Dagittyの使い方

dagitty パッケージのダウンロード

install.packages("dagitty")

## Installing package into '/cloud/lib/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3'
## (as 'lib' is unspecified)

daittyをロード

library(dagitty)

1. 単純な例

# DAGの定義
dag1 <- dagitty("dag {
  Z -> Y
  Z -> X
  X -> Y
}")

# DAGのプロット
plot(dag1)

## Plot coordinates for graph not supplied! Generating coordinates, see ?coordinates for how to set your own.

# AからCへの影響を調べる場合に調整すべき変数のセットを求める
adjustment_sets <- adjustmentSets(dag1, exposure = "X", outcome = "Y")
print(adjustment_sets)

## { Z }

2. もうすこし複雑な例

DAGの定義

# DAGの定義
dag2 <- dagitty("dag {
  E -> I
  A -> E
  A -> I
  F -> E
  F -> A
  G -> A
}")

DAGを図示

# DAGのプロット
plot(dag2)

## Plot coordinates for graph not supplied! Generating coordinates, see ?coordinates for how to set your own.

制御すべき交絡因子

# EからIへの影響を調べる場合に調整すべき変数のセットを求める
adjustment_sets <- adjustmentSets(dag2, exposure = "E", outcome = "I")
print(adjustment_sets)

## { A }

3. さらに複雑な例

# DAGの定義
dag3 <- dagitty("dag {
  X -> Y
  X -> V
  Z -> X
  Z -> Y
  W -> Z
  W -> O
  O -> Y
  V -> Y
  O -> X
  S -> Z
}")
plot(dag3)

## Plot coordinates for graph not supplied! Generating coordinates, see ?coordinates for how to set your own.

# XからYへの影響を調べる場合に調整すべき変数のセットを求める
adjustment_sets <- adjustmentSets(dag3, exposure = "X", outcome = "Y")
print(adjustment_sets)

## { O, Z }

# DAGの定義
dag4 <- dagitty("dag {
O -> X
O -> Y
S -> Z
V -> Y
W -> O
W -> Z
X -> S
X -> V
X -> Y
Z -> Y
}")
plot(dag4)

## Plot coordinates for graph not supplied! Generating coordinates, see ?coordinates for how to set your own.

# XからYへの影響を調べる場合に調整すべき変数のセットを求める
adjustmentSets(dag4, exposure = "X", outcome = "Y")

## { O }