##chargement des packages----
library(questionr)
library(tidyverse)
## ── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
## ✔ dplyr 1.1.1 ✔ readr 2.1.4
## ✔ forcats 1.0.0 ✔ stringr 1.5.0
## ✔ ggplot2 3.4.2 ✔ tibble 3.2.1
## ✔ lubridate 1.9.2 ✔ tidyr 1.3.0
## ✔ purrr 1.0.1
## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
## ✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
## ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors
library(tableone)
library(labelled)
library(gtsummary)
library(GGally)
## Registered S3 method overwritten by 'GGally':
## method from
## +.gg ggplot2
library(readxl)
library(effects)
## Le chargement a nécessité le package : carData
## lattice theme set by effectsTheme()
## See ?effectsTheme for details.
library(survival)
library(survminer)
## Le chargement a nécessité le package : ggpubr
##
## Attachement du package : 'survminer'
##
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:survival':
##
## myeloma
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(knitr)
library(cowplot)
##
## Attachement du package : 'cowplot'
##
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:ggpubr':
##
## get_legend
##
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:lubridate':
##
## stamp
##chargement des données
data_guillaume_cbnpc <- read_excel("Y:/fp/FAC/2023-2024/Memoires DES/Guillaume Flandin/20240322/data_guillaume_cbnpc.xlsx")
## New names:
## • `Détail` -> `Détail...42`
## • `Détail` -> `Détail...49`
## • `Détail` -> `Détail...58`
## • `Détail` -> `Détail...60`
pneumo_g<-filter(data_guillaume_cbnpc, c(eligible_etude=="1" ))
##recodage bases de données le cas échéant----
pneumo_g$charlson_2<-ifelse(pneumo_g$charlson>=2, 1, 0)
##renommer des variables pour présentation dans les tableaux de résultats
library(labelled)
var_label(pneumo_g$type_evt) <- "evenement lié au médicament"
var_label(pneumo_g$consequence_evt) <- "conséquence des evenements liés au médicament"
var_label(pneumo_g$meta_snc) <- "presence de métastase cérébrale"
var_label(pneumo_g$polymedique) <- "patient polymediqué"
var_label(pneumo_g$comprehension) <- "patient avec difficulté de comprehension"
var_label(pneumo_g$pb_social) <- "patient avec difficulté sociale"
var_label(pneumo_g$actif_pro) <- "patient avec activité professionnelle"
var_label(pneumo_g$ddi) <- "patient avec interaction médicamenteuse"
var_label(pneumo_g$evt_tox) <- "patient avec evenement lié au médicament"
var_label(pneumo_g$charlson_2) <- "score de charlson >=2 (hors tumeur)"
var_label(pneumo_g$patient_seul) <- "patient vivant seul"
##réation de variables à plusieurs catégorie selon valeurs variable continue
##tableau descriptif population globales ----
tbl_summary(
pneumo_g, include = c("age", "pathologie", "dci", "polymedique","stade", "ligne", "evt_tox", "charlson", "charlson_2", "meta_snc", "comprehension", "pb_social", "actif_pro", "patient_seul", "ddi"),
digits=all_categorical()~ c(0,1)
)
| Characteristic |
N = 94 |
| age |
67 (58, 75) |
| pathologie |
|
| ADK Bronchique |
82 (87.2%) |
| ADK Thymique |
2 (2.1%) |
| Carcinome Epidermoïde |
1 (1.1%) |
| Carcinome épidermoïde bronchique |
1 (1.1%) |
| Carcinome épidermoïde pulmonaire |
1 (1.1%) |
| Carcinome épidermoïde thymique |
1 (1.1%) |
| THYMOME |
1 (1.1%) |
| Thymome B3 |
1 (1.1%) |
| Tumeur carcinoïde |
1 (1.1%) |
| Tumeur carcinoïde atypique |
1 (1.1%) |
| Tumeur carcinoïde typique, neuroendocrine |
1 (1.1%) |
| Tumeur neuro endocrine |
1 (1.1%) |
| dci |
|
| Afatinib |
2 (2.1%) |
| AFINITOR |
3 (3.2%) |
| ALECTINIB |
4 (4.3%) |
| BRIGATINIB |
7 (7.4%) |
| CABOZANTINIB |
1 (1.1%) |
| CRIZOTINIB |
2 (2.1%) |
| DABRAFENIB / TRAME |
1 (1.1%) |
| Dabrafénib / Tramétinib |
6 (6.4%) |
| Erlotinib |
1 (1.1%) |
| Everolimus |
4 (4.3%) |
| GIOTRIF |
3 (3.2%) |
| IRESSA |
1 (1.1%) |
| Lorlatinib |
1 (1.1%) |
| LORLATINIB |
8 (8.5%) |
| MOBOCERTINIB |
2 (2.1%) |
| Osimertinib |
13 (13.8%) |
| OSIMERTINIB |
1 (1.1%) |
| Osimertinib + Crizotinib |
1 (1.1%) |
| PRALSETINIB |
1 (1.1%) |
| SOTORASIB |
8 (8.5%) |
| SUTENT |
1 (1.1%) |
| TAGRISSO |
22 (23.4%) |
| XELODA+TEMODAL |
1 (1.1%) |
| patient polymediqué |
44 (46.8%) |
| stade |
|
| Localement avancé |
2 (2.1%) |
| métastatique |
58 (61.7%) |
| Métastatique |
33 (35.1%) |
| Primitif |
1 (1.1%) |
| ligne |
|
| 1ère ligne |
39 (41.5%) |
| 2ème ligne |
18 (19.1%) |
| 3ème ligne |
21 (22.3%) |
| 4ème ligne |
6 (6.4%) |
| 5ème ligne |
6 (6.4%) |
| 6ème ligne |
2 (2.1%) |
| 8ème ligne |
1 (1.1%) |
| Récidive |
1 (1.1%) |
| patient avec evenement lié au médicament |
30 (31.9%) |
| charlson |
|
| 0 |
4 (4.3%) |
| 1 |
13 (13.8%) |
| 2 |
20 (21.3%) |
| 3 |
26 (27.7%) |
| 4 |
17 (18.1%) |
| 5 |
7 (7.4%) |
| 6 |
4 (4.3%) |
| 7 |
1 (1.1%) |
| 8 |
2 (2.1%) |
| score de charlson >=2 (hors tumeur) |
77 (81.9%) |
| presence de métastase cérébrale |
29 (30.9%) |
| patient avec difficulté de comprehension |
6 (6.4%) |
| patient avec difficulté sociale |
5 (5.3%) |
| patient avec activité professionnelle |
28 (30.8%) |
| Unknown |
3 |
| patient vivant seul |
11 (12.1%) |
| Unknown |
3 |
| patient avec interaction médicamenteuse |
48 (78.7%) |
| Unknown |
33 |
##Description des evènements liés aux traitement
tbl_summary(
pneumo_g, include = c("type_evt"),
digits=all_categorical()~ c(0,1)
)
| Characteristic |
N = 94 |
| evenement lié au médicament |
|
| 0 |
64 (68.1%) |
| ANOREXIE ET DIARRHEES GRADE 2 |
1 (1.1%) |
| Anorexie GRADE 2 |
1 (1.1%) |
| ASTHENIE |
1 (1.1%) |
| Asthénie / hyperbilirubinémie |
1 (1.1%) |
| ASTHENIE / Perturbation triglycérides / Glycémie |
1 (1.1%) |
| Asthénie et nausées grade 3 |
1 (1.1%) |
| Asthénie grade 1 / Myalgies grade 1 |
1 (1.1%) |
| Asthénie, AEG |
1 (1.1%) |
| COLITE / MTEV |
1 (1.1%) |
| Conjonctivite bilatérale / Mucite / Syndrome Lyell |
1 (1.1%) |
| CRAMPES DIGESTIVES |
1 (1.1%) |
| CYTOLYSE HEPATIQUE |
1 (1.1%) |
| CYTOLYSE HEPATIQUE GRADE 4 |
1 (1.1%) |
| DECOMPENSATION CARDIAQUE |
1 (1.1%) |
| Décompensation cardiaque gauche / OAP
Dr Mazières ne retrouve pas d'imputabilité dans la biblio à posteriori de l'osimertinib = reprise ttt |
1 (1.1%) |
| DELIRE, Troubles Psy |
1 (1.1%) |
| DIARRHEES / CONSTIPATION |
1 (1.1%) |
| DIARRHEES GRADE 2 |
1 (1.1%) |
| Diarrhées grade 2 |
1 (1.1%) |
| DIARRHEES GRADE 2 / VOMISSEMENTS GRADE 2 |
1 (1.1%) |
| EMBOLIE PULMONAIRE (THROMBUS INTRACARDIAQUE) |
1 (1.1%) |
| Hypertension |
1 (1.1%) |
| OEDEMES GRADE 2 / DEPRESSION (dérégulation thymique) / HYPERTRIGLYCERIDEMIE |
1 (1.1%) |
| Pneumopathie grade 2, OMI et crampes grade 2 |
1 (1.1%) |
| Pneumopathie liée au traitement |
1 (1.1%) |
| Toxicité cutanée grade 1 / diarrhées grade 1 |
1 (1.1%) |
| TOXICITE CUTANEO MUQUEUSE / TOXICIT2 Digestive grade 2 |
1 (1.1%) |
| TOXIDERMIE GRADE 2 |
1 (1.1%) |
| TROUBLES DIGESTIFS GRADE 2-3 (DIARRHEES / CONSTIPATIONS) |
1 (1.1%) |
| TROUBLES MNESIQUES / ASTHENIE |
1 (1.1%) |
##Conséquences des évènements liés aux traitement
tbl_summary(
pneumo_g, include = c("consequence_evt"),
digits=all_categorical()~ c(0,1)
)
| Characteristic |
N = 94 |
| conséquence des evenements liés au médicament |
|
| ARRET DEFINITIF |
7 (23.3%) |
| ARRET DEFINITIF CRIZOTINIB |
1 (3.3%) |
| ARRET DEFINITIF MEKINIST |
1 (3.3%) |
| ARRET TEMPORAIRE |
3 (10.0%) |
| Arret temporaire / Concession posologique |
2 (6.7%) |
| Concession posologique |
16 (53.3%) |
| Unknown |
64 |
#Courbe de Kaplan Meier survie sans événement toxique lié au médicament----
km_pftox<-survfit(Surv(pneumo_g$pftox, pneumo_g$evt_tox)~1)
km_pftox
## Call: survfit(formula = Surv(pneumo_g$pftox, pneumo_g$evt_tox) ~ 1)
##
## n events median 0.95LCL 0.95UCL
## [1,] 94 30 NA NA NA
ggsurvplot(km_pftox, data = pneumo_g,
risk.table=TRUE,
surv.scale="percent",
break.time.by=2,
surv.median.line = "hv"
)
## Warning in .add_surv_median(p, fit, type = surv.median.line, fun = fun, :
## Median survival not reached.
##modèle de cox----
### modèle univarié avec tableau de résultat----
####charslon
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~charlson, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| charlson |
1.18 |
0.97, 1.43 |
0.11 |
####charslon >=2
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~charlson_2, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| score de charlson >=2 (hors tumeur) |
2.63 |
0.79, 8.70 |
0.11 |
####présence de méta cérébrale
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~meta_snc, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| presence de métastase cérébrale |
0.74 |
0.33, 1.66 |
0.5 |
####problème de compréhension
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~comprehension, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| patient avec difficulté de comprehension |
1.67 |
0.50, 5.51 |
0.4 |
####problème social
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~pb_social, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| patient avec difficulté sociale |
1.08 |
0.26, 4.56 |
>0.9 |
####patient vivant seul
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~patient_seul, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| patient vivant seul |
2.39 |
0.96, 5.92 |
0.061 |
####activité professionnelle
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~actif_pro, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| patient avec activité professionnelle |
0.85 |
0.37, 1.95 |
0.7 |
####interaction médicamenteuse
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~ddi, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| patient avec interaction médicamenteuse |
0.74 |
0.23, 2.33 |
0.6 |
####patient polymédiqué
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~polymedique, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| patient polymediqué |
1.12 |
0.54, 2.29 |
0.8 |
##Analyse multivariée
modsurv<-coxph(Surv(pftox, evt_tox)~charlson_2 + patient_seul, data=pneumo_g)
modsurv%>%tbl_regression(exponentiate = TRUE)
| Characteristic |
HR |
95% CI |
p-value |
| score de charlson >=2 (hors tumeur) |
2.50 |
0.75, 8.32 |
0.14 |
| patient vivant seul |
2.35 |
0.95, 5.84 |
0.065 |