data

例子

演示如何alevin-fry使用特定工具来处理小型示例数据集。

准备

环境准备：在终端创建一个conda环境，并且安装Simpleaf包。

conda create -n af -y -c bioconda simpleaf=0.15.0      
conda activate af

数据准备：创建一个工作目录af_xmpl_run，下载并解压缩示例数据集。

mkdir af_xmpl_run && cd af_xmpl_run

wget -qO- https://umd.box.com/shared/static/lx2xownlrhz3us8496tyu9c4dgade814.gz | tar xzf - --strip-components=1 -C .
wget -qO- https://raw.githubusercontent.com/10XGenomics/cellranger/master/lib/python/cellranger/barcodes/3M-february-2018.txt.gz | gunzip - > 3M-february-2018.txt


"toy_read_fastq", "toy_human_ref", 3M-february-2018.txt