西方与东方走了截然不同的两条道路。西方自文艺复兴后，产生近代科学，理论与实践的相对分离促进了西方工业革命的发生和资本主义的发展，以中国为代表的东方一直处于缓慢的社会演变过程之中。本来，时间过的很慢，两个文明之间的交流很少。工业革命大大提升了传统手工业的生产效率，西方生产力水平提升速度大大加速，由此形成的商品剩余亟需销路。以坚船利炮为代表的生产力为开拓东方市场提供了暴力基础。由此，东方被迫打开国门，接受不公平条约。
眼前屈辱的景象激发部分国人睁眼看世界，学习西方成为接下来100多年的主旋律。在学习的过程中，如何处理东方旧有文化、知识、传统等与西方之间的关系，成为同时期东西方社会学者共同聚焦的学术议题。就东方学者来说，最开始学习的是西方的“坚船利炮”制造技术，在没能取得预期的成功后就开始反思失败的原因，认为原因在于技术背后的制度没有学到位。新文化运动时的反思达到顶峰，认为中国要取得成功，除了科技要学，还需要学习西方的民主制度，这一时期，有学者对中国旧有文化、文明、科学体系给予全面否定，主要全面学习西方，并为此不懈努力。在当时，虽然在同类中显得极端，但不会被视为异类。毕竟，相比于普罗大众，这类群体都是在为实现中国崛起奋斗。
与西方商品一同进入东方的还有西方的文化、思想、制度等。为更好地促进贸易往来，攫取更大收益，在东方学者研究西方社会的同时，西方的学者也在研究东方社会。直到如今。
历史不允许假设，但历史研究允许假设。其中最经典的问题是如果没有西方的入侵，中国会不会较西方晚些时间进入资本主义社会？西方的入侵对中国接下来的发展产生了积极还是消极的影响？抑或两者都有？
现有研究普遍认为，文艺复兴是西方开始工业革命和进入资本主义社会的不可或缺的前提。文艺复兴使得西方出现近代科学，出现了专职从事“基础研究”的群体，这类群体的特点是不以“应用”或“实用性”为目标。由于中国传统上普遍信奉“实用主义”，导致不能出现这类群体和相应的近代科学，进而不会出现“工业革命”。【这样的解释说服力似乎不足，因为科学本身就是以认识世界和改造世界为根本目标的。中国在“实用主义”的导向下产生了科学知识很多领先西方几年甚至是上千年。随着手工业的出现和发展，理应会出现以改进机械设备为专职的研究人员，这些人理应完全可以凭借创新及发明谋生。】更有甚者，将西方近代科学的产生上溯至古希腊哲学，认为文艺复兴只不过是复兴了古希腊时期的思想，近代科学的种子是在古希腊时期就种下的，文艺复兴只不过是休眠了千年的种子开始发芽了。
近代以来的社会科学研究，基于研究者自身定位差异可以分为两类：最早的一类是以西方社会和文明为中心建立坐标系，论证东方社会所在的位置，即距离人类最先进文明和生产力/现代化的距离，这一派直到十年前还占据社科研究的主流。针对前面问题的回应之不同，该派具体又可以分为两类：①认为西方的入侵促进了中国进入以自由贸易为主要特征的近代资本主义社会，②西方的入侵阻碍了中国进入近代资本主义社会。第二类是以中国为核心，论证东西方在同等标准下，中国更具有优越性。【尤其是在资本主义社会的问题不断被揭露出来后】清末民初，前者可以称之为改革派，后者可以称之为保守派或国故派。
其实，最早推翻现代化等于文明等于西方化等于普世价值的最初力量并非源于东方，而是源自西方的马克思主义。堡垒都是被从内部攻破的，社会科学领域也概莫能外，基于资本主义社会不断暴露出来的社会问题，马克思主义论证了资本主义终将被更高级的共产主义社会所取代。
相比于自然科学的较为纯粹的以认识世界为目标，社会科学的目标是在基于价值判断的基础上认识人类及其构成的社会，论证某个社会的合理性及优越性，进而为解决人们认知上的困惑和实践中的问题提供理论依据甚至是参考建议。经济学中的古典主义、新古典主义、凯恩斯主义、货币主义、新制度主义等皆是如此，社会学中的新保守主义（自由市场+民主自由）、后现代主义（质疑所谓的“科学”和“客观”，认为这只不过是一种话语建构，否定了“西方中心”论，认为特殊主义才具有普世性）、后现代市场主义（前两者的合体）也是如此。
黄宗智倡导的实践社会科学认为，社会科学研究应当基于社会实践来展开，而非非此即彼的“二元论”所能概括。无论是在正义体系研究（中国的道德主义倾向、相对缺乏演绎逻辑、相对不重视形式化和程序化的正义体系）、非正规经济研究（农村剩余劳动力没有被正规的工业部门吸纳）还是在农业经济研究（在小农经济的基础上发展纵向一体化的合作经济来对接大市场，而非简单发展资本主义的产业化大农场农业）中，均是沿用这样的研究思路。
随着习总书记前几年提出建构当代中国话语体系的要求，中国哲学社会科学研究越来越强调立足中国本位，以中国社会经济实践为基础，构建以解释中国经济社会政治运行为导向的理论体系。为此，不少社科研究人员开始了这方面的探索，其中最核心的问题是①如何处理社会实践与现有理论之间的关系；②如何处理相对立或矛盾的两种或多种理论之间的关系。针对前者，基于习总要求，不少人提出构建中国的经济学或有中国特色的经济学，这样的提法是否恰当，有待进一步讨论。这涉及到对核心概念的理解、理论与现实关系的认识等问题。针对后者，有研究人员主张马克思政治经济学揭示的是社会发展规律，西方经济学揭示的是经济运行的规律，针对不同经济学流派之间的观点差异，国内主流观点认为“有为政府+有效市场”是实现资源有效配置的最佳途径。至于有为政府的行为边界在哪里？目前的研究还是非常不充分的。