67 exon expression

We have fold exon expression for all samples

ls ../output/65-exon-coverage/S*fold.csv



ls ../output/65-exon-coverage/S*fold.csv | wc -l

../output/65-exon-coverage/S12M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S12M_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S13M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S13M_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S16F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S16F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S19F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S19F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S22F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S22F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S23M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S23M_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S29F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S29F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S31M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S31M_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S35F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S35F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S36F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S36F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S39F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S39F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S3F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S3F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S41F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S41F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S44F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S44F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S48M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S48M_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S50F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S50F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S52F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S52F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S53F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S53F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S54F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S54F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S59M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S59M_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S64M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S64M_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S6M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S6M_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S76F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S76F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S77F_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S77F_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S7M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S7M_exonsum_10_logfold.csv
../output/65-exon-coverage/S9M_exonsum_10_fold.csv
../output/65-exon-coverage/S9M_exonsum_10_logfold.csv
52

Loading exon fold data

# Define the vector of file paths
file_paths <- c(
  "../output/65-exon-coverage/S12M_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S13M_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S16F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S19F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S22F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S23M_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S29F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S31M_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S35F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S36F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S39F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S3F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S41F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S44F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S48M_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S50F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S52F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S53F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S54F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S59M_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S64M_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S6M_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S76F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S77F_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S7M_exonsum_10_fold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S9M_exonsum_10_fold.csv"
)

# Initialize an empty list to store the data frames
data_frames <- list()

# Loop through the file paths, read each file, and store it in the list with a named key
for (file_path in file_paths) {
  # Extract a meaningful name from the file path, e.g., S12M, S13M, etc.
  name <- gsub(".*/|_exonsum_10_fold\\.csv$", "", file_path)
  
  # Read the file and assign it to the list with the name as the key
  data_frames[[name]] <- read.csv(file_path)
}

# At this point, `data_frames` is a list of data frames.
# You can access each data frame by its name, for example:
# data_frames$S12M  # This will give you the data frame for S12M_exonsum_10_logfold.csv

data_frames$S12M

        X       GeneID        Exon1        Exon2       Exon3       Exon4
1       1 LOC111099029    9.0000000    25.000000   52.000000   11.000000
2       2 LOC111099033   29.0000000    46.000000   30.000000   33.000000
3       3 LOC111099034   27.0000000    29.000000   33.000000   82.000000
4       4 LOC111099035   25.0000000    17.000000   15.000000   18.000000
5       5 LOC111099036   11.0000000    13.000000   30.000000   16.000000
6       6 LOC111099040   78.6400000    13.680000   24.400000   17.080000
7       7 LOC111099041   39.0000000    75.000000   44.000000  135.000000
8       8 LOC111099043  173.0000000   266.500000  193.500000   85.000000
9       9 LOC111099044   55.0000000    52.000000   46.000000          NA
10     10 LOC111099045   16.0000000     8.000000   22.000000   12.000000
11     11 LOC111099047   22.8571429    19.142857   48.428571   30.857143
12     12 LOC111099048   58.0000000    11.000000    9.000000   58.000000
13     13 LOC111099050   39.0000000    13.000000   37.000000   35.000000
14     14 LOC111099051   50.0000000    24.000000          NA          NA
15     15 LOC111099052   56.0000000    51.000000   91.000000   54.000000
16     16 LOC111099053   29.0000000    34.000000   17.000000   41.000000
17     17 LOC111099056   16.6666667    67.000000   27.000000   10.000000
18     18 LOC111099060    9.0000000     4.500000   28.000000   70.000000
19     19 LOC111099062   11.0000000    28.000000   42.000000   22.000000
20     20 LOC111099063   14.0000000    41.000000   16.000000   24.000000
21     21 LOC111099064   23.0000000    27.000000   17.000000   35.000000
22     22 LOC111099065  129.5000000   124.000000  166.000000  281.000000
23     23 LOC111099067   40.0000000    57.000000   13.000000   35.000000
24     24 LOC111099068   63.0000000   131.500000   89.000000  109.000000
25     25 LOC111099069   50.0000000    21.000000   32.000000   18.000000
26     26 LOC111099070   29.0000000    55.000000   78.000000   29.000000
27     27 LOC111099071   17.0000000    49.000000   51.000000  108.000000
28     28 LOC111099073   77.0000000    29.000000   41.000000   30.000000
29     29 LOC111099076   46.0000000    79.000000   52.000000   46.000000
30     30 LOC111099079   41.0000000    78.000000  114.000000   69.000000
31     31 LOC111099080   13.0000000    98.000000   63.000000   52.000000
32     32 LOC111099081   24.0000000    38.000000   68.500000  112.000000
33     33 LOC111099082 1192.0000000   611.000000  198.000000          NA
34     34 LOC111099083  474.0000000    82.000000  392.000000          NA
35     35 LOC111099088   26.0000000   244.000000  159.000000   45.000000
36     36 LOC111099091   93.0000000     5.000000   25.000000   20.000000
37     37 LOC111099092   34.0000000    31.000000   26.000000   27.000000
38     38 LOC111099093   41.0000000    68.000000   40.000000   44.000000
39     39 LOC111099095   24.0000000    33.000000   62.000000   31.000000
40     40 LOC111099097   27.0000000    79.000000   24.000000   13.000000
41     41 LOC111099098   32.0000000   137.000000          NA          NA
42     42 LOC111099101   67.0000000    26.000000   17.000000   16.000000
43     43 LOC111099102   30.0000000    22.000000   19.000000   60.000000
44     44 LOC111099104   27.0000000   221.000000   85.000000   47.000000
45     45 LOC111099105   29.0000000     8.000000   17.000000   17.000000
46     46 LOC111099106    1.2500000    21.750000  100.500000  159.000000
47     47 LOC111099108  116.0000000   332.000000          NA          NA
48     48 LOC111099109   25.0000000    43.000000   53.000000   61.000000
49     49 LOC111099110   68.0000000    50.000000   59.000000          NA
50     50 LOC111099111  148.0000000    47.000000   98.000000          NA
51     51 LOC111099112    7.0000000   178.000000   37.000000   36.000000
52     52 LOC111099114   25.0000000   190.000000          NA          NA
53     53 LOC111099115   26.0000000    41.000000   23.000000   11.000000
54     54 LOC111099118   14.0000000    52.000000   58.000000   21.000000
55     55 LOC111099119  127.0000000    19.000000   63.000000          NA
56     56 LOC111099120  154.0000000    73.000000   88.000000          NA
57     57 LOC111099122   60.0000000    16.000000   22.000000    9.000000
58     58 LOC111099123    4.0000000    50.000000    8.000000   12.000000
59     59 LOC111099125   63.2000000    36.000000   20.000000   17.000000
60     60 LOC111099127   25.0000000    87.333333  244.000000          NA
61     61 LOC111099131  118.0000000   118.000000  117.000000  117.000000
62     62 LOC111099132  328.0000000   204.000000  143.000000          NA
63     63 LOC111099135  206.0000000   121.500000   96.250000   94.750000
64     64 LOC111099136  554.0000000   296.000000  153.000000  258.000000
65     65 LOC111099138  103.0000000    11.000000   25.000000  122.000000
66     66 LOC111099140   15.0000000    13.000000    8.000000   32.000000
67     67 LOC111099143  596.0000000           NA          NA          NA
68     68 LOC111099145   12.0000000   233.000000   29.000000   54.000000
69     69 LOC111099147   24.0000000    18.000000   28.000000   17.000000
70     70 LOC111099151  211.0000000    52.000000   23.000000   45.000000
71     71 LOC111099152   42.0000000    43.500000   39.000000   39.000000
72     72 LOC111099153   13.0000000    20.000000   15.000000   13.000000
73     73 LOC111099155   15.0000000    48.000000   35.000000   60.000000
74     74 LOC111099156   38.0000000    56.000000   69.000000   76.000000
75     75 LOC111099157   46.6666667    36.166667   47.500000   50.944444
76     76 LOC111099158  120.0000000    24.000000  168.000000          NA
77     77 LOC111099161   18.0000000    12.000000   17.000000   14.000000
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189   189 LOC111099557   72.0000000    84.000000   71.500000   49.000000
190   190 LOC111099560  152.0000000   155.000000   97.000000          NA
191   191 LOC111099561  208.0000000   103.000000   88.000000          NA
192   192 LOC111099567   62.0000000    36.500000   20.500000   50.000000
193   193 LOC111099570   13.0000000    17.000000   21.000000   70.000000
194   194 LOC111099571   30.0000000    31.000000   46.000000   29.000000
195   195 LOC111099572  162.0000000    32.000000   26.000000   53.000000
196   196 LOC111099573   30.0000000    29.000000   30.000000   73.000000
197   197 LOC111099576    2.0000000    28.000000   88.000000          NA
198   198 LOC111099580  118.3333333    50.666667  247.000000   58.000000
199   199 LOC111099582   25.0000000    32.000000   25.000000   11.000000
200   200 LOC111099584   21.0000000    20.000000   24.000000   19.000000
201   201 LOC111099585   66.0000000    38.000000   52.000000   22.000000
202   202 LOC111099589  265.0000000           NA          NA          NA
203   203 LOC111099593   34.0000000    35.000000   24.000000   32.000000
204   204 LOC111099594   31.0000000    22.000000   41.000000   21.000000
205   205 LOC111099597   18.0000000   296.000000          NA          NA
206   206 LOC111099598   30.0000000    37.000000   44.000000   61.000000
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209   209 LOC111099603   29.0000000    39.615385   47.000000   15.461538
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218   218 LOC111099617    2.0000000     1.000000    0.000000    5.000000
219   219 LOC111099622   16.0000000    42.000000   53.000000   18.000000
220   220 LOC111099623   35.0000000    23.000000   27.000000   31.000000
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223   223 LOC111099626   10.0000000    30.000000   27.000000    4.000000
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225   225 LOC111099631   73.0000000    38.000000   94.500000          NA
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229   229 LOC111099639   42.0000000   166.000000   13.000000          NA
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304   304 LOC111099778  120.0000000   171.000000          NA          NA
305   305 LOC111099779   16.0000000    60.000000   36.000000   25.000000
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308   308 LOC111099785  105.0000000   206.000000          NA          NA
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412   412 LOC111100035   30.0000000    62.000000          NA          NA
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415   415 LOC111100043    8.0000000   189.000000          NA          NA
416   416 LOC111100044  147.0000000           NA          NA          NA
417   417 LOC111100046   26.0000000    20.000000  235.000000          NA
418   418 LOC111100047   44.0000000   592.000000  125.000000  386.000000
419   419 LOC111100049   86.0000000    13.000000  315.000000   35.000000
420   420 LOC111100052   45.0000000  2897.000000   22.000000          NA
421   421 LOC111100056   67.0000000    93.000000   61.500000   16.000000
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424   424 LOC111100062   36.0000000    58.000000   27.000000   18.000000
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428   428 LOC111100069  124.6666667    29.000000   24.000000   69.333333
429   429 LOC111100070    4.0000000    10.000000   15.000000   19.000000
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435   435 LOC111100088  183.0000000           NA          NA          NA
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449   449 LOC111100120   95.0000000   130.000000  128.000000          NA
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453   453 LOC111100136   16.0000000    27.000000   48.500000   53.000000
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459   459 LOC111100148   62.0000000    90.571429  210.714286   71.428571
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507   507 LOC111100227  193.2000000   180.800000  143.400000  259.600000
508   508 LOC111100228  212.0000000   146.000000  130.000000  323.000000
509   509 LOC111100230  216.0000000   158.000000          NA          NA
510   510 LOC111100231    5.0000000    34.000000  119.500000   82.000000
511   511 LOC111100236  169.5000000   131.000000 1045.000000          NA
512   512 LOC111100237   84.0000000   245.500000  401.500000          NA
513   513 LOC111100238   41.0000000    23.000000   77.000000   13.000000
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516   516 LOC111100241   51.0000000    33.000000   35.000000  202.000000
517   517 LOC111100242  134.0000000   127.333333  132.000000  928.000000
518   518 LOC111100244  185.0000000   238.000000  217.000000  219.000000
519   519 LOC111100247   81.0000000    81.000000   80.000000   79.000000
520   520 LOC111100248  260.0000000   261.000000  220.000000  200.000000
521   521 LOC111100249  203.0000000   123.000000  148.000000          NA
522   522 LOC111100252  294.0000000   228.000000  299.000000  249.000000
523   523 LOC111100253  305.0000000    90.000000   87.000000   88.000000
524   524 LOC111100254  236.3333333   234.000000  232.000000  233.000000
525   525 LOC111100255   91.0000000   325.000000          NA          NA
526   526 LOC111100256   32.0000000   166.000000          NA          NA
527   527 LOC111100257  235.5000000   314.000000  303.000000          NA
528   528 LOC111100258  241.0000000   150.000000  140.000000  150.000000
529   529 LOC111100259   56.0000000   204.000000          NA          NA
530   530 LOC111100260  224.0000000    59.000000          NA          NA
531   531 LOC111100261  291.0000000   242.000000  242.000000  256.000000
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980   980 LOC111100884   46.5000000   179.000000          NA          NA
981   981 LOC111100885  226.0000000   309.000000          NA          NA
982   982 LOC111100886  137.0000000   187.000000          NA          NA
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1002 1002 LOC111100910   43.0000000    19.000000   28.000000   33.000000
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1012 1012 LOC111100926  115.0000000   155.000000          NA          NA
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1015 1015 LOC111100931   75.0000000   120.000000          NA          NA
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1017 1017 LOC111100933   36.0000000    11.000000   46.000000          NA
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1022 1022 LOC111100938   21.0000000   206.000000          NA          NA
1023 1023 LOC111100939  100.0000000   134.000000          NA          NA
1024 1024 LOC111100940   67.0000000    40.000000   45.500000   48.500000
1025 1025 LOC111100941   87.0000000    85.000000   93.000000   97.000000
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1027 1027 LOC111100946  154.0000000           NA          NA          NA
1028 1028 LOC111100947   84.0000000    85.000000   99.000000          NA
1029 1029 LOC111100949  124.0000000   144.000000          NA          NA
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1079 1079 LOC111101035   18.6666667   171.000000   34.000000   42.000000
1080 1080 LOC111101036   84.4500000    31.750000   40.650000   81.650000
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1082 1082 LOC111101039  208.0000000           NA          NA          NA
1083 1083 LOC111101040   19.3333333   191.666667  285.000000          NA
1084 1084 LOC111101041   29.0000000    20.000000   25.000000   21.000000
1085 1085 LOC111101043   31.0000000    17.000000    3.000000   22.000000
1086 1086 LOC111101045    4.0000000     6.000000   27.000000   41.000000
1087 1087 LOC111101046   10.0000000     8.000000   19.000000   14.000000
1088 1088 LOC111101047  115.0000000    84.000000   46.000000   66.000000
1089 1089 LOC111101048   41.0000000    43.500000  117.000000  185.000000
1090 1090 LOC111101050   35.2500000    12.000000    9.000000   22.000000
1091 1091 LOC111101051   22.0000000    18.000000   19.000000   13.000000
1092 1092 LOC111101053   34.0000000   127.000000          NA          NA
1093 1093 LOC111101054  101.0000000   559.000000          NA          NA
1094 1094 LOC111101055   30.8000000    24.000000   18.000000   41.000000
1095 1095 LOC111101056   46.0000000    83.000000   45.000000   75.000000
1096 1096 LOC111101057   38.0000000    28.000000   16.000000   14.000000
1097 1097 LOC111101059   21.3333333   315.000000   64.000000   37.000000
1098 1098 LOC111101060   31.1666667    44.000000   46.000000   13.000000
1099 1099 LOC111101061   23.0000000    32.000000   72.000000   87.000000
1100 1100 LOC111101062  103.0000000   207.000000          NA          NA
1101 1101 LOC111101063   11.0000000   193.000000          NA          NA
1102 1102 LOC111101064   59.0000000   121.000000   42.000000  100.000000
1103 1103 LOC111101067   15.6666667   255.000000          NA          NA
1104 1104 LOC111101068   94.0000000    24.000000   68.000000          NA
1105 1105 LOC111101069   25.5000000    37.500000   33.000000   31.000000
1106 1106 LOC111101070  157.0000000   126.000000          NA          NA
1107 1107 LOC111101074    8.0000000     9.000000  128.000000    3.000000
1108 1108 LOC111101076   12.6666667    13.333333   55.000000          NA
1109 1109 LOC111101077   65.0000000    24.000000  279.000000          NA
1110 1110 LOC111101079   78.0000000    89.000000   63.000000   47.000000
1111 1111 LOC111101080   53.2000000    92.600000  288.500000  379.000000
1112 1112 LOC111101082   53.0000000   306.000000  367.500000   98.000000
1113 1113 LOC111101083  126.0000000   413.000000   54.000000          NA
1114 1114 LOC111101086    4.0000000    94.000000   16.000000   35.000000
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1118 1118 LOC111101091    9.0000000    25.000000   20.000000   23.000000
1119 1119 LOC111101093   53.8000000   510.000000          NA          NA
1120 1120 LOC111101095   12.0000000     7.000000   11.000000   14.000000
1121 1121 LOC111101096    7.0000000    26.000000   24.000000   34.000000
1122 1122 LOC111101097   10.0000000    25.000000   17.000000    1.000000
1123 1123 LOC111101101   25.0000000    47.000000   38.000000   37.000000
1124 1124 LOC111101103   40.5000000   329.125000  517.000000          NA
1125 1125 LOC111101110   59.0000000    30.000000   20.000000   37.000000
1126 1126 LOC111101111   47.0000000    39.000000   67.000000   77.000000
1127 1127 LOC111101112  233.0000000   303.000000          NA          NA
1128 1128 LOC111101113  233.0000000   232.000000  257.000000          NA
1129 1129 LOC111101114  205.0000000   212.000000  207.000000  208.000000
1130 1130 LOC111101115   39.0000000   252.000000          NA          NA
1131 1131 LOC111101116   20.0000000   202.000000          NA          NA
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1133 1133 LOC111101118   30.0000000    62.000000          NA          NA
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1135 1135 LOC111101120   61.0000000   158.000000   66.000000          NA
1136 1136 LOC111101121   71.0000000    58.333333   56.666667   84.333333
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1138 1138 LOC111101123   25.5000000    48.000000   70.000000   15.000000
1139 1139 LOC111101124   28.0000000    36.000000   40.000000   18.000000
1140 1140 LOC111101129   15.0000000    11.000000   33.000000   81.000000
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1144 1144 LOC111101139   20.0000000    55.000000   42.000000  336.000000
1145 1145 LOC111101140   12.0000000     7.000000   24.000000   41.000000
1146 1146 LOC111101141  129.6666667   145.333333  153.333333  115.333333
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1149 1149 LOC111101145  149.0000000   148.000000  149.000000  149.000000
1150 1150 LOC111101146    9.0000000    13.000000    3.000000    5.000000
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1152 1152 LOC111101148   18.0000000    13.000000   20.000000   29.000000
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1157 1157 LOC111101158   56.0000000   223.000000          NA          NA
1158 1158 LOC111101160    8.0000000    74.000000   10.000000    6.000000
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1161 1161 LOC111101164   26.0000000    21.000000   24.000000   32.000000
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1170 1170 LOC111101177   21.0000000     8.000000   42.000000   28.000000
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1172 1172 LOC111101182   15.0000000   140.000000          NA          NA
1173 1173 LOC111101183    1.0000000     5.000000    4.000000    9.000000
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1175 1175 LOC111101185   20.5000000   208.250000  268.000000          NA
1176 1176 LOC111101188  183.0000000   737.000000  306.000000  325.000000
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1184 1184 LOC111101198   22.0000000    77.000000   31.000000          NA
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1189 1189 LOC111101208   35.0000000     9.000000   35.000000   19.000000
1190 1190 LOC111101210  738.0000000    52.000000  112.000000   23.000000
1191 1191 LOC111101211   27.3333333   100.000000   13.000000  200.000000
1192 1192 LOC111101212   98.3636364    42.000000   38.727273   29.363636
1193 1193 LOC111101214   44.0000000    45.000000   77.000000   93.000000
1194 1194 LOC111101215   32.0000000    85.000000   34.000000   55.000000
1195 1195 LOC111101216   37.5000000    59.500000   52.000000  126.500000
1196 1196 LOC111101217   46.0000000    18.000000    4.000000  104.000000
1197 1197 LOC111101222   26.0000000    70.000000   50.000000   65.000000
1198 1198 LOC111101223   14.0000000    53.000000   25.000000   26.000000
1199 1199 LOC111101228   70.0000000    33.000000   17.000000    8.000000
1200 1200 LOC111101229   37.3333333    23.666667   41.000000   28.666667
1201 1201 LOC111101230   63.0000000    56.500000   49.750000   62.500000
1202 1202 LOC111101232   61.0000000    50.000000   30.000000   29.000000
1203 1203 LOC111101233   10.6666667    35.000000   29.000000   37.000000
1204 1204 LOC111101234   99.0000000           NA          NA          NA
1205 1205 LOC111101236    4.0000000    16.000000    5.000000   64.000000
1206 1206 LOC111101237   35.0000000    43.000000   36.000000   24.000000
1207 1207 LOC111101238   76.0000000    24.000000   58.000000   82.000000
1208 1208 LOC111101240   25.0000000     0.000000    3.000000    0.000000
1209 1209 LOC111101249   29.0000000     5.000000   10.000000    3.000000
1210 1210 LOC111101250   23.5000000    20.000000   46.000000  349.000000
1211 1211 LOC111101251   54.0000000    64.000000   42.000000   34.000000
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1213 1213 LOC111101253   71.0000000    91.000000   41.000000   23.000000
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1219 1219 LOC111101262   22.0000000    45.000000   30.000000   17.000000
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1242 1242 LOC111101326  222.5000000   151.500000  191.000000  154.500000
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1255 1255 LOC111101348  162.0000000           NA          NA          NA
1256 1256 LOC111101349   75.6666667    83.666667  101.000000   92.000000
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1263 1263 LOC111101365   32.0000000    26.000000   40.000000   25.000000
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1300 1300 LOC111101467  105.0000000    64.000000  437.000000          NA
1301 1301 LOC111101470    5.0000000     1.000000   13.000000    1.000000
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1305 1305 LOC111101481   32.0000000    13.000000   52.000000   40.000000
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1309 1309 LOC111101495   39.0000000    12.000000   28.000000          NA
1310 1310 LOC111101501  176.0000000   192.000000  439.000000          NA
1311 1311 LOC111101502   34.0000000    56.000000   14.000000  155.000000
1312 1312 LOC111101504   84.0000000   461.000000   74.000000          NA
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1314 1314 LOC111101509   66.0000000    63.000000   58.000000   79.000000
1315 1315 LOC111101510   32.5000000     5.000000    7.000000    8.000000
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1317 1317 LOC111101512   14.0000000    50.000000   19.000000   58.000000
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1430 1430 LOC111101768  324.0000000   185.000000  285.000000          NA
1431 1431 LOC111101769   28.0000000    41.000000   42.000000   79.000000
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1538 1538 LOC111101995  208.0000000           NA          NA          NA
1539 1539 LOC111101996   72.0000000  1221.000000          NA          NA
1540 1540 LOC111101997   22.0000000    18.000000   15.000000    6.000000
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1542 1542 LOC111102002  376.0000000   439.000000          NA          NA
1543 1543 LOC111102003  158.0000000   426.000000          NA          NA
1544 1544 LOC111102004  254.0000000   201.000000  352.000000          NA
1545 1545 LOC111102010 2624.0000000           NA          NA          NA
1546 1546 LOC111102011 1177.0000000           NA          NA          NA
1547 1547 LOC111102014   45.0000000   176.000000   46.000000    9.000000
1548 1548 LOC111102015   59.0000000     9.000000   15.000000   44.000000
1549 1549 LOC111102020   26.0000000    58.750000   77.000000   34.000000
1550 1550 LOC111102022   64.0000000   181.000000   71.000000   40.000000
1551 1551 LOC111102023  205.0000000   235.000000  215.000000  222.000000
1552 1552 LOC111102031  394.0000000           NA          NA          NA
1553 1553 LOC111102036   69.0000000    86.000000   71.000000   72.000000
1554 1554 LOC111102038   33.0000000    36.000000   85.000000   73.000000
1555 1555 LOC111102041   36.0000000    38.000000  240.000000          NA
1556 1556 LOC111102044   33.0000000    89.000000   21.000000  112.000000
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1561 1561 LOC111102052  349.0000000           NA          NA          NA
1562 1562 LOC111102060   94.0000000   376.000000          NA          NA
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1571 1571 LOC111102086 1076.0000000    41.000000          NA          NA
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1573 1573 LOC111102089   23.0000000   190.000000  336.000000          NA
1574 1574 LOC111102092   22.0000000    19.000000   20.000000   30.000000
1575 1575 LOC111102102   71.0000000    86.000000   30.000000  122.000000
1576 1576 LOC111102105  290.0000000   171.000000  290.000000          NA
1577 1577 LOC111102106  863.0000000           NA          NA          NA
1578 1578 LOC111102107 2546.0000000           NA          NA          NA
1579 1579 LOC111102109  116.0000000   121.000000  122.000000          NA
1580 1580 LOC111102112   32.0000000   118.000000   25.000000          NA
1581 1581 LOC111102113   68.0000000    49.000000   16.000000    5.000000
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1583 1583 LOC111102120  160.0000000           NA          NA          NA
1584 1584 LOC111102123   70.0000000    95.000000   61.000000   79.000000
1585 1585 LOC111102125   64.0000000    79.000000   32.000000  139.000000
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1587 1587 LOC111102133   14.0000000    78.000000   16.000000   31.000000
1588 1588 LOC111102138   61.0000000    17.000000   30.000000   37.000000
1589 1589 LOC111102143   13.0000000    29.000000   48.000000   64.000000
1590 1590 LOC111102144   12.0000000    10.333333  209.333333  586.000000
1591 1591 LOC111102146    5.0000000    12.000000   37.000000   11.000000
1592 1592 LOC111102147   39.0000000    11.000000   28.000000    3.000000
1593 1593 LOC111102157  510.0000000    98.000000          NA          NA
1594 1594 LOC111102159  553.0000000           NA          NA          NA
1595 1595 LOC111102162 1994.0000000           NA          NA          NA
1596 1596 LOC111102163  742.0000000    34.000000          NA          NA
1597 1597 LOC111102167  988.0000000   210.000000  170.000000          NA
1598 1598 LOC111102170 1127.0000000           NA          NA          NA
1599 1599 LOC111102171   12.0000000   232.000000   66.000000   33.000000
1600 1600 LOC111102180   36.0000000    44.000000   68.000000   30.000000
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1603 1603 LOC111102187 1451.0000000           NA          NA          NA
1604 1604 LOC111102188 2533.0000000           NA          NA          NA
1605 1605 LOC111102197   12.0000000    18.000000   39.000000  238.000000
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1607 1607 LOC111102204  733.0000000           NA          NA          NA
1608 1608 LOC111102207   91.0000000   145.000000   82.000000          NA
1609 1609 LOC111102209  412.0000000   210.000000  446.000000  215.000000
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1612 1612 LOC111102219  473.0000000           NA          NA          NA
1613 1613 LOC111102230   29.0000000    12.000000   69.000000   18.000000
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1618 1618 LOC111102241   45.6000000    37.000000   59.400000   28.200000
1619 1619 LOC111102243   22.0000000    15.000000   14.000000   66.000000
1620 1620 LOC111102244   79.0000000    10.000000  165.000000          NA
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1625 1625 LOC111102255  201.5000000    41.000000   49.000000          NA
1626 1626 LOC111102258   14.0000000    34.000000   19.000000   54.000000
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1628 1628 LOC111102272   30.0000000    16.000000   23.000000   35.000000
1629 1629 LOC111102275   47.0000000    38.000000    5.000000   16.000000
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1634 1634 LOC111102280  157.0000000   389.000000   53.000000    9.000000
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1636 1636 LOC111102283  158.0000000    48.250000   53.500000  485.000000
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1639 1639 LOC111102291   14.0000000     4.000000   49.000000   54.000000
1640 1640 LOC111102295   18.0000000   181.000000  182.000000  336.000000
1641 1641 LOC111102301  292.0000000   339.000000  371.000000          NA
1642 1642 LOC111102304   17.0000000    26.000000   30.000000   54.000000
1643 1643 LOC111102305   56.0000000    94.000000   70.000000   46.000000
1644 1644 LOC111102306   48.0000000    60.000000   61.000000   48.000000
1645 1645 LOC111102307   83.0000000    97.000000   95.000000   74.000000
1646 1646 LOC111102309   64.0000000    22.000000   13.000000          NA
1647 1647 LOC111102335   25.0000000    14.000000   21.000000   12.000000
1648 1648 LOC111102336   18.0000000    80.000000   34.000000   19.000000
1649 1649 LOC111102337   86.5000000    25.000000  176.000000   18.000000
1650 1650 LOC111102340   22.0000000    14.000000   11.000000   20.000000
1651 1651 LOC111102342   53.0000000    23.000000   52.600000   58.200000
1652 1652 LOC111102347  121.0000000    65.000000  151.000000          NA
1653 1653 LOC111102348   95.0000000    40.000000  169.000000          NA
1654 1654 LOC111102350   32.0000000    19.000000   43.000000   58.000000
1655 1655 LOC111102352   64.6666667    73.333333   26.333333   15.000000
1656 1656 LOC111102353  128.2500000    57.250000  116.750000   95.250000
1657 1657 LOC111102357   60.0000000    37.000000   32.000000   16.000000
1658 1658 LOC111102361  145.8333333    18.833333   16.416667   25.083333
1659 1659 LOC111102365   29.0000000    44.000000   29.000000   53.000000
1660 1660 LOC111102366   58.3333333   107.000000   64.000000   43.000000
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1763 1763 LOC111102641   21.0000000   186.000000          NA          NA
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1767 1767 LOC111102645  183.0000000   188.000000  209.500000  189.500000
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1769 1769 LOC111102649   39.0000000    32.000000   58.000000   63.000000
1770 1770 LOC111102654    7.0000000    14.000000   11.000000   17.000000
1771 1771 LOC111102659   28.0000000    23.000000   29.000000          NA
1772 1772 LOC111102661   92.0000000   161.000000          NA          NA
1773 1773 LOC111102665  175.5000000    91.500000   54.000000  115.000000
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1780 1780 LOC111102676    0.0000000    21.000000   48.000000    8.000000
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1782 1782 LOC111102678   26.0000000    32.000000   24.000000   20.000000
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1800 1800 LOC111102736  134.0000000   152.000000  128.000000  136.000000
1801 1801 LOC111102737  289.5000000   217.750000  220.000000  366.500000
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1803 1803 LOC111102739  111.0000000    88.000000   87.000000  340.000000
1804 1804 LOC111102741  186.5000000   221.000000  114.000000   42.000000
1805 1805 LOC111102742  238.0000000   236.000000  295.000000          NA
1806 1806 LOC111102743  188.0000000    21.000000   16.000000   93.000000
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1809 1809 LOC111102749 1342.0000000           NA          NA          NA
1810 1810 LOC111102753   23.0000000    23.000000   47.000000   34.000000
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1812 1812 LOC111102758   45.8000000   302.000000          NA          NA
1813 1813 LOC111102759   65.0000000     8.000000  137.000000    7.000000
1814 1814 LOC111102762   28.0000000    24.000000   28.000000   41.000000
1815 1815 LOC111102767    9.0000000    11.000000    3.000000    8.000000
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1818 1818 LOC111102770   13.0000000    39.500000  108.000000   85.500000
1819 1819 LOC111102774   78.0000000   384.000000          NA          NA
1820 1820 LOC111102779  111.0000000    20.333333   72.000000   83.000000
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1824 1824 LOC111102792   68.0000000   277.000000          NA          NA
1825 1825 LOC111102797    3.0000000    82.000000          NA          NA
1826 1826 LOC111102798  197.0000000           NA          NA          NA
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1869 1869 LOC111102874   26.0000000     5.000000    8.000000   19.000000
1870 1870 LOC111102878   15.2000000    73.200000   50.200000   36.100000
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1872 1872 LOC111102880   20.0000000    35.000000   14.000000          NA
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1875 1875 LOC111102889  199.5000000    89.000000   81.000000  119.000000
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1879 1879 LOC111102893   84.0000000    84.000000   89.000000          NA
1880 1880 LOC111102894   11.0000000    22.000000   19.000000   22.000000
1881 1881 LOC111102895   15.0000000    15.000000   21.000000   15.000000
1882 1882 LOC111102897   17.0000000    17.000000   27.000000   22.000000
1883 1883 LOC111102898  240.0000000           NA          NA          NA
1884 1884 LOC111102903   11.0000000     4.000000   17.000000   17.000000
1885 1885 LOC111102904   23.0000000    18.000000  199.000000   29.000000
1886 1886 LOC111102905   26.0000000     1.000000    5.000000   32.000000
1887 1887 LOC111102906    9.0000000    47.000000   42.000000   32.000000
1888 1888 LOC111102907    3.5000000    52.000000   57.000000   29.000000
1889 1889 LOC111102908  333.0000000    28.000000   34.000000          NA
1890 1890 LOC111102910   24.0000000   302.000000          NA          NA
1891 1891 LOC111102912   29.0000000    96.666667   84.000000   50.000000
1892 1892 LOC111102915   26.0000000    13.000000   31.000000   43.000000
1893 1893 LOC111102916   17.0000000    32.000000   23.000000   61.000000
1894 1894 LOC111102917   12.0000000    14.000000    2.000000   12.000000
1895 1895 LOC111102918   61.0000000    57.000000   60.000000          NA
1896 1896 LOC111102919   20.0000000    11.000000   53.000000   16.000000
1897 1897 LOC111102928  101.0000000    26.000000   56.000000          NA
1898 1898 LOC111102930   23.0000000    53.000000   12.000000   44.000000
1899 1899 LOC111102931   30.5000000    27.000000   21.000000  104.000000
1900 1900 LOC111102932   64.6666667   399.000000          NA          NA
1901 1901 LOC111102934   36.0000000    51.000000   34.000000   19.000000
1902 1902 LOC111102935   46.0000000    30.000000   53.000000   14.000000
1903 1903 LOC111102936   34.0000000    41.000000   74.000000   71.500000
1904 1904 LOC111102937   73.0000000    26.000000   56.000000  223.000000
1905 1905 LOC111102938    6.0000000   382.000000          NA          NA
1906 1906 LOC111102943   39.0000000    21.000000   14.000000   18.000000
1907 1907 LOC111102944   58.0000000    21.000000   38.000000   28.000000
1908 1908 LOC111102946  134.0000000   301.000000   56.000000  372.333333
1909 1909 LOC111102949   34.0000000    20.000000  154.000000          NA
1910 1910 LOC111102954  110.0000000   115.000000   55.000000   50.000000
1911 1911 LOC111102958   69.0000000   110.000000  150.000000          NA
1912 1912 LOC111102962 1007.0000000   978.500000          NA          NA
1913 1913 LOC111102963   70.0000000    32.500000   38.500000   53.000000
1914 1914 LOC111102965   13.0000000    27.000000  651.000000          NA
1915 1915 LOC111102967   58.0000000    14.000000   22.000000   29.000000
1916 1916 LOC111102970   30.8333333    40.333333   21.000000   13.166667
1917 1917 LOC111102972    3.0000000    26.000000   30.000000   15.000000
1918 1918 LOC111102973 1355.0000000   307.000000          NA          NA
1919 1919 LOC111102975   46.0000000    17.000000   20.000000   11.000000
1920 1920 LOC111102977   53.0000000     4.000000    8.000000    5.000000
1921 1921 LOC111102980   36.0000000   262.000000          NA          NA
1922 1922 LOC111102986  137.0000000    47.000000   32.000000          NA
1923 1923 LOC111102987   39.6000000    19.600000   24.000000   20.000000
1924 1924 LOC111102992  451.0000000    98.000000  396.000000   23.000000
1925 1925 LOC111102993  184.0000000   148.000000  517.000000          NA
1926 1926 LOC111102997   12.0000000     5.000000   34.000000    3.000000
1927 1927 LOC111103000    8.0000000    39.000000   43.000000  111.000000
1928 1928 LOC111103002    7.3333333    17.333333   27.000000   22.333333
1929 1929 LOC111103004   29.0000000    14.000000    4.000000    6.000000
1930 1930 LOC111103006   67.0000000     6.000000   13.000000    4.000000
1931 1931 LOC111103012  275.0000000           NA          NA          NA
1932 1932 LOC111103014   26.0000000    18.000000   27.000000   42.000000
1933 1933 LOC111103015   65.0000000    21.000000   44.000000   39.000000
1934 1934 LOC111103016  123.5000000   204.000000          NA          NA
1935 1935 LOC111103017   95.0000000    71.000000   64.000000   80.000000
1936 1936 LOC111103018  253.7500000   245.750000  242.750000  474.000000
1937 1937 LOC111103019   44.6666667    53.000000   30.000000   37.000000
1938 1938 LOC111103020  328.0000000   295.000000  295.000000  519.000000
1939 1939 LOC111103021   48.0000000    51.000000   45.000000   27.000000
1940 1940 LOC111103022   85.0000000   103.000000   47.000000   49.000000
1941 1941 LOC111103023   74.0000000   110.000000   99.000000  142.000000
1942 1942 LOC111103024  518.0000000   409.800000  265.400000  311.600000
1943 1943 LOC111103026   16.0000000   267.000000          NA          NA
1944 1944 LOC111103032   13.5000000    31.000000   34.000000   57.000000
1945 1945 LOC111103037   83.0000000   418.000000   46.000000   57.000000
1946 1946 LOC111103038   24.0000000    52.000000  365.000000          NA
1947 1947 LOC111103039   13.0000000     6.000000   56.000000   18.500000
1948 1948 LOC111103044   14.3333333    12.000000   35.000000   40.000000
1949 1949 LOC111103046   21.0000000    39.000000   41.000000   21.000000
1950 1950 LOC111103048   15.0000000   256.000000          NA          NA
1951 1951 LOC111103053  165.6666667   222.000000  256.000000  195.000000
1952 1952 LOC111103060   15.0000000    27.000000   32.000000   12.000000
1953 1953 LOC111103061   31.0000000   130.428571   26.500000  172.333333
1954 1954 LOC111103063  108.0000000    96.000000   38.000000          NA
1955 1955 LOC111103064  280.0000000   309.000000  299.000000  280.000000
1956 1956 LOC111103067   77.0000000    42.000000  162.000000          NA
1957 1957 LOC111103069  154.0000000    18.000000   35.000000   30.000000
1958 1958 LOC111103072   14.0000000    39.000000   17.000000   19.000000
1959 1959 LOC111103074   88.0000000   505.000000          NA          NA
1960 1960 LOC111103075  105.2500000   302.250000  370.000000          NA
1961 1961 LOC111103076   69.0000000   378.000000          NA          NA
1962 1962 LOC111103077  188.0000000   116.000000  196.000000  120.000000
1963 1963 LOC111103080   24.3333333    53.000000   23.000000   43.000000
1964 1964 LOC111103081  708.0000000    27.000000  454.000000          NA
1965 1965 LOC111103090   32.3333333    61.000000   31.000000   50.833333
1966 1966 LOC111103091   19.5000000    18.000000   33.000000   23.000000
1967 1967 LOC111103093    2.0000000     9.000000  105.000000          NA
1968 1968 LOC111103094   45.0000000   106.000000   39.000000   25.000000
1969 1969 LOC111103095   87.5555556    30.888889   14.666667   23.777778
1970 1970 LOC111103096    4.0000000    21.000000   44.000000   22.000000
1971 1971 LOC111103106   81.0000000    95.000000   83.000000   84.000000
1972 1972 LOC111103107   30.5000000   134.000000  109.000000   24.000000
1973 1973 LOC111103108    3.0000000    14.000000    7.000000    5.000000
1974 1974 LOC111103109   25.0000000     4.000000  139.000000          NA
1975 1975 LOC111103110   99.0000000   127.000000  143.000000  171.000000
1976 1976 LOC111103113   14.0000000    48.000000   36.000000    8.000000
1977 1977 LOC111103115   61.5833333     7.000000    5.000000   53.666667
1978 1978 LOC111103116   36.3333333    43.000000   16.000000    8.000000
1979 1979 LOC111103123  144.0000000    41.000000   35.000000   48.000000
1980 1980 LOC111103128   86.0000000   105.000000   63.000000  108.000000
1981 1981 LOC111103135   14.0000000    10.000000   32.000000   37.000000
1982 1982 LOC111103136   84.0000000  1474.000000          NA          NA
1983 1983 LOC111103139   41.0000000    25.000000   20.000000   11.000000
1984 1984 LOC111103143  182.5000000   101.333333   71.333333  126.000000
1985 1985 LOC111103144   72.0000000    13.000000   22.000000   14.000000
1986 1986 LOC111103146   21.0000000    13.666667   24.333333   43.666667
1987 1987 LOC111103148   21.0000000    21.000000   17.000000   16.000000
1988 1988 LOC111103150   71.0000000   105.000000  240.000000  115.000000
1989 1989 LOC111103155   34.0000000    34.000000    6.000000  133.500000
1990 1990 LOC111103156   46.0000000    31.000000   29.000000   12.000000
1991 1991 LOC111103163 1201.0000000   619.000000  261.000000          NA
1992 1992 LOC111103165  110.0000000   223.000000  111.000000   42.000000
1993 1993 LOC111103167    7.5000000    42.000000   35.000000   35.000000
1994 1994 LOC111103170    9.0000000     4.000000    4.000000    4.000000
1995 1995 LOC111103177  498.0000000   102.000000  480.000000          NA
1996 1996 LOC111103178   74.0000000    68.000000          NA          NA
1997 1997 LOC111103184   29.0000000    16.000000   23.000000   38.000000
1998 1998 LOC111103188  211.0000000   718.000000          NA          NA
1999 1999 LOC111103190   13.0000000    10.000000   20.000000   24.000000
2000 2000 LOC111103191   22.0000000    24.000000   29.000000   26.000000
2001 2001 LOC111103192   24.0000000    26.000000   25.000000   56.000000
2002 2002 LOC111103194   12.0000000   165.000000          NA          NA
2003 2003 LOC111103203   56.0000000   124.000000  127.000000          NA
2004 2004 LOC111103204   37.0000000   157.333333  223.000000          NA
2005 2005 LOC111103212   30.0000000    66.000000  307.000000          NA
2006 2006 LOC111103213  232.0000000   911.000000          NA          NA
2007 2007 LOC111103216   44.0000000    81.000000  180.000000          NA
2008 2008 LOC111103217   34.0000000   254.000000          NA          NA
2009 2009 LOC111103220   42.5000000    55.000000   36.250000   37.000000
2010 2010 LOC111103223   22.8750000     7.500000    6.750000    2.625000
2011 2011 LOC111103224   10.0000000    30.000000   24.000000   71.000000
2012 2012 LOC111103225   29.0000000   156.000000   77.000000   61.000000
2013 2013 LOC111103226   46.0000000    12.000000   27.000000    7.000000
2014 2014 LOC111103227   82.0000000    70.000000   77.000000   74.000000
2015 2015 LOC111103229  511.0000000   254.000000   87.000000  430.000000
2016 2016 LOC111103231  215.0000000   158.000000  141.000000   71.000000
2017 2017 LOC111103234   11.7500000    44.000000   12.333333   11.666667
2018 2018 LOC111103235   35.0000000    45.000000   24.000000   59.000000
2019 2019 LOC111103244   38.6666667    10.000000    6.000000   23.000000
2020 2020 LOC111103246   45.0000000    33.000000    3.000000   17.000000
2021 2021 LOC111103247  896.0000000   177.000000  298.000000  121.000000
2022 2022 LOC111103248  201.0000000    82.000000   13.000000          NA
2023 2023 LOC111103250   37.0000000    32.000000   40.000000   50.000000
2024 2024 LOC111103260    7.0000000    30.000000   29.000000   36.000000
2025 2025 LOC111103261  277.0000000   168.000000  194.000000          NA
2026 2026 LOC111103264   78.0000000    26.000000   42.000000   37.000000
2027 2027 LOC111103270   16.1428571    46.000000   34.000000   12.000000
2028 2028 LOC111103272   45.0000000    34.000000   52.000000   29.000000
2029 2029 LOC111103273   42.0000000    31.000000   24.000000   14.000000
2030 2030 LOC111103275    5.0000000    73.000000  114.000000  147.000000
2031 2031 LOC111103277  325.0000000  1294.000000          NA          NA
2032 2032 LOC111103279   14.0000000    89.000000   57.000000    6.000000
2033 2033 LOC111103284   33.0000000    30.000000   27.000000   11.000000
2034 2034 LOC111103285    4.0000000    34.000000   32.000000  103.000000
2035 2035 LOC111103286   14.0000000    14.000000   12.000000   10.000000
2036 2036 LOC111103287   48.0000000    35.000000   26.000000   18.000000
2037 2037 LOC111103288   30.0000000    39.000000   51.000000   32.000000
2038 2038 LOC111103289  110.5000000    68.000000  213.500000  217.500000
2039 2039 LOC111103292   37.0000000    65.000000  174.000000          NA
2040 2040 LOC111103293   47.0000000    19.000000   17.000000   21.000000
2041 2041 LOC111103294   34.0000000    54.000000   43.000000   42.000000
2042 2042 LOC111103297   29.0000000    97.000000   19.000000   63.000000
2043 2043 LOC111103298   35.5000000    32.000000   63.000000          NA
2044 2044 LOC111103299   14.0000000   162.000000          NA          NA
2045 2045 LOC111103304   38.1666667    39.666667   47.500000   32.166667
2046 2046 LOC111103305   34.0000000    85.000000   46.750000   81.250000
2047 2047 LOC111103306   32.3333333   127.666667   89.000000   61.000000
2048 2048 LOC111103307   44.0000000    19.000000   12.000000   24.000000
2049 2049 LOC111103309  215.0000000    14.000000   59.000000  145.000000
2050 2050 LOC111103310   41.0000000   176.000000  181.000000   28.000000
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2052 2052 LOC111103312   72.0000000    25.000000   34.000000   28.500000
2053 2053 LOC111103313   15.0000000    39.000000   65.000000          NA
2054 2054 LOC111103314   21.0000000   139.000000    9.000000  107.000000
2055 2055 LOC111103315   35.7500000    52.750000   37.750000   28.250000
2056 2056 LOC111103317  195.0000000    52.000000   51.000000          NA
2057 2057 LOC111103319  146.0000000    56.000000   54.000000          NA
2058 2058 LOC111103320   12.0000000    19.000000   37.000000   26.000000
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2061 2061 LOC111103325   38.0000000    26.000000   18.000000   27.000000
2062 2062 LOC111103326   71.0000000    35.000000   55.000000   16.000000
2063 2063 LOC111103337   48.0000000    38.000000   35.000000   12.000000
2064 2064 LOC111103338   12.0000000   150.000000   14.000000   49.500000
2065 2065 LOC111103339   24.6666667    35.000000   17.333333   27.666667
2066 2066 LOC111103340    4.0000000    13.000000   37.000000    8.000000
2067 2067 LOC111103342   53.6666667   856.666667   10.000000          NA
2068 2068 LOC111103343   92.0000000    17.000000   10.000000   38.000000
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2072 2072 LOC111103348   64.0000000   258.500000          NA          NA
2073 2073 LOC111103349   33.0000000     4.000000   33.000000   10.000000
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2081 2081 LOC111103363  860.0000000           NA          NA          NA
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2085 2085 LOC111103370   31.3333333    29.666667   51.666667   63.666667
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2091 2091 LOC111103377   35.0000000    35.000000   22.000000   25.000000
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2099 2099 LOC111103389   78.0000000    27.000000  110.000000   18.000000
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2103 2103 LOC111103393   68.2000000    99.000000   81.000000   28.000000
2104 2104 LOC111103394  180.5000000    91.000000  155.000000  107.000000
2105 2105 LOC111103395  192.0000000   156.000000  239.000000  126.000000
2106 2106 LOC111103396  150.6000000    53.800000   32.800000   41.400000
2107 2107 LOC111103397  250.0000000           NA          NA          NA
2108 2108 LOC111103398    8.0000000    11.000000   56.000000   23.000000
2109 2109 LOC111103399   14.0000000     7.000000    6.000000  545.000000
2110 2110 LOC111103400   25.0000000   311.500000   23.000000   13.000000
2111 2111 LOC111103401  130.3333333   119.000000  137.000000  163.000000
2112 2112 LOC111103402  148.0000000   340.333333   85.000000          NA
2113 2113 LOC111103403    4.0000000   292.000000          NA          NA
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2115 2115 LOC111103405   94.7500000    23.500000   17.750000   39.250000
2116 2116 LOC111103407  116.5000000    30.000000   28.500000   27.500000
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2118 2118 LOC111103411   22.0000000     8.000000  120.000000  140.000000
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2204 2204 LOC111103583  100.0000000    53.000000   70.000000   68.000000
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2209 2209 LOC111103592  145.0000000    56.000000  234.000000          NA
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2220 2220 LOC111103606  114.0000000   159.000000  139.000000  112.000000
2221 2221 LOC111103609  441.0000000           NA          NA          NA
2222 2222 LOC111103611   57.0000000    76.000000   56.000000   12.000000
2223 2223 LOC111103612  229.0000000   379.000000  607.000000          NA
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2229 2229 LOC111103621    4.0000000    16.000000    3.000000    3.000000
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2258 2258 LOC111103677   65.0000000     2.000000          NA          NA
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2331 2331 LOC111103820    6.0000000    38.000000    7.000000   23.000000
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2333 2333 LOC111103823   62.0000000   106.000000   39.000000   52.500000
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2446 2446 LOC111103995  310.0000000   308.000000  299.000000  299.000000
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2555 2555 LOC111104158   27.0000000    30.000000   16.000000   25.000000
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2558 2558 LOC111104162   19.0000000     7.000000    2.000000    3.000000
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2893 2893 LOC111104864  120.0000000   101.000000   65.000000  115.000000
2894 2894 LOC111104866    5.0000000    43.000000    4.000000    3.000000
2895 2895 LOC111104867    5.0000000     3.000000   22.000000   27.000000
2896 2896 LOC111104871   16.0000000    16.000000   16.000000   17.000000
2897 2897 LOC111104873   18.6666667    96.333333   92.333333   25.666667
2898 2898 LOC111104878   49.0000000    40.000000   61.000000   31.000000
2899 2899 LOC111104893  191.0000000           NA          NA          NA
2900 2900 LOC111104894   28.0000000    91.000000   78.000000   54.000000
2901 2901 LOC111104899  523.0000000    30.000000          NA          NA
2902 2902 LOC111104904  159.0000000   139.000000   71.000000  327.000000
2903 2903 LOC111104930  398.0000000    34.000000   40.000000          NA
2904 2904 LOC111104944   54.0000000    69.000000   77.000000   49.000000
2905 2905 LOC111104966  454.0000000  3308.000000          NA          NA
2906 2906 LOC111104972   38.0000000    47.000000   93.000000   56.000000
2907 2907 LOC111104978    8.0000000    17.000000   14.000000   14.000000
2908 2908 LOC111104979 2063.0000000  2351.000000 1778.000000  586.000000
2909 2909 LOC111104980  825.0000000  1038.000000 1041.000000  975.000000
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2911 2911 LOC111104987    7.0000000    71.000000  136.000000          NA
2912 2912 LOC111104990   22.0000000   251.000000  103.000000  141.000000
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2914 2914 LOC111104995   39.0000000    51.000000  195.000000          NA
2915 2915 LOC111105000   65.5000000    36.000000   57.000000          NA
2916 2916 LOC111105015  424.0000000           NA          NA          NA
2917 2917 LOC111105016  175.0000000    53.000000          NA          NA
2918 2918 LOC111105017   65.0000000    20.000000          NA          NA
2919 2919 LOC111105024  166.0000000           NA          NA          NA
2920 2920 LOC111105026  579.0000000           NA          NA          NA
2921 2921 LOC111105027 1946.0000000           NA          NA          NA
2922 2922 LOC111105029   20.0000000    77.000000   10.000000    7.000000
2923 2923 LOC111105030  119.0000000   384.000000  187.000000  140.000000
2924 2924 LOC111105035   25.3333333    35.000000   54.000000   33.000000
2925 2925 LOC111105042  699.0000000  1026.000000 1029.000000  798.000000
2926 2926 LOC111105051  177.0000000   192.000000  176.000000  193.000000
2927 2927 LOC111105054  174.0000000   179.000000  173.000000  167.000000
2928 2928 LOC111105056   85.0000000   505.000000  213.000000          NA
2929 2929 LOC111105060   21.0000000    17.000000   44.000000   43.000000
2930 2930 LOC111105063 1463.0000000           NA          NA          NA
2931 2931 LOC111105064   16.0000000    32.000000   10.000000   19.000000
2932 2932 LOC111105065  524.0000000   186.000000   58.000000          NA
2933 2933 LOC111105066   13.0000000    21.000000   14.000000   31.000000
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2939 2939 LOC111105085   66.0000000    78.000000   85.000000   72.000000
2940 2940 LOC111105091    3.0000000    12.000000    3.000000   30.000000
2941 2941 LOC111105093 1011.0000000           NA          NA          NA
2942 2942 LOC111105094  115.0000000    92.000000  132.000000  116.000000
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2944 2944 LOC111105102  314.0000000           NA          NA          NA
2945 2945 LOC111105104   56.0000000   137.000000   92.000000   67.000000
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2949 2949 LOC111105122   25.0000000   282.000000          NA          NA
2950 2950 LOC111105129  697.0000000           NA          NA          NA
2951 2951 LOC111105132  109.0000000  1174.000000          NA          NA
2952 2952 LOC111105133   12.0000000    11.000000   30.000000   24.000000
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2954 2954 LOC111105136  541.0000000           NA          NA          NA
2955 2955 LOC111105143  305.0000000   286.000000  302.000000          NA
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2958 2958 LOC111105149   33.0000000   146.000000  146.000000  125.000000
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2962 2962 LOC111105161 1726.0000000           NA          NA          NA
2963 2963 LOC111105162  131.0000000   172.000000  127.000000  133.000000
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2965 2965 LOC111105166   27.0000000    28.000000   81.000000   38.000000
2966 2966 LOC111105169  110.0000000   110.000000   70.000000   61.000000
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2968 2968 LOC111105172   33.0000000    49.000000    4.000000    4.000000
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2998 2998 LOC111105241   26.0000000   932.000000          NA          NA
2999 2999 LOC111105245   13.0000000   185.000000   23.000000   28.000000
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3001 3001 LOC111105248   14.0000000    38.000000   30.000000   36.000000
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3003 3003 LOC111105250   15.0000000    17.000000   25.000000   14.000000
3004 3004 LOC111105251   44.0000000    35.000000  119.000000          NA
3005 3005 LOC111105252  383.0000000   406.000000          NA          NA
3006 3006 LOC111105256   48.0000000    39.000000   20.000000   20.000000
3007 3007 LOC111105258   61.0000000    20.000000    7.000000   15.000000
3008 3008 LOC111105261   35.0000000    32.000000   22.000000   27.000000
3009 3009 LOC111105262   15.0000000     5.000000    7.000000   29.000000
3010 3010 LOC111105268   64.0000000     8.000000   12.000000    8.000000
3011 3011 LOC111105269  224.0000000   253.000000          NA          NA
3012 3012 LOC111105275  272.0000000   393.000000          NA          NA
3013 3013 LOC111105279   46.0000000   155.000000          NA          NA
3014 3014 LOC111105280   41.7500000   212.000000          NA          NA
3015 3015 LOC111105286   57.0000000    31.000000   23.000000    6.000000
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4023 4023 LOC111107480   14.0000000    25.000000   59.000000   20.000000
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6162 6162 LOC111112015   42.0000000    64.000000   38.000000  252.000000
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           Exon5       Exon6        fold2        fold3        fold4
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 [ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 15409 rows ]

Metadata

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females <- c("S16F", "S19F", "S39F", "S44F", "S52F", "S53F", "S54F", "S76F", "S22F", "S29F", "S35F", "S36F", "S3F", "S41F", "S50F", "S77F")
males <- c("S12M", "S23M", "S31M", "S48M", "S59M", "S9M","S13M", "S64M", "S6M", "S7M")
controls_males <- c("S13M", "S64M", "S6M", "S7M")
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exposed_females <- c("S22F", "S29F", "S35F", "S36F", "S3F", "S41F", "S50F", "S77F")

female controls

controls_females <- c("S16F", "S19F", "S39F", "S44F", "S52F", "S53F", "S54F", "S76F")

fc <- data_frames$S16F %>%
  left_join(data_frames$S19F, by = "GeneID") %>%
  left_join(data_frames$S39F, by = "GeneID") %>%
  left_join(data_frames$S44F, by = "GeneID") %>%
  left_join(data_frames$S52F, by = "GeneID") %>%
  left_join(data_frames$S53F, by = "GeneID") %>%
  left_join(data_frames$S54F, by = "GeneID") %>%
  left_join(data_frames$S76F, by = "GeneID") %>%
  dplyr::select(GeneID, starts_with("f")) %>%
  mutate(fold2_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold2")), na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(fold3_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold3")), na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(fold4_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold4")), na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(fold5_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold5")), na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(fold6_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold6")), na.rm = TRUE)) %>%
  select(GeneID, ends_with("avg"))

# Function to calculate slope and R^2 for a row
calculate_slope_r2 <- function(row) {
  # Define x-values (fold numbers)
  x <- 2:6
  
  # Select y-values and remove rows with NA in them for both x and y
  y <- as.numeric(row)
  valid_indices <- !is.na(y)
  x <- x[valid_indices]
  y <- y[valid_indices]
  
  # Check if we have enough data points after removing NAs
  if (length(y) < 2) {
    return(c(NA, NA))  # Return NA if not enough data points to calculate slope and R^2
  }
  
  # Perform linear regression
  model <- lm(y ~ x)
  
  # Extract slope and R^2
  slope <- coef(model)[["x"]]
  r_squared <- summary(model)$r.squared
  
  # Return slope and R^2
  c(slope = slope, r_squared = r_squared)
}

# Apply the function to each row of df and create new columns for slope and R^2
fc <- fc %>%
  rowwise() %>%
  mutate(results = list(calculate_slope_r2(c_across(fold2_avg:fold6_avg)))) %>%
  ungroup() %>%
  mutate(slope = map_dbl(results, 1),
         r_squared = map_dbl(results, 2)) %>%
  select(-results)

Warning: There was 1 warning in `mutate()`.
ℹ In argument: `results =
  list(calculate_slope_r2(c_across(fold2_avg:fold6_avg)))`.
ℹ In row 6316.
Caused by warning in `summary.lm()`:
! essentially perfect fit: summary may be unreliable

# View the updated data frame
print(df)

function (x, df1, df2, ncp, log = FALSE) 
{
    if (missing(ncp)) 
        .Call(C_df, x, df1, df2, log)
    else .Call(C_dnf, x, df1, df2, ncp, log)
}
<bytecode: 0x557be6700838>
<environment: namespace:stats>

fc <- na.omit(fc)

ggplot(fc, aes(x = slope)) + 
  geom_histogram(binwidth = .002, fill = "blue", color = "black") +
  labs(title = "Histogram of slope", x = "slope", y = "Frequency") +
  theme_minimal()

ggplot(fc, aes(x = r_squared)) + 
  geom_histogram(binwidth = .02, fill = "blue", color = "black") +
  labs(title = "Histogram of r_squared", x = "r_squared", y = "Frequency") +
  theme_minimal()

Loadding log fold

Lets also get log fold change data and see if that impacts r2 and slope

# Define the vector of file paths
logfile_paths <- c(
  "../output/65-exon-coverage/S12M_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S13M_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S16F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S19F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S22F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S23M_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S29F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S31M_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S35F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S36F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S39F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S3F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S41F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S44F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S48M_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S50F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S52F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S53F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S54F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S59M_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S64M_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S6M_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S76F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S77F_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S7M_exonsum_10_logfold.csv",
  "../output/65-exon-coverage/S9M_exonsum_10_logfold.csv"
)

# Initialize an empty list to store the data frames
logdata_frames <- list()

# Loop through the file paths, read each file, and store it in the list with a named key
for (file_path in logfile_paths) {
  # Extract a meaningful name from the file path, e.g., S12M, S13M, etc.
  name <- gsub(".*/|_exonsum_10_logfold\\.csv$", "", file_path)
  
  # Read the file and assign it to the list with the name as the key
  logdata_frames[[name]] <- read.csv(file_path)
}

# At this point, `data_frames` is a list of data frames.
# You can access each data frame by its name, for example:
# data_frames$S12M  # This will give you the data frame for S12M_exonsum_10_fold.csv

logdata_frames$S12M

        X       GeneID        Exon1        Exon2       Exon3       Exon4
1       1 LOC111099029    9.0000000    25.000000   52.000000   11.000000
2       2 LOC111099033   29.0000000    46.000000   30.000000   33.000000
3       3 LOC111099034   27.0000000    29.000000   33.000000   82.000000
4       4 LOC111099035   25.0000000    17.000000   15.000000   18.000000
5       5 LOC111099036   11.0000000    13.000000   30.000000   16.000000
6       6 LOC111099040   78.6400000    13.680000   24.400000   17.080000
7       7 LOC111099041   39.0000000    75.000000   44.000000  135.000000
8       8 LOC111099043  173.0000000   266.500000  193.500000   85.000000
9       9 LOC111099044   55.0000000    52.000000   46.000000          NA
10     10 LOC111099045   16.0000000     8.000000   22.000000   12.000000
11     11 LOC111099047   22.8571429    19.142857   48.428571   30.857143
12     12 LOC111099048   58.0000000    11.000000    9.000000   58.000000
13     13 LOC111099050   39.0000000    13.000000   37.000000   35.000000
14     14 LOC111099051   50.0000000    24.000000          NA          NA
15     15 LOC111099052   56.0000000    51.000000   91.000000   54.000000
16     16 LOC111099053   29.0000000    34.000000   17.000000   41.000000
17     17 LOC111099056   16.6666667    67.000000   27.000000   10.000000
18     18 LOC111099060    9.0000000     4.500000   28.000000   70.000000
19     19 LOC111099062   11.0000000    28.000000   42.000000   22.000000
20     20 LOC111099063   14.0000000    41.000000   16.000000   24.000000
21     21 LOC111099064   23.0000000    27.000000   17.000000   35.000000
22     22 LOC111099065  129.5000000   124.000000  166.000000  281.000000
23     23 LOC111099067   40.0000000    57.000000   13.000000   35.000000
24     24 LOC111099068   63.0000000   131.500000   89.000000  109.000000
25     25 LOC111099069   50.0000000    21.000000   32.000000   18.000000
26     26 LOC111099070   29.0000000    55.000000   78.000000   29.000000
27     27 LOC111099071   17.0000000    49.000000   51.000000  108.000000
28     28 LOC111099073   77.0000000    29.000000   41.000000   30.000000
29     29 LOC111099076   46.0000000    79.000000   52.000000   46.000000
30     30 LOC111099079   41.0000000    78.000000  114.000000   69.000000
31     31 LOC111099080   13.0000000    98.000000   63.000000   52.000000
32     32 LOC111099081   24.0000000    38.000000   68.500000  112.000000
33     33 LOC111099082 1192.0000000   611.000000  198.000000          NA
34     34 LOC111099083  474.0000000    82.000000  392.000000          NA
35     35 LOC111099088   26.0000000   244.000000  159.000000   45.000000
36     36 LOC111099091   93.0000000     5.000000   25.000000   20.000000
37     37 LOC111099092   34.0000000    31.000000   26.000000   27.000000
38     38 LOC111099093   41.0000000    68.000000   40.000000   44.000000
39     39 LOC111099095   24.0000000    33.000000   62.000000   31.000000
40     40 LOC111099097   27.0000000    79.000000   24.000000   13.000000
41     41 LOC111099098   32.0000000   137.000000          NA          NA
42     42 LOC111099101   67.0000000    26.000000   17.000000   16.000000
43     43 LOC111099102   30.0000000    22.000000   19.000000   60.000000
44     44 LOC111099104   27.0000000   221.000000   85.000000   47.000000
45     45 LOC111099105   29.0000000     8.000000   17.000000   17.000000
46     46 LOC111099106    1.2500000    21.750000  100.500000  159.000000
47     47 LOC111099108  116.0000000   332.000000          NA          NA
48     48 LOC111099109   25.0000000    43.000000   53.000000   61.000000
49     49 LOC111099110   68.0000000    50.000000   59.000000          NA
50     50 LOC111099111  148.0000000    47.000000   98.000000          NA
51     51 LOC111099112    7.0000000   178.000000   37.000000   36.000000
52     52 LOC111099114   25.0000000   190.000000          NA          NA
53     53 LOC111099115   26.0000000    41.000000   23.000000   11.000000
54     54 LOC111099118   14.0000000    52.000000   58.000000   21.000000
55     55 LOC111099119  127.0000000    19.000000   63.000000          NA
56     56 LOC111099120  154.0000000    73.000000   88.000000          NA
57     57 LOC111099122   60.0000000    16.000000   22.000000    9.000000
58     58 LOC111099123    4.0000000    50.000000    8.000000   12.000000
59     59 LOC111099125   63.2000000    36.000000   20.000000   17.000000
60     60 LOC111099127   25.0000000    87.333333  244.000000          NA
61     61 LOC111099131  118.0000000   118.000000  117.000000  117.000000
62     62 LOC111099132  328.0000000   204.000000  143.000000          NA
63     63 LOC111099135  206.0000000   121.500000   96.250000   94.750000
64     64 LOC111099136  554.0000000   296.000000  153.000000  258.000000
65     65 LOC111099138  103.0000000    11.000000   25.000000  122.000000
66     66 LOC111099140   15.0000000    13.000000    8.000000   32.000000
67     67 LOC111099143  596.0000000           NA          NA          NA
68     68 LOC111099145   12.0000000   233.000000   29.000000   54.000000
69     69 LOC111099147   24.0000000    18.000000   28.000000   17.000000
70     70 LOC111099151  211.0000000    52.000000   23.000000   45.000000
71     71 LOC111099152   42.0000000    43.500000   39.000000   39.000000
72     72 LOC111099153   13.0000000    20.000000   15.000000   13.000000
73     73 LOC111099155   15.0000000    48.000000   35.000000   60.000000
74     74 LOC111099156   38.0000000    56.000000   69.000000   76.000000
75     75 LOC111099157   46.6666667    36.166667   47.500000   50.944444
76     76 LOC111099158  120.0000000    24.000000  168.000000          NA
77     77 LOC111099161   18.0000000    12.000000   17.000000   14.000000
78     78 LOC111099162   16.0000000    53.000000   39.000000   35.000000
79     79 LOC111099168   10.0000000    24.000000   35.000000   26.000000
80     80 LOC111099169   18.0000000    17.000000   41.000000   22.000000
81     81 LOC111099171   56.4000000   238.000000          NA          NA
82     82 LOC111099172   90.0000000    84.000000   72.000000   49.000000
83     83 LOC111099174   17.0000000    20.000000   33.000000   44.000000
84     84 LOC111099175  139.0000000    36.000000   23.000000   41.000000
85     85 LOC111099176   27.0000000    11.000000   28.000000   32.000000
86     86 LOC111099180   18.0000000    36.000000   31.000000    9.000000
87     87 LOC111099182   63.0000000    28.000000   45.000000   84.000000
88     88 LOC111099183   19.0000000    30.000000   36.000000   41.000000
89     89 LOC111099184   68.0000000    32.000000  308.000000          NA
90     90 LOC111099186   83.0000000    72.000000   46.000000  103.000000
91     91 LOC111099187   49.0000000    34.000000   19.000000          NA
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197   197 LOC111099576    2.0000000    28.000000   88.000000          NA
198   198 LOC111099580  118.3333333    50.666667  247.000000   58.000000
199   199 LOC111099582   25.0000000    32.000000   25.000000   11.000000
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202   202 LOC111099589  265.0000000           NA          NA          NA
203   203 LOC111099593   34.0000000    35.000000   24.000000   32.000000
204   204 LOC111099594   31.0000000    22.000000   41.000000   21.000000
205   205 LOC111099597   18.0000000   296.000000          NA          NA
206   206 LOC111099598   30.0000000    37.000000   44.000000   61.000000
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426   426 LOC111100065   87.2500000    68.500000   76.500000   78.500000
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429   429 LOC111100070    4.0000000    10.000000   15.000000   19.000000
430   430 LOC111100071  532.0000000    78.000000   63.000000          NA
431   431 LOC111100078  434.0000000   132.250000  153.000000  297.000000
432   432 LOC111100082  217.0000000    79.000000   37.000000   33.000000
433   433 LOC111100085   25.0000000     5.000000   24.000000   32.000000
434   434 LOC111100086   22.0000000    35.000000   25.000000   32.000000
435   435 LOC111100088  183.0000000           NA          NA          NA
436   436 LOC111100089    7.0000000    57.000000   23.000000   17.000000
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439   439 LOC111100093   22.0000000   412.000000          NA          NA
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459   459 LOC111100148   62.0000000    90.571429  210.714286   71.428571
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509   509 LOC111100230  216.0000000   158.000000          NA          NA
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525   525 LOC111100255   91.0000000   325.000000          NA          NA
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539   539 LOC111100269  221.0000000   375.000000  201.000000          NA
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543   543 LOC111100273   10.0000000    12.000000   51.000000   23.000000
544   544 LOC111100274    6.0000000     2.000000    9.000000   16.000000
545   545 LOC111100275   31.0000000    54.000000   14.000000   19.000000
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555   555 LOC111100288   76.6000000    98.000000   73.000000   76.000000
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653   653 LOC111100419 1743.7500000  1268.500000 1552.500000 1569.500000
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655   655 LOC111100421  180.0000000   222.000000  235.000000  188.000000
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995   995 LOC111100900   75.0000000    94.000000   42.000000   25.000000
996   996 LOC111100901  612.0000000           NA          NA          NA
997   997 LOC111100902   41.0000000    16.000000   72.000000   59.000000
998   998 LOC111100903   18.0000000    19.000000   34.000000   21.000000
999   999 LOC111100904   81.0000000    62.500000   51.500000   47.500000
1000 1000 LOC111100906   20.7500000    32.000000   51.000000   24.000000
1001 1001 LOC111100909  492.0000000    96.000000          NA          NA
1002 1002 LOC111100910   43.0000000    19.000000   28.000000   33.000000
1003 1003 LOC111100911  384.0000000    72.000000  286.000000          NA
1004 1004 LOC111100912   68.5000000   165.000000   59.000000  349.000000
1005 1005 LOC111100914   27.0000000    35.333333   41.000000   55.000000
1006 1006 LOC111100919   29.5000000   239.000000   49.000000  380.000000
1007 1007 LOC111100920   28.0000000    34.000000  167.000000  177.000000
1008 1008 LOC111100921  110.3333333   167.333333  165.000000  202.000000
1009 1009 LOC111100922   81.0000000   172.000000          NA          NA
1010 1010 LOC111100923   72.0000000   114.000000          NA          NA
1011 1011 LOC111100924   69.2000000   134.600000          NA          NA
1012 1012 LOC111100926  115.0000000   155.000000          NA          NA
1013 1013 LOC111100927   70.6666667   101.000000          NA          NA
1014 1014 LOC111100930  975.0000000   794.000000          NA          NA
1015 1015 LOC111100931   75.0000000   120.000000          NA          NA
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1017 1017 LOC111100933   36.0000000    11.000000   46.000000          NA
1018 1018 LOC111100934  241.0000000   310.000000   69.000000   24.000000
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1021 1021 LOC111100937  135.0000000   207.000000          NA          NA
1022 1022 LOC111100938   21.0000000   206.000000          NA          NA
1023 1023 LOC111100939  100.0000000   134.000000          NA          NA
1024 1024 LOC111100940   67.0000000    40.000000   45.500000   48.500000
1025 1025 LOC111100941   87.0000000    85.000000   93.000000   97.000000
1026 1026 LOC111100942   75.0000000    91.000000          NA          NA
1027 1027 LOC111100946  154.0000000           NA          NA          NA
1028 1028 LOC111100947   84.0000000    85.000000   99.000000          NA
1029 1029 LOC111100949  124.0000000   144.000000          NA          NA
1030 1030 LOC111100951   16.0000000    15.000000   23.000000   22.000000
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1032 1032 LOC111100953   90.0000000   275.000000  327.000000  114.000000
1033 1033 LOC111100954  120.0000000   120.000000  120.000000  125.000000
1034 1034 LOC111100956  100.0000000    26.000000   39.000000          NA
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1048 1048 LOC111100981   85.0000000   147.000000          NA          NA
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1098 1098 LOC111101060   31.1666667    44.000000   46.000000   13.000000
1099 1099 LOC111101061   23.0000000    32.000000   72.000000   87.000000
1100 1100 LOC111101062  103.0000000   207.000000          NA          NA
1101 1101 LOC111101063   11.0000000   193.000000          NA          NA
1102 1102 LOC111101064   59.0000000   121.000000   42.000000  100.000000
1103 1103 LOC111101067   15.6666667   255.000000          NA          NA
1104 1104 LOC111101068   94.0000000    24.000000   68.000000          NA
1105 1105 LOC111101069   25.5000000    37.500000   33.000000   31.000000
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1107 1107 LOC111101074    8.0000000     9.000000  128.000000    3.000000
1108 1108 LOC111101076   12.6666667    13.333333   55.000000          NA
1109 1109 LOC111101077   65.0000000    24.000000  279.000000          NA
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1158 1158 LOC111101160    8.0000000    74.000000   10.000000    6.000000
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1203 1203 LOC111101233   10.6666667    35.000000   29.000000   37.000000
1204 1204 LOC111101234   99.0000000           NA          NA          NA
1205 1205 LOC111101236    4.0000000    16.000000    5.000000   64.000000
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1211 1211 LOC111101251   54.0000000    64.000000   42.000000   34.000000
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1213 1213 LOC111101253   71.0000000    91.000000   41.000000   23.000000
1214 1214 LOC111101254  438.0000000   110.000000  203.000000          NA
1215 1215 LOC111101256   58.0000000    44.000000   26.000000   49.000000
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1217 1217 LOC111101258   30.8000000    42.200000   38.000000   47.000000
1218 1218 LOC111101260   32.0000000    18.000000   34.000000   10.000000
1219 1219 LOC111101262   22.0000000    45.000000   30.000000   17.000000
1220 1220 LOC111101265 1037.0000000   110.000000  247.000000  131.000000
1221 1221 LOC111101266  296.0000000           NA          NA          NA
1222 1222 LOC111101267   18.0000000    30.000000   90.000000   55.000000
1223 1223 LOC111101268   24.0000000    43.000000   70.000000   14.000000
1224 1224 LOC111101270   27.0000000    19.500000   46.000000  130.500000
1225 1225 LOC111101273   23.0000000    70.000000   17.000000   88.000000
1226 1226 LOC111101276  234.0000000   355.000000  114.000000   49.333333
1227 1227 LOC111101277   12.0000000    10.000000    6.000000    5.000000
1228 1228 LOC111101278   12.0000000    12.000000   38.000000   53.000000
1229 1229 LOC111101281  153.0000000    50.000000  242.000000          NA
1230 1230 LOC111101286   33.0000000    45.000000   17.000000   69.000000
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1242 1242 LOC111101326  222.5000000   151.500000  191.000000  154.500000
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1255 1255 LOC111101348  162.0000000           NA          NA          NA
1256 1256 LOC111101349   75.6666667    83.666667  101.000000   92.000000
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1263 1263 LOC111101365   32.0000000    26.000000   40.000000   25.000000
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1265 1265 LOC111101367   23.0000000     8.000000    8.500000   14.500000
1266 1266 LOC111101369   14.0000000   507.000000          NA          NA
1267 1267 LOC111101371    7.0000000     8.000000    7.000000    7.000000
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1301 1301 LOC111101470    5.0000000     1.000000   13.000000    1.000000
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1319 1319 LOC111101518   14.0000000    35.000000   19.000000   11.000000
1320 1320 LOC111101521   77.0000000   132.000000          NA          NA
1321 1321 LOC111101527  440.0000000    41.000000   24.000000   47.500000
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1323 1323 LOC111101530   33.0000000    18.000000   13.000000          NA
1324 1324 LOC111101531   41.0000000   361.000000   40.000000          NA
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1326 1326 LOC111101533   30.0000000    24.000000   42.000000          NA
1327 1327 LOC111101541   37.0000000    82.000000   98.000000   67.000000
1328 1328 LOC111101542    8.0000000    52.000000   71.000000   32.000000
1329 1329 LOC111101543   33.0000000   150.666667   33.666667   49.000000
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1331 1331 LOC111101546  127.0000000   280.000000  154.000000  196.000000
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1333 1333 LOC111101548   42.0000000    41.000000   16.000000   28.000000
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1370 1370 LOC111101624  132.0000000           NA          NA          NA
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1443 1443 LOC111101806    9.0000000   269.000000  114.000000          NA
1444 1444 LOC111101808   28.5000000    49.500000   81.500000   77.000000
1445 1445 LOC111101810   90.3333333    74.666667  105.000000  111.333333
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1513 1513 LOC111101945 3056.0000000           NA          NA          NA
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1540 1540 LOC111101997   22.0000000    18.000000   15.000000    6.000000
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1552 1552 LOC111102031  394.0000000           NA          NA          NA
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1555 1555 LOC111102041   36.0000000    38.000000  240.000000          NA
1556 1556 LOC111102044   33.0000000    89.000000   21.000000  112.000000
1557 1557 LOC111102048   53.0000000    20.000000  207.000000   53.000000
1558 1558 LOC111102049   43.0000000    80.000000  108.000000          NA
1559 1559 LOC111102050   37.0000000    21.000000   21.000000   83.000000
1560 1560 LOC111102051 4908.0000000           NA          NA          NA
1561 1561 LOC111102052  349.0000000           NA          NA          NA
1562 1562 LOC111102060   94.0000000   376.000000          NA          NA
1563 1563 LOC111102061   14.0000000    10.000000   23.000000   15.000000
1564 1564 LOC111102064   46.0000000    30.000000   18.000000   19.000000
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1569 1569 LOC111102081   14.0000000    45.000000   57.000000          NA
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1571 1571 LOC111102086 1076.0000000    41.000000          NA          NA
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1587 1587 LOC111102133   14.0000000    78.000000   16.000000   31.000000
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1589 1589 LOC111102143   13.0000000    29.000000   48.000000   64.000000
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1592 1592 LOC111102147   39.0000000    11.000000   28.000000    3.000000
1593 1593 LOC111102157  510.0000000    98.000000          NA          NA
1594 1594 LOC111102159  553.0000000           NA          NA          NA
1595 1595 LOC111102162 1994.0000000           NA          NA          NA
1596 1596 LOC111102163  742.0000000    34.000000          NA          NA
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1598 1598 LOC111102170 1127.0000000           NA          NA          NA
1599 1599 LOC111102171   12.0000000   232.000000   66.000000   33.000000
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1603 1603 LOC111102187 1451.0000000           NA          NA          NA
1604 1604 LOC111102188 2533.0000000           NA          NA          NA
1605 1605 LOC111102197   12.0000000    18.000000   39.000000  238.000000
1606 1606 LOC111102202  355.0000000   763.000000   50.000000          NA
1607 1607 LOC111102204  733.0000000           NA          NA          NA
1608 1608 LOC111102207   91.0000000   145.000000   82.000000          NA
1609 1609 LOC111102209  412.0000000   210.000000  446.000000  215.000000
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1613 1613 LOC111102230   29.0000000    12.000000   69.000000   18.000000
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1620 1620 LOC111102244   79.0000000    10.000000  165.000000          NA
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1626 1626 LOC111102258   14.0000000    34.000000   19.000000   54.000000
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1628 1628 LOC111102272   30.0000000    16.000000   23.000000   35.000000
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1644 1644 LOC111102306   48.0000000    60.000000   61.000000   48.000000
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1653 1653 LOC111102348   95.0000000    40.000000  169.000000          NA
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1655 1655 LOC111102352   64.6666667    73.333333   26.333333   15.000000
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1657 1657 LOC111102357   60.0000000    37.000000   32.000000   16.000000
1658 1658 LOC111102361  145.8333333    18.833333   16.416667   25.083333
1659 1659 LOC111102365   29.0000000    44.000000   29.000000   53.000000
1660 1660 LOC111102366   58.3333333   107.000000   64.000000   43.000000
1661 1661 LOC111102367  238.0000000    77.000000   91.000000          NA
1662 1662 LOC111102369   42.3333333    20.333333   10.666667   23.333333
1663 1663 LOC111102373  108.0000000    24.000000   31.000000   43.000000
1664 1664 LOC111102374   35.6666667    38.000000   32.000000  226.000000
1665 1665 LOC111102376   21.0000000     8.000000   89.000000  478.000000
1666 1666 LOC111102380    8.0000000    22.000000   46.000000   40.000000
1667 1667 LOC111102384   47.0000000    82.000000   46.000000   32.000000
1668 1668 LOC111102385   21.0000000    17.000000   27.000000   44.000000
1669 1669 LOC111102390   24.0000000    28.000000   60.000000   80.000000
1670 1670 LOC111102391  185.0000000    46.000000  120.000000   15.000000
1671 1671 LOC111102393   29.0000000    16.000000   61.000000   21.000000
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1779 1779 LOC111102675   54.7142857   104.000000   37.000000   23.000000
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1782 1782 LOC111102678   26.0000000    32.000000   24.000000   20.000000
1783 1783 LOC111102679   69.0000000   206.000000   92.000000          NA
1784 1784 LOC111102680  417.0000000   245.000000  386.000000  244.000000
1785 1785 LOC111102683   17.0000000    59.000000  159.000000  146.000000
1786 1786 LOC111102684    7.0000000    14.000000    3.000000   33.000000
1787 1787 LOC111102685   44.0000000    14.000000   26.000000   36.000000
1788 1788 LOC111102686    6.5000000     7.000000   10.000000   16.000000
1789 1789 LOC111102688    7.0000000    12.000000   18.000000   24.000000
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1793 1793 LOC111102719   83.7500000   239.750000  313.000000          NA
1794 1794 LOC111102720   19.0000000    14.000000    8.000000   21.000000
1795 1795 LOC111102723  504.0000000   405.000000  115.000000  105.000000
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1803 1803 LOC111102739  111.0000000    88.000000   87.000000  340.000000
1804 1804 LOC111102741  186.5000000   221.000000  114.000000   42.000000
1805 1805 LOC111102742  238.0000000   236.000000  295.000000          NA
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1809 1809 LOC111102749 1342.0000000           NA          NA          NA
1810 1810 LOC111102753   23.0000000    23.000000   47.000000   34.000000
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1812 1812 LOC111102758   45.8000000   302.000000          NA          NA
1813 1813 LOC111102759   65.0000000     8.000000  137.000000    7.000000
1814 1814 LOC111102762   28.0000000    24.000000   28.000000   41.000000
1815 1815 LOC111102767    9.0000000    11.000000    3.000000    8.000000
1816 1816 LOC111102768  153.0000000    37.000000  209.000000   20.000000
1817 1817 LOC111102769    7.0000000    13.000000   30.000000  352.000000
1818 1818 LOC111102770   13.0000000    39.500000  108.000000   85.500000
1819 1819 LOC111102774   78.0000000   384.000000          NA          NA
1820 1820 LOC111102779  111.0000000    20.333333   72.000000   83.000000
1821 1821 LOC111102782   40.0000000    63.000000   25.000000   31.000000
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1823 1823 LOC111102789   24.0000000    24.000000   21.000000   38.000000
1824 1824 LOC111102792   68.0000000   277.000000          NA          NA
1825 1825 LOC111102797    3.0000000    82.000000          NA          NA
1826 1826 LOC111102798  197.0000000           NA          NA          NA
1827 1827 LOC111102799    5.0000000    22.000000   22.000000   12.000000
1828 1828 LOC111102800   15.0000000    16.000000    6.000000   37.000000
1829 1829 LOC111102801   22.4000000    12.000000   14.000000   10.000000
1830 1830 LOC111102802  229.0000000   242.000000          NA          NA
1831 1831 LOC111102803   15.0000000     2.000000    9.000000    3.000000
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1833 1833 LOC111102805   12.6666667    18.000000    8.000000    2.000000
1834 1834 LOC111102808   14.0000000    25.000000    6.000000   22.000000
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1879 1879 LOC111102893   84.0000000    84.000000   89.000000          NA
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1883 1883 LOC111102898  240.0000000           NA          NA          NA
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1888 1888 LOC111102907    3.5000000    52.000000   57.000000   29.000000
1889 1889 LOC111102908  333.0000000    28.000000   34.000000          NA
1890 1890 LOC111102910   24.0000000   302.000000          NA          NA
1891 1891 LOC111102912   29.0000000    96.666667   84.000000   50.000000
1892 1892 LOC111102915   26.0000000    13.000000   31.000000   43.000000
1893 1893 LOC111102916   17.0000000    32.000000   23.000000   61.000000
1894 1894 LOC111102917   12.0000000    14.000000    2.000000   12.000000
1895 1895 LOC111102918   61.0000000    57.000000   60.000000          NA
1896 1896 LOC111102919   20.0000000    11.000000   53.000000   16.000000
1897 1897 LOC111102928  101.0000000    26.000000   56.000000          NA
1898 1898 LOC111102930   23.0000000    53.000000   12.000000   44.000000
1899 1899 LOC111102931   30.5000000    27.000000   21.000000  104.000000
1900 1900 LOC111102932   64.6666667   399.000000          NA          NA
1901 1901 LOC111102934   36.0000000    51.000000   34.000000   19.000000
1902 1902 LOC111102935   46.0000000    30.000000   53.000000   14.000000
1903 1903 LOC111102936   34.0000000    41.000000   74.000000   71.500000
1904 1904 LOC111102937   73.0000000    26.000000   56.000000  223.000000
1905 1905 LOC111102938    6.0000000   382.000000          NA          NA
1906 1906 LOC111102943   39.0000000    21.000000   14.000000   18.000000
1907 1907 LOC111102944   58.0000000    21.000000   38.000000   28.000000
1908 1908 LOC111102946  134.0000000   301.000000   56.000000  372.333333
1909 1909 LOC111102949   34.0000000    20.000000  154.000000          NA
1910 1910 LOC111102954  110.0000000   115.000000   55.000000   50.000000
1911 1911 LOC111102958   69.0000000   110.000000  150.000000          NA
1912 1912 LOC111102962 1007.0000000   978.500000          NA          NA
1913 1913 LOC111102963   70.0000000    32.500000   38.500000   53.000000
1914 1914 LOC111102965   13.0000000    27.000000  651.000000          NA
1915 1915 LOC111102967   58.0000000    14.000000   22.000000   29.000000
1916 1916 LOC111102970   30.8333333    40.333333   21.000000   13.166667
1917 1917 LOC111102972    3.0000000    26.000000   30.000000   15.000000
1918 1918 LOC111102973 1355.0000000   307.000000          NA          NA
1919 1919 LOC111102975   46.0000000    17.000000   20.000000   11.000000
1920 1920 LOC111102977   53.0000000     4.000000    8.000000    5.000000
1921 1921 LOC111102980   36.0000000   262.000000          NA          NA
1922 1922 LOC111102986  137.0000000    47.000000   32.000000          NA
1923 1923 LOC111102987   39.6000000    19.600000   24.000000   20.000000
1924 1924 LOC111102992  451.0000000    98.000000  396.000000   23.000000
1925 1925 LOC111102993  184.0000000   148.000000  517.000000          NA
1926 1926 LOC111102997   12.0000000     5.000000   34.000000    3.000000
1927 1927 LOC111103000    8.0000000    39.000000   43.000000  111.000000
1928 1928 LOC111103002    7.3333333    17.333333   27.000000   22.333333
1929 1929 LOC111103004   29.0000000    14.000000    4.000000    6.000000
1930 1930 LOC111103006   67.0000000     6.000000   13.000000    4.000000
1931 1931 LOC111103012  275.0000000           NA          NA          NA
1932 1932 LOC111103014   26.0000000    18.000000   27.000000   42.000000
1933 1933 LOC111103015   65.0000000    21.000000   44.000000   39.000000
1934 1934 LOC111103016  123.5000000   204.000000          NA          NA
1935 1935 LOC111103017   95.0000000    71.000000   64.000000   80.000000
1936 1936 LOC111103018  253.7500000   245.750000  242.750000  474.000000
1937 1937 LOC111103019   44.6666667    53.000000   30.000000   37.000000
1938 1938 LOC111103020  328.0000000   295.000000  295.000000  519.000000
1939 1939 LOC111103021   48.0000000    51.000000   45.000000   27.000000
1940 1940 LOC111103022   85.0000000   103.000000   47.000000   49.000000
1941 1941 LOC111103023   74.0000000   110.000000   99.000000  142.000000
1942 1942 LOC111103024  518.0000000   409.800000  265.400000  311.600000
1943 1943 LOC111103026   16.0000000   267.000000          NA          NA
1944 1944 LOC111103032   13.5000000    31.000000   34.000000   57.000000
1945 1945 LOC111103037   83.0000000   418.000000   46.000000   57.000000
1946 1946 LOC111103038   24.0000000    52.000000  365.000000          NA
1947 1947 LOC111103039   13.0000000     6.000000   56.000000   18.500000
1948 1948 LOC111103044   14.3333333    12.000000   35.000000   40.000000
1949 1949 LOC111103046   21.0000000    39.000000   41.000000   21.000000
1950 1950 LOC111103048   15.0000000   256.000000          NA          NA
1951 1951 LOC111103053  165.6666667   222.000000  256.000000  195.000000
1952 1952 LOC111103060   15.0000000    27.000000   32.000000   12.000000
1953 1953 LOC111103061   31.0000000   130.428571   26.500000  172.333333
1954 1954 LOC111103063  108.0000000    96.000000   38.000000          NA
1955 1955 LOC111103064  280.0000000   309.000000  299.000000  280.000000
1956 1956 LOC111103067   77.0000000    42.000000  162.000000          NA
1957 1957 LOC111103069  154.0000000    18.000000   35.000000   30.000000
1958 1958 LOC111103072   14.0000000    39.000000   17.000000   19.000000
1959 1959 LOC111103074   88.0000000   505.000000          NA          NA
1960 1960 LOC111103075  105.2500000   302.250000  370.000000          NA
1961 1961 LOC111103076   69.0000000   378.000000          NA          NA
1962 1962 LOC111103077  188.0000000   116.000000  196.000000  120.000000
1963 1963 LOC111103080   24.3333333    53.000000   23.000000   43.000000
1964 1964 LOC111103081  708.0000000    27.000000  454.000000          NA
1965 1965 LOC111103090   32.3333333    61.000000   31.000000   50.833333
1966 1966 LOC111103091   19.5000000    18.000000   33.000000   23.000000
1967 1967 LOC111103093    2.0000000     9.000000  105.000000          NA
1968 1968 LOC111103094   45.0000000   106.000000   39.000000   25.000000
1969 1969 LOC111103095   87.5555556    30.888889   14.666667   23.777778
1970 1970 LOC111103096    4.0000000    21.000000   44.000000   22.000000
1971 1971 LOC111103106   81.0000000    95.000000   83.000000   84.000000
1972 1972 LOC111103107   30.5000000   134.000000  109.000000   24.000000
1973 1973 LOC111103108    3.0000000    14.000000    7.000000    5.000000
1974 1974 LOC111103109   25.0000000     4.000000  139.000000          NA
1975 1975 LOC111103110   99.0000000   127.000000  143.000000  171.000000
1976 1976 LOC111103113   14.0000000    48.000000   36.000000    8.000000
1977 1977 LOC111103115   61.5833333     7.000000    5.000000   53.666667
1978 1978 LOC111103116   36.3333333    43.000000   16.000000    8.000000
1979 1979 LOC111103123  144.0000000    41.000000   35.000000   48.000000
1980 1980 LOC111103128   86.0000000   105.000000   63.000000  108.000000
1981 1981 LOC111103135   14.0000000    10.000000   32.000000   37.000000
1982 1982 LOC111103136   84.0000000  1474.000000          NA          NA
1983 1983 LOC111103139   41.0000000    25.000000   20.000000   11.000000
1984 1984 LOC111103143  182.5000000   101.333333   71.333333  126.000000
1985 1985 LOC111103144   72.0000000    13.000000   22.000000   14.000000
1986 1986 LOC111103146   21.0000000    13.666667   24.333333   43.666667
1987 1987 LOC111103148   21.0000000    21.000000   17.000000   16.000000
1988 1988 LOC111103150   71.0000000   105.000000  240.000000  115.000000
1989 1989 LOC111103155   34.0000000    34.000000    6.000000  133.500000
1990 1990 LOC111103156   46.0000000    31.000000   29.000000   12.000000
1991 1991 LOC111103163 1201.0000000   619.000000  261.000000          NA
1992 1992 LOC111103165  110.0000000   223.000000  111.000000   42.000000
1993 1993 LOC111103167    7.5000000    42.000000   35.000000   35.000000
1994 1994 LOC111103170    9.0000000     4.000000    4.000000    4.000000
1995 1995 LOC111103177  498.0000000   102.000000  480.000000          NA
1996 1996 LOC111103178   74.0000000    68.000000          NA          NA
1997 1997 LOC111103184   29.0000000    16.000000   23.000000   38.000000
1998 1998 LOC111103188  211.0000000   718.000000          NA          NA
1999 1999 LOC111103190   13.0000000    10.000000   20.000000   24.000000
2000 2000 LOC111103191   22.0000000    24.000000   29.000000   26.000000
2001 2001 LOC111103192   24.0000000    26.000000   25.000000   56.000000
2002 2002 LOC111103194   12.0000000   165.000000          NA          NA
2003 2003 LOC111103203   56.0000000   124.000000  127.000000          NA
2004 2004 LOC111103204   37.0000000   157.333333  223.000000          NA
2005 2005 LOC111103212   30.0000000    66.000000  307.000000          NA
2006 2006 LOC111103213  232.0000000   911.000000          NA          NA
2007 2007 LOC111103216   44.0000000    81.000000  180.000000          NA
2008 2008 LOC111103217   34.0000000   254.000000          NA          NA
2009 2009 LOC111103220   42.5000000    55.000000   36.250000   37.000000
2010 2010 LOC111103223   22.8750000     7.500000    6.750000    2.625000
2011 2011 LOC111103224   10.0000000    30.000000   24.000000   71.000000
2012 2012 LOC111103225   29.0000000   156.000000   77.000000   61.000000
2013 2013 LOC111103226   46.0000000    12.000000   27.000000    7.000000
2014 2014 LOC111103227   82.0000000    70.000000   77.000000   74.000000
2015 2015 LOC111103229  511.0000000   254.000000   87.000000  430.000000
2016 2016 LOC111103231  215.0000000   158.000000  141.000000   71.000000
2017 2017 LOC111103234   11.7500000    44.000000   12.333333   11.666667
2018 2018 LOC111103235   35.0000000    45.000000   24.000000   59.000000
2019 2019 LOC111103244   38.6666667    10.000000    6.000000   23.000000
2020 2020 LOC111103246   45.0000000    33.000000    3.000000   17.000000
2021 2021 LOC111103247  896.0000000   177.000000  298.000000  121.000000
2022 2022 LOC111103248  201.0000000    82.000000   13.000000          NA
2023 2023 LOC111103250   37.0000000    32.000000   40.000000   50.000000
2024 2024 LOC111103260    7.0000000    30.000000   29.000000   36.000000
2025 2025 LOC111103261  277.0000000   168.000000  194.000000          NA
2026 2026 LOC111103264   78.0000000    26.000000   42.000000   37.000000
2027 2027 LOC111103270   16.1428571    46.000000   34.000000   12.000000
2028 2028 LOC111103272   45.0000000    34.000000   52.000000   29.000000
2029 2029 LOC111103273   42.0000000    31.000000   24.000000   14.000000
2030 2030 LOC111103275    5.0000000    73.000000  114.000000  147.000000
2031 2031 LOC111103277  325.0000000  1294.000000          NA          NA
2032 2032 LOC111103279   14.0000000    89.000000   57.000000    6.000000
2033 2033 LOC111103284   33.0000000    30.000000   27.000000   11.000000
2034 2034 LOC111103285    4.0000000    34.000000   32.000000  103.000000
2035 2035 LOC111103286   14.0000000    14.000000   12.000000   10.000000
2036 2036 LOC111103287   48.0000000    35.000000   26.000000   18.000000
2037 2037 LOC111103288   30.0000000    39.000000   51.000000   32.000000
2038 2038 LOC111103289  110.5000000    68.000000  213.500000  217.500000
2039 2039 LOC111103292   37.0000000    65.000000  174.000000          NA
2040 2040 LOC111103293   47.0000000    19.000000   17.000000   21.000000
2041 2041 LOC111103294   34.0000000    54.000000   43.000000   42.000000
2042 2042 LOC111103297   29.0000000    97.000000   19.000000   63.000000
2043 2043 LOC111103298   35.5000000    32.000000   63.000000          NA
2044 2044 LOC111103299   14.0000000   162.000000          NA          NA
2045 2045 LOC111103304   38.1666667    39.666667   47.500000   32.166667
2046 2046 LOC111103305   34.0000000    85.000000   46.750000   81.250000
2047 2047 LOC111103306   32.3333333   127.666667   89.000000   61.000000
2048 2048 LOC111103307   44.0000000    19.000000   12.000000   24.000000
2049 2049 LOC111103309  215.0000000    14.000000   59.000000  145.000000
2050 2050 LOC111103310   41.0000000   176.000000  181.000000   28.000000
2051 2051 LOC111103311   25.3333333    13.000000   82.000000   69.000000
2052 2052 LOC111103312   72.0000000    25.000000   34.000000   28.500000
2053 2053 LOC111103313   15.0000000    39.000000   65.000000          NA
2054 2054 LOC111103314   21.0000000   139.000000    9.000000  107.000000
2055 2055 LOC111103315   35.7500000    52.750000   37.750000   28.250000
2056 2056 LOC111103317  195.0000000    52.000000   51.000000          NA
2057 2057 LOC111103319  146.0000000    56.000000   54.000000          NA
2058 2058 LOC111103320   12.0000000    19.000000   37.000000   26.000000
2059 2059 LOC111103322   13.0000000    63.000000  107.000000   66.000000
2060 2060 LOC111103323   96.5000000    99.500000  104.750000   98.500000
2061 2061 LOC111103325   38.0000000    26.000000   18.000000   27.000000
2062 2062 LOC111103326   71.0000000    35.000000   55.000000   16.000000
2063 2063 LOC111103337   48.0000000    38.000000   35.000000   12.000000
2064 2064 LOC111103338   12.0000000   150.000000   14.000000   49.500000
2065 2065 LOC111103339   24.6666667    35.000000   17.333333   27.666667
2066 2066 LOC111103340    4.0000000    13.000000   37.000000    8.000000
2067 2067 LOC111103342   53.6666667   856.666667   10.000000          NA
2068 2068 LOC111103343   92.0000000    17.000000   10.000000   38.000000
2069 2069 LOC111103344   72.3636364    54.272727   74.000000   55.909091
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2071 2071 LOC111103346    6.0000000   117.000000  188.000000          NA
2072 2072 LOC111103348   64.0000000   258.500000          NA          NA
2073 2073 LOC111103349   33.0000000     4.000000   33.000000   10.000000
2074 2074 LOC111103350   22.0000000    26.000000   23.000000   25.000000
2075 2075 LOC111103351   44.0000000    18.000000   56.000000   15.000000
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2078 2078 LOC111103356   50.7142857    57.571429   46.714286   22.857143
2079 2079 LOC111103357   39.0000000    22.000000   20.000000   48.000000
2080 2080 LOC111103360   96.0000000   413.000000          NA          NA
2081 2081 LOC111103363  860.0000000           NA          NA          NA
2082 2082 LOC111103364  148.0000000   128.000000  236.000000  140.000000
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2084 2084 LOC111103367   75.0000000    27.000000   42.000000   71.000000
2085 2085 LOC111103370   31.3333333    29.666667   51.666667   63.666667
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2089 2089 LOC111103375  272.0000000   214.000000  164.000000   58.888889
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2091 2091 LOC111103377   35.0000000    35.000000   22.000000   25.000000
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2098 2098 LOC111103388  397.0000000           NA          NA          NA
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2103 2103 LOC111103393   68.2000000    99.000000   81.000000   28.000000
2104 2104 LOC111103394  180.5000000    91.000000  155.000000  107.000000
2105 2105 LOC111103395  192.0000000   156.000000  239.000000  126.000000
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2107 2107 LOC111103397  250.0000000           NA          NA          NA
2108 2108 LOC111103398    8.0000000    11.000000   56.000000   23.000000
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2110 2110 LOC111103400   25.0000000   311.500000   23.000000   13.000000
2111 2111 LOC111103401  130.3333333   119.000000  137.000000  163.000000
2112 2112 LOC111103402  148.0000000   340.333333   85.000000          NA
2113 2113 LOC111103403    4.0000000   292.000000          NA          NA
2114 2114 LOC111103404   29.0000000     6.000000   37.000000   47.000000
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2116 2116 LOC111103407  116.5000000    30.000000   28.500000   27.500000
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2118 2118 LOC111103411   22.0000000     8.000000  120.000000  140.000000
2119 2119 LOC111103412   71.0000000   105.000000  137.000000  111.000000
2120 2120 LOC111103414    8.0000000    18.000000   16.000000   11.000000
2121 2121 LOC111103415  159.0000000           NA          NA          NA
2122 2122 LOC111103416  243.0000000           NA          NA          NA
2123 2123 LOC111103418  138.0000000   141.000000  137.000000  142.000000
2124 2124 LOC111103420   17.0000000    24.000000   34.000000   10.000000
2125 2125 LOC111103421   14.0000000    21.000000   23.000000   49.000000
2126 2126 LOC111103422   14.0000000    10.000000   14.000000   16.000000
2127 2127 LOC111103423   34.0000000    21.000000   56.000000          NA
2128 2128 LOC111103424  108.0000000    13.000000  156.000000          NA
2129 2129 LOC111103427   47.0000000   119.000000   54.000000    5.000000
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2133 2133 LOC111103431  678.2222222   188.555556  212.888889  172.444444
2134 2134 LOC111103434   13.0000000    53.000000   48.000000   38.000000
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2148 2148 LOC111103459  217.0000000   212.000000          NA          NA
2149 2149 LOC111103463  131.0000000    97.000000   40.000000   78.000000
2150 2150 LOC111103466   37.0000000    44.000000   43.000000   37.000000
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2153 2153 LOC111103479   14.0000000    69.000000   39.000000   19.000000
2154 2154 LOC111103480   33.1111111    50.000000   35.000000    4.000000
2155 2155 LOC111103482   23.0000000    23.000000    9.000000   75.000000
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2157 2157 LOC111103485   33.0000000    49.000000    8.000000   67.000000
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2159 2159 LOC111103489   50.0000000    50.000000   24.000000   26.000000
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2181 2181 LOC111103528    5.0000000    17.000000    5.000000    5.000000
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2185 2185 LOC111103539   43.0000000    17.000000   46.000000   20.000000
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2187 2187 LOC111103556   31.0000000    57.000000   35.000000   49.000000
2188 2188 LOC111103557   58.0000000    50.000000   89.000000   34.000000
2189 2189 LOC111103558   48.0000000    38.000000   28.000000   35.000000
2190 2190 LOC111103559  519.0000000           NA          NA          NA
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2193 2193 LOC111103563  363.0000000           NA          NA          NA
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2197 2197 LOC111103567   36.0000000    29.000000   38.000000   60.000000
2198 2198 LOC111103568   39.5000000    35.500000   32.000000   25.000000
2199 2199 LOC111103578   50.0000000    42.000000   42.000000          NA
2200 2200 LOC111103579   85.0000000    45.000000   85.000000   18.000000
2201 2201 LOC111103580  162.0000000   207.000000  161.000000  161.000000
2202 2202 LOC111103581  315.0000000   200.000000  273.666667  260.000000
2203 2203 LOC111103582   53.0000000    81.000000   73.000000   61.000000
2204 2204 LOC111103583  100.0000000    53.000000   70.000000   68.000000
2205 2205 LOC111103584   13.0000000    85.500000   39.000000   20.000000
2206 2206 LOC111103586   24.0000000    24.000000   26.000000          NA
2207 2207 LOC111103587   17.0000000    33.000000   57.000000   33.000000
2208 2208 LOC111103589   25.7500000    37.000000   68.875000   18.750000
2209 2209 LOC111103592  145.0000000    56.000000  234.000000          NA
2210 2210 LOC111103593  600.0000000           NA          NA          NA
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2213 2213 LOC111103596   38.1428571    37.571429   72.428571  137.428571
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2216 2216 LOC111103602  153.0000000   185.000000  461.000000          NA
2217 2217 LOC111103603  504.0000000    55.000000  213.000000   37.000000
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2220 2220 LOC111103606  114.0000000   159.000000  139.000000  112.000000
2221 2221 LOC111103609  441.0000000           NA          NA          NA
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2223 2223 LOC111103612  229.0000000   379.000000  607.000000          NA
2224 2224 LOC111103614   66.0000000   167.000000  225.000000  295.000000
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2228 2228 LOC111103620   11.0000000    17.000000    8.000000    2.000000
2229 2229 LOC111103621    4.0000000    16.000000    3.000000    3.000000
2230 2230 LOC111103622   20.0000000    20.000000   16.000000    6.000000
2231 2231 LOC111103623   40.0000000    27.000000   25.000000   54.000000
2232 2232 LOC111103624  136.0000000   605.000000  661.000000          NA
2233 2233 LOC111103625   17.0000000    85.000000   24.000000  338.000000
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2458 2458 LOC111104009   19.0000000    36.000000   36.000000   82.000000
2459 2459 LOC111104011   35.0000000    47.000000   56.000000  399.333333
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2906 2906 LOC111104972   38.0000000    47.000000   93.000000   56.000000
2907 2907 LOC111104978    8.0000000    17.000000   14.000000   14.000000
2908 2908 LOC111104979 2063.0000000  2351.000000 1778.000000  586.000000
2909 2909 LOC111104980  825.0000000  1038.000000 1041.000000  975.000000
2910 2910 LOC111104981  349.0000000   290.000000  292.000000  270.000000
2911 2911 LOC111104987    7.0000000    71.000000  136.000000          NA
2912 2912 LOC111104990   22.0000000   251.000000  103.000000  141.000000
2913 2913 LOC111104992    7.0000000   729.000000          NA          NA
2914 2914 LOC111104995   39.0000000    51.000000  195.000000          NA
2915 2915 LOC111105000   65.5000000    36.000000   57.000000          NA
2916 2916 LOC111105015  424.0000000           NA          NA          NA
2917 2917 LOC111105016  175.0000000    53.000000          NA          NA
2918 2918 LOC111105017   65.0000000    20.000000          NA          NA
2919 2919 LOC111105024  166.0000000           NA          NA          NA
2920 2920 LOC111105026  579.0000000           NA          NA          NA
2921 2921 LOC111105027 1946.0000000           NA          NA          NA
2922 2922 LOC111105029   20.0000000    77.000000   10.000000    7.000000
2923 2923 LOC111105030  119.0000000   384.000000  187.000000  140.000000
2924 2924 LOC111105035   25.3333333    35.000000   54.000000   33.000000
2925 2925 LOC111105042  699.0000000  1026.000000 1029.000000  798.000000
2926 2926 LOC111105051  177.0000000   192.000000  176.000000  193.000000
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2928 2928 LOC111105056   85.0000000   505.000000  213.000000          NA
2929 2929 LOC111105060   21.0000000    17.000000   44.000000   43.000000
2930 2930 LOC111105063 1463.0000000           NA          NA          NA
2931 2931 LOC111105064   16.0000000    32.000000   10.000000   19.000000
2932 2932 LOC111105065  524.0000000   186.000000   58.000000          NA
2933 2933 LOC111105066   13.0000000    21.000000   14.000000   31.000000
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2935 2935 LOC111105068  511.0000000   101.000000   38.000000          NA
2936 2936 LOC111105078   27.0000000    18.000000   93.000000          NA
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2938 2938 LOC111105083   85.0000000   105.000000   88.000000   84.000000
2939 2939 LOC111105085   66.0000000    78.000000   85.000000   72.000000
2940 2940 LOC111105091    3.0000000    12.000000    3.000000   30.000000
2941 2941 LOC111105093 1011.0000000           NA          NA          NA
2942 2942 LOC111105094  115.0000000    92.000000  132.000000  116.000000
2943 2943 LOC111105096   52.0000000    19.000000   15.000000   16.000000
2944 2944 LOC111105102  314.0000000           NA          NA          NA
2945 2945 LOC111105104   56.0000000   137.000000   92.000000   67.000000
2946 2946 LOC111105108   66.0000000    52.000000   35.000000  341.000000
2947 2947 LOC111105112   74.0000000    19.000000   30.000000   27.000000
2948 2948 LOC111105116  152.0000000    14.000000   34.000000   24.000000
2949 2949 LOC111105122   25.0000000   282.000000          NA          NA
2950 2950 LOC111105129  697.0000000           NA          NA          NA
2951 2951 LOC111105132  109.0000000  1174.000000          NA          NA
2952 2952 LOC111105133   12.0000000    11.000000   30.000000   24.000000
2953 2953 LOC111105134   21.0000000     9.000000   17.000000   26.000000
2954 2954 LOC111105136  541.0000000           NA          NA          NA
2955 2955 LOC111105143  305.0000000   286.000000  302.000000          NA
2956 2956 LOC111105144   10.0000000    11.000000   12.000000   34.000000
2957 2957 LOC111105145  182.0000000   113.000000  102.000000          NA
2958 2958 LOC111105149   33.0000000   146.000000  146.000000  125.000000
2959 2959 LOC111105150   67.0000000    25.000000   73.000000   13.000000
2960 2960 LOC111105153   62.0000000     5.000000   40.000000   54.000000
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2962 2962 LOC111105161 1726.0000000           NA          NA          NA
2963 2963 LOC111105162  131.0000000   172.000000  127.000000  133.000000
2964 2964 LOC111105165   85.0000000    23.000000  160.000000          NA
2965 2965 LOC111105166   27.0000000    28.000000   81.000000   38.000000
2966 2966 LOC111105169  110.0000000   110.000000   70.000000   61.000000
2967 2967 LOC111105170   74.0000000           NA          NA          NA
2968 2968 LOC111105172   33.0000000    49.000000    4.000000    4.000000
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2973 2973 LOC111105189  108.0000000    38.000000  451.000000          NA
2974 2974 LOC111105192   24.0000000    37.000000   30.000000   44.000000
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2978 2978 LOC111105201   40.0000000    40.000000   40.000000   40.000000
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3012 3012 LOC111105275  272.0000000   393.000000          NA          NA
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3015 3015 LOC111105286   57.0000000    31.000000   23.000000    6.000000
3016 3016 LOC111105289  106.0000000   136.000000  105.000000  123.000000
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3018 3018 LOC111105294   43.0000000    44.000000   37.000000  332.000000
3019 3019 LOC111105295  239.0000000   129.333333  133.000000  155.000000
3020 3020 LOC111105296   41.0000000    84.000000  116.000000  110.000000
3021 3021 LOC111105298   24.0000000     4.000000   21.000000   19.000000
3022 3022 LOC111105299 1940.0000000  1271.000000 2289.000000 1390.800000
3023 3023 LOC111105300 4224.0000000  2472.000000 2212.000000          NA
3024 3024 LOC111105301 4132.0000000  2287.000000  524.000000          NA
3025 3025 LOC111105302   28.0000000     7.000000   19.000000   17.000000
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3028 3028 LOC111105309   91.0000000    87.000000          NA          NA
3029 3029 LOC111105310   22.0000000    34.000000   21.000000   22.000000
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3123 3123 LOC111105504  128.0000000   469.000000          NA          NA
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4030 4030 LOC111107491   20.0000000    11.000000   33.000000   16.000000
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4033 4033 LOC111107501   17.0000000    31.000000   63.000000          NA
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 [ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 15409 rows ]

log female controls

logfc <- logdata_frames$S16F %>%
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  dplyr::select(GeneID, ends_with("avg"))

logfc

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3     LOC111099034  4.676265e-01  7.534949e-01  1.522051e+00           NaN
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5     LOC111099036 -8.016951e-02  4.564697e-01 -2.139630e-02  1.8139695799
6     LOC111099040 -1.679002e-01 -5.373565e-01 -6.302326e-01 -1.7966445490
7     LOC111099041  1.347920e+00  1.437144e+00  2.410777e+00  1.2639021193
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10    LOC111099045  7.041837e-02  5.472236e-01  6.429521e-01 -0.0553457471
11    LOC111099047  7.410028e-01  1.584872e+00  1.113724e+00  1.3360886122
12    LOC111099048 -5.080614e-01 -3.276299e-01 -3.875765e-01           NaN
13    LOC111099050  1.131065e-03  1.123475e-01 -1.038511e-01  0.0156913735
14    LOC111099051 -1.227771e-01           NaN           NaN           NaN
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16488           NaN
16489  3.760170e-01
16490  2.379594e-01
16491           NaN
16492           NaN
16493  5.215733e-01
16494           NaN
16495           NaN
16496           NaN
16497  1.348886e-01
16498           NaN
16499           NaN
16500 -6.852497e-01
16501           NaN
16502  1.005132e-01
16503  2.150228e+00
16504           NaN
16505  6.249015e-01
16506  5.694442e-01
16507           NaN
16508  4.912965e-01
16509           NaN
16510           NaN
16511           NaN
16512  9.564618e-01
16513           NaN
16514           NaN
16515  6.137703e-02
16516           NaN
16517           NaN
16518  2.050012e-01
16519  1.570658e+00
16520           NaN
16521 -9.912074e-01
16522 -3.828283e-01
16523  7.293313e-01
16524           NaN
16525           NaN
16526           NaN
16527 -2.301520e-01
16528           NaN
16529 -4.570161e-01
16530 -1.989985e-01
16531 -3.187837e-01
16532  4.040606e-01
16533           NaN
16534 -1.030324e+00
16535  1.301253e+00
16536  2.097214e+00
16537           NaN
16538 -1.932532e+00
16539  1.714350e+00
16540           NaN
16541  2.452623e-01
16542  1.625158e-01
16543           NaN
16544 -2.598368e+00
16545  6.399627e-01
16546  4.495731e-01
16547 -1.416507e-01
16548           NaN
16549           NaN
16550 -5.784981e-01
16551  2.307092e+00
16552           NaN
16553  4.331397e-02
16554  9.224844e-01
16555           NaN
16556  1.355884e+00
16557 -1.540213e-01
16558           NaN
16559  2.902450e-01
16560  4.347214e-01
16561           NaN
16562           NaN
16563           NaN
16564 -6.228874e-02
16565  7.842212e-01
16566           NaN
16567 -5.361918e-01
16568 -1.127630e+00
16569           NaN
16570           NaN
16571 -8.727252e-01
16572  7.194136e-01
16573           NaN
16574 -4.225666e-01
16575  1.146030e-01
16576           NaN
16577           NaN
16578 -8.044024e-01
16579  8.636087e-01
16580           NaN
16581           NaN
16582           NaN
16583           NaN
16584           NaN
16585  2.868834e+00
16586           NaN
16587           NaN
16588           NaN
16589           NaN
16590           NaN
16591 -1.410669e-01
16592  6.673894e-01
16593 -6.932571e-01
16594           NaN
16595  3.040916e+00
16596  8.806823e-01
16597 -1.098882e+00
16598  5.172640e-03
16599  1.361383e+00
16600           NaN
16601  1.393361e+00
16602 -1.457274e+00
16603  7.806385e-01
16604  4.238733e-01
16605 -5.526408e-02
16606  2.327298e+00
16607  4.876557e-01
16608  1.954091e+00
16609  2.301024e+00
16610  1.435752e-02
16611  4.660762e-01
16612           NaN
16613  1.291010e+00
16614  5.686729e-01
16615           NaN
16616 -7.119792e-01
16617  2.780047e+00
16618  4.165485e-01
16619 -2.048457e-01
16620  1.630827e+00
16621           NaN
16622           NaN
16623 -8.909813e-01
16624 -1.035701e+00
16625  4.587089e-01
16626 -7.270925e-01
16627           NaN
16628  5.951213e-01
16629 -5.050637e-01
16630 -4.546896e-01
16631 -1.114889e-01
16632 -4.048651e-01
16633  7.005201e-02
16634           NaN
16635 -4.154093e-01
16636           NaN
16637  9.873761e-01
16638           NaN
16639           NaN
16640           NaN
16641 -5.261080e-01
16642           NaN
16643  9.147161e-01
16644           NaN
16645           NaN
16646           NaN
16647 -7.257451e-01
16648  1.490460e+00
16649 -3.714771e-01
16650  3.036367e+00
16651  8.839916e-01
16652 -2.118255e+00
16653  7.229572e-01
16654 -8.717589e-01
16655           NaN
16656           NaN
16657 -3.842430e-01
16658           NaN
16659           NaN
16660 -2.341474e-01
16661  1.928362e+00
16662  5.353780e-02
16663  7.299726e-02
16664           NaN
16665           NaN
16666  7.596659e-01
 [ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 6435 rows ]

calculating slope R2

# Function to calculate slope and R^2 for a row
calculate_slope_r2 <- function(row) {
  # Define x-values (fold numbers)
  x <- 2:6
  
  # Select y-values and remove rows with NA in them for both x and y
  y <- as.numeric(row)
  valid_indices <- !is.na(y)
  x <- x[valid_indices]
  y <- y[valid_indices]
  
  # Check if we have enough data points after removing NAs
  if (length(y) < 2) {
    return(c(NA, NA))  # Return NA if not enough data points to calculate slope and R^2
  }
  
  # Perform linear regression
  model <- lm(y ~ x)
  
  # Extract slope and R^2
  slope <- coef(model)[["x"]]
  r_squared <- summary(model)$r.squared
  
  # Return slope and R^2
  c(slope = slope, r_squared = r_squared)
}

# Apply the function to each row of df and create new columns for slope and R^2
logfc <- logfc %>%
  rowwise() %>%
  mutate(results = list(calculate_slope_r2(c_across(fold2_avg:fold6_avg)))) %>%
  ungroup() %>%
  mutate(slope = map_dbl(results, 1),
         r_squared = map_dbl(results, 2)) %>%
  select(-results)

Warning: There was 1 warning in `mutate()`.
ℹ In argument: `results =
  list(calculate_slope_r2(c_across(fold2_avg:fold6_avg)))`.
ℹ In row 6316.
Caused by warning in `summary.lm()`:
! essentially perfect fit: summary may be unreliable

# View the updated data frame
print(df)

function (x, df1, df2, ncp, log = FALSE) 
{
    if (missing(ncp)) 
        .Call(C_df, x, df1, df2, log)
    else .Call(C_dnf, x, df1, df2, ncp, log)
}
<bytecode: 0x557be6700838>
<environment: namespace:stats>

logfc

# A tibble: 23,101 × 8
   GeneID   fold2_avg fold3_avg fold4_avg fold5_avg fold6_avg    slope r_squared
   <chr>        <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>     <dbl>
 1 LOC1110…    1.73      2.26      1.08      0.758      0.911 -0.314    0.619   
 2 LOC1110…    0.319    -0.544    -0.631    -1.26      -0.917 -0.319    0.734   
 3 LOC1110…    0.468     0.753     1.52    NaN        NaN      0.527    0.935   
 4 LOC1110…    0.548     0.443     0.465     0.992      1.63   0.272    0.716   
 5 LOC1110…   -0.0802    0.456    -0.0214    1.81       1.22   0.396    0.581   
 6 LOC1110…   -0.168    -0.537    -0.630    -1.80      -1.57  -0.407    0.833   
 7 LOC1110…    1.35      1.44      2.41      1.26       1.36  -0.0151   0.00250 
 8 LOC1110…    0.455    -0.0254   -0.768     0.0332     0.470  0.00880  0.000764
 9 LOC1110…    0.128     0.0849  NaN       NaN        NaN     -0.0432   1       
10 LOC1110…    0.0704    0.547     0.643    -0.0553     0.477  0.0210   0.0115  
# ℹ 23,091 more rows

logfc <- na.omit(logfc)

logfc

# A tibble: 13,279 × 8
   GeneID   fold2_avg fold3_avg fold4_avg fold5_avg fold6_avg    slope r_squared
   <chr>        <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>     <dbl>
 1 LOC1110…   1.73       2.26      1.08      0.758      0.911 -0.314    0.619   
 2 LOC1110…   0.319     -0.544    -0.631    -1.26      -0.917 -0.319    0.734   
 3 LOC1110…   0.548      0.443     0.465     0.992      1.63   0.272    0.716   
 4 LOC1110…  -0.0802     0.456    -0.0214    1.81       1.22   0.396    0.581   
 5 LOC1110…  -0.168     -0.537    -0.630    -1.80      -1.57  -0.407    0.833   
 6 LOC1110…   1.35       1.44      2.41      1.26       1.36  -0.0151   0.00250 
 7 LOC1110…   0.455     -0.0254   -0.768     0.0332     0.470  0.00880  0.000764
 8 LOC1110…   0.0704     0.547     0.643    -0.0553     0.477  0.0210   0.0115  
 9 LOC1110…   0.741      1.58      1.11      1.34       1.40   0.106    0.269   
10 LOC1110…   0.00113    0.112    -0.104     0.0157    -0.284 -0.0668   0.489   
# ℹ 13,269 more rows

ggplot(logfc, aes(x = slope)) + 
  geom_histogram(binwidth = .05, fill = "blue", color = "black") +
  labs(title = "Histogram of column_name", x = "slope", y = "Frequency") +
  theme_minimal()

ggplot(logfc, aes(x = r_squared)) + 
  geom_histogram(binwidth = .02, fill = "blue", color = "black") +
  labs(title = "Histogram of r_squared", x = "r_squared", y = "Frequency") +
  theme_minimal()

# Assuming `df` is your dataframe with 13,000 rows and 6 or more columns

# Function to fit a polynomial model to specific columns of a row and return coefficients
fit_poly <- function(row) {
  # Select only columns 2 through 6 from the row
  row_selected <- row[2:6]
  
  # Create a simple sequence of x values for the selected columns
  x <- 1:5
  
  # Fit a polynomial model to the selected part of the row
  fit <- lm(row_selected ~ poly(x, 2, raw = TRUE))
  
  # Return the coefficients of the model
  return(coef(fit))
}

# Apply this function to each row of the dataframe
results <- t(apply(logfc, 1, fit_poly))

# Convert the results to a dataframe for easier manipulation
results_df <- as.data.frame(results)

results_df

        (Intercept) poly(x, 2, raw = TRUE)1 poly(x, 2, raw = TRUE)2
1      2.3331439600           -3.511405e-01            6.247600e-03
2      1.2854222800           -1.120989e+00            1.336581e-01
3      0.9998872200           -5.846204e-01            1.427389e-01
4     -0.4833570780            3.732590e-01            3.765991e-03
5      0.3351627200           -4.541501e-01            7.811879e-03
6      0.5547280000            8.886080e-01           -1.506174e-01
7      1.6949579940           -1.438528e+00            2.412217e-01
8     -0.0683550640            3.139188e-01           -4.881845e-02
9      0.4783350400            4.813445e-01           -6.256153e-02
10    -0.0949663450            1.419197e-01           -3.478350e-02
11     0.4597091200            9.216546e-02           -4.026457e-03
12     2.0474739800           -5.966546e-02           -7.572404e-02
13    -1.0363198000            1.357564e+00           -1.545154e-01
14     0.0757256600            5.066622e-01           -1.450637e-01
15     1.2224880000           -7.563040e-02           -2.695571e-04
16     0.3283553000           -4.187385e-02            4.113921e-02
17     0.4370136200            6.040850e-01           -6.694994e-02
18    -0.1115580200            5.767791e-01           -1.004094e-01
19     0.4104455608           -1.696285e-01            3.343253e-02
20     1.7064409800           -1.538882e-01            5.470429e-04
21     0.6360151400            7.114371e-02           -6.152641e-02
22     1.9502556080           -7.418378e-01            6.058275e-02
23     1.5380479200           -7.819100e-01            1.302752e-01
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1896  -1.5248718840            1.697783e+00           -3.131354e-01
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13245  0.8459416200           -3.810301e-01            8.613255e-02
13246  4.3803540000           -1.775149e+00            2.681658e-01
13247  0.0456216200            5.246098e-01           -5.352312e-02
13248  0.0520660640           -4.892187e-02            6.366073e-03
13249  0.5315325800           -6.518874e-01            1.264776e-01
13250 -0.1140400960           -2.892963e-01            6.278910e-02
13251 -0.2522397360            4.882414e-01           -1.212654e-01
13252  0.6592032460           -7.177881e-01            1.245658e-01
13253  0.8589065400            9.266784e-02           -1.934870e-02
13254  0.7510255000           -2.492353e-01            2.611969e-02
13255  3.1620717768           -1.769229e+00            2.740464e-01
13256  1.1952156400           -5.558880e-01            7.889069e-02
13257  0.7324826000            4.268715e-01           -6.841571e-02
13258  0.6772673800           -1.898898e-01            2.810080e-02
13259 -0.0715072400            4.788142e-01           -8.102916e-02
13260  1.6923143200           -8.196719e-01            1.430796e-01
13261  1.4223486800           -1.959521e-02           -2.927817e-02
13262  0.4206509720           -7.756592e-01            1.359961e-01
13263 -0.3551910528            4.817122e-01           -1.070294e-01
13264 -0.5436056040            8.674280e-02            1.308768e-02
13265 -0.0385466880           -1.990794e-01            4.928541e-02
13266 -0.7491231800            2.926955e-01           -7.356339e-02
13267 -0.0488752600           -4.447531e-01            6.008071e-02
13268  0.2089833800            5.759724e-02            4.799700e-03
13269  1.1370053200           -2.006341e-01           -3.277000e-03
13270  0.8779776800            2.498179e-01           -6.959682e-02
13271  0.9405676000            1.891875e-01           -2.899114e-02
13272  1.1590424400           -1.187545e+00            1.604617e-01
13273  0.0903322600            3.482139e-01           -2.925659e-02
13274  0.4750033800            9.222215e-02            1.685087e-02
13275  1.2245215340           -8.891285e-01            1.430860e-01
13276  0.5436074400            2.512678e-01           -5.890739e-02
13277 -0.4531137140            1.227923e-01           -8.442585e-03
13278  0.5164427800           -2.043531e-01            3.109239e-02
13279  2.1938960000           -1.434219e+00            2.895078e-01

log female exposed

exposed_females <- c("S22F", "S29F", "S35F", "S36F", "S3F", "S41F", "S50F", "S77F")

logfe <- logdata_frames$S22F %>%
  left_join(logdata_frames$S29F, by = "GeneID") %>%
  left_join(logdata_frames$S35F, by = "GeneID") %>%
  left_join(logdata_frames$S36F, by = "GeneID") %>%
  left_join(logdata_frames$S3F, by = "GeneID") %>%
  left_join(logdata_frames$S41F, by = "GeneID") %>%
  left_join(logdata_frames$S50F, by = "GeneID") %>%
  left_join(logdata_frames$S77F, by = "GeneID") %>%
  dplyr::select(GeneID, starts_with("f")) %>%
  mutate(fold2_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold2")), na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(fold3_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold3")), na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(fold4_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold4")), na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(fold5_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold5")), na.rm = TRUE)) %>%
  mutate(fold6_avg = rowMeans(select(.,starts_with("fold6")), na.rm = TRUE)) %>%
  dplyr::select(GeneID, ends_with("avg"))

logfe

            GeneID     fold2_avg     fold3_avg     fold4_avg     fold5_avg
1     LOC111099029  1.702362e+00  2.481590e+00  1.777830e+00  1.757927e+00
2     LOC111099033  2.270775e-01 -7.366355e-01 -6.210769e-01 -1.058497e+00
3     LOC111099034  3.734008e-01  4.649956e-01  1.602892e+00           NaN
4     LOC111099035  3.416345e-01 -1.648495e-02  1.298276e-01  4.475419e-01
5     LOC111099036 -5.991533e-02  3.156942e-01 -8.434800e-02  1.866544e+00
6     LOC111099040 -3.338839e-01 -7.177235e-01 -8.278031e-01 -2.052804e+00
7     LOC111099041  1.742099e+00  1.848245e+00  2.847395e+00  1.437703e+00
8     LOC111099043  9.145884e-01  3.232190e-01 -8.456123e-01  2.587860e-01
9     LOC111099044 -5.862673e-02  2.341079e-01           NaN           NaN
10    LOC111099045  2.270478e-02  6.306520e-01  7.926400e-01  2.909293e-01
11    LOC111099047  7.028649e-01  1.514704e+00  1.047833e+00  1.385151e+00
12    LOC111099048 -1.741875e-01 -2.086077e-01 -2.253512e-01           NaN
13    LOC111099050 -2.272961e-01 -7.962593e-02 -1.576864e-01 -7.889279e-02
14    LOC111099051 -1.253376e-01           NaN           NaN           NaN
15    LOC111099052 -3.805248e-01 -4.277446e-01 -3.413339e-01 -3.483292e-01
16    LOC111099053  5.959029e-01  5.715125e-01  1.019420e+00  6.357612e-01
17    LOC111099056  1.215510e+00  9.325572e-01  7.607963e-01  2.223575e-01
18    LOC111099060  2.532304e-01  1.239216e+00  1.938387e+00  1.797064e+00
19    LOC111099062  1.191553e-01  4.958438e-01  1.630381e-01 -8.529559e-01
20    LOC111099063  9.645543e-01  8.275054e-01  8.364794e-01  3.970614e-01
21    LOC111099064  2.205269e-01  3.693625e-01  4.068809e-01  6.495984e-01
22    LOC111099065  8.456592e-01  1.994902e+00  2.016466e+00  1.253040e+00
23    LOC111099067  3.052901e-01  1.584081e-01  5.395267e-01  6.482505e-01
24    LOC111099068  1.813579e+00  5.837859e-01  1.031349e+00  9.719080e-01
25    LOC111099069 -8.340983e-03 -2.204486e-01 -2.548751e-01  6.724049e-01
26    LOC111099070  1.034770e+00  2.618087e-01  6.123994e-01  4.103330e-01
27    LOC111099071  1.099603e+00  7.645894e-01  1.321142e+00           NaN
28    LOC111099073  5.042947e-01  8.268184e-01 -2.848835e-01  1.921872e-02
29    LOC111099076 -6.424036e-02 -2.548274e-01 -1.017407e-01  4.660392e-01
30    LOC111099079  8.908455e-01  1.152008e+00 -3.111851e-01 -3.742216e-01
31    LOC111099080  5.103652e-01  3.596026e-02 -2.098038e-01  5.103652e-01
32    LOC111099081  5.941869e-01  5.452316e-01  9.248219e-01           NaN
33    LOC111099082 -7.069948e-01 -1.598930e+00           NaN           NaN
34    LOC111099083 -1.260671e+00  2.647775e-01           NaN           NaN
35    LOC111099088  2.129829e+00  1.624849e+00  3.437402e-01           NaN
36    LOC111099091 -1.106948e+00 -6.853019e-01 -4.552332e-01 -3.357176e-01
37    LOC111099092  1.811147e-01  5.992004e-01  2.459346e-01  8.387912e-01
38    LOC111099093  5.413813e-01  4.545698e-01  3.272703e-01  5.724220e-01
39    LOC111099095  3.975260e-01  1.004168e+00  7.054241e-01  1.582830e+00
40    LOC111099097  1.159404e+00  8.775643e-01  8.166167e-01  3.805640e-01
41    LOC111099098 -7.051240e-01           NaN           NaN           NaN
42    LOC111099101 -7.254514e-01 -7.054221e-01 -8.950424e-01 -1.257109e+00
43    LOC111099102 -3.979947e-02 -2.456519e-01  4.212871e-01  5.951765e-01
44    LOC111099104  1.676774e+00 -2.332600e-02 -4.327738e-01 -1.184195e+00
45    LOC111099105  4.135073e-01  4.031720e-01  1.768259e-01  3.177708e-01
46    LOC111099106  1.066305e+00  2.125131e+00  2.517009e+00           NaN
47    LOC111099108  6.657501e-01           NaN           NaN           NaN
48    LOC111099109  5.503230e-01  7.242674e-01  8.783138e-01           NaN
49    LOC111099110 -1.134576e-01 -2.553836e-01           NaN           NaN
50    LOC111099111 -8.984716e-01  8.330709e-02           NaN           NaN
51    LOC111099112  3.256822e+00  1.259195e+00  1.439885e+00  1.299736e+00
52    LOC111099114  4.764026e+00           NaN           NaN           NaN
53    LOC111099115  3.814557e-01 -3.939695e-02 -7.106660e-01 -4.463135e-01
54    LOC111099118  1.422451e+00  1.265334e+00  3.062829e-01  1.029812e+00
55    LOC111099119 -5.809997e-01  1.438859e-01           NaN           NaN
56    LOC111099120 -6.313661e-01 -9.918027e-01           NaN           NaN
57    LOC111099122 -3.695125e-01 -7.745633e-01 -9.070260e-01 -5.340979e-01
58    LOC111099123  1.837900e+00  6.634974e-01  1.257237e+00  2.017638e+00
59    LOC111099125  1.472966e-01  1.309015e-01  2.190953e-01  6.981737e-01
60    LOC111099127  7.546698e-01  1.447177e+00           NaN           NaN
61    LOC111099131 -1.885766e-01 -1.477137e-01 -7.776175e-02 -1.222480e-01
62    LOC111099132 -4.002282e-01 -7.308355e-01           NaN           NaN
63    LOC111099135 -1.484982e+00 -1.150896e+00 -9.398189e-01 -1.039930e+00
64    LOC111099136  8.340276e-01  6.694049e-02  2.638128e-01           NaN
65    LOC111099138  4.869170e-02  8.142356e-03  1.118618e+00           NaN
66    LOC111099140  2.328957e-01 -1.554785e-01  1.035902e+00  2.117137e-01
67    LOC111099143           NaN           NaN           NaN           NaN
68    LOC111099145  2.007457e+00  1.605164e+00  1.408674e+00  1.402558e+00
69    LOC111099147  1.226661e+00  1.449862e+00  1.530564e+00  1.400442e+00
70    LOC111099151 -1.149937e+00 -1.490025e+00 -1.265925e+00 -2.109255e+00
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16600           NaN
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16612           NaN
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16622           NaN
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16628  8.429271e-01
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16634           NaN
16635 -2.991741e-01
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16647 -7.252427e-01
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16655           NaN
16656           NaN
16657 -4.129103e-01
16658           NaN
16659           NaN
16660 -1.631624e-02
16661  2.019138e+00
16662  4.828127e-01
16663  1.826611e-01
16664           NaN
16665           NaN
16666  5.946220e-01
 [ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 6435 rows ]

calculating slope R2

# Function to calculate slope and R^2 for a row
calculate_slope_r2 <- function(row) {
  # Define x-values (fold numbers)
  x <- 2:6
  
  # Select y-values and remove rows with NA in them for both x and y
  y <- as.numeric(row)
  valid_indices <- !is.na(y)
  x <- x[valid_indices]
  y <- y[valid_indices]
  
  # Check if we have enough data points after removing NAs
  if (length(y) < 2) {
    return(c(NA, NA))  # Return NA if not enough data points to calculate slope and R^2
  }
  
  # Perform linear regression
  model <- lm(y ~ x)
  
  # Extract slope and R^2
  slope <- coef(model)[["x"]]
  r_squared <- summary(model)$r.squared
  
  # Return slope and R^2
  c(slope = slope, r_squared = r_squared)
}

# Apply the function to each row of df and create new columns for slope and R^2
logfe <- logfe %>%
  rowwise() %>%
  mutate(results = list(calculate_slope_r2(c_across(fold2_avg:fold6_avg)))) %>%
  ungroup() %>%
  mutate(slope = map_dbl(results, 1),
         r_squared = map_dbl(results, 2)) %>%
  select(-results)

Warning: There was 1 warning in `mutate()`.
ℹ In argument: `results =
  list(calculate_slope_r2(c_across(fold2_avg:fold6_avg)))`.
ℹ In row 6243.
Caused by warning in `summary.lm()`:
! essentially perfect fit: summary may be unreliable

# View the updated data frame
print(df)

function (x, df1, df2, ncp, log = FALSE) 
{
    if (missing(ncp)) 
        .Call(C_df, x, df1, df2, log)
    else .Call(C_dnf, x, df1, df2, ncp, log)
}
<bytecode: 0x557be6700838>
<environment: namespace:stats>

logfe

# A tibble: 23,101 × 8
   GeneID    fold2_avg fold3_avg fold4_avg fold5_avg fold6_avg   slope r_squared
   <chr>         <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>   <dbl>     <dbl>
 1 LOC11109…    1.70      2.48      1.78       1.76      1.97  -0.0189   0.00874
 2 LOC11109…    0.227    -0.737    -0.621     -1.06     -0.856 -0.249    0.633  
 3 LOC11109…    0.373     0.465     1.60     NaN       NaN      0.615    0.806  
 4 LOC11109…    0.342    -0.0165    0.130      0.448     0.973  0.173    0.516  
 5 LOC11109…   -0.0599    0.316    -0.0843     1.87      1.16   0.399    0.550  
 6 LOC11109…   -0.334    -0.718    -0.828     -2.05     -1.66  -0.398    0.784  
 7 LOC11109…    1.74      1.85      2.85       1.44      1.64  -0.0617   0.0315 
 8 LOC11109…    0.915     0.323    -0.846      0.259     0.806 -0.0281   0.00405
 9 LOC11109…   -0.0586    0.234   NaN        NaN       NaN      0.293    1      
10 LOC11109…    0.0227    0.631     0.793      0.291     0.564  0.0742   0.149  
# ℹ 23,091 more rows

logfe <- na.omit(logfe)

logfe

# A tibble: 13,279 × 8
   GeneID    fold2_avg fold3_avg fold4_avg fold5_avg fold6_avg   slope r_squared
   <chr>         <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>   <dbl>     <dbl>
 1 LOC11109…    1.70      2.48      1.78      1.76       1.97  -0.0189   0.00874
 2 LOC11109…    0.227    -0.737    -0.621    -1.06      -0.856 -0.249    0.633  
 3 LOC11109…    0.342    -0.0165    0.130     0.448      0.973  0.173    0.516  
 4 LOC11109…   -0.0599    0.316    -0.0843    1.87       1.16   0.399    0.550  
 5 LOC11109…   -0.334    -0.718    -0.828    -2.05      -1.66  -0.398    0.784  
 6 LOC11109…    1.74      1.85      2.85      1.44       1.64  -0.0617   0.0315 
 7 LOC11109…    0.915     0.323    -0.846     0.259      0.806 -0.0281   0.00405
 8 LOC11109…    0.0227    0.631     0.793     0.291      0.564  0.0742   0.149  
 9 LOC11109…    0.703     1.51      1.05      1.39       1.44   0.135    0.396  
10 LOC11109…   -0.227    -0.0796   -0.158    -0.0789    -0.354 -0.0253   0.120  
# ℹ 13,269 more rows

ggplot(logfe, aes(x = slope)) + 
  geom_histogram(binwidth = .05, fill = "blue", color = "black") +
  labs(title = "Histogram of column_name", x = "slope", y = "Frequency") +
  theme_minimal()

ggplot(logfe, aes(x = r_squared)) + 
  geom_histogram(binwidth = .02, fill = "blue", color = "black") +
  labs(title = "Histogram of r_squared", x = "r_squared", y = "Frequency") +
  theme_minimal()

joining female con exposed

female <- logfe %>%
  left_join(logfc, by = "GeneID") %>%
  mutate(slope_diff = abs(slope.x-slope.y))

female

# A tibble: 13,279 × 16
   GeneID    fold2_avg.x fold3_avg.x fold4_avg.x fold5_avg.x fold6_avg.x slope.x
   <chr>           <dbl>       <dbl>       <dbl>       <dbl>       <dbl>   <dbl>
 1 LOC11109…      1.70        2.48        1.78        1.76         1.97  -0.0189
 2 LOC11109…      0.227      -0.737      -0.621      -1.06        -0.856 -0.249 
 3 LOC11109…      0.342      -0.0165      0.130       0.448        0.973  0.173 
 4 LOC11109…     -0.0599      0.316      -0.0843      1.87         1.16   0.399 
 5 LOC11109…     -0.334      -0.718      -0.828      -2.05        -1.66  -0.398 
 6 LOC11109…      1.74        1.85        2.85        1.44         1.64  -0.0617
 7 LOC11109…      0.915       0.323      -0.846       0.259        0.806 -0.0281
 8 LOC11109…      0.0227      0.631       0.793       0.291        0.564  0.0742
 9 LOC11109…      0.703       1.51        1.05        1.39         1.44   0.135 
10 LOC11109…     -0.227      -0.0796     -0.158      -0.0789      -0.354 -0.0253
# ℹ 13,269 more rows
# ℹ 9 more variables: r_squared.x <dbl>, fold2_avg.y <dbl>, fold3_avg.y <dbl>,
#   fold4_avg.y <dbl>, fold5_avg.y <dbl>, fold6_avg.y <dbl>, slope.y <dbl>,
#   r_squared.y <dbl>, slope_diff <dbl>