATTCTCACGAATACTTTTAAAATTAGTCGTGCTTCAAGATGAACGTGGTAATAATAGTCGACCATAAAAACCACGACTGGGATATGTAAGAAATTCTCAAACACATCTATGACAAGCGTGTTTACAGATGAATCGACAGAAACTATTTTTAGAGATACTGTTTGAACAAAGTTCGAAAAACCTTTACTTCTCACTTTTCGTTCAACTTGTTTTCTAGCGACTCTAAGGATTTCTCCTTCAATTCGGTAAATATTGACTTTCATTTGGAAGTCAACTTGTCTCTTTTGTTCTACTATTCTTTTAGTTTCGAACACAACTTCTTCAATGTTGTTGAGACCTTCTTTGATTCAAGGAGTGTCTTTTGAACAATGAAATATAACTGTAATTACCGTTAGAAGTAGGTCTAAGACGGTGAGAACAATCACTGTAACTGTAGTGAAAGAATTTCTTTCTACGAGGTATATATCACCCACTACAACAAGTTCTCCCACAAAATTGACGACACCAATATGGATGATTTTTCCGATCACCGTGATGACTTTACGATCGCTTTCGAAACTCTTTTCACGGTTGTCTGTTAATATATTGGTGAATGGGCCCAGTCCCAAATTTACCAATGTGACATCTCCTCCGTTTCTGTCACGAATTTTTCACATTTTCACGAAAAATGTAAGATGGTAGATAATAGAGATTACTCTTCGTTCTTTAAGAACCTTGACAAAGAACCTTAAACGCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGCGTTTAATTACGGACAGACACACCTTTGATTTCGGTATCAAAGTTGATATGTCGCATTTATATTCCCATAATTTTATGTTCTCCCACACCAACTAATACCACGATCTAAAATGAAAATGTGGTCATTTTGTTGACATCGCAGTGAATAGTTGTGTGAATTGCTAGATTTACTTTGAGAACAATGTTACGGTGAACCGATACATTGTGTACCGAATTTAAACCTTCTTCGACGAGCCATATACTCTAGAGAGTTTCACGGTCGATGTCAAAGACAAAGAAGTGGACTACGACAATGTCGCATATTACCAATAGAATGAAGAAGAAGATTTTGTGGACTTCTTGTAAAATAACTTTGGTAGAGTGAACGACCAAGGATATTTCTAACCAGGATAAGACCTGTTAGATGTGTTGATCCATATCTTAAAGAATTCTCTCCACTATTTTCACATATAATGTGATCATTAGGATGGTGTAAGGTGGATCTACCACTTCAATAGTGGAAACTGTTAGAATTCTGTGAAGAAAGAAACTCTCTTCACTCCTGATAATTCCACAAATGTTGTCATCTGTTGTAATTGGAGGTG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

Graficamos con barplot la grafica de longitud

# Obtener longitudes
longitudes <- sapply(secuencias, longitud)
color <- c("pink", "bisque","lightyellow","lightgreen", "lightblue")
# Crear gráfico de barras para longitud
longitudes_bars <- barplot(longitudes, beside = TRUE, main = "Longitud de las secuencias", names.arg = secuencias, col = color, xlab = "Secuencias", ylab = "Longitud",cex.names = 0.6)
# Etiquetar cada barra con su valor de longitud debajo de la barra
text(x = longitudes_bars, y = longitudes - 5, labels = longitudes, pos = 1, cex = 0.8)

La longitud de las secuencias refleja la diversidad en el tamaño entre las diferentes variantes del virus. Estas diferencias pueden indicar cambios genéticos importantes, como inserciones o deleciones, que afectan la función y la evolución del virus. Comprender esta variabilidad es esencial para estudiar la biología y la epidemiología viral, así como para desarrollar estrategias de diagnóstico y tratamiento efectivas.

Grafica para contenido GC

# Obtener conteo gc 
# Dividir la ventana gráfica en 3 filas y 1 columna


gc_content <- sapply(secuencias, conteo_gc)

# Colores específicos para cada variante ('G' y 'C')
colores <- c("mediumpurple1", "plum2")  # 'G' morado y 'C' sera rosita


# Crear gráfico de barras para contenido GC
gc_content_bars <- barplot(gc_content, beside = TRUE, main = "Contenido de GC en las secuencias",names.arg = secuencias, col = colores, xlab = "Secuencias", ylab = "Contenido GC",cex.names = 0.6)

# Etiquetar cada barra con su valor de contenido GC debajo de la barra
text(x = gc_content_bars, y = gc_content - 0.02, labels = sprintf("%.2f", gc_content), pos = 1, cex = 0.8)

# Agregar interpretación debajo del gráfico de contenido GC
mtext("El contenido de GC indica la proporción de bases guanina y citosina en las secuencias, se puede observar como es muy parecido entre las variantes", side = 1, line = 5, adj = 0, cex = 0.8)
# Agregar leyenda para 'G' y 'C' al gráfico de contenido GC
legend("bottomright", legend = c("G", "C"), fill = colores, bty = "n", title = "Porcentajes")

NA
NA

El contenido de GC en las secuencias virales indica la proporción de bases guanina (G) y citosina (C), mostrando similitudes genéticas entre las variantes del virus. Esta información es clave para comprender la evolución y las características biológicas de las variantes virales, incluyendo su comportamiento y respuesta a tratamientos.